Estandarización de una reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) para la detección de strongyloides stercoralis en muestras de materia fecal / Standardization of a real-time polymerase chain reaction (qPCR) for the detection of strongyloides stercoralis in stool samples

Introducción: el diagnóstico de estrongiloidiasis se realiza de rutina en los laboratoriosclínicos; sin embargo, su detección se dificulta debido a la baja excreción parasitaria y la baja sensibilidad de las pruebas parasitológicas empleadas. Objetivo:diseñar y estandarizar una PCR en tiempo real (qPCR) para la detección de ADN de Strongyloides stercoralis en muestras de materia fecal. Materiales y métodos: se establecieron las condiciones de qPCR y se evaluaron: a) la especificidadanalítica mediante análisis BLASTn de secuencias obtenidas de muestras positivas para Strongyloides stercoralis, b) sensibilidad analítica mediante dilucionesseriadas de muestras que contenían larvas de Strongyloides stercoralis y c) la ocurrencia de reacciones cruzadas con otros parásitos e inhibidores de la amplificación. Resultados: se amplificó un fragmento de 101 pb del gen 18S del ARN ribosomal. El valor de Ct osciló entre 23 y 29, tomando un Ct ≤35 como el punto de corte para muestras positivas. El análisis BLASTn de las secuencias obtenidas mostró un porcentaje de identidad del 98% con secuencias 18S del ARN ribosomal de Strongyloides stercoralis reportadas en la NCBI. El límite inferiorde detección de la qPCR fue 0,9 ng/μL. No se evidenció reacción cruzada con Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura, Uncinarias, Hymenolepis nana, Entamoeba histolytica/Entamoeba dispar, Entamoeba hartmanni, Giardia intestinalis e Iodamoeba bütschlii. No se detectaron inhibidores en las muestras de materia fecal. Conclusiones: la sensibilidad y la especificidad analítica de la qPCR comparado con el examen directo de heces son del 100%; sin embargo, aún no es posible interpretar su utilidad clínica.

Introduction: the diagnosis of strongyloidiasis is performing routinely in clinical laboratories; however, its detection is difficult due to low parasitic excretion and low sensitivity of the parasitological tests employed. Objective: to design and standardize a real-time PCR (qPCR) for the detection of Strongyloides stercoralis DNA in stool samples. Materials and methods: qPCR conditions were established and it were assessed: a) analytical specificity by BLASTn analysis of sequences obtained from samples positive for Strongyloides stercoralis, b) analytical sensitivity by serial dilutions of samples containing Strongyloides stercoralislarvae and c) the occurrence of cross-reactions with other parasites and amplification inhibitors. Results: a 101 bp fragment of the 18S ribosomal RNA gene was amplified. The value of Ct ranged from 23 and 29, with a Ct value ≤35 as a cut-off point for positive samples. BLASTn analysis of the obtained sequences showed an identity percentage of 98% with 18S ribosomal RNA sequences of Strongyloides stercoralis reported in the NCBI. The qPCR lower limit of detection was 0.9 ng/ μL. There was no cross-reaction with Ascaris lumbricoides, Trichuristrichiura, Uncinarias, Hymenolepis nana, Entamoeba histolytica/Entamoeba dispar, Entamoeba hartmanni, Giardia intestinalis, and Iodamoeba bütschlii. No inhibitors were detected in the stool samples. Conclusion: the sensitivity and analytical specificity of qPCR compared to direct examination of feces are 100%; however, it is still not possible to interpret their clinical utility.

Prevalencia de parasitosis intestinales y factores asociados en un corregimiento de la Costa Atlántica Colombiana / Prevalence of intestinal parasitism and associated factors in a village on the Colombian Atlantic Coast

Objetivos Determinar la prevalencia del parasitismo intestinal e identificar los factores de riesgo asociados a estos, en el corregimiento de Loma Arena, Departamento de Bolívar, Colombia Metodología Mediante encuesta aplicada a cada grupo familiar, fueron evaluadas las condiciones socio-sanitarias y educativas de la población. Para el estudio coproparasitológico se recolectó por cada persona, dos muestras de heces obtenidas por evacuación espontánea y en dos días diferentes. El análisis de las heces se realizó mediante un examen directo en solución salina fisiológica y coloración temporal con lugol y por el método de concentración formol-éter Resultados Se encontró que el 92 por ciento de las personas estaban parasitadas, 92 por ciento de ellas con al menos un patógeno. El poliparasitismo fue muy importante (89,2 por ciento) encontrándose hasta un máximo de 7 especies por hospedador. La coinfección de protozoarios y helmintos fue frecuente (64 por ciento). Solo se encontró una frecuencia de teniosis de 0,9 por ciento. Se observó una asociación significativa entre sintomatología y presencia de parásitos (p<0,05) no así, entre síntomas y parásitos potencialmente patógenos a excepción de Trichuris trichura y dolor abdominal. El análisis estadístico no mostró asociación entre las parasitosis y los niveles educativos o hábitos higiénicos sanitarios. Conclusión La distribución uniforme de la mayoría de las parasitosis intestinales en los cinco grupos de edad evaluados, da cuenta de la exposición a las fuentes de infección en todas las etapas de la vida de los pobladores de Loma Arena.

Objectives Determining the prevalence of intestinal parasitism and identifying the associated risk factors in the village of Loma Arena, Bolivar department, Colombia. Methodology The community's sanitary and educational conditions were evaluated by using a questionnaire which was applied to each family group. Two stool samples obtained by spontaneous evacuation, on two different days, were gathered from each participating person for the coproparasitological study. The coprological test involved direct examination in saline physiological solution and temporary staining with Lugol's solution and the formol-ether concentration method. Results It was found that 92 percent of the population was parasitised, 92 percent of them with at least one pathogenic parasite. Polyparasitism was very important (89,2 percent); a maximum of 7 species per host was found. Helminth and protozoa coinfection was frequent (64 percent). There was only 0,9 percent teniosis prevalence. There was a significant association between symptomatology and parasite presence (p< 0.05), though such relationship was not seen with potentially pathogenic parasites (with the exception of Trichuris trichura and abdominal pain). The statistical analysis did not reveal any relationship between parasitism and educational level or sanitary habits. Conclusion The uniform distribution of most intestinal parasites amongst the five age-groups evaluated showed that people in Loma Arena were evenly exposed to sources of infection in all age-groups.