Detection by multiplex PCR of Staphylococcus aureus , S. intermedius and S. hyicus in artificially contaminated milk / Detecção de Staphylococcus aureus , S. intermedius e S. hyicus em leite contaminado artificialmente por multiplex PCR

ABSTRACT: This research aimed to detect coagulase-positive Staphylococcus (CPS) directly in samples of artificially contaminated milk, using multiplex PCR (mPCR). Standard and isolated bacterial strains of S. aureus, S. epidermidis, S. hyicus, S. intermedius, Listeria monocytogenes and Escherichia coli species were used, evaluating the specificity and detection limit of mPCR, for artificially contaminated UHT milk. Primers specific for the nuc gene (NUC1-NUC2 were used for S. aureus, NUC3-NUC4 for S. hyicus and NUC5-NUC6 for S. intermedius). It was possible to detect the three target species by mPCR, directly from bovine whole milk, with adequate specificity and acceptable detention limit for identification of coagulase-positive Staphylococcus (CPS) in foods. The specificity was determined by the amplification of species-specific fragments, and the detection limit was assessed by the detection thresholds obtained for the three species (103 CFU mL-1). From these results, the mPCR described, with the proposed set of primers, has the potential for use in precise identification and differentiation between CPSs in milk samples.

RESUMO: Esta pesquisa teve como objetivo detectar diretamente em amostras de leite contaminado artificialmente Staphylococcus coagulase positiva (ECP) por multiplex PCR (mPCR). Cepas padrão e isolados de S. aureus, S. epidermidis, S. hyicus, S. intermedius, Listeria monocytogenes e Escherichia coli foram utilizados no estudo. Foram utilizados primers específicos para o gene nuc (NUC1-NUC2 para o S. aureus, NUC3-NUC4 para o S. hyicus e NUC5-NUC6 para o S. intermedius ). Foi possível detectar as três espécies-alvo por mPCR, formar diretamente nas amostras de leite integral bovino, com especificidade adequada e limite de detecção aceitável para identificação de espécies de Staphylococcus coagulase positiva (ECP) em alimentos. A especificidade foi determinada por meio da amplificação de fragmentos específicos das espécies e o limite de detecção foi avaliado pelos limiares de detecção obtidos para as três espécies (103 UFC mL-1 para as espécies presentes nas amostras de leite contaminadas artificialmente).

MOLECULAR TYPING OF Candida albicans ISOLATES FROM HOSPITALIZED PATIENTS / Tipagem molecular de Candida albicans isoladas de pacientes hospitalizados

SUMMARY Introduction: The majority of nosocomial fungal infections are caused by Candida spp. where C. albicans is the species most commonly identified. Molecular methods are important tools for assessing the origin of the yeasts isolated in hospitals. Methods: This is a study on the genetic profifiles of 39 nosocomial clinical isolates of C. albicans using two typing methods: random amplifified polymorphic DNA (RAPD) and microsatellite, two different primers for each technique were used. Results: RAPD provided 10 and 11 different profiles with values for SAB of 0.84 ± 0.126 and 0.88 ± 0.08 for primers M2 and P4, respectively. Microsatellite using two markers, CDC3 and HIS3, allowed the observation of six and seven different alleles, respectively, with combined discriminatory power of 0.91. Conclusions: Although genetic variability is clear, it was possible to identify high similarity, suggesting a common origin for at least a part of isolates. It is important to emphasize that common origin was proven from yeasts isolated from colonization (urine, catheter or endotracheal secretions) and blood culture from the same patient, indicating that the candidemia must have started from a site of colonization. The combination of RAPD and microsatellite provides a quick and efficient analysis for investigation of similarity among nosocomial isolates of C. albicans. .

RESUMO Introdução: A maioria das infecções fúngicas hospitalares são causadas por Candida spp. e C. albicans é a espécie mais comumente identificada. Métodos moleculares são ferramentas importantes para a avaliação da origem das leveduras isoladas em hospitais. Métodos: Este é um estudo sobre o perfil genético de 39 isolados clínicos nosocomiais de C. albicans através das técnicas de RAPD e microssatélite, foram usados dois diferentes iniciadores para cada técnica. Resultados: RAPD forneceu 10 e 11 diferentes perfis com valores de SAB 0,84 ± 0,126 e 0,88 ± 0,08 para os primers M2 e P4, respectivamente. A análise de microssatélites, usando os marcadores CDC3 e HIS3 permitiu a observação de seis e sete diferentes alelos respectivamente, com poder discriminatório combinado de 0,91. Conclusões: Embora seja clara a variabilidade genética, foi possível identificar alta similaridade, sugerindo origem comum para pelo menos parte deles. É importante enfatizar que foi comprovada origem comum de leveduras isoladas de colonização (urina, cateter ou secreção orotraqueal) e hemocultura do mesmo paciente, indicando que a candidemia deve ter iniciado a partir de um sítio de colonização. A combinação das técnicas RAPD e microssatélites fornece uma análise rápida e eficiente para investigação de similaridade entre isolados nosocomiais de C. albicans. .

Genetic Analysis of Izoenzymes Polymorphisms in Silkworm (Bombyx mori L) Strains / Análise genética de polimorfismos bioquímicos em linhagens do bicho da seda (Bombyx mori L)

This work carried out to evaluates the polymorhism in the silkworm of different lineages using the isoenzymes electrophoresis to detect biochemical markers and to investigate the genetics of populations for those lineages. They were used as samples individual extracts of silk glands of second day old larvas of the fifth instar, originating from seven Japanese lineages and eight pure Chinese lineages maintained by the Cocamar- Cooperativa Agroindustrial de Maringá. The isozymes acid phosphatase (ACP), alkaline phosphatase (AKP) and carbonic anhydrase (CA) they were submitted to the electrophoresis in starch gels 14%. The esterases (EST) were analyzed in polyacrylamide gels to 10% and stained with α and ß-naphtyl acetate. The total of 21 loci was detected, and 04 (19.05%) they are polymorphic, Est-11, Acp, Akp, Ca. The fixation index (Fis) for the analyzed isozymes it was 0.0751, indicating excess of homozygotes. The value of Fst (0.6128) it shows that the lineages are well differentiated. The dendrogram obtained with the values of genetic distance didn't separate the Chinese and Japanese lineages analyzed totally. That preliminary evaluation of the lineages of B. mori shows that they present genetic material that it can be used in breeding programs that have the purpose of producing hybrid for silk production.

Este trabalho teve como objetivo avaliar o polimorfismo em lagartas do bicho-da-seda de diferentes linhagens utilizando a eletroforese de isoenzimas para detectar marcadores bioquímicos e investigar a genética de populações para essas linhagens. Foram utilizados como amostras extratos individuais de glândulas sericígenas de lagartas do segundo dia da quinta idade, de sete linhagens japonesas e oito linhagens chinesas puras mantidas pela Cocamar-Cooperativa Agroindustrial de Maringá. As isozimas fosfatase ácida (ACP), fosfatase alcalina (AKP) e anidrase carbônica (CA) foram avaliadas por meio de eletroforese em géis de amido de milho a 14%. As esterases (EST) foram analisadas por meio de eletroforese vertical em géis de poliacrilamida a 10% e coloração com α e ß- naftil acetato. Foram observados 21 locos, dentre os quais quatro (19.05%) são polimórficos, Est-11, Acp, Akp, Ca. O índice de fixação (Fis) para as isozimas analisadas foi 0.0751, indicando excesso de homozigotos. O valor de Fst (0.6128) permite sugerir que as linhagens estão bem diferenciadas. O dendograma obtido a partir dos valores de distância genética não separou totalmente as linhagens chinesas e japonesas analisadas. Essa avaliação preliminar das linhagens de B. mori mostra que elas apresentam material genético que pode ser utilizado em programas de cruzamentos que tenham a finalidade de produzir híbridos para produção de seda.

A influência de cultivares de amoreiras adubadas sobre características biológicas e produtivas do bicho-da-seda (Bombyx mori L) / The influence of mulberry cultivation with fertilizers on biological characteristics and production performance in silkworm (Bombyx mori L) / La influencia de los cultivares de moreras con abono bajo características biológicas y productivas del gusano de seda (Bombyx mori L)

A cultura da amoreira (Morus alba L.) é essencial para a manutenção dos barracões de criação do bicho-da-seda (Bombyx mori L.). A qualidade nutricional das folhas relaciona-se diretamente com a produção dos casulos, e consequentemente na renda final do produtor. Este artigo tem como objetivo avaliar a influência da adubação química e orgânica, sobre o desenvolvimento das plantas de amora de três diferentes genótipos quanto a caracteres biológicos e produtivos de bicho-da-seda. Para isso, foi aplicado adubo químico NPK, esterco de galinha e uma testemunha para cada um dos genótipos avaliados. Foram coletadas informações referentes à biomassa fresca, biomassa seca das amoreiras, peso e comprimento da lagarta, peso da glândula sericígena, peso e teor de seda dos casulos. A cultivar FM 86 apresentou maior desempenho produtivo, independentemente do tipo de adubação. Os caracteres biológicos e produtivos foram influenciados pelos tratamentos, no entanto, a variável que apresenta maior importância econômica, o teor líquido de seda nos casulos obteve médias estatisticamente semelhantes entre os genótipos de amoreiras submetidas aos diferentes tratamentos.

The mulberry culture (Morus alba L.) is essential to silkworm rearing (Bombyx mori L.). The nutritional quality of the leaves relates directly in the cocoons production and, consequently in the final income of the producer. This work aims to evaluate the influence of the chemical and organic manure on the development from three mulberry genotypes and, consequently, the importance of each genotype on the biological and productive characters of the commercial hybrid silkworm. For this, it was used chemical fertilizer NPK, chicken manure and a witness for each one of the evaluated genotypes. The collected data were: fresh biomass and dry biomass of the mulberry, the silkworm mature larval weight and corporal size, silk gland and cocoon weight and raw silk percentage. The genotype FM 86 was the most productive with both, chemical and organic fertilizer. The silkworm biological and productive characters were influenced by the treatments; however, the most important economically variable, the raw silk percentage, did not show averages statically significant among the different cultivars and or the treatments.

El cultivo de morera (Morus alba L.) es esencial para el mantenimiento de los barracones de creación del gusano de seda (Bombyx mori L.). La calidad nutricional de las hojas se relaciona directamente con la producción de los capullos, y consecuentemente en la renta final del productor. Esta investigación tiene por objeto evaluar la influencia de la fertilización orgánica y química, sobre el desarrollo de las plantas de morera de tres genotipos diferentes cuanto a rasgos biológicos y productivos del gusano de seda. Para eso, se aplicó el fertilizante NPK, estiércol de pollo y un control para cada uno de los genotipos evaluados. Hemos recopilado informaciones sobre la biomasa fresca, biomasa seca de las moreras, peso y longitud de la oruga, peso de la glándula sericígena, peso y contenido de los capullos de seda. La cultivar FM 86 presentó mayor desempeño productivo, independientemente del tipo de fertilización. Rasgos biológicos y productivos se han influenciados por los tratamientos, sin embargo, la variable que presenta mayor importancia económica es el contenido líquido de seda en los capullos, que obtuvo porcentaje estadísticamente similar entre los genotipos de moreras sometidas a diferentes tratamientos.

Sequence and analysis of the mitochondrial DNA control region in the sugarcane borer Diatraea saccharalis (Lepidoptera: Crambidae)

This study aimed at the sequence and analysis of the mtDNA control region (CR) of the Diatraea saccharalis. The genome PCR amplification was performed using the complementary primers to the flanking regions of Bombyx mori CR mitochondrial segment. The sequencing revealed that the amplified product was 568 bp long, which was smaller than that observed for B. mori (725 bp). Within the amplified segment, a sequence with 338 nucleotides was identified as the control region, which displayed a high AT content (93.5%). The D. saccharalis mtDNA CR multiple sequence alignment analysis showed that this region had high similarity with the Lepidoptera Cydia pomonella.

A broca da cana, Diatraea saccharalis pertence à família dos lepidópteros. A presença da larva pode ser extremamente destrutiva, chegando a inviabilizar a atividade canavieira, causando prejuízos consideráveis à agroindústria sucro-alcooleira. Atualmente a broca da cana vem sendo extinta da plantação por métodos de controle biológico, entretanto a evolução desses programas depende de maiores conhecimentos básicos da biologia molecular deste inseto. O estudo do segmento do genoma mitocondrial denominado região controle é amplamente utilizado em análises genéticas e filogenéticas em insetos. O objetivo desse trabalho foi sequenciar e analisar a região controle do genoma mitocondrial de Diatraea saccharalis. Esse segmento apresentou 338 nucleotídeos, menor que o observado em Bombyx mori, com conteúdo de 93,5% de A/T. As analises realizadas mostraram que Diatraea saccharalis apresenta 76% de similaridade com Cydia pomonella.

Amplificação por PCR da região controle do DNA mitocondrial de raças de bombyx mori / Bombyx mori mitocondrial DNA control region amplification by PCR / Amplificación por pcr de la región control del dna mitocondrial de razas de Bombyx mori

A sericicultura é uma importante atividade agroindustrial no Brasil, sendo o Estado do Paraná responsável por aproximadamente 90% de toda a produção nacional. A localização de marcadores genéticos para o bicho-da-seda (Bombyx mori L.) é importante para a diferenciação intra e interespecífica e para o uso em melhoramento genético da espécie, sendo o DNA mitocondrial (DNAmt) um dos marcadores genéticos mais utilizados no estudo de insetos. O objetivo deste trabalho foi amplificar a região controle do DNA mitocondrial de quatro raças de Bombyx mori, pela técnica de Polymerase Chain Reaction (PCR). Obteve-se a amplificação de um fragmento de aproximadamente 750 pb referente à região controle, demonstrando a eficiência da metodologia empregada para a amplificação desta região específica do DNAmt de Bombyx mori.

Sericulture is an important agro industrial activity in Brazil, mainly in Paraná State, that is responsible for 90% of the national production. For the genetic improvement of silkworm (Bombyx mori L.), it is necessary to develop techniques to amplify molecular markers in order to use it on genetic analysis. Mitochondrial DNA (mtDNA) has been widely used as a molecular marker for insects and provides suitable markers for studies on genetic variability and molecular characterization. The control region is the major non-coding region of animal mtDNA and has been responsible for providing important evolutionary data about many insect groups. The aim of this paper was to amplify the mtDNA control region of four Bombyx mori strains by polymerase chain reaction (PCR). A 750 bp fragment including the control region was amplified showing the efficiency of the methodology to amplify specific regions of the Bombyx mori mtDNA.

La sericicultura es una importante actividad agroindustrial en Brasil, siendo el Estado del Paraná responsable por aproximadamente 90% de toda la producción nacional. La localización de marcadores genéticos para el gusano de seda (Bombyx mori L.) es importante para la diferenciación intra e interespecífica y para el uso en mejoramiento genético de la especie, siendo el DNA mitocondrial (DNAmt) uno de los marcadores genéticos más utilizados en el estudio de insectos. El objetivo de esta investigación fue amplificar la región control del DNA mitocondrial de cuatro razas de Bombyx mori, por la técnica de Polymerase Chain Reaction (PCR). Se obtuvo la amplificación de un fragmento de aproximadamente 750 pb referente a la región control, demostrando la eficiencia de la metodología empleada para la amplificación de esta región específica del DNAmt de Bombyx mori.

Genome size of three Brazilian flies from the Sciaridae family

We determined the genome size of the Brazilian sciarid flies Bradysia hygida, Rhynchosciara americana and Trichosia pubescens (Diptera: Sciaridae) using absorbance measurements of Feulgen-stained nuclei belonging to these species (and chicken erythrocytes as a standard) to calculate the amount of DNA in picograms (pg) and the number of base pairs (bp), or C-value, for each of these species. The C-values were: 3 x 108 bp (0.31 pg) for B. hygida; 3.6 x 108 bp (0.37 pg) for R. americana; and 1 x 109 bp (1.03 pg) for T. pubescens. The sciarids investigated in this work had considerably higher C-values than the average for previously described dipteran species, including D. melanogaster

Nuclear halo from Bradysia hygida (Diptera: Sciaridae) salivary gland polytene cells

Observações à microscopia eletrônica e estudos bioquímicos de cromossomos e núcleos sem histonas tem suportado a hipótese que o DNA de eucariotos é organizado em alças associadas com o esqueleto cromossômico ou à matriz nuclear. A observação da matriz nuclear sem a remoção do DNA, através da digestão com enzimas de restrição, apresenta uma figura em halo que representa a liberação das alças de DNA. Um protocolo para a obtenção de halos nucleares de núcleos politênicos de insetos, através da extração de proteínas usando o detergente LIS, é reportado nesse trabalho. Foram realizadas análises utilizando-se microscopia de fluorescência e microscopia de varredura confocal a laser. A extração de halos nucleares foi possível somente com o isolamento da fração nuclear em tampão sem espermina e espermidina. A obtenção de halos nucleares de núcleos politênicos de glândula salivar de Bradysia hygida contribui significativamente para o estudo da estrutura e função dessas organelas tão especiais.