Deaths by COVID-19 in a hospital from a city from Legal Amazon region: what lessons could be learned? / Mortes por COVID-19 em um hospital de uma cidade da região da Amazônia Legal: que lições podem ser aprendidas?

Objective: Describe the epidemiology of COVID-19 deaths within a hospital in the Amazon region in a period of 64 days, which corresponds to the growth curve of the COVID-19 first-wave pandemic in 2020. Methods: The data were obtained from medical records of 152 deaths registered for adults and elderly hospitalized. The data were also compared with the number of deaths in previous years during the same period studied to assess the impact of the pandemic on this hospital. The study also assesses the impact of intra-hospital transfers, accounting for the number of times patients who died performed transfers between sectors of the hospital. Results: During the period analyzed, there was an increase in deaths compared to the previous years. The majority of dead patients were male, aged between 34 and 96 years. The deaths were associated comorbidities such as arterial hypertension, diabetes mellitus, and kidney disease. The SARS-CoV-2 infection was confirmed in 91 cases. Among them, 15 individuals were admitted without conditions related to SARS-CoV-2 infection; they had a three-fold higher number of hospital transfers than those admitted with SARS-CoV-2 infection symptoms. Sixteen patients with SARS-CoV-2 infection developed respiratory symptoms just after hospitalization. The diagnostic exam for SARS-CoV-2 infection was performed on average 4 (± 6) days after the onset of symptoms and 6 (± 6) days after admission, and the average time from the onset of respiratory symptoms to death was 4 (± 6) days. Conclusions: These data suggest the high presence of hospital infection by SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon region, which may be related to the number of sectorial transfers, delay in confirming the diagnosis, and lack of management. We report a serious public health problem, as it demonstrates the fragility of healthcare institutions in the hospital environmen (AU).

Objetivo: Descrever a epidemiologia de mortes por COVID-19 em um hospital na região da Amazônia em um período de 64 dias, que corresponde à curva de crescimento da primeira onda da pandemia de COVID-19 em 2020. Métodos: Os dados foram obtidos de 152 óbitos registrados em prontuários de adultos e idosos hospitalizados. Os dados foram também comparados com o número de óbitos em anos anteriores, no mesmo período estudado, de forma a avaliar o impacto da pandemia neste hospital. O estudo também avalia o impacto das transferências intra-hospitalares, contabilizando o número de vezes que os pacientes que faleceram realizaram transferências entre setores do hospital. Resultados: No período analisado, houve aumento de óbitos em relação aos anos anteriores. A maioria dos pacientes mortos era do sexo masculino, com idade entre 34 e 96 anos. Os óbitos foram associados a comorbidades como hipertensão arterial, diabetes mellitus e doença renal. A infecção por SARS-CoV-2 foi confirmada em 91 casos. Entre eles, 15 indivíduos foram internados sem condições relacionadas à infecção por SARS-CoV-2; eles tiveram um número três vezes maior de transferências hospitalares do que aqueles admitidos com sintomas de infecção por SARS-CoV-2. Dezesseis pacientes com infecção por SARS-CoV-2 desenvolveram sintomas respiratórios logo após a hospitalização. O exame diagnóstico para infecção por SARS-CoV-2 foi realizado em média 4 (± 6) dias após o início dos sintomas e 6 (± 6) dias após a admissão, e o tempo médio do início dos sintomas respiratórios até o óbito foi de 4 ( ± 6) dias. Conclusões: Esses dados sugerem alta presença de infecção hospitalar por SARS-CoV-2 na região amazônica brasileira, o que pode estar relacionado ao número de transferências setoriais, demora na confirmação do diagnóstico e falta de manejo. Relatamos um grave problema de saúde pública, pois demonstra a fragilidade das instituições de saúde no ambiente hospitalar (AU).

Epidemiologia do vírus do dengue em São Luís, Maranhão, no período de 2002 a 2012 / Epidemiology of dengue virus from 2002-2012 in Sao Luis, Maranhao state, Brazil

O presente estudo teve por objetivo relacionar a incidência do dengue com variáveis demográficas, temporais e meteorológicas, a fim de identificar as áreas com as mais elevadas incidências e determinar os sorotipos mais prevalentes, no período de 2002 a2012, no Município de São Luís, MA. Os dados foram extraídos dos boletins dos casos de dengue até então notificados, disponíveis na Secretaria Municipal de Saúde e Vigilância Epidemiológica e Sanitária do Município de São Luís, MA. Foi calculada estatística descritiva para todas as variáveis relevantes, como idade, sexo, condições climáticas, distribuição dos sorotipos e índice de infestação predial (IIP) pela larva de Aedes aegypti. Um total de 21.986 casos de dengue foi notificado ao Sistema de Vigilância Epidemiológica da Secretaria de Saúde e Vigilância Epidemiológica de São Luís, MA, o que correspondeu a 34,3% dos casos notificados no estado do Maranhão durante o período estudado. A faixa etária mais atingida foi a de 20 a49 anos, sem predomínio de sexo. A correlação entre os casos de dengue registrados e as condições meteorológicas, como pluviosidade, temperatura e umidade do ar, mostrou que a incidência de casos flutuou com essas variáveis climáticas. Assim, verificou-se ter ocorrido um aumento de casos de dengue durante o primeiro semestre dos anos estudados, que corresponde ao período chuvoso e de elevação de temperaturas, ao passo que, em intervalos de estiagem, a tendência foi de queda (meses de julho a dezembro). Nas mesmas condições, verificou-se um aumento da forma grave do dengue, como a febre hemorrágica do dengue, em população previamente exposta aos sorotipos 1, 2 e 3. O IIP pelo A. aegypti foi maior no período de2001 a 2007 e no ano de 2011. Nos anos em que foi registrada elevação dos índices de IIP, ocorreram os números mais elevados de casos de dengue no município de São Luis, MA.

Identification of Leptospira serovars by RFLP of the RNA polymerase beta subunit gene (rpoB)

Leptospires are usually classified by methods based on DNA-DNA hybridization and the conventional cross-agglutination absorption test, which uses polyclonal antibodies against lipopolysaccharides. In this study, the amplification of the rpoB gene, which encodes the beta-subunit of RNA polymerase, was used as an alternative tool to identify Leptospira. DNA extracts from sixty-eight serovars were obtained, and the hypervariable region located between 1990 and 2500-bp in the rpoB gene was amplified by polymerase chain reaction (PCR). The 600-bp amplicons of the rpoB gene were digested with the restriction endonucleases TaqI, Tru1I, Sau3AI and MslI, and the restriction fragments were separated by 6% polyacrylamide gel electrophoresis. Thirty-five fragment patters were obtained from the combined data of restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis and used to infer the phylogenetic relationships among the Leptospira species and serovars. The species assignments obtained were in full agreement with the established taxonomic classifications. Twenty-two serovars were effectively identified based on differences in their molecular profiles. However, the other 46 serovars remained clustered in groups that included more than one serovar of different species. This study demonstrates the value of RFLP analysis of PCR-amplified rpoB as an initial method for identifying Leptospira species and serovars.

Detecção de betalactamases de espectro estendido (ESBL) em isolados de Escherichia coli uropatogênicas (UPECS) oriundos de pacientes da comunidade / Detection of extended spectrum beta-lactamases (ESBLS) in isolates of uropathogenic Escherichia coli (UPECs) from patients in the community

A produção de betalactamases de espectro estendido (ESBL) consiste em um importante mecanismo de resistência aos antimicrobianos betalactâmicos. O vasto uso desses antibióticos no tratamento das infecções do trato urinário (ITU) tem agravado ainda mais esta problemática. As bactérias do tipo UPEC são consideradas as principais responsáveis por este tipo de infecção. Estudos para acompreensão da diversidade dessas enzimas no Brasil são escassos e, além disso, muitos deles são direcionados à pesquisa de isolados de origem hospitalar. Os objetivos do presente estudo foram detectar os genes que codificam as betalactamases TEM, CTX-M e SHV por PCR multiplexe identificar os isolados que as produzem por meio do método do disco aproximação. Do total dos isolados analisados, 12,8por cento apresentaram o fenótipo positivo para ESBL, enquanto 65,8por cento amplificaram sequências homólogas para os genes de betalactamases. Destes, os predominantes foram blaTEM e blaCTX-M, com 42,7por cento e 18,8por cento, respectivamente. Dois isolados não amplificaram para nenhum dos genes em estudo, apesar de terem expressado a enzima no teste fenotípico. Os resultados obtidos neste trabalho ressaltam a necessidade de mais estudos que visem à caracterizaçãomolecular para elucidar a disseminação desse mecanismo de resistência entre bactérias oriundas de pacientes da comunidade.

Perfil epidemiológico dos marcadores sorológicos para vírus da hepatite B dos pacientes atendidos em um laboratório público / Epidemiological profile of serological markers for hepatitis B patients treated in a public laboratory

JUSTIFICATIVA E OBJETIVOS: A hepatite B é uma doença de distribuição universal que afeta ambos os sexos, podendo ser adquirida por meio de contato sexual, compartilhamento de seringas, exposição ocupacional e transfusão de sangue contaminado. O padrão de transmissão do vírus da hepatite B (VHB) está relacionado com a taxa de prevalência. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de marcadores do VHB, de acordo com o índice de proteção vacinal. MÉTODO: A partir dos registros dos exames realizados em um laboratório público do município de São Luís, no ano de 2008, foram pesquisados os resultados para os marcadores de infecção com VHB: o anti-antígeno de superfície do VHB (HBsAg), os anticorpos anti-antígeno do core (anti-HBc) e anti-antígeno de superfície (anti-HBs).RESULTADOS: Dos 894 pacientes com sorologia positiva para VHB, 5,6% apresentaram marcador sorológico para fase aguda (HBsAg) prevalente em mulheres e pessoas com idade acima de 40 anos. Os anticorpos anti-HBc foram divididos em três tipos: anti-HBc (total), anti-HBc (IgG) e anti-HBc (IgM). Os índices de fase aguda e crônica utilizando estes marcadores foram similares (1,9% e 1,5%, respectivamente), com prevalência em mulheres e em pessoas com mais de 20 anos. O anti-antígeno de superfície anti-HBs foi detectado em 47,3% dos pacientes quando analisado isoladamente, indicando boa cobertura vacinal. CONCLUSÃO: Os dados do presente estudo indicam baixa prevalênciado VHB na população estudada.

BACKGROUND AND OBJECTIVES: Hepatitis B is a disease of worldwide distribution that affects both genders and can be acquired through sexual contact, needle sharing, occupational exposure and transfusion of contaminated blood. The pattern of transmission of hepatitis B virus (HBV) is related to the prevalence rate. The aim of this study was to determine the prevalence of HBV markers according to the rate of vaccine protection. METHOD: From the patient's records of a public laboratory of the city of São Luis (2008) the prevalence of three HBV infection markers, i.e., hepatitis B virus surface antigen (HBsAg), core anti-antigen (anti-HBc), and surface antigen antibody (anti-HBs) were studied. RESULTS: Of the 894 patients with positive serology for hepatitis B, 5.6% had prevalence of serologic marker for acute HBsAg in women and people over 40 years of age. The anti-HBc antibodies were divided into three types: anti-HBc (total), anti-HBc (IgG) and anti-HBc (IgM). The rates of acute and chronic use of these markers were similar (1.9% and 1.5% respectively) with the prevalence in women and in people over 20 years. The surface antigens anti-HBs were detected in 47.3% of patients when analyzed alone, indicating good vaccine coverage. CONCLUSION: The data from this study indicate low prevalence of hepatitis B virus among the studied population.

Sorologia, reação em cadeia da polimerase e histopatologia para leptospirose em amostras coletadas de vacas leiteiras, em matadouro da região de Parnaíba, Piauí / Serology, polymerase chain reaction and histopathology for leptospirosis in samples collected at slaughter from dairy cows of Parnaiba region, state of Piauí, Brazil

The presence of anti leptospiral agglutinins (microscopic agglutination test - MAT) and DNA of leptospires was investigated in the kidney and urine (Polymerase Chain Reaction - PCR) in samples collected at the time of slaughter of cattle originating from the dairy basin of Parnaíba, Piauí, Brazil, as also the lesions in kidney, lung, liver, uterus, ovary and placenta (histopathology and immunohistochemistry). In the MAT, Hardjo was the predominant serovar with the highest number of reagent animals for the strain Hardjobovis/Sponselee. Anti-leptospiral antigens were scored in epithelial cells, interstitial vascular endothelium, endothelium of glomerular capillaries and Bowman's capsule of 20 positive animals. Inflammatory cells were more common in the kidney. PCR was positive in urine and kidney tissue.

Foi investigada a presença de aglutininas anti leptospiras (reação de soroaglutinação microscópica - SAM), de DNA de leptospiras no rim e na urina (reação de cadeia pela polimerase - PCR), bem como de lesões no rim, pulmão, fígado, útero, ovário e placenta (histopatologia e imunohistoquímica), em materiais colhidos, por ocasião do abate, de bovinos originários da bacia leiteira da região de Parnaíba, Piauí, Brasil. Na SAM o sorovar predominante foi o Hardjo com maior número de animais reagentes para a estirpe Hardjobovis/Sponselee. Antígenos anti leptospira foram marcados em 20 animais positivos nas células epiteliais e do endotélio vascular, endotélio dos capilares glomerulares e na cápsula de Bowman, somente nos animais infectados. O infiltrado inflamatório foi maior no rim do que nos demais órgãos. A PCR foi positiva em amostras de urina e tecido renal.

Epidemiological and clinical aspects of equine Herpesvirus encephalitis infection in horses that died with neurological signs from Minas Gerais state, Brazil / Aspectos epidemiológicos e clínicos da infecção neurológica associada ao herpesvírus eqüino 1 (ehv-1) em cavalos que morreram com sinais nervosos no Estado de Minas Gerais, Brasil

During the period of October 2004 until February 2006, 75 samples of central nervous system (CNS) obtained from horses that died with neurological signs in the state of Minas Gerais were sent to the Laboratory of Compared Virology in ICB/UFMG for diagnosis of equine herpesviruses. All samples were previously diagnosticated negative for rabies virus by the Laboratório de Saúde Animal of the Instituto Mineiro de Agropecuária (IMA). Among the analyzed samples, 39 (52%) were positive for the equine herpesvirus 1(EHV-1) through the polymerase chain reaction assay (PCR). In most cases, the histopathological examination of the CNS revealed a mild vasculitis with perivascular mononuclear cuffing, congestion, arterial thrombosis and degeneration of nervous tissue. The positive CNS samples for EHV-1 were obtained from horses. sampled from 30 municipalities of Minas Gerais state. The cases occurred in an isolated form in different periods of the year, not presenting a seasonal character. The clinical course duration was acute, varying between one and four days. The most frequently observed neurological signs were ataxia, unsteadiness in the hind limb, paralysis of hind limbs and recumbency. According to information provided by IMA, the infections caused by EHV-1 were as frequent as the ones caused by rabies virus in horses of Minas Gerais state during the studied period. Hence, it became important to include EHV-1 encephalitis in the differential diagnosis from other diseases of the central nervous system in horses of Minas Gerais state.

Durante o período de Outubro de 2004 a Fevereiro de 2006, 75 amostras de sistema nervoso central (SNC) oriundas de eqüinos que morreram com sinais neurológicos no estado de Minas Gerais foram enviadas ao Laboratório de Virologia Comparada no ICB/UFMG para o diagnóstico de herpesvírus eqüino. Essas amostras foram previamente diagnosticadas negativas para o vírus da raiva através dos testes de imunofluorescência direta e inoculação em camundongos,no Laboratório de Saúde Animal (LSA) do Instituto Mineiro de Agropecuária (IMA). Dentre as amostras analisadas, 39 (52%) foram positivas para o herpesvírus eqüino 1 (EHV-1) através da técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR). Na maioria dos casos, o exame histopatológico do SNC revelou uma discreta vasculite com infiltrado perivascular de células mononucleares, congestão, trombose arterial e degeneração do tecido nervoso central. As amostras de SNC positivas para o EHV-1 foram coletadas de eqüinos oriundos de 30 municípios de Minas Gerais. Os casos de EHV-1 ocorreram de forma isolada não apresentando caráter sazonal. Na maioria dos casos(71,8%), a evolução dos sinais clínicos foi aguda, sendo que os sinais clínicos observados com mais freqüência foram ataxia, instabilidade dos membros posteriores, paralisia dos membros posteriores e decúbito. De acordo com informações relatadas pelo IMA, as infecções causadas pelo EHV-1 foram tão freqüentes como as infecções causadas pelo vírus da raiva em eqüinos no estado de Minas Gerais durante o período estudado. Portanto, torna-se importante a inclusão da encefalite pelo EHV-1 no diagnóstico diferencial de outras doenças do SNC de eqüinos no estado de Minas Gerais.

Leptospirosis serosurvey in bovines from Brazilian Pantanal using IGG ELISA with recombinant protein LipL32 and microscopic agglutination test

This investigation was carried out in Brazilian Pantanal: region with important biodiversity. This region's climatic conditions, hydrology and geomorphology as well as the existence of great variety of wild species favor the maintenance of the Leptospira in the environment. The aim of this study was to evaluate IgG ELISA with recombinant protein LipL32 in comparison with microscopic agglutination test (MAT) and additionally contribute to the knowledge of the distribution of the one of most important worldwide zoonotic infection, assessing the seropositivity of bovine leptospirosis in beef cattle herds of Brazilian Pantanal, an important ecological preserved area, where cattle constitute not only the most important economic resource but also the major activity compatible of the conservation of natural resource of the region. Out of 282 samples of cattle serum analyzed, 143 (50.71 percent) were positive in MAT. The serovar Hardjo (genotypic Hardjoprajitno and Hardjobovis), Wolffi and Ballum showed the largest frequency of reactive samples. In the IgG ELISA rLipL32, 161 samples (57.09 percent) were positive. This result was higher than obtained by MAT (p<0.001). The sensitivity of the ELISA test was 99.30 percent and the specificity was 86.33 percent, based on the MAT. This test was shown to be a more sensitive, specific and accurate test for the diagnosis of bovine leptospirosis compared to the MAT.

Este estudo foi realizado no Pantanal brasileiro: região que apresenta importante biodiversidade. As condições de clima, hidrologia e geomorfologia dessa região, bem como a existência de grande variedade de espécies animais silvestres, favorecem a manutenção da Leptospira no meio ambiente. O objetivo desse estudo foi avaliar o ELISA IgG com proteína recombinante LipL32 em comparação com a soroaglutinação microscópica (SAM) para o diagnóstico sorológico de Leptospira. Adicionalmente, contribuir para o conhecimento da distribuição da leptospirose bovina, uma das mais importantes zoonoses mundialmente distribuída. Foi avaliada a soropositividade para essa bactéria em rebanhos bovinos de corte da região do Pantanal, uma área onde o bovino constitui não apenas o recurso econômico mais importante, como também a principal atividade econômica compatível com a conservação dos recursos naturais da região. Das 282 amostras de soro bovino analisadas, 143 (50,71 por cento) foram positivas na SAM. O sorovar Hardjo (genótipos Hardjoprajitno e Hardjobovis), Wolffi e Ballum apresentaram freqüências altas de amostras reativas. No IgG ELISA rLipL32, 161 amostras (57,09 por cento) foram positivas, apresentando esse teste uma maior soropositividade em relação à SAM (p<0,001). A Sensibilidade do ELISA em comparação com a SAM foi de 99,30 por cento e a especificidade de 86,33 por cento. O IgG ELISA rLipL32 mostrou ser um teste sensível, específico e de alta acurácia para o diagnóstico de leptospirose bovina.