ABSTRACT
OBJECTIVE:To investigate the association of the T allele of the single nucleotide polymorphism (SNP) rs7903146 of TCF7L2 with the occurrence of T2D in a sample of subjects followed up at the Brasilia University Hospital. SUBJECTS AND METHODS: The SNP rs7903146 of TCF7L2 was genotyped by allele-specific PCR in 113 patients with known T2D and in 139 non-diabetic controls in Brasilia, Brazil. RESULTS:We found that the T allele of the SNP rs7903146 of TCF7L2 was significantly associated with T2D risk (odds ratio of 3.92 for genotype TT in the recessive genetic model, p = 0.004 and 1.5 for T allele, p = 0.032). CONCLUSION:These results reinforce previous findings on the consistent association of this genetic factor and the risk of T2D in populations of diverse ethnic backgrounds. Arq Bras Endocrinol Metab. 2012;56(8):479-84.
OBJETIVO: Investigar a associação do alelo T do polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) rs7903146 do TCF7L2 com a ocorrência de DM2 em uma amostra de indivíduos acompanhados no Hospital Universitário de Brasília. SUJEITOS E MÉTODOS: O SNP 7903146 do TCF7L2 foi genotipado por PCR alelo-específica em 113 pacientes portadores de DM2 e em 139 controles não diabéticos em Brasília, Brasil. RESULTADOS: Foi observada associação significativa do alelo T do SNP rs7903146 do TCF7L2 com a ocorrência de DM2 (razão de chances de 3,92 para o genótipo TT utilizando o modelo genético recessivo, p = 0,003; e de 1,5 para o alelo T, p = 0,032). CONCLUSÃO: Esse resultado reforça os achados prévios de associação consistente desse fator genético com o risco de diabetes em populações de origens étnicas diversas. Arq Bras Endocrinol Metab. 2012;56(8):479-84.
Subject(s)
Female , Humans , Male , Middle Aged , /genetics , Genetic Predisposition to Disease , Polymorphism, Single Nucleotide/genetics , /genetics , Alleles , Case-Control Studies , Gene Frequency , Genotype , Models, Genetic , Polymorphism, GeneticABSTRACT
OBJECTIVE: The aim of the present study is to validate a rapid and simple allele-specific PCR that genotypes TCF7/L2 rs7903146 (C/T) polymorphism with standard PCR instruments. METHODS: Two forward primers with variations in their 3' nucleotides were designed in such a way that each was specific for one of the two variants. They were combined with a common reverse primer into two PCR reactions. Specific amplification indicates the presence of the allele. One hundred and four DNA samples were genotyped by this method. To evaluate the assay, the polymorphism spanning region of 63 DNA samples representing the three possible genotypes was sequenced. RESULTS: The rs7903146 allele assignments derived from the allele-specific PCR were in complete agreement with sequencing. CONCLUSIONS: The assay described here is a suitable strategy for the TCF7/L2 rs7903146 (C/T) genotyping also allowing rapid and reliable identification.
OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi validar um método de PCR alelo-específico, rápido e simples, para genotipagem do polimorfismo rs7903146 (C/T) no gene TCF7/L2 utilizando equipamentos convencionais. MÉTODOS: Dois primers forward com variações nos seus nucleotídeos 3' foram desenhados de forma que cada um fosse específico para uma das variantes. Eles foram combinados com um primer reverso comum em duas reações de PCR. A amplificação de tamanho específico indica a presença do alelo. Cento e quatro amostras de DNA foram genotipadas por esse método. Para validar o ensaio, uma amostragem representativa dos três possíveis genótipos (63 amostras) teve a região contendo o polimorfismo seqüenciada. RESULTADOS: A genotipagem do polimorfismo rs7903146 derivada da PCR alelo-específica estava em completa concordância com o sequenciamento. CONCLUSÕES: O ensaio aqui descrito é uma estratégia adequada para a genotipagem do polimorfismo rs7903146 (C/T) do gene TCF7/L2 e permite identificação alélica rápida e precisa.