Tuberculosis among health care workers treated at a university hospital in Bogotá D.C., Colombia. 2008-2018 / Tuberculosis en trabajadores de la salud atendidos en un hospital universitario de Bogotá D.C., Colombia. 2008-2018

Abstract Introduction: Worldwide, three people die of tuberculosis (TB) every minute. The risk of TB transmission among healthcare workers is up to 40 times higher than in the general population. Nevertheless, in Colombia, little importance has been given to this situation. Objective: To describe the demographic and clinical characteristics of healthcare workers with TB treated in a university hospital from Bogotá D.C. (Colombia), as well as their laboratory, histologic, and imaging findings, and the main criteria for their TB diagnosis. Materials and methods: Case series study. The medical records of 24 healthcare workers with TB who were treated in a quaternary care university hospital in Bogotá D.C. between January 2008 and December 2018 were reviewed. Sociodemographic and clinical data, as well as imaging and laboratory findings data, were collected. Results: There was no predominant sex (50% women and 50% men). The median age was 33.5 years (IQR: 24-52.7). Pulmonary TB was the most frequent form of TB (62.50%); in addition, acid-fast bacillus sputum stain was positive in 2 patients (8.33%). The histopathology report was useful for diagnosing TB in 66.66% of cases, and mycobacterial culture was positive in 75% of patients. Most of them were physicians (41.66%) and medical students (16.66%). Conclusions: A high proportion of women was found in the study population (1:1 ratio), and the histopathology report was useful for reaching a rapid TB diagnosis in most cases. In addition, physicians and medical students were the healthcare workers most affected by TB. In this sense, health institutions in the country should pay greater attention to biosafety measures among these workers; also, occupational epidemiological surveillance programs enhancing TB-transmission control are necessary.

Resumen Introducción. Cada minuto tres personas mueren de tuberculosis (TB) en el mundo. El riesgo de transmisión en trabajadores de la salud es hasta 40 veces mayor que en población general. Sin embargo, en Colombia se ha dado poca importancia a esta situación. Objetivo. Describir las características demográficas y clínicas de trabajadores de la salud con TB atendidos en un hospital universitario de Bogotá D.C., Colombia, así como los hallazgos paraclínicos (de laboratorio, histológicos y radiológicos) y los principales criterios de diagnóstico de TB en estos pacientes. Materiales y métodos. Estudio de serie de casos. Se revisaron las historias clínicas de 24 trabajadores de la salud con TB atendidos en un hospital universitario de cuarto nivel de Bogotá D.C. entre enero de 2008 y diciembre de 2018. Se recolectó información sociodemográfica y sobre las características clínicas de estos pacientes, así como sobre hallazgos radiológicos y de laboratorio. Resultados. No hubo un género predominante (50% mujeres y 50% hombres). La mediana de edad fue 33.5 años (RIQ: 24-52.7). La TB más frecuente fue la TB pulmonar (62.50%); además, en 2 pacientes (8.33%) la baciloscopia de esputo fue positiva. El estudio histopatológico fue útil en el diagnóstico del 66.66% de los casos, y el cultivo de micobacterias fue positivo en el 75% de los casos. La mayoría de los pacientes eran médicos (41.66%), seguidos de estudiantes de medicina (16.66%). Conclusión. Se encontró una alta proporción de mujeres (relación 1:1), y el estudio histopatológico permitió el diagnóstico rápido de TB en la mayoría de los casos. Además, los trabajadores de la salud más afectados fueron los médicos y los estudiantes de medicina. En este sentido, las instituciones de salud del país deben prestar mayor atención a las prácticas de bioseguridad de esta población, y se debe contar con programas de vigilancia epidemiológica ocupacional que favorezcan un mejor control de la transmisión.

Perfiles de utilización de sustratos carbonados de Cladorrhinum (Ascomycota) / Carbon-substrate utilization profiles by Cladorrhinum (Ascomycota)

Abstract Fungi from the genus Cladorrhinum (Ascomycota) are promising agents in the biocontrol of phytopathogens, in the promotion of plant growth, and in the production of enzymes with technological application. We analyzed comparatively the ability of 5 native strains of Cladorrhinum samala and Cladorrhinum bulbillosum with reference strains belonging to the same genus. We used 95 individual carbon sources available in microplates from the Biolog® FF system. Although most of the strains mainly used soluble carbohydrates, the metabolic profile was highly dependent upon each isolate and it revealed intraspecific physiological variability in Cladorrhinum species.

Resumen Los hongos del género Cladorrhinum (Ascomycota) son agentes prometedores en el biocontrol de fitopatógenos, la promoción del crecimiento de las plantas y la producción de enzimas con aplicación tecnológica. En este trabajo se analizaron comparativamente las habilidades de 5 cepas nativas pertenecientes a las especies Cladorrhinum samala y Cladorrhinum bulbillosum con cepas de referencia del mismo género. Se usaron 95 fuentes individuales de carbono, disponibles en microplacas de Biolog® FF system. Aunque la mayoría de las cepas utilizaron principalmente carbohidratos solubles, el perfil metabólico fue altamente dependiente de cada aislamiento y reveló variabilidad fisiológica intraespecífica en las especies de Cladorrhinum.

Características clínicas y microbiológicas de pacientes con neutropenia febril en un hospital Universitario / Clinical and microbiological characteristics of patients with febrile neutropenia in one Colombian Universitary Hospital

Objetivo: Describir las características clínicas, demográficas, frecuencia, tipo de aislamientos microbiológicos y resistencia a los antimicrobianos de pacientes con neoplasias hematológicas que presentaron como complicación neutropenia febril en el Hospital Universitario de San Ignacio Métodos: Estudio descriptivo observacional, se tomaron datos de historias clínicas de los pacientes adultos hospitalizados en la Unidad de Hematología y Trasplante de Médula Ósea, que cumplieron criterios de neutropenia febril entre enero de 2013 y diciembre de 2014 Resultados: se recolectaron 345 episodios de neutropenia febril, correspondientes a 193 pacientes. Se documentó foco infeccioso en el 68,1% de los episodios, con aislamiento microbiológico en el 62.9% de los episodios, con predominio de bacilos gram negativos, en 63,7% de los casos, seguido por los cocos gram positivos en 27,9% y hongos en 4,9%. En cuanto a los mecanismos de resistencia, en los aislamientos Escherichia coli y Klebsiella peumoniae se encontró producción de Beta Lactamasas de Espectro Extendido (BLEEs) en 17,5 y 13,8%; Carbapenemasas tipo KPC en 1,25 y 2,8% respectivamente. En cuanto a Staphylococcus aureus, se encontró resistencia a meticilina en 6,8% de los aislamientos. Mortalidad asociada a infección en 16,5% de los casos. Conclusión: En pacientes con Neoplasias Hematológicas con neutropenia febril post quimioterapia en el Hospital Universitario de San Ignacio encontramos alta probabilidad de documentación de foco infeccioso, con predominio de microorganismos gram negativos, especialmente enterobacterias; con comportamiento similar en pacientes post trasplante de precursores hematopoyéticos.

Objective: To describe the demographic and clinical characteristics, as well as frequency and type of bacterial isolate and resistance patterns in patients with hematological neoplasms complicated by febrile neutropenia at San Ignacio University Hospital Methods: This is a retrospective observational study. Data were collected from medical records of adult patients admitted in the Hemato-oncology and Bone Marrow Transplant Unit. Inclusion criteria was presence of febrile neutropenia in the setting of a hematological neoplasm from January 2013 to December 2014. Results: 345 episodes of febrile neutropenia from 193 patients were studied. An infectious focus was identified in 68.1% of episodes, and a bacterial isolate was obtained in 62.9% of episodes. The predominant microorganisms were gram-negative rods, gram-positive cocci, and fungi with a frequency of 63.7%, 27.9%, and 4.9% respectively. In term of resistance patterns, Escherichia coli and Klebsiella peumoniae isolates had a frequency of ESBL susceptibility pattern of 17.5% and 13.8% respectively; and a frequency of KPC susceptibility pattern of 1.25% and 2.8% respectively. The frequency of methicillin resistant Staphylococcus aureus was 6.8%. Death associated to infection ocurred in 16.5% of episodes. Conclusions: In patients with hematological neoplasms complicated by febrile neutropenia at San Ignacio University Hospital, we found a high rate of documentation of infectious focus, with a predominance of gram-negative rods, specially Enterobacteriacea; with a similar pattern in receptors of hematopoietic stem cell transplantation.

Factores extrínsecos e intrínsecos asociados a poblaciones fúngicas micotoxigénicas de granos de maíz (Zea mays L) almacenados en silos bolsa en Argentina / Extrinsic and intrinsic factors associated with mycotoxigenic fungi populations of maize grains (Zea mays L.) stored in silobags in Argentina

Con el objeto de caracterizar las poblaciones fúngicas, en particular las especies potencialmente micotoxigénicas, que pueden contaminar los granos de maíz almacenados en silos bolsa con un contenido de humedad superior al recomendado como seguro, se evaluaron 270 muestras extraídas al inicio, a los 90 días y al final de un período de almacenamiento de 5 meses. En dichas muestras se cuantificó e identificó la biota fúngica y se determinó la contaminación con fumonisinas y aflatoxinas. Asimismo, se evaluó el efecto de factores extrínsecos (ambiente), intrínsecos (granos) y tecnológicos (ubicación de los granos en el perfil del silo bolsa) sobre las poblaciones totales y micotoxigénicas. El pH de los granos y el nivel de O2 se redujeron significativamente a los 5 meses, mientras que la concentración de CO2 se incrementó en igual período. Los recuentos totales de la micobiota fueron significativamente mayores en los granos ubicados en el estrato superior del silo bolsa. Se identificaron especies micotoxigénicas de Fusarium, Aspergillus, Penicillium y Eurotium. La frecuencia de aislamiento de Fusarium verticillioides se redujo al final del almacenamiento y Aspergillus flavus solo se aisló en el inicio del almacenamiento. Los recuentos de Penicillium spp. y Eurotium spp. se incrementaron al final del almacenamiento. El 100 % de las muestras presentaron contaminación con fumonisinas, con niveles máximos de 5,707 mg/kg, mientras que las aflatoxinas contaminaron el 40 % de las muestras con niveles máximos de 0,0008 mg/kg. Las condiciones ambientales y de sustrato generadas durante el almacenamiento produjeron cambios en la composición de las poblaciones fúngicas y limitaron el desarrollo de hongos micotoxigénicos y la producción de micotoxinas.

In order to determine the behavior of mycotoxin-producing fungal populations linked with silobags stored corn grains with a moisture content greater at the recommended as safe, 270 samples taken in three times (beginning, 90 days, final) over a five month period of storage were evaluated. The fungal biota was quantified and identified and the contamination with fumonisin and aflatoxin was determined. Extrinsic factors (environment), intrinsic factors (grains) and technological factors (location of the grains in the profile of silobag) were taken into account to evaluate the presence and quantity of total and mycotoxigenic fungal populations. The pH of grains and O2 levels were significantly reduced after five months, while CO2 concentration increased in the same period. The total counts of mycobiota were significantly higher in grains located in the top layer of silobag. Mycotoxigenic species of Fusarium, Aspergillus, Penicillium and Eurotium were identified. The frequency of isolation of Fusarium verticillioides decreased at the end of storage and Aspergillus flavus was isolated only at the beginning of storage. The counts of the Penicillium spp. and Eurotium spp. were increased at the end of storage. Fumonisin contamination was found in all the samples (100 %) with maximum levels of 5.707 mg/kg whereas aflatoxin contaminated only 40 % with maximum levels of 0.0008 mg/kg. The environmental and substrate conditions generated during the storage limited the development of mycotoxigenic fungi and mycotoxin production.

Mycorrhizal fungi isolated from native terrestrial orchids of pristine regions in Córdoba (Argentina) / Hongos micorrízicos aislados de orquídeas terrestres nativas de regiones pristinas en Córdoba (Argentina)

Orchidaceae is a highly dependent group on the Rhizoctonia complex that includes Ceratorhiza, Moniliopsis, Epulorhiza and Rhizoctonia, for seed germination and the development of new orchid plants. Thus, the isolation and identification of orchid mycorrhizal fungi are important to understand the orchid-fungus relationship, which can lead to the development of efficient conservation strategies by in vivo germination of seeds from endangered orchid plants. The aim of our work was to isolate and characterize the different mycorrhizal fungi found in roots of terrestrial orchids from Córdoba (Argentina), and, to learn about the natural habit and fungal associations in the Chaco Serrano woodland pristine region. In this study, bloomed orchid root and rhizosphere soil samples were obtained in two times from Valle de Punilla during spring of 2007; samples were kept in plastic bags until processed within 48 hours, and mycorrhizal condition confirmed assessing peloton presence. A total of 23 isolates of the orchideous mycorrhizal Rhizoctonia complex were obtained. The isolates were studied based on morphological characters and ITS-rDNA sequences. Morphological characteristics as color of colonies, texture, growth rate, hyphal diameter and length and presence of sclerotia were observed on culture media. To define the number of nuclei per cell, the isolates were grown in Petri dishes containing water-agar (WA) for three days at 25°C and stained with Safranine-O solution. The mycorrhizal fungi were grouped into binucleate (MSGib, 10 isolates) and multinucleate (MSGim, 13 isolates) based on morphological characteristics of the colonies. We obtained the ITS1-5.8s-ITS4 region that was amplified using primers ITS1 and ITS4. Based on DNA sequencing, isolates Q23 and Q29 were found to be related to species of Ceratobasidium. Isolates Q24 and Q4 were related to the binucleated anastomosis group AG-C of Rhizoctonia sp. The rest of the isolates grouped in the Ceratobasidium clade without grouping. From our knowledge this is the first report of the association of the AG-C testers with terrestrial orchids. A high specificity was observed in the symbiotic relationship. As the mycorrhizal fungal isolates were obtained from native orchids, they could be incorporated in conservation programes of endangered orchids in Argentina.

La Familia Orchidaceae se encuentra estrechamente relacionada con hongos micorrízicos que pertenecen al complejo Rhizoctonia, e incluyen los géneros Ceratorhiza, Moniliopsis, Epulorhiza y Rhizoctonia. Esta asociación es esencial para el desarrollo de nuevas plantas ya que favorecen el proceso de germinación de las semillas. Por lo tanto, el conocimiento de la naturaleza de esta interacción es importante para que los resultados de los programas de conservación de orquídeas sean efectivos. La fragmentación del bosque Chaqueño Serrano en el centro de Argentina, ha alcanzado un punto crítico en los últimos años, afectando el funcionamiento del ecosistema. El objetivo de este trabajo fue: a) aislar y caracterizar hongos micorrízicos presentes en orquídeas terrestres de la provincia de Córdoba (Argentina) y b) conocer el hábitat natural y las asociaciones fúngicas que se establecen en esta región prístina. A partir de las raíces de orquídeas terrestres, se obtuvieron 23 aislamientos de hongos micorrízicos que pertenecen al complejo Rhizoctonia. Estos aislamientos fueron caracterizados con base en caracteres morfológicos y moleculares. Las características morfológicas (color y textura de las colonias, cinética de crecimiento, diámetro y largo de la hifa y presencia de esclerocios) fueron observados en PDA y MEA a 25ºC. El número de núcleos por célula se observó en cultivos crecidos en AA (agar-agua) y teñidos con una solución de Safranine-O. La región ITS se amplificó usando los primers ITS1 e ITS4. Con base en las características morfológicas de la colonia, los aislamientos fueron agrupados en binucleados (MSGib) y multinucleados (MSGim). De acuerdo al cladograma obtenido con las secuencias de ADN, los aislamientos Q23 y Q29 están relacionados a especies de Ceratobasidium, aisladas de raíces de orquídeas. Los aislamientos Q24 y Q4 se asocian con el grupo de anastomosis de Rhizoctonia AG-C. Finalmente, se observó una alta variabilidad en el grado de especificidad existente en la simbiosis que se establece entre las raíces de estas orquídeas terrestres y los aislamientos obtenidos a partir de ellas. Este es el primer reporte de la asociación entre el grupo de anastomosis AG-C y orquídeas terrestres. Dado que estos aislamientos se obtuvieron de orquídeas terrestres nativas, podrían ser incorporados como nuevos patrones para micorrizas de orquídeas terrestres en Argentina. Este trabajo contribuye al conocimiento de la relación simbiótica que se establece entre orquídeas y hongos micorrízicos, así como también al desarrollo de estrategias de conservación de orquídeas terrestres nativas del bosque Chaco Serrano.

A species-specific method for detecting pathogenic Streptomyces species from soil and potato tubers in Argentina / A species-specific method for detecting pathogenic Streptomyces species from soil and potato tubers in Argentina.

Potato common scab is caused by several soil-inhabiting pathogenic Streptomyces species. In the present study, a species-specific PCR method was used to detect Streptomyces species in potato tuber lesions and soils. Total genomic DNA from soil samples from six locations and tuber samples from four potato cultivars (Spunta, Shepody, Innovator and Russet Burbank) were assessed. Streptomyces scabies, Streptomyces acidiscabies, and Streptomyces turgidiscabies were detected in soybean, tobacco and potato soils and in all potato varieties except Russet Burbank. The phylogenetic analysis of the sequences obtained confirmed the identification. The method proposed proved to be time-saving and cost effective for the rapid detection of Streptomyces species. This is the first report of the detection of S. acidiscabies and S. turgidiscabies in soils and potato tubers from Argentina.

Biodegradation of phenol in static cultures by Penicillium chrysogenum ERK1: catalytic abilities and residual phototoxicity / Biodegradación de fenol en cultivos estáticos por Penicillium chrysogenum ERK1: habilidades catalíticas y fitotoxicidad residual

A phenol-degrading fungus was isolated from crop soils. Molecular characterization (using internal transcribed spacer, translation elongation factor and beta-tubulin gene sequences) and biochemical characterization allowed to identify the fungal strain as Penicillium chrysogenum Thorn ERK1. Phenol degradation was tested at 25 °C under resting mycelium conditions at 6, 30, 60, 200, 350 and 400 mg/l of phenol as the only source of carbon and energy. The time required for complete phenol degradation increased at different initial phenol concentrations. Maximum specific degradation rate (0.89978 mg of phenol/day/mg of dry weight) was obtained at 200 mg/l. Biomass yield decreased at initial phenol concentrations above 60 mg/l. Catechol was identified as an intermediate metabolite by HPLC analysis and catechol dioxygenase activity was detected in plate assays, suggesting that phenol metabolism could occur via ortho fission of catechol. Wheat seeds were used as phototoxicity indicators of phenol degradation products. It was found that these products were not phytotoxic for wheat but highly phytotoxic for phenol. The high specific degradation rates obtained under resting mycelium conditions are considered relevant for practical applications of this fungus in soil decontamination processes.

Un aislamiento fúngico capaz de degradar fenol como única fuente de carbono y energía fue aislado de suelos agrícolas. La caracterización molecular (basada en el empleo de secuencias de espaciadores de transcriptos internos, de factores de la elongación de la traducción y del gen de la beta-tubulina) y la caracterización bioquímica permitieron identificar a esta cepa como Penicillium chrysogenum Thom ERK1. Se estudió la degradación de fenol a 25 °C en cultivos estáticos con 6, 30, 60, 200, 350 y 400 mg/l de fenol inicial. El tiempo requerido para completar la degradación de fenol aumentó al elevarse las concentraciones iniciales de dicho compuesto. La máxima tasa de degradación específica (0,89978 mg de fenol/día/mg de peso seco) se obtuvo con 200 mg/l. El rendimiento en biomasa disminuyó con concentraciones Iniciales de fenol mayores de 60 mg/l. Se identificó al catecol como intermediarlo metabolico por HPLC y se observó actividad de catecol dioxigenasa en placa, lo que sugiere que el metabolismo de degradación del fenol ocurre vía orto fisión del catecol. Se utilizaron semillas de trigo como indicadores de fitotoxicidad de los productos de degradación. Estos productos no fueron fitotóxicos para trigo, mientras que el fenol mostró una alta fitotoxicidad. La alta tasa de degradación específica obtenida en condiciones estáticas resulta de gran interés para la aplicación de este hongo en procesos de descontaminación de suelos.