ABSTRACT
A análise de sequências genômicas é uma forma poderosa para se estudar a diversidade do HIV-1 e sua expansão nas populações, além de ser crucial para dar suporte à vigilância epidemiológica e ao desenvolvimento de terapias e vacinas eficazes. Neste estudo foram geradas sequências dos genes gag e env do HIV-1 de 61 pacientes infectados em Salvador e do pol de 58 pacientes de Feira de Santana, Bahia, Brasil. A bioinformática foi utilizada para subtipar, genotipar as mutações de resistência, determinar a pressão seletiva e predizer o uso de coreceptor. Em Salvador, 92,6% das amostras foram do subtipo B e 7,4% foram recombinantes BF1. Em Feira de Santana, 67,2% foram do subtipo B, 6,9% F1, 1,7% C e 24,1% BF1. Onze (19,0%) destes isolados apresentaram mutações de resistência. Pacientes infectados pelo B tinham em média 0,4 mutações de resistência e nenhuma mutação deste tipo foi observada em BF1. Com base na caracterização da alça V3 do gene env em 43 amostras de Salvador, foram encontradas 18,2% de variantes brasileiras (B'-GWGR), 46,5% de GPGR e 34,9% de GXGX. O tempo médio de diagnóstico positivo foi de 13 anos para o subtipo B' e 9 anos para o subtipo B (GPGR + GXGX). Setenta e seis por cento destes vírus fazem uso do coreceptor CCR5, enquanto 24% foram classificados como capazes de usar o CXCR4. Encontramos uma associação entre o subtipo B' e um maior tempo em anos de diagnóstico positivo para HIV-1. As prevalências de subtipo B' e de recombinante B/F1 em Salvador foram menores do que as encontradas em estudos anteriores na Bahia e no Brasil, por outro lado, em Feira de Santana foi encontrada uma alta prevalência de B/F1.
Genomic analysis of sequences is a powerful tool to perform studies in HIV-1 diversity and expansion in the populations and it is crucial to give support to epidemiological surveillance, new therapies and vaccines development. In this study, sequences were generated from gag and env genes from 61 HIV-1 infected patients sampled in Salvador and from pol gene in 58 infected patients sampled in Feira de Santana, Bahia, Brazil. Bioinformatic tools were used to subtype, genotype the resistance mutations, determine the selective pressure and to predict coreceptor use. In Salvador, 92.6% of the samples were subtype B and 7.4% were recombinant BF1. In Feira de Santana, 67.2% of the samples were subtype B, 6.9% were F1, 1.7% was C and 24,1% were recombinant BF1. Eleven (19.0%) of these isolates presented resistance mutations. HIV-1 subtype B infected individuals had, in average, 0.4 resistance mutations by sequence and no mutation was observed in BF1. With regard to V3 loop of gene env, it was found 18.2% of Brazilian variants (B'-GWGR), 46.5% of GPGR and 34.9% of GXGX. The env sequences showed through to negative pressure. The time, in average, since the diagnosis was 13 years among subtype B' and 9 years among subtype B isolates. Seventy-six percent of these viruses use the CCR5 coreceptor, while 24% were able to use CXCR4. We have found an association between subtype B and a longer period of time since the HIV positive diagnosis. The prevalence of B and B/F1 in Salvador were smaller than the found in previous studies in Bahia state and in Brazil, on the other hand, in Feira de Santana it was found a higher prevalence of B/F1.