Characterization of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from indigenous peoples of Colombia / Caracterización de aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis de pueblos indígenas de Colombia

ABSTRACT Introduction: Tuberculosis continues to be a public health priority. Indigenous peoples are vulnerable groups with cultural determinants that increase the risk of the disease. Objective: To determine molecular epidemiology and phenotypical features and of Mycobacterium tuberculosis isolates from indigenous people in Colombia during the period from 2009 to 2014. Materials and methods: We conducted an analytical observational study; we analyzed 234 isolates to determine their patterns of sensitivity to antituberculosis drugs and their molecular structures by spoligotyping. Results: The isolates came from 41 indigenous groups, predominantly the Wayúu (13.10%) and Emberá Chamí (11.35%). We found 102 spoligotypes distributed among seven genetic families (37.2% LAM, 15.8% Haarlem, 8.1% T, 3.4% U, 2.6% S, 2.1% X, and 0.9%, Beijing). The association analysis showed that the non-clustered isolates were related to prior treatment, relapse, orphan spoligotypes, and the Beijing family. The H family presented an association with the Arhuaco and Camëntŝá indigenous groups, the U family was associated with the Wounaan group, and the T family was associated with the Motilón Barí group. Conclusions: This is the first national study on M. tuberculosis characterization in indigenous groups. The study evidenced that diagnosis in indigenous people is late. We described 53% of orphan patterns that could be typical of the Colombian indigenous population. The high percentage of grouping by spoligotyping (62%) could indicate cases of active transmission, a situation that should be corroborated using a second genotyping marker. A new Beijing spoligotype (Beijing-like SIT 406) was identified in Colombia.

RESUMEN Introducción. La tuberculosis es prioridad de salud pública. Los pueblos indígenas son vulnerables debido a los factores culturales determinantes que aumentan el riesgo de tuberculosis. Objetivo. Determinar la epidemiologia molecular y las características fenotípicas de los aislamientos de Mycobacterium tuberculosis de pueblos indígenas de Colombia entre 2009 y 2014. Materiales y métodos. Se hizo un estudio observacional analítico; se analizaron 234 aislamientos para determinar la sensibilidad a los fármacos antituberculosos y la estructura molecular usando spoligotyping. La información epidemiológica se recolectó utilizando el formato único de vigilancia de micobacterias. Resultados. Los aislamientos provenían de 41 grupos indígenas, principalmente los wayúu (13,10 %) y emberá chamí (11,35 %). Se encontraron 102 genotipos distribuidos en siete familias genéticas (37,2 %, LAM; 15,8 %, Haarlem; 8,1 %, T; 3,4 %, U; 2,6 %, S; 2,1 %, X, y 0,9%, Beijing). El análisis de asociación mostró que los aislamientos no agrupados se asociaron con el tratamiento previo, las recaídas, los genotipos huérfanos y la familia Beijing. La familia H presentó una asociación con los grupos indígenas arhuaco y camëntŝá, la familia U se asoció con el grupo wounaan y la familia T con el grupo motilón barí. Conclusiones. Este es el primer estudio nacional de caracterización de M. tuberculosis en grupos indígenas. Se evidenció que el diagnóstico en indígenas es tardío, y que 53 % de los patrones huérfanos podrían ser típicos de la población indígena colombiana. El alto porcentaje de agrupamiento por spoligotyping (62%) podría indicar casos de transmisión activa, una situación que debe ser corroborada usando un segundo marcador de genotipificación. Se identificó un nuevo genotipo (Beijing-like SIT 406) en Colombia.

Vigilancia por el laboratorio de la tuberculosis resistente en menores de 15 años, Colombia, 2010 a 2015 / Resistant tuberculosis in children under 15 years of age, Colombia 2010-2015

Resumen Introducción. La tuberculosis en los niños es un reflejo de transmisión reciente en la comunidad. Se estima que en el mundo cada año un millón de niños enferma por esta causa; en Colombia se notificaron 291 casos en el 2015. Objetivo. Actualizar la información obtenida de las actividades de vigilancia por el laboratorio de la farmacorresistencia del bacilo Mycobacterium tuberculosis en menores de 15 años en Colombia entre el 2010 y el 2015. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio retrospectivo de corte transversal. Se estudiaron las variables de procedencia, sexo, edad, tipo de tuberculosis y estado de HIV en los casos sensibles y resistentes. Estos se clasificaron como caso nuevo sin tratamiento o caso previamente tratado para analizar el perfil de resistencia a fármacos de primera y segunda línea. Resultados. De los 3.440 casos notificados, en el 16,4 % se practicó la prueba de sensibilidad. El 50,6 % eran mujeres, la forma pulmonar se presentó en el 70,6 % y el 1,4 % presentó coinfección de tuberculosis y HIV. Se estudiaron 565 casos, de los cuales 503 (89,0 %) eran nuevos: el 3,9 % con tuberculosis multirresistente y el 9,5 % con resistencia global. Los previamente tratados fueron 62 (10,9 %), 4,8 % con multirresistencia y 19,3 % con resistencia global. No se evidenciaron diferencias estadísticamente significativas en los años estudiados. La proporción de tuberculosis extremadamente resistente en los casos nuevos evaluados fue de 9,0 %. Conclusiones. Es necesario que el Ministerio de Salud y Protección Social y el Instituto Nacional de Salud promuevan el uso de pruebas diagnósticas rápidas y muy sensibles, como las moleculares recomendadas por la Organización Mundial de la Salud.

Abstract Introduction: Tuberculosis in children is a recent transmission reflection in the community. It is estimated that every year one million children get sick in the world because of this. In Colombia, 291 cases were notified in 2015. Objective: To update the information obtained from the surveillance activities of the drug-resistance laboratory in children younger than 15 years of age in Colombia between 2010 and 2015. Materials and methods: This was a cross-sectional retrospective study. We studied the variables of origin, gender, age, type of tuberculosis, and HIV status in sensitive and resistant cases. We classified them according to their treatment background between new and previously treated to analyze their first and second line drug resistance profile. Results: From the notified cases, 16.4 % had a sensitivity test. 50.6 % were women, the pulmonary form was present in 70.6% cases, and 1.4 % presented with tuberculosis/HIV coinfection. We studied 565 cases, from which 503 (89.1 %) were new, presenting with multidrug-resistant tuberculosis, and a global resistance of 3.9 % and 9.5 %, respectively. From them, 62 had been previously treated (10.9 %), with 4.8 % and 19.3 % multidrug resistance and global resistance, respectively. There was no evidence of statistically significant differences during the studied years. Extremely resistant tuberculosis in new cases was 9.0 %. Conclusions: It is necessary for the Ministerio de Salud y Protección Social and the Instituto Nacional de Salud to promote the use of faster and more sensitive diagnostic tests such as the molecular ones recommended by the World Health Organization.

La importancia de investigar Mycobacterium bovis en muestras clínicas de procedencia humana / Importance of investigating Mycobacterium bovis in clinical samples of human origin

Resumen Introducción. La tuberculosis es una enfermedad infectocontagiosa que continúa siendo un problema mundial de salud pública. Es la principal causa de mortalidad en personas con HIV. Objetivo. Identificar la presencia de Mycobacterium bovis como agente etiológico de tuberculosis humana en muestras de esputo con baciloscopia positiva, mediante la prueba Genotype MTBC™. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio descriptivo de 88 muestras de esputo remitidas al Grupo de Micobacterias del Instituto Nacional de Salud entre enero y noviembre de 2015. Se hizo el análisis microbiológico convencional y se empleó la prueba molecular de Genotype MTBC™ para diferenciar las especies del complejo M. tuberculosis. Resultados. Sesenta y dos casos (70,5 %) correspondían a pacientes de sexo masculino; los grupos más afectados fueron el de 24 a 34 años, el de residentes en las cabeceras municipales, y el de afiliados al régimen subsidiado. En el 50 % (44) de las muestras con resultados en la prueba de identificación de la especie, se detectó el complejo M. tuberculosis. Conclusiones. La mayor carga de la enfermedad se registró en la población masculina y en edad productiva. La prueba de identificación para especies del complejo, solo demostró la presencia de M. tuberculosis. Sin embargo, con estos datos no es posible descartar M. bovis en humanos con tuberculosis en Colombia. La identificación diferencial de la especie debería implementarse de forma rutinaria en los casos de tuberculosis en los grupos de riesgo y en las zonas donde se conoce la circulación de esta micobacteria en bovinos.

Abstract Introduction: Tuberculosis is an infectious disease that still represents a major public health problem worldwide. It is one of the main causes of mortality in people with HIV. Objective: To identify the presence of M. bovis as an etiological agent of human tuberculosis in sputum smear positive samples using the test Genotype MTBC™. Materials and methods: We conducted a descriptive study, 88 sputum samples were submitted to the Grupo de Micobacterias of the Instituto Nacional de Salud between January and November, 2015. We used the conventional microbiological analysis and the molecular test Genotype MTBC™ to identify the M. tuberculosis complex species. Results: Sixty two (70.5%) were males; the most affected groups were those between 24 and 34 years old, those residing in the municipal seats and those affiliated to the subsidized health plans. In 50.0% (44) of the samples with a result in the species identification test, we detected M. tuberculosis. Conclusion: The highest burden of the disease was recorded among the male population in productive ages. The identification test for species of the complex showed all were M. tuberculosis. However, it is not possible to discard the presence of M. bovis in humans in Colombia. The differential identification of species should be done in risk groups and in areas where the circulation of this mycobacterium in cattle is known.