ABSTRACT
Resumen Helicobacter pylori (H. pylori) es un bacteria deforma espiral gram negativa que se estima afecta a más de la mitad de la población mundial, estableciendo una infección crónica en el estómago, debido a diversos mecanismos de evasión de la respuesta inmune. Este microorganismo se ha asociado con diversos trastornos gástricos que van desde gastritis hasta cáncer, por lo que es reconocido por la Organización Mundial de la Salud (OMS) como carcinógeno clase I. Regímenes de tratamiento convencionales involucran el uso de antibióticos, y estos fracasan cada vez más en el control de la infección, debido a que H. pylori ha adquirido de forma progresiva resistencia a los compuestos utilizados, lo cual sugiere la necesidad de desarrollar nuevas estrategias terapéuticas, lo cual implica la identificación de nuevos blancos terapéuticos. Este estudio tuvo como propósito la evaluación in silico de epitopes T y B en proteínas del Helicobacter pylori. Para ello fueron identificadas 22 proteínas de membrana externas de Helicobacter pylori Cepa 26695 con número de acceso NC_000915; en la selección se empleó la herramienta web Vaxign (disponible gratis enhttp://www.violinet.org/vaxign/), en las que se predijeron 100 epítopes (60 epítopes clases I y 40 epítopes clase II), que potencialmente podrían se utilizados en el desarrollo de nuevos abordajes terapéuticos de la infección por H. pylori sin uso de antibióticos.
Abstract Helicobacter pylori (H. pylori) is a gram-negative spiral bacterium, estimated to affect more than half the world population, establishing chronic infection in the stomach, due to diverse mechanisms of immune response evasion. This microorganism has been associated with various gastric disorders ranging from gastritis to cancer, and is recognized by the World Health Organization (WHO) as a class I carcinogen. Conventional treatment regimes involve the use of antibiotics and these fail every time but in the control of the infection, because H. pylori has progressively acquired resistance to the compounds used, suggesting the need to develop new therapeutic strategies, which implies the identification of new therapeutic targets. The present study aimed at the in silico evaluation of T and B epitopes in Helicobacter pylori proteins. For this, 22 external membrane proteins of Helicobacter pylori Strain 26695 with accession number NC_000915 were identified, in the selection the web tool Vaxign (was available free athttp://www.violinet.org/vaxign/), in which they were predicted 100 epitopes (60 class I epitopes and 40 class II epitopes), which could potentially be used in the development of new therapeutic approaches to H. pylori infection without the use of antibiotics.
ABSTRACT
Objetivos: Identificar biomarcadores de susceptibilidad para AIJ poliarticular y AR de instalación temprana por estudio del polimorfismos de MHC/HLA-DRB1* y PTPN22. Materiales y métodos: Se realizó un estudio de casos y controles con una relación 1:2. Todos los sujetos de investigación y los controles provinieron de una corta anidada perteneciente a un proyecto institucional; 30 pacientes con AIJ y 30 con AR de instalación temprana. Como controles se estudiaron 60 individuos sanos. El ADN se obtuvo por salting out modificado. La tipificación de los alelos MHC/DRB1* se realizó por PCR-SSP y en el polimorfismo (C1858T) del sistema PTPN22 se utilizó PCR-RTq. Resultados: Para AIJ Poliarticular, el alelo DRB1*0404 se asoció con susceptibilidad (OR=10.82; p<0.05), en el grupo con AR de instalación temprana, DRB1*0101 se mostró como marcador de susceptibilidad (OR=4.04; p<0.05). Se destaca que el alelo HLA-DRB1*0701 aparece como marcador protector para ambas patologías (OR=0,15; p<0,05). El polimorfismo del SNP (C1858T) PTPN22 no se asoció con AIJ Poliarticular. En contraste, en AR de instalación temprana, el Alelo CC se asoció con protección p<0.05. En el mismo grupo, CT/TT se mostró como un marcador de susceptibilidad <0.05. El análisis de la secuencia aminoacídica 70QRRAA74 del epítope compartido se asoció con susceptibilidad para ambas entidades (p<0.05) y la secuencia 70DRRGQ74 con protección en ambos grupos de pacientes (p<0.05). Conclusión: Se destaca que en la asociación con la secuencia del epítope compartido, la ubicación del tipo de aminoácido y posición del mismo define probable asociación como marcador molecular de susceptibilidad en ambas entidades. Los polimorfismos compartidos sugieren un origen genético común para ambas entidades.
Objectives: To identify polymorphisms of MHCIHLA-DRB1* and PTPN22 systems as a genetic biomarker of susceptibility to JIA poliarticular and early installation RA. Material and methods; This was a pilot case control study with a relation of 1:2. Patients and control individuals involved in this study were selected from a nested cohort from an institutional previous RAIJIA project. The sample was represented by thirty patients with JIA and 30 diagnosed with early installation RA. Sixty unrelated healthy individuals were involved as a control DNA Isolation was obtained by a modified salting out technique. The oligotyping of the MHCIDRB1* alleles was performed by PCR-SSP and the typing of the PTPN22 polymorphism was done by RT-PCR. Results: The DRB1*0404 allele was associated with susceptibility to JIA(OR=10.82, P<0.05). In the early installation RA group the DRB1*0101 allele was showed as a marker of susceptibility to JIA patients (OR=4.04, P<0.05). It is noteworthy that the HLA-DRB1*0701 appears as a possible protective marker for both diseases (OR=015, p<0.05). The polymorphism of (C1858T)PTPN22 was not associated with poliarticular JIA. In contrast, in the early installation RA group of patients, the CC PTPN22 polymorphism was found to be as a protective marker (p<0.05). On the other hand, the amino acid sequence 70QRRAA74 of the share epitope was a marker for susceptibility to both entities (p<0.05) By contrast, the sequence 70DRRGQ74 of the same epitope was showed as a possible marker for protection on both entities (p<0.05.). Conclusion: The model that was used for searching association between the shared epitope -region 70-74 of the DRB1* alleles and these two entities showed the importance of the location and also the type of amino acid in those positions. The polymorphisms found as molecular markers of susceptibility for both entities suggested a common origin and could suggest its probable roll as a molecular marker of susceptibility.