SARS-CoV-2 laboratory surveillance during the first year of the COVID-19 pandemic in southern Brazil

ABSTRACT Background: Brazil has one of the highest numbers of COVID-19 cases and deaths. Rio Grande do Sul (RS) in southern Brazil is one of the leading states in terms of case numbers. As part of the national public health network, the State Central Laboratory (LACEN-RS) changed its routine in 2020 to focus on the diagnosis of COVID-19. This study evaluated the laboratory surveillance of COVID-19 suspected cases analyzed at the LACEN-RS in 2020. Methods: Viral detection was performed using RT-qPCR in samples from patients with respiratory infection who met the study criteria. Viral RNA was isolated using commercial manual kits or automated extractors, and SARS-CoV-2 RT-qPCR was performed using the Bio-Manguinhos/Rio de Janeiro, IBMP/Paraná, or Allplex 2019-nCoV assay. In total, 360 representative SARS-CoV-2 samples were sequenced using the Illumina platform. Results: In total, 31,197 of 107,578 (positivity rate = 29%) tested positive for SARS-CoV-2. The number of RT-qPCR tests performed per month followed the COVID-19 epidemic curve observed for the state, with peaks in July-August and December. Females accounted for 63% of the samples, whereas the positivity rate was higher among males (33.1% males vs. 26.5% females). The positivity rate was higher in adults aged 50-79 years compared to the overall positivity rate. The majority of cases were observed in the capital, Porto Alegre, and the metropolitan region. Ten distinct lineages were identified, with B.1.1.28, B.1.1.33, and P.2 being the most frequent. Conclusions: Here, we describe laboratory surveillance of COVID-19 to identify priorities for epidemiological surveillance actions in RS.

O Papel da Telessaúde na Pandemia Covid-19: Uma Experiência Brasileira / The Role of Telehealth in the Covid-19 Pandemic: A Brazilian Experience

Resumo O SARS-CoV-2, vírus causador da Covid-19, é o terceiro coronavírus a causar doença grave em humanos e que apresentou disseminação global nas duas últimas décadas. Nesse contexto, diversos departamentos nacionais de saúde pública, entre eles o Ministério da Saúde do Brasil, trouxeram destaque àquilo que era, até então, considerado um serviço de apoio ao sistema de saúde: a telessaúde e a telemedicina. Pretendemos apresentar as ações realizadas por um serviço nacional de telessaúde no Brasil, tanto no suporte aos profissionais de saúde da Atenção Primária à Saúde quanto a pacientes, além de discutir o potencial de reorganizar um sistema de saúde. Estudo de prevalência que sumariza as ações de telemedicina adotadas pelo TelessaúdeRS-UFRGS no período da 9ª à 27ª semana epidemiológica de 2020 para apoio aos serviços de saúde do Sistema Único de Saúde (SUS). Houve aumento de 76,8% da demanda de teleconsultorias telefônicas no período avaliado em comparação com o mesmo período em 2019, sendo 28,8% dessa demanda total decorrente de dúvidas relacionada à Covid-19. A pandemia por Covid-19 demandou rápida resposta com a organização de materiais sobre a doença, uma nova equipe para execução das atividades de telemonitoramento e teleconsultas, além da elaboração de um manual para teleconsultas na Atenção Primária à Saúde.

Abstract SARS-CoV-2, the virus that causes Covid-19, is the third coronavirus to cause severe disease in humans and to spread globally in the past two decades. In this context, several national public health departments, including the Brazilian Ministry of Health, highlighted what was, until then, considered a support service to the health system: telehealth and telemedicine. We intend to present the actions carried out by a national telehealth service in Brazil, both as a Primary Health Care (PHC) support service to professionals and to patients, as well as discussing the potential to reorganize a health system. This is a prevalence study that summarizes the measures adopted by Brazilian Telehealth Center from the 9th to the 27th epidemiological weeks of 2020 to support the health services of the Brazilian Unified Health System (SUS). There was an increase of 76.8% in the demand for telephone teleconsultations during the evaluated period compared to the same period in 2019, with 28.8% of the entire demand arising from doubts related to Covid-19. The Covid-19 pandemic demanded a quick response, with the organization of materials about the disease, a new team to carry out telemonitoring and teleconsultation activities, in addition to the creation of a manual for teleconsultations in Primary Health Care.

Epidemiological investigation reveals local transmission of SARS-CoV-2 lineage P. 1 in Southern Brazil / Investigação epidemiológica revela transmissão local da variante P. 1 do SARS-CoV-2 no Sul do Brasil / Una investigación epidemiológica revela la transmisión local de la variante P. 1 del SARS-CoV-2 en el sur de Brasil

Since its detection in December of 2020, the SARS-CoV2 lineage P.1, descendent of B.1.1.28 lineage, has been identified in several places in Brazil and abroad. This Variant of Concern was considered highly prevalent in Northern Brazil and now is rapidly widening its geographical range. Here, we present epidemiological and genomic information of the first case of P1 lineage in Rio Grande do Sul state, in a patient without reported travel history and a tracked transmission chain. These findings occurred in a tourist destination representing an important hub receiving tourists from diverse places.(AU)

Desde a sua detecção em dezembro de 2020, a linhagem P.1 do SARS-CoV2, descendente da linhagem B.1.1.28, foi identificada em diversos locais no Brasil e no mundo. Essa variante de preocupação era considerada altamente frequente no Norte do Brasil e agora está ampliando rapidamente sua distribuição geográfica. Aqui, apresentamos informações epidemiológicas e genômicas do primeiro caso da linhagem P.1 no Rio Grande do Sul em um paciente sem histórico de viagens relatado e com cadeia de transmissão identificada. Esses achados ocorreram em um destino turístico que representa um importante pólo de recepção de turistas de diversas localidades.(AU)

Desde su detección en diciembre de 2020, del linaje P.1 del SARS-CoV2, derivada de la B.1.1.28, hay sido ampliamente identificada en Brasil y en todo el mundo. Esta variante preocupante es muy frecuente en el norte de Brasil y ahora está ampliando rápidamente su distribución geográfica. Aquí, presentamos información epidemiológica y genómica del primer caso de P.1 en Rio Grande do Sul en un paciente sin antecedentes de viaje y con una cadena de transmisión identificada. Estos datos se han obtenido en un destino turístico que representa un importante centro de acogida de turistas de diferentes lugares.(AU)

Quality of referrals to a rheumatology service before and after implementation of a triage system with telemedicine support

Abstract Purpose: To evaluate the quality of referrals for a first Rheumatology consultation at a tertiary care center in a southern Brazilian capital (Porto Alegre, RS), having as background findings from a similar survey performed in 2007/2008. Since then, our state has implemented referral protocols and a triage system with teleconsulting support exclusively for referrals from locations outside the capital, permitting a comparison between patients screened and not screened by the new system. Methods: Physicians of the Rheumatology Service at Hospital Nossa Senhora da Conceição prospectively collected information regarding first visits over a 6-month period (Oct 2017 to March 2018). We recorded demographic characteristics, diagnostic hypotheses, date of referral, and the municipality of origin (within the state of Rio Grande do Sul). We considered adequate referrals from primary health care when a systemic autoimmune inflammatory disease (SIRD) was suspected at first evaluation by the attending rheumatologist. Results: Three hundred fifty-seven patients/appointments were eligible for analysis (193 from the capital and 164 from small and medium towns). In 2007/2008, suspected SIRD occurred in 76/260 (29.2%) and 73/222 (32.9%) among patients from the capital and outside counties, respectively (P = 0.387). In 2017/2018, suspected SIRD occurred in 75/193 (38.9%) and 111/164 (67.7%) in patients from the capital and outside counties, respectively (difference: 28.8, 95% CI: 19.0 to 38.9, P < 0.001), indicating a marked improvement in referrals submitted to the new triage system. Conclusion: The quality of Rheumatology referrals in our state improved over the 10-year interval under study, particularly among patients from locations submitted to referral protocols and teleconsulting support.

Avaliação Econômica de um Serviço de Telemedicina para ampliação da Atenção Primária à Saúde no Rio Grande do Sul: o microcusteio do Projeto TeleOftalmo / Economic Evaluation of a Telemedicine Service to expand Primary Health Care in Rio Grande do Sul: TeleOftalmo's microcosting analysis

Resumo Este estudo avaliou o custo de um serviço público de telediagnóstico em oftalmologia. O método de custeio baseado em atividades e tempo (TDABC) foi adotado para examinar os componentes de custos relacionados à teleoftalmologia. Com este método, também foi possível estabelecer o custo unitário padrão que o telediagnóstico deveria ter, dada a capacidade instalada e utilização de profissionais. Dados de um ano de telediagnósticos foram considerados, e avaliou-se a mudança do custo por telediagnóstico ao longo do período de adaptação da tecnologia no sistema. O custo padrão calculado por diagnóstico oftalmológico a distância foi de R$ 119, considerando a emissão de 1.080 laudos de telediagnóstico oftalmológico por mês. Foi identificado um desequilíbrio entre as atividades que sugere a capacidade do método TDABC orientar ações de gestão e melhoria na alocação dos recursos. Ao longo de um ano, o custo unitário real passou de R$ 783 para R$ 283, ainda havendo espaço para se aproximar do custo padrão estimado. Avaliações econômicas parciais possuem importante aporte para subsidiar a incorporação de novas tecnologias. O TDABC merece destaque nesse sentido, pois permite obter informações mais precisas sobre custo da tecnologia, melhorando a capacidade de dimensionamento e gerenciamento da organização de saúde.

Abstract This study evaluated the cost of public telediagnostic service in ophthalmology. The time-driven activity-based costing method (TDABC) was adopted to examine the cost components related to teleophthalmology. This method allowed us to establish the standard unit cost of telediagnosis, given the installed capacity and utilization of professionals. We considered data from one year of telediagnoses and evaluated the cost per telediagnosis change throughout technology adaptation in the system. The standard cost calculated by distance ophthalmic diagnosis was approximately R$ 119, considering the issuance of 1,080 monthly ophthalmic telediagnostic reports. We identified an imbalance between activities, which suggests the TDABC method's ability to guide management actions and improve resource allocation. The actual unit cost fell from R$ 783 to R$ 283 over one year - with room to approach the estimated standard cost. Partial economic evaluations contribute significantly to support the incorporation of new technologies. The TDABC method deserves prominence, as it enables us to retrieve more accurate information on the cost of technology, improving the scalability and management capacity of the healthcare system.

Telessaúde como eixo organizacional dos sistemas universais de saúde do século XXI / Telehealth as core of 21st century universal health care systems / Telesalud como eje organizacional de los sistemas de salud universales del siglo XXI

Novos desafios epidemiológicos e demográficos demandam novas formas de organizar os sistemas de saúde. O presente ensaio propõe a telessaúde como ferramenta organizativa, capaz de suavizar o triângulo de ferro da atenção à saúde e de facilitar a busca pelo triple aim, pelo seu potencial de aumento do acesso e qualidade com redução de custo. A integração da telessaúde ao processo de referência e transição entre serviços assistenciais aumenta a resolutividade da Atenção Primária à Saúde (APS), favorece a coordenação do cuidado, promove adesão terapêutica, diminui reinternações e estimula a prevenção quaternária. Este ensaio propõe a telessaúde como metasserviço que confere densidade tecnológica à APS e permite que ela se torne coordenadora efetiva do cuidado, passando a organizar o fluxo de informações, pessoas e insumos. Frente às inovações propostas, é essencial avaliar o impacto de ações já existentes de telessaúde para viabilizar a sua aplicação como metasserviço de saúde.

New epidemiological and demographic challenges require new ways of organizing healthcare systems. This essay proposes telehealth as an organizational tool, capable of smoothing the iron triangle of health care and facilitating achievement of the triple aim, namely greater access and quality with cost reduction. The integration of telehealth into the referral process and the transition between care services increases the resolvability of primary health care (PHC), facilitates the coordination of care, promotes treatment adherence, decreases readmissions, and stimulates quaternary prevention. This essay introduces the notion of telehealth as a meta-service that confers technological density to PHC and allows it to become an effective coordinator of care, organizing the flow of information, people and supplies. In view of the innovations proposed, it is essential to evaluate the impact of existing telehealth initiatives so as to extend their applicability as meta-service.

Nuevos desafíos epidemiológicos y demográficos demandan nuevas formas de organizar los sistemas de salud. El presente ensayo propone la telesalud como herramienta organizacional, capaz de suavizar el triángulo de hierro de la atención a la salud y de facilitar la búsqueda por el triple aim, por su potencial de aumento del acceso y calidad con reducción de costo. La integración de la telesalud al proceso de referencia y transición entre servicios asistenciales aumenta la capacidad resolutiva de la Atención Primaria a la Salud (APS), favorece la coordinación del cuidado, promueve la adhesión terapéutica, disminuye reinternaciones y estimula la prevención cuaternaria. Este ensayo propone la telesalud como metaservicio que confiere densidad tecnológica a la APS y permite que ella se convierta en coordinadora efectiva del cuidado, pasando a organizar el flujo de informaciones, personas e insumos. Frente a las innovaciones propuestas, es esencial evaluar el impacto de acciones ya existentes de telesalud para viabilizar su aplicación como metaservicio de salud.

Teleconsulta: nova fronteira da interação entre médicos e pacientes / Teleconsultation: new frontier of the interaction between doctors and patients / Teleconsulta: nueva frontera de la interacción entre médicos y pacientes

A teleconsulta, uma ação de telessaúde, apesar de ser regulamentada em vários países, ainda não é permitida no Brasil. O presente texto explora a situação da teleconsulta na América do Norte, na Europa e em outros países, fazendo um paralelo com a situação nacional dentro da medicina e de outras profissões da saúde. Ao final, por meio do referencial utilizado, é construída uma argumentação de forma a assumir um posicionamento favorável à regulamentação da teleconsulta no país.

Teleconsultation, a telehealth action, although regulated in several countries, is still not allowed in Brazil. This text explores the topic of teleconsultation in North America, Europe and other countries, parallel to the national reality in medicine and other health professions. Finally, from the theoretical framework analyzed, an argument is built to assume a favorable position to the regulation of teleconsultation in the country.

La teleconsulta, una acción de telesalud, a pesar de ser regulada en varios países, todavía no es permitida en Brasil. El presente texto explora el tema de la teleconsulta en América del Norte, en Europa y en otros países, haciendo un paralelo con la realidad nacional en la medicina y otras profesiones de la salud. Finalmente, a partir del marco teórico analizado, se construye una argumentación para asumir un posicionamiento favorable a la regulación de la teleconsulta en el país.

Microcefalia e Zika Vírus: características e associações / Microcephaly and Zika Virus: clinical features and associations / Microcefalia y Virus Zika: características y asociaciones

Objetivo: Discutir a associação entre microcefalia e a infecção materna por Zika Vírus. A microcefalia é o tamanho da cabeça menor do que o esperado em comparação com bebês do mesmo sexo e idade. Entre as causas conhecidas, estão as infecções congênitas. O aumento de casos entre outubro e novembro de 2015 no nordeste brasileiro, que coincidiu com a presença da circulação de novo vírus no país, em maio do mesmo ano, criou a hipótese de associação entre a microcefalia e a infecção materna durante a gravidez. O Zika Vírus é um arbovírus similar ao da Febre Amarela e da Dengue, transmitido principalmente através da picada do Aedes aegypti. A provável transmissão por relação sexual e transfusão de sangue, além de outros vetores como o Aedes albopictus e possivelmente até o pernilongo (Culex sp) aumentam a necessidade de cuidados preventivos em relação à infecção. O exame para detecção viral idealmente é realizado até o quinto dia após o início dos sintomas. Sorologias ainda não são amplamente disponíveis no Brasil. Métodos: Revisão narrativa da literatura. Conclusão: A associação entre casos de microcefalia e o Zika Vírus é embasada nos relatos de relação têmporo-espacial, padrão de alterações neurológicas associado a malformações congênitas, presença do RNA viral no líquido amniótico e nos tecidos de fetos. As respostas definitivas de causalidade serão possíveis após pesquisas e disponibilidade de exames laboratoriais. As evidências até agora apoiam fortemente esta hipótese e todas as medidas preventivas devem ser estimuladas.

Objective: To discuss the association between microcephaly and intrauterine infection by Zika virus. Microcephaly occurs when a child is born with a head smaller than expected when compared to babies of the same sex and age. Known causes of microcephaly include congenital infections. The increase in the number of microcephaly cases in Northeast Brazil between October and November 2015, which coincided with the emergence of Zika virus in the country in May of the same year, led to the hypothesis of an association between microcephaly and intrauterine Zika virus infection. Zika is an arbovirus that is closely related to yellow fever and dengue viruses. Aedes aegypti mosquitoes are the primary vector of transmission. Possible transmission through sexual contact and blood transfusion, as well as the implication of other vectors, such as Aedes albopictus and even Culex sp increases the need for preventive action. The test for viral detection is ideally performed before the 5th day following the onset of symptoms. Serology tests are not yet widely available in Brazil. Methods: We performed a narrative literature review. Conclusion: The hypothesis of an association between microcephaly and Zika virus is based on reports of spatial/temporal relationship, pattern of neurologic alterations associated with congenital malformations, and findings of viral RNA in amniotic fluid and fetal tissue. Definitive conclusions about the causality can only be reached after further research and availability of laboratory tests. The current evidence strongly supports the association between microcephaly and Zika infection, and all preventive measures must be stimulated.

Objetivo: Discutir las asociaciones entre microcefalia e infección materna por Virus Zika. La microcefalia es el tamaño de la cabeza menor de lo esperado en comparación con los bebés del mismo sexo y edad. Entre las causas conocidas están las infecciones congénitas. El aumento de casos entre octubre y noviembre de 2015 en el nordeste de Brasil, que coincidió con la presencia de la nueva circulación del virus en el país en mayo del mismo año, creó la hipótesis de asociación entre la microcefalia y la infección de la madre por Virus Zika durante el embarazo. El virus Zika es un arbovirus similar al dengue y la fiebre amarilla. El virus se transmite a través de la picadura del mosquito Aedes aegypti. La probable transmisión por vía sexual y por la transfusión de sangre - además de otros vectores como el Aedes albopictus y posiblemente el mosquito Culex sp - aumentan la necesidad de atención preventiva contra la infección. El cuadro clínico es benigno, autolimitado, caracterizado por erupción maculopapular asociado con otros síntomas tales como conjuntivitis, artralgia y la inflamación de las articulaciones. El examen para la detección del virus se realiza idealmente por el quinto día después de la aparición de los síntomas. Las pruebas serológicas no están ampliamente disponibles en Brasil. Métodos: Revisión de literatura. Conclusión: La asociación entre los casos de microcefalia y el virus Zika se basa en informes de patrón de relación temporo-espacial de los trastornos neurológicos asociados con malformaciones congénitas, el ARN viral presente en el líquido amniótico y tejidos de fetos. Las respuestas definitivas de causalidad serán posibles después de la investigación y la disponibilidad de pruebas de laboratorio. Hasta ahora, las evidencias apoyan firmemente esta hipótesis y todas las medidas preventivas deben ser estimuladas.

O uso de larvicidas em água potável é seguro? / Is the use of larvicides in drinking water safe? / ¿El uso de lavicida en la agua potable es seguro?

Provavelmente sim. Não existem evidências que comprovem a segurança do uso de larvicidas em água potável. Entretanto, os poucos estudos que existem avaliando o efeito em população de mamíferos, assim como as avaliações de biodisponibilidades e citotoxicidade, demonstram que em baixa concentração são seguros e não há efeitos carcinogênicos ou genotóxico. Os larvicidas avaliados e autorizados para uso em água potável pela Organização Mundial de Saúde, destinada para consumo humano são: DIFLUBENZUROM, METOPRENO, NOVALUROM, Pirimifós/, PIRIPROXIFEM, ESPINOSADE, TEMEFÓS, além do Bacillus thuringiensis israelensis (BTI). Recomenda-se sempre usar a dose correta dos larvicidas. O temephós é utilizado para tratamento de focos, mas não deve ser utilizado em aquários com peixes. Aprovado para uso em água de consumo humano. O pyriproxyfen é um éter e não há evidências que comprovem que cause dano em fetos de mamíferos. BTI é recomendado como larvicida para uso em saúde pública, é uma bactéria que em contato com a água libera substâncias tóxicas para as larvas de alguns insetos. A aplicação deverá ser realizada por profissional treinado. O BTI não apresenta ingesta diária aceitável, entretanto a orientação de uso deve ser de 1-5mg/litro. A avaliação de substâncias químicas de qualquer natureza sempre deve salientar a possibilidade de bioacumulação. As substâncias que não são biodegradadas, são biopersistentes e mantêm-se em altas quantidades nos tecidos dos seres vivos. Portanto, mesmo que as substâncias não sejam para consumo humano direto a avaliação do seu uso na agricultura, leito de rio e pastos deve ser avaliada criteriosamente.

Probably yes. There is no evidence to prove the safety of the use of larvicides in drinking water. However, there are few studies evaluating the effect on the population of mammals, as are the bioavailabilities and cytotoxicity reviews show that in low concentrations are safe and no genotoxic or carcinogenic effects. Larvicides evaluated and authorized for use in drinking water by the World Health Organization, intended for human consumption are: DIFLUBENZUROM, METOPRENO, NOVALUROM, Pirimifós/, PIRIPROXIFEM, ESPINOSADE, TEMEFÓS, beyond Bacillus thuringiensis israelensis (BTI). It is recommended to always use the correct dose of larvicides. Temephos is used to treat outbreaks, but should not be used in fish tanks. Approved for use in drinking water. The pyriproxyfen is an ether and there is no evidence to support that it causes damage in mammalian fetuses. BTI are recommended as larvicides for use in public health, it is a bacterium that contact with water releases toxic to the larvae of some insects. The application should be performed by trained professional. BTI has no acceptable daily intake, however the guidance of use should be 1-5mg/liter. The evaluation of chemicals of any kind should always stress the possibility of bioaccumulation. Substances that are not biodegraded are biopersistent and remain at high levels in the tissues of living things. So even if the substances are not for direct human consumption, an appraisal of its use in agriculture, river bed and pastures should be carefully evaluated.

Probablemente sí. No hay evidencia para demostrar la seguridad del uso de larvicidas en la agua potable. Sin embargo, hay pocos estudios que evalúan el efecto sobre la población de mamíferos, como son los biodisponibilidad y las revisiones de citotoxicidad muestran que en concentraciones bajas son seguros y sin efectos genotóxicos o cancerígenos. Larvicidas evaluadas y autorizadas para su uso en la agua potable por la Organización Mundial de Salud, destinados al consumo humano son: DIFLUBENZUROM, METOPRENO, NOVALUROM, Pirimifós/, PIRIPROXIFEM, ESPINOSADE, TEMEFÓS, más allá de Bacillus thuringiensis israelensis (BTI). Se recomienda utilizar siempre la dosis correcta de larvicidas. Temephos se utiliza para tratar los brotes, pero no se debe utilizar en los tanques de peces. Aprobado para uso en la agua potable. El piriproxifeno es un éter y no hay evidencia para apoyar que causa daños en los fetos de mamíferos. Se recomienda BTI como larvicida para uso en la salud pública, es una bacteria que en contacto con el agua tóxicas para las larvas de algunos insectos. La aplicación debe ser realizada por profesionales capacitados. BTI no tiene ninguna ingesta diaria admisible, sin embargo, la orientación de uso debe ser 1-5 mg/litro. La evaluación de los productos químicos de cualquier tipo siempre se debe hacer hincapié en la posibilidad de bioacumulación. Las sustancias que no se biodegradan, son biopersistente y se mantienen en niveles altos en los tejidos de los seres vivos. Así que incluso si las sustancias no son para el consumo humano directo, una apreciación de su uso en la agricultura, lecho del río y pastos debe ser cuidadosamente evaluada.