ABSTRACT
RESUMEN Objetivo. Caracterizar y asociar el polimorfismo FecB con la prolificidad natural en los biotipos de Ovino de Pelo Colombiano (OPC) Etíope y Sudán. Materiales y métodos. En 300 nacimientos provenientes de 167 ovejas de OPC, de los biotipos, Sudán (n=73) y Etíope (n=94), se midió el efecto del genotipo FecB, y de los factores no genéticos: número de parto de la madre, el padre, la época y el año de concepción, sobre la prolificidad natural (coderos/hembra/parto). Para esto, los animales fueron genotipados por PCR-RFLP (Avail) para FecB y los registros productivos del rebaño fueron analizados. Se calcularon las frecuencias alélicas y genotípicas, las cuales junto con los factores no genéticos fueron asociados a la prolificidad usando un modelo GLM de efectos fijos. Resultados. El alelo FecBB presentó menor frecuencia (0.379±0.152) que el alelo FecB+ (0.622±0.152) para todo el OPC. Estas frecuencias variaron (p<0.05) entre biotipos (Sudán: 0.486, Etíope: 0.271), lo mismo ocurrió con el genotipo FecBBB (0.078 en Etíope y 0.236 en Sudán). El genotipo FecB++ fue más frecuente en Etíope (0.526) y el genotipo heterocigoto en Sudán (0.5) y para el OPC (0.448±0.070). No se encontraron diferencias significativas entre biotipos para los factores no genéticos. La prolificidad varió (p<0.05) entre biotipos (1.45±0.22 en Etíope y 1.34±0.03 en Sudán), con un promedio de 1.40±0.11 para el OPC. Ninguno de los factores no genéticos al igual que los genotipos FecB afectaron la prolificidad natural del OPC (p>0.05). Sin embargo, esta fue más alta en el genotipo FecBBB. Conclusiones. El locus estudiado fue polimórfico. La prolificidad no se afectó por los factores no genéticos ni por el genotipo FecB. Estos resultados podrían ser utilizados en planes de selección asistida para aumentar la productividad del OPC.
ABSTRACT Objective. Characterize and associate the FecB polymorphism with the natural prolificacy in the biotypes of Colombian creole sheep (OPC) Etíope and Sudán. Materials and methods. At 300 births from 167 OPC sheep, from the biotypes, Sudan (n = 73) and Ethiopian (n = 94), the effect of the FecB genotype was measured, and of the non-genetic factors: number of parturitions of the mother, the father, the season and the year of conception, on the natural prolificacy (litter size). For this, the animals were genotyped by PCR-RFLP (Avail) for FecB and the productive records of the herd analyzed. The allelic and genotypic frequencies were calculated, which, together with the non-genetic factors, were associated with litter size using a fixed-effect GLM model. Results. The FecBB allele presented lower frequency (0.379±0.152) than the FecB+ allele (0.622±0.152) for the whole OPC. These frequencies varied (p<0.05) between biotypes (Sudán: 0.486, Etíope: 0.271), the same occurred with the FecBBB genotype (0.078 in Etíope and 0.236 in Sudán). The FecB++ genotype was more frequent in Etíope (0.526) and the heterozygous genotype in Sudán (0.5) and for the OPC (0.448±0.070). No significant differences were found between biotypes for non-genetic factors. The prolificacy varied (p<0.05) between biotypes (1.45±0.22 in Etíope and 1.34±0.03 in Sudán), with an average of 1.40±0.11 for the OPC. None of the non-genetic factors, as well as the FecB genotypes, affected the litter size of the OPC (p>0.05). However, this was higher in the FecBBB genotype. Conclusions. The lucus studied was polymorphic. The litter size was not affected by non-genetic factors or the FecB genotype. These results can be used in assisted selection plans to increase OPC productivity.
Subject(s)
SheepABSTRACT
RESUMEN Objetivo. Caracterizar morfométrica y faneróptica de la gallina Criolla de traspatio de la subregión Sabana, departamento de Sucre (Colombia). Materiales y métodos. Se evaluaron 520 animales adultos criollos (350 gallinas y 170 gallos), en el periodo 2017-2018, ubicados en 10 localidades de la subregión Sabanas del departamento de Sucre Colombia. Se recolectó la información en un formato de encuesta integrado por variables cuantitativas y cualitativas. Los datos obtenidos fueron sometidos a análisis descriptivos univariado para muestras independiente. Además, se empleó la técnica de análisis de varianza. Las comparaciones entre machos y hembras se realizaron mediante una prueba de t. Los análisis fueron realizados usando paquete estadístico R. Resultados. Los descriptores analizados mostraron superioridad de los gallos sobre las gallinas (p<0.05). El análisis de varianza en la población de hembras con respecto al peso, determino que existen diferencias significativas (p<0.05). Las características morfológicas y fanerópticas estudiadas, describen un ave de metatarso amarillo, con color de plumaje que combinan tonalidades marrones, negras, gris y blanco, la morfología y distribución de las plumas en la mayoría de las aves es de característica normal (lisa típica), con distribución uniforme a lo largo del cuerpo, aunque se pueden encontrar ejemplares con patrones de plumaje diferente. Conclusiones. Se pudo observar una amplia variación entre animales procedentes de las 10 localidades estudiadas. Se evidencia una diferenciación tipológica con relación al peso y al tamano del tarso, en los animales evaluados, lo que puede ser utilizado como criterio de selección.
ABSTRACT Objective. Characterize morphometric and phaneroptics of the Creole backyard hens from the savanna subregion department of Sucre (Colombia). Materials and methods. 520 adult Creole animals (350 chickens and 170 roosters) were evaluated, in the period 2017-2018, located in 10 localities of the savanna sub-region of the department of Sucre Colombia. The information was collected in a survey format composed of quantitative and qualitative variables. The data obtained were subjected to univariate descriptive analysis, for independent samples. In addition, the analysis of variance technique was used. Comparisons between males and females were made by means of a t-test. The analyses were performed using the statistical package R. Results. The descriptors analyzed showed the superiority of the roosters over the hens (p<0.05). The analysis of variance in the population of females with respect to weight determined that there are significant differences (p<0.05). The morphological and phaneroptic characteristics studied describe a yellow metatarsal bird, with plumage color that combines brown, black, gray and white tones, the morphology and distribution of feathers in most birds is normal characteristic (smooth typical), with a uniform distribution to a length of the body, although specimens with different plumage patterns can be found. Conclusions. A wide variation could be observed among animals from the 10 localities studied. There is evidence of a typological differentiation in relation to the weight and size of the tarsus in the animals evaluated, which can be used as a selection criterion.
Subject(s)
Animals , Poultry , ChickensABSTRACT
ABSTRACT Objetive. Characterize the genetic polymorphism type SNPs in the calpain (CAPN) and calpastatin (CAST) genes of Colombian creole hair sheep (OPC). Materials and methods. In 300 individuals belonging to two OPC subpopulations from the departments of Sucre (SC) and Valle del Cauca (VC) were genotyped by PCR-RFLP (MspI) for the CAST locus and by PCR-SSCP for the CAPN locus. The allelic and genotypic frequencies, the observed (Ho) and expected heterozygosity (He), the fixation index (F) and the deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were calculated and a molecular analysis of variance to estimate the values of FST, FIS and FIT. Results. In the CAST locus, the MM genotype was the most frequent (83.9±1.1%), followed by the other genotypes (MN: 15.5±1.1, NN: 6.0±0.0%) and the allelic frequency of M (91.7±0.4%) exceeded that of N (8.3±0.4%). For the CAPN locus the heterozygous genotype (48.2±0.7%) was the most frequent, the other genotypes presented frequencies TT:44.7 ± 1.9 and CC:7.0 ± 1.4%. The T allele reached a frequency of 68.8±1.5% (C: 31.3±1.5%). Similar percentages of allelic and genotypic frequencies were found in the subpopulations. The He was less than the Ho in both loci, with negative values of F and deviations of EHW only in CAPN. All the variation found was due to differences within the individuals, with non-significant values (p>0.05) of FST, FIS, and FIT (0.002, -0.093 and -0.095, respectively). Conclusions. The loci studied has high variability, these results can be used for future gene-assisted selection plans to increase OPC productivity.
RESUMEN Objetivo. El propósito del presente estudio fue caracterizar el polimorfismo genético tipo SNPs en los genes calpaína (CAPN) y calpastatina (CAST) en el ovino de pelo criollo colombiano (OPC). Materiales y métodos. 300 individuos pertenecientes a dos subpoblaciones de OPC de los departamentos de Sucre (SC) y Valle del Cauca (VC) fueron genotipados por PCR-RFLP (MspI) para el locus CAST y por PCR-SSCP para el locus CAPN. Se calcularon las frecuencias genotípicas, alélicas, la heterocigocidad observada (Ho) y esperada (He), el índice de fijación (F), los desvíos del equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) y un análisis de varianza molecular para estimar los valores de FST, FIS y FIT. Resultados. En el locus CAST, el genotipo MM fue el más frecuente (83.9±1.1%), seguido por los otros genotipos (MN: 15.5±1.1; NN:6.0±0.0%) y la frecuencia alélica de M (91.7±0.4%) superó la del N (8.3±0.4%). Para el locus CAPN el genotipo heterocigoto (48.2±0.7%) fue el más frecuente; los otros genotipos presentaron frecuencias de TT:44.7±1.9 y CC:7.0±1.4%. El alelo T alcanzó una frecuencia de 68.8±1.5% (C:31.3±1.5%). Similares frecuencias alélicas y genotípicas se encontraron en las subpoblaciones. La He fue menor que la Ho en ambos loci, con valores negativos de F y desvíos de EHW solo en CAPN. Toda la variación encontrada fue debida a diferencias dentro de los individuos, con valores no significativos (p>0.05) de FST, FIS y FIT (0.002, -0.093 y -0.095, respectivamente). Conclusiones. Los loci estudiados tiene alta variabilidad, estos resultados pueden ser utilizados para futuros planes de selección asistida por genes para aumentar la productividad del OPC.
Subject(s)
Animals , Polymorphism, Genetic , Sheep , CalpainABSTRACT
Objetivo. Caracterizar el polimorfismo del gen BoLA-DRB3.2* en las razas bovinas criollas y colombianas. Materiales y métodos. En 360 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas (Blanco Orejinegro, Casanareño, Costeño con Cuernos, Chino Santandereano, Caqueteño, Hartón del Valle, Romosinuano y San Martinero), dos razas sintéticas Colombianas (Lucerna y Velásquez) y dos razas foráneas (Brahman y Holstein) se evaluó el polimorfismo del gen BoLA-DRB3.2 mediante técnicas moleculares (PCR-RFLP); se calculó el número promedio de alelos (NPA), las frecuencias, la heterocigocidad esperada (He) y observada (Ho), el equilibrio de Hardy-Weinberg, la estructura genética y los valores de F ST y F IS. Resultados. El NPA fue 14.6 ± 3.8 siendo Caqueteño la raza con mayor NPA (25) y el menor el Chino Santandereano (10). Se encontraron 41 alelos BoLA-DRB3.2* los más frecuentes fueron *28, *37, *24, *23, *20, *27, *8, *16, *39 (0.17, 0.11, 0.10, 0.09, 0.09, 0.07, 0.07 y 0.06 respectivamente). Se encontró alta diversidad genética (He = 0.878) con mayor valor en Caqueteño (0.96) y menor en San Martinero (0.81). Todas las razas se encontraron en equilibrio de Hardy-Weinberg, se encontraron valores altamente significativos de diferenciación genética (F ST= 0.044) y de coeficiente de endogamia (F IS = 0.249). Conclusiones. El ganado criollo colombiano posee alto polimorfismo del gen BoLA-DRB3.2* representado en los altos valores de NPA y diversidad génetica.
Objective. To characterize BoLA-DRB3.2*gen polymorphism in Colombian Creole breeds. Materials and methods. Using 360 DNA samples from eight Creole bovine breeds (Blanco Orejinegro, Casanareño, Costeño con Cuernos, Chino Santandereano, Caqueteño, Hartón del Valle, Romosinuano and San Martinero), two synthetic Colombian breeds (Lucerna and Velásquez) and two introduced breeds (Brahmán and Holstein), polymorphism of BoLA-DRB3.2* was evaluated using molecular techniques (PCR-RFLP). Allele average number (AAN), expected (He) and observed (Ho) allele frequencies, heterozygosity, Hardy-Weinberg equilibrium (HW), genetic structure and F ST and F IS values were estimated. Results. AAN was 14.6 ± 3.8, Caqueteño breed displayed the highest AAN value (25) and Chino Santandereano the lowest (10). 41 alleles of BoLA-DRB3.2* were detected. The most frequent were *28, *37, *24, *23, *20, *27, *8, *16 and *39 (0.17, 0.11, 0.10, 0.09, 0.09, 0.07, 0.07 and 0.06 respectively). High genetic diversity was found (He=0.878) with the highest value for Caqueteño (0.96) and lowest for San Martinero (0.81). All breeds were in HW, and highly significant values of genetic differentiation (F ST=0.044) and inbreeding coefficient (F IS=0.249) were found. Conclusions. The Colombian Creole breeds have a high BoLA-DRB3.2*gen polymorphism represented by the high AAN and genetic diversity values.