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1.
Rev. biol. trop ; 70(1)dic. 2022.
Article in English | LILACS, SaludCR | ID: biblio-1387708

ABSTRACT

Abstract Introduction: Neotropical seasonally dry forest (NSDF) climatic constraints increased endemism, and phylogenetic niche conservatism in species that are restricted to this biome. NSDF have a large number of endemic Capparaceae taxa, but it is unknown if phylogenetic niche conservatism has played a role in this pattern. Objective: We carried out an evolutionary analysis of the climatic niche of neotropical species of Capparaceae to identify whether the climatic constraints of NSDF have played a major role throughout the family's evolutionary history. Methods: Using three chloroplastic (ndhF, matK, rbcL) and one ribosomal (rsp3) DNA sequences, we proposed a date phylogeny to reconstruct the evolutionary climatic niche dynamics of 24 Neotropical species of Capparaceae. We tested the relationship between niche dissimilarity and phylogenetic distance between species using the Mantel test. Likewise, we used a set of phylogenetic comparative methods (PGLS) on the phylogeny of Capparaceae to reconstruct the main evolutionary historic events in their niche. Results: Capparaceae originated in humid regions and subsequently, convergent evolution occurred towards humid and dry forest during the aridification phases of the Middle Miocene (16-11 Mya). However, adaptation towards drought stress was reflected only during the precipitation of the coldest quarter, where we found phylogenetic signal (Pagel λ) for gradual evolution and, therefore, evidence of phylogenetic niche conservatism. We found convergent species-specific adaptations to both drought stress and rainfall during the Miocene, suggesting a non-phylogenetic structure in most climatic variables. Conclusions: Our study shows how the Miocene climate may have influenced the Capparaceae speciation toward driest environments. Further, highlights the complexity of climatic niche dynamics in this family, and therefore more detailed analyses are necessary in order to better understand the NSDF climatic constrictions affected the evolution of Capparaceae.


Resumen Introducción: Las limitaciones climáticas del bosque neotropical estacionalmente seco (NSDF) produjeron endemismo y conservadurismo filogenético del nicho en especies restringidas a este bosque. En las Caparáceas neotropicales se ha encontrado endemismo en los NSDF, pero se desconoce si el conservadurismo de nicho filogenético ha influido en su evolución. Objetivos: Se llevó a cabo un análisis evolutivo del nicho climático de las especies neotropicales de Capparaceae para evaluar si las limitaciones climáticas del bosque neotropical estacionalmente seco (NSDF) han jugado un papel importante a lo largo de la historia evolutiva de la familia. Métodos: Usando tres secuencias de ADN cloroplastico (ndhF, matK, rbcL) y una ribosomal (rsp3) se propuso una filogenia datada para reconstruir la dinámica evolutiva del nicho climático de 24 especies Neotropicales de Capparaceae. Utilizando la prueba de Mantel, se realizaron análisis para establecer si hay diferencia de nicho y la distancia filogenética entre especies. Asimismo, se emplearon un conjunto de métodos comparativos filogenéticos sobre la filogenia de la familia para reconstruir los principales eventos históricos evolutivos en su nicho. Resultados: Capparaceae se originó en regiones húmedas y posteriormente se dio una evolución convergente hacia bosque húmedo y seco durante las fases de aridificación del Mioceno Medio (16-11 Ma). Sin embargo, la adaptación al estrés por sequía se reflejó solo en la precipitación del cuarto más frío del año, donde se evidencio señal filogenética, evolución gradual y, por lo tanto, evidencia de conservadurismo de nicho filogenético. También se hallaron especies con adaptaciones convergentes específicas tanto al estrés por sequía como a las lluvias durante el Mioceno, sugiriendo la carencia de estructura filogenética en la mayoría de las variables climáticas. Conclusiones: Este estudio muestra cómo el clima del Mioceno pudo haber influenciado la especiación de Capparaceae hacia ambientes mas secos. Además, la compleja dinámica del nicho climático en esta familia y, por lo tanto, la necesidad de realizar análisis más detallados para comprender mejor como las constricciones climáticas del NSDF afectaron la evolución de Capparaceae.


Subject(s)
Climate Change , Forests , Capparaceae
2.
Acta biol. colomb ; 16(3): 161-176, dic. 2011. ilus
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-635093

ABSTRACT

El término -Código de Barras de ADN- se basa en el uso de una región de ADN estandarizada, la cual sirve como una etiqueta para la identificación rápida y de especies. El propósito de un sistema de identificación más eficaz es facilitar la conservación, conocimiento y uso sustentable de la biodiversidad. Después de ocho años de discusión y producción en la literatura científica, el tema sigue generando controversia, debido en parte a la falta de homogeneidad en la definición y el alcance del método entre los autores. En este artículo enfatizamos la definición y metodología de los códigos de barra de ADN, así como su uso para contestar preguntas nuevas en los campos de la ecología, la evolución y la conservación.


DNA barcode of life is a global initiative to populate a database of short, standardized DNA fragments from most eukaryotic species to facilitate the identification of whole or fragmented biological samples. Increasing the ability of non-experts to indentify unknown samples should improve our collective understanding and management of the world s biodiversity. In the eight years following its proposal, DNA barcoding remains controversial in the scientific literature due, in part, to a lack of consensus on how DNA barcoding is defined and what activities are included under this rubric. In the present paper we review the definition, methods and goals of DNA barcoding, highlighting how the massive data sets generated by various DNA barcode of life campaigns may be applied to fundamental and novel questions in ecology, evolution and conservation.

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