Distribution of PCV13 and PPSV23 Streptococcus pneumoniae serotypes in Argentinean adults with invasive disease, 2013-2017 / Distribución de los serotipos PCV13 y PPSV23 de Streptococcus pneumoniae en adultos argentinos con enfermedad invasiva, 2013-2017

Abstract Streptococcus pneumoniae is a major cause of severe invasive disease associated with high mortality and morbidity worldwide. To identify the serotypes most commonly associated with infection in adults in Argentina, 791 pneumococcal isolates from 56 hospitals belonging to 16 provinces and Buenos Aires city were serotyped. The isolates were submitted as part of a National Surveillance Program for invasive pneumococcal disease in adults, which started in 2013. Serotypes 3, 8, 12F, 7F and 1 were the most prevalent among adult patients. During the study period there was no significant difference in serotype distribution between the age groups studied (18-64 and >65 years old), except for serotype 1, 3 and 23A. Most prevalent serotypes in pneumonia were serotype 7F, 1, 12F, 8, and 3. When the clinical diagnosis was meningitis, serotype 3 and 12F were the most prevalent, whereas when the diagnosis was sep-sis/bacteremia the most prevalent was serotype 8. In this work, for the 18-64-year-old group, PPSV23 and PCV13 serotypes accounted for 74.56% and 44.54% respectively of the cases in the studied period. On the other hand, for the >65-year-old group, these serotypes represented 72.30% and 41.42% respectively. The aim of this work was to establish the knowledge bases of the serotypes that cause invasive pneumococcal diseases in the adult population in Argentina and to be able to detect changes in their distribution over time in order to explore the potential serotype coverage of the vaccines in current use.

Resumen Streptococcus pneumoniae es una causa importante de enfermedad invasiva grave asociada con una alta mortalidad y morbilidad en todo el mundo. Para identificar los serotipos principales asociados con la infección en adultos en Argentina, 791 aislamientos de neumococo de 56 hospitales pertenecientes a 16 provincias y la ciudad de Buenos Aires fueron serotipificados. Los aislamientos fueron remitidos como parte del Programa Nacional de Vigilancia para la enfermedad neumocócica invasiva en adultos, que comenzó en 2013. Los serotipos 3, 8, 12F, 7F y 1 fueron los más prevalentes. Durante el período de estudio no hubo diferencias significativas en la distribución de serotipos entre los dos grupos de adultos estudiados (18-64 y >65 años), excepto para los serotipos 1, 3 y 23A. Los serotipos más prevalentes en casos de neumonía fueron 7F, 1, 12F, 8 y 3. Cuando el diagnóstico clínico fue meningitis, los serotipos 3 y 12F fueron los más prevalentes. Y el serotipo 8 fue el más prevalente en la sepsis/bacteriemia. En el grupo de 18-64 años, los serotipos PPSV23 y PCV13 representaron, respectivamente, el 74,56 y el 44,54% de los casos de enfermedad invasiva en el período estudiado. En el grupo de >65 años, estos serotipos representaron el 72,30 y 41,42%, respectivamente. Es importante conocer los serotipos causantes de infecciones neumocócicas invasivas en la población adulta en Argentina y detectar eventuales cambios en su distribución a lo largo del tiempo, para explorar la potencial cobertura de las vacunas utilizadas.

Evaluación del método de ELISA para detección de anticuerpos anti-cisticercos en sueros humanos / Evaluation of the ELISA method for the detection of anti-cysticercus antibodies in human sera / Avaliação do método ELISA para a detecção de anticorpos anti-cisticercos em soros humanos

La neurocisticercosis (NCC) es la localización en el sistema nervioso central (SNC) humano de la parasitosis provocada por el estadio larvario de la Taenia solium, el cisticerco, que prevalece en áreas urbanas y rurales y constituye un problema de salud pública. El diagnóstico puede efectuarse por exploración imagenológica del SNC con resonancia magnética o tomografía axial computarizada, no siempre disponible, y por pruebas de inmunoensayo (EIA) en sangre, que aportan al diagnóstico rapidez, bajo costo y transferibilidad. Para evaluar su capacidad diagnóstica y validar la precisión de la técnica de ELISA (ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas), en la detección de anticuerpos anti-cisticercos en sueros humanos, se diseñó una seroteca en forma aleatoria y en doble ciego, y se realizó el ELISA con las muestras, utilizando placas sensibilizadas con antígenos obtenidos del fluido vesicular de cisticercos de T. solium. Para la validación se realizaron 20 ensayos empleando controles positivos y negativos, por cuadruplicado en diferentes días, y realizados por más de un operador; el punto de corte para este método fue una densidad óptica de 0,325. La precisión intralaboratorio para el control débil (media=0,532±0,09) fue de %CV=17,51±0,09, y un valor de repetibilidad de %CV=7,04±0,04, cifras que se encuentran dentro de los límites esperados para el método. Con estos resultados se puede concluir que la precisión del ELISA para el serodiagnóstico de NCC se encuentra validada. El ensayo validado proporcionó resultados coherentes y repetidos que permitieron discriminar entre dos resultados dicotómicos y establecer con exactitud la condición de una posible infección, con un nivel de certidumbre estadística predeterminado.

Neurocysticercosis (NCC) is the location in the human central nervous system (CNS) of the parasitosis caused by the larval stage of Taenia solium, the cysticercus which prevails in urban and rural areas, constituting a public health problem. Diagnosis can be made by CNS imaging with magnetic resonance or computerized axial tomography, not always available, and by blood immunoassay (EIA) tests, which provide rapidity, low cost and transferability. In order to evaluate its diagnostic capacity and validate the ELISA (Enzyme- Linked ImmunoSorbent Assay) technique in the detection of anti-cysticercus antibodies in human sera, a collection of sera was designed in a randomized and double-blind manner, and the ELISA was performed with the samples, using plates sensitized with antigens obtained from the vesicular fluid of T. solium cysticerci. Twenty trials were conducted, using positive and negative controls, in quadruplicate, on different days, and performed by more than one operator; the cutoff for this method was an optical density of 0.325. The intralaboratory precision for the weak control (mean=0.532±0.09) was %CV=17.51±0.09, and a repeatability value of %CV=7.04±0.04, figures that are within the expected limits for the method, It can be concludedthat the accuracy of the ELISA for serodiagnosis of NCC is validated. The validated test provided consistent and repeated results, which made it possible to discriminate between two dichotomous outcomes, and to establish with accuracy the condition of a possible infection, with a predetermined level of statistical certainty.

A neurocisticercose (NCC) é o local no sistema nervoso central (SNC) humano de parasitose causada pelo estágio larval da Taenia solium, o cisticerco, prevalecente em áreas urbanas e rurais, constituindo um problema de saúde pública. O diagnóstico pode ser feito por varredura imagenológica do SNC com ressonância magnética ou tomografia axial computadorizada, nem sempre disponível, e por testes de imunoensaio (EIA) em sangue, que fornecem ao diagnóstico rapidez, baixo custo e portabilidade. Para avaliar a sua capacidade de diagnóstico e validar a precisão da técnica de ELISA (ensaio imunoabsorvente ligado a enzimas), na detecção de anticorpos anti-cisticercos em soros humanos, um serrarium foi projetado em forma aleatória e em duplo cego, e foi realizado com as amostras o ELISA, utilizando placas sensibilizadas com antígenos derivados do fluido vesicular de cisticercos de T. solium. 20 testes para validação foram realizados, utilizando controles positivos e negativos, em quadruplicado, em dias diferentes, e realizados por mais de um operador; o ponto de corte para este método era uma densidade óptica de 0,325. A precisão intralaboratorial para o controle fraco (média=0,532±0,09) foi de CV%=17,51±0,09, e um valor de repetibilidade de CV%=7,04±0,04, valores que estão dentro dos limites esperados para o método, podendo concluir com esses resultados que a precisão do ELISA para diagnóstico sorológico de NCC é validado. O ensaio validado forneceu resultados consistentes e repetidos, o que permitiu discriminar entre dois resultados dicotômicos e identificar com exatidão a condição de possível infecção com um nível de certeza pré-determinado estatisticamente.

Eficiencia global diagnóstica del equipo concentrador de enteroparásitos Mini Parasep® SF / Global diagnostic efficiency of the enteroparasite concentrator Mini Parasep® SF kit

Las enteroparasitosis poseen una distribución universal, tanto en zonas rurales como urbanas, y afectan principalmente a la población infantil, para la cual representan un problema muy frecuente en salud pública. El daño ocasionado en el aparato digestivo puede causar en los niños retardo de la maduración, alteraciones del estado nutricional y bajo rendimiento escolar. Respecto del diagnóstico etiológico, la aplicación de técnicas de concentración a las muestras fecales, previa a la observación microscópica, mejora la sensibilidad, debido a que la excreción de elementos parasitarios puede, en ocasiones, ser escasa o intermitente. Los métodos de sedimentación como el de Telemann son los más empleados en el diagnóstico parasitológico, aunque poseen la desventaja del uso de éter etílico, compuesto moderadamente tóxico. Con el objetivo de evaluar la eficiencia global diagnóstica del equipo Mini Parasep® SF, y su confiabilidad durante su empleo, se procesaron 148 muestras de materia fecal por los métodos de Telemann modificado y Mini Parasep® SF. Una vez aplicados los métodos convencionales, el diagnóstico microscópico fue realizado por dos observadores a través de una investigación a doble ciego. Del total de muestras analizadas (n=148) y desagregando aquellas positivas en resultados individuales cuando éstas tenían más de un agente etiológico (ntotal=234), el 65,8% (154/234) fueron positivas y el 34,2% (80/234) negativas. A partir de observaciones aleatorizadas y repetidas se estimó la acordancia de resultados intraoperador en 90,3% y entre operadores en 90,5%. A partir de las observaciones independientes, se obtuvo un índice de concordancia entre operadores, Kappa=0,83 (muy bueno). No se observaron diferencias estadísticamente significativas entre los valores de sensibilidad (S) y especificidad (E) estimados para cada uno de los observadores (O) con un IC95%, (S/O1) 94,8%; (S/O2) 97,4%; y (E/O1) 92,5%; (E/O2) 95,0%. La eficiencia global del test según operador fue 94,02% y 96,58 respectivamente. Los resultados obtenidos sugieren que ambas técnicas podrían ser empleadas para concentrar muestras fecales para investigar enteroparásitos. El método Mini Parasep® SF demostró ser sencillo, rápido y efectivo, y no necesitó éter como solvente orgánico, y por su eficiencia global, podría ser útil en aquellos laboratorios imposibilitados de utilizar las técnicas convencionales.

Enteroparasitoses have a universal distribution, both in rural and urban areas, and they affect mainly the infant population, for which reason they represent a very frequent problem in public health. The damage caused in the digestive system can give rise to retardation in children, changes in nutritional status and poor school performance. With respect to the etiological diagnosis, the application of concentration techniques to fecal samples, prior to microscopic observation, improves sensitivity, taking into account that the excretion of parasitic elements can sometimes be scarce or intermittent. Sedimentation methods such as Telemann, are the most widely used in the parasitological diagnosis, although they have the disadvantage of the use of ethyl ether, a moderately toxic compound. In order to evaluate the overall diagnostic efficiency of the Mini Parasep® SF kit, and its reliability during its use, 148 stool samples were processed by modified Telemann and Mini Parasep® SF methods. Once the conventional methods were applied, the microscopic diagnosis was made by two observers through double-blind research. Of the total samples analyzed (n=148) and disaggregating positive ones in individual results when they had more than one etiological agent (n total=234), 65.8% (154/234) were positive and 34.2% (80/234) negative. Based on randomized and repeated observations, the accordance of intraoperator results was estimated at 90.3% and between operators at 90.5%. From the independent observations, a concordance index between operators was obtained, Kappa=0.83 (very good). No statistically significant differences were observed between the values of sensitivity (S) and specificity (E) estimated for each of the observers (O) with an IC95%, (S/O1) 94.8%; (S/O2) 97.4%; and (E/O1) 92.5%; (E/O2) 95.0%. The overall efficiency of the test according to the operator was 94.02% and 96.58 respectively. The results obtained suggest that both techniques could be used to concentrate fecal samples to investigate enteroparasites. The Mini Parasep® SF method proved to be simple, fast and effective, and did not need ether as an organic solvent. Because of its overall efficiency, it could be useful in laboratories that are unable to use conventional techniques.

As enteroparasitoses têm uma distribuição universal, tanto em áreas rurais como urbanas, e afetam principalmente a população infantil, para as quais representam um problema muito frequente na saúde pública. Os danos causados no sistema digestivo podem causar retardamento em crianças, alterações no estado nutricional e baixo desempenho escolar. No diagnóstico etiológico, as técnicas de concentração de aplicação para amostras fecais, antes da observação microscópica, melhoram a sensibilidade, uma vez que a excreção de elementos parasitas pode por vezes ser pouco ou intermitente. Métodos de sedimentação, como Telemann, são os mais utilizados no diagnóstico parasitológico, embora tenham a desvantagem do uso de éter etílico, um composto moderadamente tóxico. Para avaliar a eficiência diagnóstica geral do kit Mini Parasep® SF e sua confiabilidade durante o uso, 148 amostras de fezes foram processadas pelos métodos modificado Telemann e Mini Parasep® SF. Uma vez que os métodos convencionais foram aplicados, o diagnóstico microscópico foi feito por dois observadores através de pesquisa duplo-cego. De todas as amostras testadas (n=148) e desagregando esses resultados positivos quando estes indivíduo tinha mais do que um agente etiológico (N total=234), 65,8% (154/234) foram positivos, e 34,2% (80/234) negativos. Com base em observações aleatórias e repetidas, a acordância dos resultados intraoperatórios foi estimada em 90,3% e entre os operadores em 90,5%. A partir das observações independentes, obteve-se um índice de concordância entre os operadores, Kappa=0,83 (muito bom). Não foram observadas diferenças estatisticamente significativas entre os valores de sensibilidade (S) e especificidade (E) estimados para cada um dos observadores (O) com IC95%, (S/O1) 94,8%; (S/O2) 97,4%; e (E/O1) 92,5%; (E/O2) 95,0%. A eficiência global do teste de acordo com o operador foi de 94,02% e 96,58, respectivamente. Os resultados obtidos sugerem que ambas as técnicas podem ser usadas para concentrar amostras fecais para investigar enteroparasitas. O método Mini Parasep® SF mostrou-se simples, rápido e efetivo, não necessitando de éter como solvente orgânico e, devido à sua eficiência global, pode ser útil em laboratórios incapazes de utilizar técnicas convencionais.

Epstein-Barr virus load in transplant patients: Early detection of post-transplant lymphoproliferative disorders / Carga de virus Epstein-Barr en pacientes trasplantados: detección temprana de desórdenes linfoproliferativos postrasplante

High levels of circulating EBV load are used as a marker of post-transplant lymphoproliferative disorders (PTLD). There is no consensus regarding the threshold level indicative of an increase in peripheral EBV DNA. The aim of the study was to clinically validate a developed EBV quantification assay for early PTLD detection. Transversal study: paired peripheral blood mononuclear cells (PBMC), plasma and oropharyngeal lymphoid tissue (OLT) from children undergoing a solid organ transplant with (n = 58) and without (n = 47) PTLD. Retrospective follow-up: 71 paired PBMC and plasma from recipients with (n = 6) and without (n = 6) PTLD history. EBV load was determined by real-time PCR. The diagnostic ability to detect all PTLD (categories 1-4), advanced PTLD (categories 2-4) or neoplastic PTLD (categories 3 and 4) was estimated by analyzing the test performance at different cut-off values or with a load variation greater than 0.5 log units. The higher diagnostic performance for identifying all, advanced or neoplastic PTLD, was achieved with cut-off values of 1.08; 1.60 and 2.47 log EBV gEq/10(5) PBMC or 2.30; 2.60; 4.47 log gEq/10(5) OLT cells, respectively. EBV DNA detection in plasma showed high specificity but low (all categories) or high (advanced/neoplastic categories) sensitivity for PTLD identification. Diagnostic performance was greater when: (1) a load variation in PBMC or plasma was identified; (2) combining the measure of EBV load in PBMC and plasma. The best diagnostic ability to identify early PTLD stages was achieved by monitoring EBV load in PBMC and plasma simultaneously; an algorithm was proposed.

La carga alta del virus Epstein-Barr se utiliza como un marcador de desórdenes linfoproliferativos postrasplante (post-transplant lymphoproliferative disorders [PTLD]). El objetivo de este estudio fue validar clínicamente un ensayo de cuantificación del virus Epstein-Barr para la detección temprana de PTLD. Se efectuó un estudio transversal en el que se analizaron muestras pareadas de células mononucleares periféricas (CMP), de plasma y de tejido linfoide orofaríngeo de niños con trasplante de órgano sólido, con PTLD (n = 58) y sin PTLD (n = 47). En el seguimiento retrospectivo se incluyeron 71 muestras pareadas de CMP y de plasma de trasplantados, con PTLD (n = 6) y sin PTLD (n = 6). La carga viral se determinó por PCR en tiempo real. Se estimó la capacidad diagnóstica para detectar PTLD (categorías: todas vs. avanzadas vs. neoplásicas) analizando diferentes valores de corte o una variación de carga mayor de 0,5 logaritmos. El mayor desempeño diagnóstico para identificar todos los PTLD, los avanzados y los neoplásicos, se obtuvo con valores de corte de 1,08; 1,60 y 2,47 log copias/10(5) en CMP y de 2,30; 2,60 y 4,48 log copias/10(5) en células de tejido linfoide orofaríngeo, respectivamente. La detección del ADN del virus Epstein-Barr en el plasma mostró una especificidad alta, pero una sensibilidad baja (todas las categorías) o alta (categorías avanzadas o neoplásicas) para identificar PTLD. Se observó el desempeño diagnóstico más alto en las siguientes condiciones: 1) al identificar una variación de carga en CMP o en plasma; 2) combinando la medición de la carga viral en CMP y en plasma. La mejor capacidad diagnóstica para identificar las etapas tempranas de los PTLD se logró mediante el seguimiento simultáneo de la carga viral en CMP y en plasma; se propone un algoritmo.

Duplex realtime PCR method for Epstein-Barr virus and human DNA quantification: its application for post-transplant lymphoproliferative disorders detection

INTRODUCTION: The quantification of circulating Epstein-Barr virus (EBV) DNA is used to monitor transplant patients as an early marker of Post-Transplant Lymphoproliferative Disorders (PTLD). So far no standardized methodology exists for such determination. OBJECTIVE: Our purpose was to develop and validate a real-time PCR assay to quantify EBV DNA in clinical samples from transplant recipients. METHODS: A duplex real-time PCR method was developed to amplify DNA from EBV and from a human gene. The EBV load was determined in peripheral blood mononuclear cells (PBMC), plasma and oropharyngeal tissue from 64 non-transplanted patients with lymphoid-hypertrophy (Non-Tx), 47 transplant recipients without PTLD (Tx), 54 recipients with PTLD (Tx-PTLD), and 66 blood donors (BD). WinPEPI, version 11.14 software was used for statistical analysis. RESULTS: Analytical validation: the intra and inter-assays variation coefficients were less than 4.5% (EBV-reaction) and 3% (glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase - GAPDH reaction). Linear ranges comprised 107-10 EBV genome equivalents (gEq) (EBV-reaction) and 500,000-32 human gEq (GAPDH-reaction). The detection limit was 2.9 EBV gEq (EBV-reaction). Both reactions showed specificity. Application to clinical samples: higher levels of EBV were found in oropharyngeal tissue from transplanted groups with and without PTLD, compared to Non-Tx (p < 0.05). The EBV load in PBMC from the groups of BD, Non-Tx, Tx and Tx-PTLD exhibited increasing levels (p < 0.05). In BD, PBMC and plasma, EBV loads were undetectable. CONCLUSIONS: The performance of the assay was suitable for the required clinical application. The assay may be useful to monitor EBV infection in transplant patients, in particular in laboratories from low-income regions that cannot afford to use commercial assays. .

Aporte de la técnica de PCR en el diagnóstico de Mansonella ozzardi en zonas endémicas de la Argentina / Contribution of the PCR assay to the diagnosis of Mansonella ozzardi in endemic areas of Argentina

Mansonella ozzardi es un nematode parásito tisular, agente etiológico de mansonellosis en casi la totalidad de los países latinoamericanos. En Argentina la mansonellosis ha sido descrita a lo largo de la región de las yungas. Su diagnóstico microscópico puede dar resultados falsos negativos en microfilaremias bajas. El objetivo del presente estudio fue optimizar su diagnóstico molecular y comparar los resultados con los obtenidos mediante las pruebas microscópicas de Knott, de gota gruesa y de extendido hemático fino, en 92 muestras de sangre de pacientes de zona endémica. La técnica de PCR seguida de la secuenciación del producto amplificado presentó una sensibilidad del 100 % frente al método de Knott, considerado como referencia, e incluso permitió identificar 7 casos más de la parasitosis.

Mansonella ozzardi is a tissue-dwelling parasitic nematode, the causative agent of mansonelliasis in almost all Latin American countries. It has been described along the Argentine Yungas region. The microscopic diagnosis can yield false-negative test results at low microfilaremia levels. The aim of this study was to optimize the molecular diagnostic technique and compare it with the Knott's method and standard blood smear procedures (thin blood films and thick smears) in 92 blood samples of individuals from an endemic area. The PCR technique followed by the sequencing of the amplified product yielded 100 % sensitivity compared to the Knott's test, which is considered a reference method. Seven more cases of this parasitosis could only be identified with the molecular technique.