COVID-19: Virology, Pathogenesis and Potential Therapeutics

Nowadays, the coronavirus epidemic represents a major threat to the human being, represented by great numbers of deaths and wide world life disrupt. COVID-19 virus, is not only representing a threat to the life of human being, but also to the economic activities that nearly stopped in many countries due to the partial to complete closure of life activities in order to control the wide spread of virus infections. In these extraordinary and unprecedented critical times of human being life, it is essential to review and discus the virus epidemic in trial to suggest an idea that might be beneficial to researchers to find out an exit from this dark tunnel and to prevent as possible epidemic recurrence. Many attempts of management protocols and trials all over the world, nearly failed until now to control the wide spread and the high incidence of morbidity and mortality of this viral infection. In this review, we highlight the virology and pathogenesis of epidemic and possible used therapeutics in a simplified and concise form to be easily understood and available for healthcare members and even general population. This might help in control and eradication of the current epidemic

COVID-19: profil virologique et clinique des patients diagnostiqués dans deux laboratoires à Ouagadougou, Burkina Faso / COVID-19: Virological and clinical profile of patients diagnosed in two laboratories in Ouagadougou, Burkina Faso

Contexte/objectif : La maladie à coronavirus (COVID-19) est une maladie émergente, dont l'agentpathogène est le virus du syndrome respiratoire aigu sévère dû au coronavirus 2 (SRAS-CoV-2). L'objectif de cette étudeétait de décrire le profil virologique et clinique des patients diagnostiqués dans deux laboratoires. Matériels et méthodes : Il s'est agi d'uneétude descriptive avec collecte rétrospective de données des patients atteints de COVID-19, qui a couvert la période du 04 avril au 31 décembre 2020. Le test de khi deux et le test exact de Fisher sont les tests statistiques utilisées. Résultats : Au total, 28 872 échantillons ont été testés dans les deux laboratoires. L'étude arévélé 1965 cas positifs soit 6, 80% (63 % hommes et 37,05 % femmes). La tranche d'âge de 20 à 50 ans représentait 68,68 %. La province de la capitale a enregistré autant le plus grand nombre d'échantillons (26277 soit91,00%) que le plus grand nombre des cas positifs (91,15%). Les manifestations cliniques étaient dominées par la toux 68,42%, la fatigue générale (43,86%), les céphalées (43,86%), l'écoulement nasal (40,93%), la fi èvre (39,18%). Les comorbidités les plus fréquentes étaient l'hypertension artérielle (HTA) et le diabète. Conclusion: Cette étude a montré unepopulation jeune testée. La capitale (Ouagadougou) a enregistré le plus grand nombre de demandeurs de tests et de cas positifs. La toux était la principale manifestation clinique. Les patients avec comorbidités dont l'HTA et le diabète ont été les plus nombreux a effectué le test

Background/Purpose. Coronavirus disease (COVID-19) is an emerging disease, whose pathogen is the severe acute respiratory syndrome virus due to coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The objective of this study was to describe the virological and clinical profile of patients diagnosed in two laboratories. Methods. This was a descriptive study with retrospective data collection of patients with COVID-19, which covered the period from 04 April to 31 December 2020. Chisquare test and Fisher's exact test were used as statistical tests. Results. A total of 28,872 samples were tested in the two laboratories. The study revealed 1965 positive cases or 6, 80% (63% male and 37.05% female). The age group 20-50 years represented 68.68%. The capital province recorded both the largest number of samples (26277 or 91.00%) and the largest number of positive cases (91.15%). Clinical manifestations were dominated by cough 68.42%, general fatigue (43.86%), headache (43.86%), nasal discharge (40.93%), fever (39.18%). The most frequent comorbidities were arterial hypertension (AH) and diabetes. Conclusion. This study showed a young population tested. The capital (Ouagadougou) recorded the highest number of testers and positive cases. Cough was the main clinical manifestation. Patients with comorbidities including hypertension and diabetes were the most numerous to be tested

Infection à VIH-2 au Sénégal: échecs virologiques et résistances aux antirétroviraux (ARV)

Introduction: le VIH-2, endémique en Afrique de l'Ouest, est naturellement résistant aux inhibiteurs non nucléosidiques de la rétro transcriptase, ce qui rend difficile la prise en charge dans les pays en développement. Objectifs: déterminer la prévalence de l'échec virologique au 12éme et 24éme mois (M12 et M24) de traitement antirétroviral de première ligne chez les patients infectés par le VIH-2 et d'en décrire les résistances génotypiques associées.Méthodes: il s'agit d'une étude descriptive longitudinale et prospective, durant la période de Novembre 2005 à Juin 2017. L'échec virologique a été défini comme toute charge virale supérieure à 50 copies/ml après 6 mois de traitement ARV à deux reprises. La recherche de mutations de résistance a été réalisée dans les régions codantes de la protéase et de la transcriptase inverse. Résultats: au total 110 patients ont été colligés, d'âge médian de 46 ans (Extrêmes 18-67) avec un ratio F/H de 2,54. A l'inclusion, la charge virale était détectable dans 44% des cas avec une médiane de 935cp/ml (Extrêmes 17-144038). Le schéma antirétroviral associait 2 INTI à 1IP dans 94% des cas. La durée médiane de suivi était estimée à 1200 jours (Extrêmes 1-3840). 94 puis 76 patients ont respectivement complété leur bilan à M12 et M24. Au suivi M24, 39 patients étaient en échec virologique soit une prévalence de 39% estimée à 33% à M12 et 11% à M24. 45% des patients avaient des résistances aux INTI, 41% des résistances aux IP et 30% des multi résistances aux INTI et IP.Conclusion: il est impératif de rendre accessibles les nouvelles classes thérapeutiques pourle traitement de sauvetage des patients infectés par le VIH-2 dans les pays à ressources limitées

Evaluation of Virologic Methods for Early Detection of HIV-1 in a Resource-limited Setting: Performance and Cost Analysis

Introduction : Rapid testing and detection of acute HIV infection are two important arms in the prevention of HIV infection. Virologic testing for HIV remains the mainstay for early diagnosis of the infection. Nucleic acid-based testing for HIV however; requires expensive laboratory infrastructure and well-trained personnel; thereby making it not easily accessible in Low- Middle- Income Countries (LMIC). HIV DNA polymerase chain reaction is currently used by few laboratories in many LMIC to detect HIV in children born of HIV-positive mothers before 18 months. Challenges relating to timely result notification can be reduced if the Early Infant Diagnosis (EID) Programme is decentralized and with easy access to laboratory facilities using other tests with high performance characteristics. Methods: We evaluated the performance of five assays to identify HIV antibodies; p24 antigen; proviral DNA or viral RNA in 109 infants born to HIV-positive mothers in Yaounde; Cameroon. Results: The test performance (using plasma) of the HIV p24 antigen ELISA by Perkin Elmer; Roche Amplicor HIV-1 DNA PCR and the Abbott Realtime HIV-1 assay was 100 identifying 12 positive cases. A positive and significant correlation between the HIV-1 RNA viral load and HIV p24 antigen level was found (p0.05). Conclusion: Therefore; HIV p24 antigen detection by ELISA can be used for early diagnosis of HIV and thus recommended for a decentralized EID Programme in LMIC

Audit scientifique d'un departement de bacteriologie-virologie a Abidjan en l'an 2000 : une etude historique des activites de 1985 a 1998

Notre travail avait pour objectif principal de realiser le bilan general des activites du laboratoire de Bacteriologie-Virologie de Cocody de 1985 a 1998. Les objectifs secondaires etaient :-d'identifier les acquis du laboratoire de Bacteriologie -Virologie de Cocody en matiere de local; d'equipement et de ressources humaines -d'identifier les activites de prestations de service et de formation -de repertorier des travaux de recherches -d'analyser les resultats de la recherche.Notre etude s'est deroulee au laboratoire de Bacteriologie -Virologie a l'IPCI et au sein de l'UFRSM de Cocody. Nous avons travaille a partir de documents administratifs; financiers. Nous avons visite les locaux; repertorie l'equipement; interviewve le personnel et recense les differentes activites realisees. Au terme de cette etude; il ressort que: -une insuffisance en local; equipement; materiel; ressources humaines et en aide budgetaire; -les analyses bacteriologiques occupent les trois quart des prestations de service du laboratoire alors que les analyses serologiques n'occupent que un quart de cette activite; -le laboratoire de Bacteriologie Virologie assure le suivi des programmes theoriques et pratiques de formation Universitaires des etudiants en Option : Medecine.; Pharmacie; en Odontostomatologie; en Science et differentes ecoles de techniciens de laboratoire; -le laboratoire de Bacteriologie Virologie a realise 289 travaux scientifiques en 13 annees avec une predominance des communications sur les publications et celle de la thematique : agents des MST sur les autres thematiques. En conclusion; le laboratoire de Bacteriologie Virologie a besoin de la creation de nouveaux locaux et de financement consequent pour ses activites de recherche; de prestations de service et renforcer le personnel