Web-tools for the genomic analysis of the 2022 Monkeypox virus global outbreak / Herramientas web para el análisis genómico del virus de la viruela símica durante el brote mundial de 2022

Abstract The resources and platforms available on the internet for collecting and sharing information and performing genomic sequence analysis have made it possible to follow closely the evolution the evolution of SARS-CoV-2. However, the current monkeypox outbreak in the world brings us back to the need to use these resources to appraise the extent of this outbreak. The objective of this work was an analysis of the information presented so far in the genomic database GISAID EpiPox™, using various tools available on the web. The results indicate that the monkeypox outbreak is referred as MPXV clade II B.1 lineage and sub-lineages, isolated from male patients mainly from the European and American continents. In the current scenario, the access to genomic sequences, epidemiological information, and tools available to the scientific community is of great importance for global public health in order to follow the evolution of pathogens.

Resumen Los recursos y plataformas disponibles en Internet para recopilar, compartir información y realizar análisis de secuencias genómicas han permitido seguir de cerca la evolución del SARS-CoV-2. El actual brote global de viruela del mono en el mundo, requiere de nuevo utilizar estos recursos para conocer el alcance de este brote. El objetivo de este trabajo fue un análisis de la información presentada hasta el momento en la base de datos genómica EpiPox™ de GISAID, utilizando diversas herramientas disponibles en la web. Los resultados indican que el brote de la viruela del mono o símica está referido al linaje y sub-linajes B.1 del clado II de MPXV, aislado principalmente de pacientes hombres de Europa y América. En el escenario actual, el acceso a las secuencias genómicas, la información epidemiológica, y las herramientas disponibles para la comunidad científica son de gran importancia para la salud pública mundial con el fin de seguir la evolución de los patógenos.

Sub-lineages of the Omicron variant of SARS-CoV-2: characteristic mutations and their relation to epidemiological behavior / Sub-linajes de la variante Ómicron del SARS-CoV-2: mutaciones características y su relación con el comportamiento epidemiológico

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.

Detection of the Omicron variant of SARSCoV-2 by restriction analysis targeting the mutations K417N and N440K of the spike protein / Detección de la Variante Ómicron del SARS-CoV-2 por análisis de restricción de dos mutaciones de la proteína de la espiga

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.

Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.

Desempeño de estuches comerciales para el diagnóstico serológico de las hepatitis virales B y C en poblaciones yanomami y piaroa del estado Amazonas / Performance of commercial kits for serologic diagnosis of viral hepatitis B and C in yanomami and piaroa populations from Amazonas State

Los virus de hepatitis son una causa importante de morbilidad y mortalidad en la cuenca amazónica. El objetivo de este estudio fue evaluar el desempeño de estuches serológicos para la determinación de marcadores de VHB y VHC en población indígena. Se determinó la presencia de anti-HBc, agsHB, anti-VHC y de genomas virales en sueros de individuos piaroa y yanomami. Más de 50% de las muestras reactivas por un inmunoensayo comercial no resultaron positivas al usar otros estuches. El marcador serológico para el cual se observó una mayor concordancia entre los estuches comerciales fue el anti-HBc, posiblemente porque se trata de un ensayo de inhibición. La concordancia entre los ensayos para agsHB con la positividad de la PCR fue de pobre a moderada, coincidiendo sólo dos de los ensayos con los resultados de la PCR. No existió concordancia entre los distintos ensayos inmunoezimáticos, ni con la presencia del ARN viral para VHC. Las discrepancias inesperadas entre distintos estuches comerciales pudieran deberse a características inherentes a estas poblaciones, tales como múltiples coinfecciones, en especial parasitarias. Estos factores pudiesen estar afectando la especificidad de los estuches diagnósticos, situación observada con menor frecuencia en otras poblaciones venezolanas. Estos estudios refuerzan la importancia de la validación de pruebas serológicas en estas poblaciones, con ensayos confirmatorios y moleculares.

Hepatitis viruses are an important morbility and mortality cause in the Amazon basin. The goal of this study was to evaluate the performance of commercial serologic kits for determination of HVB and HVC markers in indigenous populations. Presence of anti-HBc, HBags, anti-HVC and viral genomes was determined in sera from piaroa and yanomami individuals. Over 50% of the samples reactive with one of the commercial kits were not positive when using other kits. The serologic marker which showed the highest concordance among the commercial kits was anti-HBc, possibly because it is an inhibition assay. Concordance among assays for HBags and PCR positivity varied between poor and moderate; only two of the tests coincided with the PCR results. There was no concordance among the various immunoenzymatic assays, nor in viral RNA presence for HVC. The unexpected discrepancies among the various commercial kits could be due to inherent characteristics of these populations such as multiple co-infections, especially parasitic. These factors could be affecting the specificity of the diagnostic kits, situation less frequently observed in other Venezuelan populations. This study emphasizes the importance of validating serologic tests in these populations, through confirmation and molecular assays.

Identificación molecular de una cepa de herpesvirus bovino tipo 2 en Venezuela / Molecular identification of a bovine herpes virus type 2 strain in Venezuela

El herpesvirus bovino tipo 2 (HVB-2) es el agente responsable de la mamilitis bovina, enfermedad que puede ser confundida con la fiebre aftosa por las lesiones que ocasiona en la ubre y pezones de las vacas infectadas. Para investigar su presencia en el país, se procesaron con fines de diagnóstico virológico muestras de tejidos epiteliales de ubre, recolectadas de ocho vacas con sospecha clínica de fiebre aftosa. Todas las muestras resultaron negativas a fiebre aftosa y estomatitis vesicular, pero de una de ellas se aisló una cepa viral en cultivo primario de riñón fetal bovino, la cual ocasionó un efecto citopático característico al observado por la acción del virus HVB-2. Mediante la prueba de PCR se amplificó una banda de 422 pb, la cual se correspondió al producto esperado de acuerdo al protocolo empleado para el diagnóstico molecular de herpesvirus bovino tipo 2. El análisis por BLAST y la alineación de las secuencias del amplicon obtenido permitió confirmar la presencia de este virus en el país.

Bovine mamilitis is a viral disease which is caused by Bovine Herpes Virus type 2 (BHV - 2). This disease is difficult to differentiate of Food and Mouth Disease (FMD) because infected cows show vesicles and ulcerating lesions on teats and udder. In order to investigate if BHV-2 is present in Venezuelan cattle udder samples of eight cows undergoing clinical symptoms similar to FMD were taken and tested for viral diagnostic. All samples were negative to FMD and vesicular stomatitis, but a viral strain with cytopathic effect typical to BHV-2 was isolated from one of them when a primary cells culture of bovine kidney fetus was inoculated. The presence of BHV-2 was confirmed in Venezuela according with the cytopathic effect, the PCR product of 422 bp obtained by specific test and the significant alignments by BLAST.

Prevalence of antiretroviral drug resistance among treatment-naive and treated HIV-infected patients in Venezuela

An in-house, low-cost method was developed to determine the genotypic resistance of immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) isolates. All 179 Venezuelan isolates analysed belonged to subtype B. Primary drug resistance mutations were found in 11 percent of 63 treatment-naïve patients. The prevalence of resistance in isolates from 116 HIV-positive patients under antiretroviral treatment was 47 percent to protease inhibitors, 65 percent to nucleoside inhibitors and 38 percent to non-nucleoside inhibitors, respectively. Around 50 percent of patients in the study harboured viruses with highly reduced susceptibility to the three classical types of drugs after only five years from their initial diagnoses.

Diversidad genética del virus de inmunodeficiencia humana en las américas, con énfasis en la epidemia venezolana / Genetic diversity of human immunodeficiency virus in the americas, with emphasis on the venezuelan epidemics / Diversidade genética do vírus da imuodeficiência humana nas américas, com enfase na epidemia venezuelana

Alrededor de 3 millones de personas están infectadas con el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) en las Américas y unas 110000 en Venezuela, donde la distribución de subtipos es bastante homogénea, representada principalmente por el subtipo B y una escasa representación de subtipos no B y/o formas recombinantes. El predominio del subtipo B en las Américas quizá se deba al efecto fundador de esta variante viral en los años 1960-1970, siendo Haití uno de los países donde pudo haberse iniciado la epidemia para luego diseminarse hacia otros países. El incremento en la frecuencia de subtipos no B en las Américas ha sido asociado a varios comportamientos de riesgo: el uso de drogas endovenosas, el comercio sexual y movilizaciones sanitarias o militares. En países como Cuba, Brasil y en países del Cono Sur la presencia de subtipos no B y de formas recombinantes es mayor que en el resto de la región. Esta situación pudiera ser el espejo de lo que encontremos en todo el continente americano en décadas futuras.

Around 3 million people are thought to be infected with human immunodeficiency virus (HIV) in the Americas, and around 110000 in Venezuela, where HIV subtype distribution is quite homogenous, with mainly subtype B and few cases of non B subtypes or recombinant forms. The high frequency of subtype B in the Americas is probably due to a founder effect of this viral variant around 1960-1970. The epidemic might have started in Haiti and then was disseminated to other countries. The increase in frequency of non B subtypes in the Americas has been associated to several risk factors: intravenous drug abuse, commercial sex and sanitary and military movilizations. In countries like Cuba, Brasil and countries from the Southern Cone, the presence of non B subtype and recombinant forms is more frequent than in the rest of the region. This situation might mirror what we will find in all the Americas in the next decades.

É estimado em mais de 3 milhões de pessoas infectadas com o vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) nas Américas e cerca de 110000 na Venezuela, onde a distribuição dos subtipos é bastante homogênea, representada principalmente pelo subtipo B e uma baixa representação de subtipos não-B e / ou formas recombinates. O predomínio do subtipo B nas Américas pode ser devido ao efeito fundador desta variante viral nos anos 1960-1970, sendo o Haiti um dos países onde a epidemia pode ter começado, disseminando-se para outros países. O aumento na freqüência de subtipos não-B nas Américas tem sido associada a vários comportamentos de risco: uso de drogas endovenosas, comércio sexual e sanitário e mobilizações militares. Em países como Cuba, Brasil e países do Cone Sul, a presença de subtipos não B e formas recombinates é maior do que nas demais regiões. Esta situação poderá ser o espelho do que encontraremos em todo o continente americano nas futuras décadas.

Levels of complement C3 and C4 components in Amerindians living in an area with high prevalence of tuberculosis

The levels of complement C3 and C4 components were determined in non-indigenous (creoles) and indigenous (Warao) populations, the latter with an extremely high tuberculosis (TB) rate. Serum samples from 209 adults were studied and classified in 4 groups taking into account tuberculin skin tests (TST): (1) the group of Warao patients (58 positive for the TST, WP TST+ and 9 negative for the TST, WP TST-), (2) the group of creole patients (34 positive for the TST, CP TST+ and 9 negative for the TST, CP TST-), (3) the group of healthy Warao controls (38 positive and 14 negative for TST, WC TST+ and WC TST-, respectively), (4) the creole controls (26 positive and 21 negative for the TST, CC TST+ and CC TST-, respectively). With respect to the results concerning the measurement of both complement C3 and C4 components with the exception of the WC TST and the CC groups, the WP TST+ and WP TST- as well as WC TST+ groups showed a significant frequency of individuals with decreased levels of complement C3 component (20.6, 33.3, and 26.3 percent, respectively) and also C4 component (12.0, 11.1, and 13.3 percent, respectively) in comparison to both creole patients (CP TST+, 8.82 percent and CP TST-, 0 percent and CP TST+, 5.88 percent and CP TST-, 0 percent) for C3 and C4, respectively. The study of these parameters carried out in 15 Warao subjects with active infection, before and after anti-TB chemotherapy,statisticallyconfirmedthat the effective chemotherapy did not restore normal levels of the complement C3 and C4 components among Warao patients. Aditional tests for hepatitis B or hepatitis C infection, and the profile of the hepatic proteins were not associated to the deficiency in production of the complement components.In conclusion, the results show that within the Warao population, a high percentage of subjects exhibit decreased levels of both complement C3 and C4 components independent of latent or active infection and the status of TST.

High prevalence of secondary resistance mutations in Venezuelan HIV-1 isolates

Se estudiaron pacientes seropositivos para el virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) con y sin tratamiento, con el fin de determinar el polimorfismo y la prevalencia de mutaciones de resistencia a la terapia antirretroviral. El material genético viral fue extraído a partir de células mononucleares de sangre periféricas (ADN) y del plasma (ARN) de 30 pacientes. Se amplificaron 2 regiones del gen Pol, Transcriptasa Reversa (TR) y Proteasa (Pr) y el gen de envoltura (Env) por medio de la técnica de PCR y se obtuvo la secuencia genómica de los productos. Todos los aislados analizados pertenecieron al subtipo B. No se observaron mutaciones primarias asociadas a resistencia a inhibidores de Pr pero sí un alto porcentaje (86 por ciento, 19/22) de mutaciones no asociadas con resistencia sino a restitución de la capacidad replicativa de cepas mutantes (mutaciones secundarias). Se observó la presencia de mutaciones asociadas a resistencia a inhibidores nucleósidos de la TR (INTR) en 35 por ciento (6/17) de los pacientes sometidos a tratamiento, mientras que 12 por ciento (2/17) de ellos presentaron mutaciones de resistencia a inhibidores no nucleósidos de la TR (INNTR). Interesantemente, un paciente no tratado estaba infectado con una cepa que presentaba mutaciones primarias (7,7 por ciento); este resultado sugiere que podría ser importante plantearse el estudio local de determinación de resistencia genotípica en pacientes antes del tratamiento, con miras a minimizar fallas terapéuticas. Se requieren estudios adicionales para evaluar el rol de las mutaciones secundarias en el éxito de la infección viral

Productos naturales del bosque humedo tropical de Venezuela, inhibidores de la replicacion de VIH-1 / Natural products from the amazonian rainforest of Venezuela as inhibitors of HIV-1 growth

More than 100 plant extracts from the Amazonian rain forest of Venezuela were evaluated for their cytotoxicity and inhibitory activity against the human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1). Aqueous extracts from Fomitella supina (S # 0389-4), Phellinus rhabarbarinus (S # 0389-7), Trichaptum perrottetti (S # 0389-8) and Trametes cubensis (S # 0389-13), Polyporaceae exhibited strong anti-HIV-1 activity, without toxicity for Molt-4 lymphocytic cells. Our results demonstrated, that the compound(s) acted by mechanism of direct virion inactivation and by inhibition of syncytium formation in an in vitro culture system. These results support the suggestion that the test extracts specifically act at the level of CD4-gp120 binding. The active components of these extracts is at present unknown, but anti-AIDS agents, such as those found in this study, individually or in combination, may be of therapeutic relevance