Up-regulation of GINS1 highlighted a good diagnostic and prognostic potential of survival in three different subtypes of human cancer

Abstract Cancer is a fatal malignancy and its increasing worldwide prevalence demands the discovery of more sensitive and reliable molecular biomarkers. To investigate the GINS1 expression level and its prognostic value in distinct human cancers using a series of multi-layered in silico approach may help to establish it as a potential shared diagnostic and prognostic biomarker of different cancer subtypes. The GINS1 mRNA, protein expression, and promoter methylation were analyzed using UALCAN and Human Protein Atlas (HPA), while mRNA expression was further validated via GENT2. The potential prognostic values of GINS1 were evaluated through KM plotter. Then, cBioPortal was utilized to examine the GINS1-related genetic mutations and copy number variations (CNVs), while pathway enrichment analysis was performed using DAVID. Moreover, a correlational analysis between GINS1 expression and CD8+ T immune cells and a the construction of gene-drug interaction network was performed using TIMER, CDT, and Cytoscape. The GINS1 was found down-regulated in a single subtypes of human cancer while commonly up-regulated in 23 different other subtypes. The up-regulation of GINS1 was significantly correlated with the poor overall survival (OS) of Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC), Lung Adenocarcinoma (LUAD), and Kidney renal clear cell carcinoma (KIRC). The GINS1 was also found up-regulated in LIHC, LUAD, and KIRC patients of different clinicopathological features. Pathways enrichment analysis revealed the involvement of GINS1 in two diverse pathways, while few interesting correlations were also documented between GINS1 expression and its promoter methylation level, CD8+ T immune cells level, and CNVs. Moreover, we also predicted few drugs that could be used in the treatment of LIHC, LUAD, and KIRC by regulating the GINS1 expression. The expression profiling of GINS1 in the current study has suggested it a novel shared diagnostic and prognostic biomarker of LIHC, LUAD, and KIRC.

Resumo O câncer é uma doença maligna fatal e sua crescente prevalência mundial exige a descoberta de biomarcadores moleculares mais sensíveis e confiáveis. Investigar o nível de expressão de GINS1 e seu valor prognóstico em cânceres humanos distintos, usando uma série de abordagens in silico em várias camadas, pode ajudar a estabelecê-lo como um potencial biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de diferentes subtipos de câncer. O mRNA de GINS1, a expressão da proteína e a metilação do promotor foram analisados usando UALCAN e Human Protein Atlas (HPA), enquanto a expressão de mRNA foi posteriormente validada via GENT2. Os valores prognósticos potenciais de GINS1 foram avaliados por meio do plotter KM. Em seguida, o cBioPortal foi utilizado para examinar as mutações genéticas relacionadas ao GINS1 e as variações do número de cópias (CNVs), enquanto a análise de enriquecimento da via foi realizada usando DAVID. Além disso, uma análise correlacional entre a expressão de GINS1 e células imunes T CD8 + e a construção de uma rede de interação gene-droga foi realizada usando TIMER, CDT e Cytoscape. O GINS1 foi encontrado regulado negativamente em um único subtipo de câncer humano, enquanto comumente regulado positivamente em 23 outros subtipos diferentes. A regulação positiva de GINS1 foi significativamente correlacionada com a sobrevida global pobre (OS) de Carcinoma Hepatocelular de Fígado (LIHC), Adenocarcinoma de Pulmão (LUAD) e Carcinoma de Células Claras Renais de Rim (KIRC). O GINS1 também foi encontrado regulado positivamente em pacientes LIHC, LUAD e KIRC de diferentes características clínico-patológicas. A análise de enriquecimento de vias revelou o envolvimento de GINS1 em duas vias diversas, enquanto poucas correlações interessantes também foram documentadas entre a expressão de GINS1 e seu nível de metilação do promotor, nível de células imunes T CD8 + e CNVs. Além disso, também previmos poucos medicamentos que poderiam ser usados no tratamento de LIHC, LUAD e KIRC, regulando a expressão de GINS1. O perfil de expressão de GINS1 no estudo atual sugeriu que é um novo biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de LIHC, LUAD e KIRC.

Anti-hyperglycemic and anti-hyperlipidemic effects of a methanolic extract of Debregeasia salicifolia in Alloxan-induced diabetic albino mice

Abstract Diabetes mellitus (DM), an endocrine syndrome characterized by high blood glucose levels due to abrogated insulin activity. The existing treatments for DM have side effects and varying degrees of efficacy. Therefore, it is paramount that novel approaches be developed to enhance the management of DM. Therapeutic plants have been accredited as having comparatively high efficacy with fewer adverse effects. The current study aims to elucidate the phytochemical profile, anti-hyperlipidemic, and anti-diabetic effects of methanolic extract D. salicifolia (leaves) in Alloxan-induced diabetic mice. Alloxan was injected intraperitoneally (150 mg kg-1, b.w), to induced diabetes in mice. The mice were divided into three groups (n=10). Group 1 (normal control) received normal food and purified water, Group II (diabetic control) received regular feed and clean water and group III (diabetic treated) received a methanolic extract of the plant (300 mg kg-1) for 28 days with a typical diet and clean water throughout the experiment. Blood samples were collected to checked serum glucose and concentration of LDL, TC, TG. The extract demonstrated significant antihyperglycemic activity (P 0.05), whereas improvements in mice's body weight and lipid profiles were observed after treatment with the extract. This study establishes that the extract has high efficacy with comparatively less toxicity that can be used for DM management.

Resumo Diabetes mellitus (DM) é uma síndrome endócrina caracterizada por níveis elevados de glicose no sangue devido à atividade anulada da insulina. Os tratamentos existentes para o DM têm efeitos colaterais e vários graus de eficácia. Portanto, é fundamental que novas abordagens sejam desenvolvidas para aprimorar o manejo do DM. As plantas terapêuticas foram acreditadas como tendo eficácia comparativamente alta com menos efeitos adversos. O presente estudo visa elucidar o perfil fitoquímico, efeitos anti-hiperlipidêmicos e antidiabéticos do extrato metanólico de D. salicifolia (folhas) em camundongos diabéticos induzidos por aloxana. Alloxan foi injetado por via intraperitoneal (150 mg kg-1, b.w), para induzir diabetes em camundongos. Os camundongos foram divididos em três grupos (n = 10). Grupo 1 (controle normal) recebeu ração normal e água purificada, Grupo II (controle diabético) recebeu ração regular e água limpa, e o grupo III (tratamento diabético) recebeu extrato metanólico da planta (300 mg kg-1) por 28 dias com uma dieta típica e água limpa durante todo o experimento. Amostras de sangue foram coletadas para verificar a glicose sérica e a concentração de LDL, TC, TG. O extrato demonstrou atividade anti-hiperglicêmica significativa (P 0,05), enquanto melhorias no peso corporal e no perfil lipídico dos camundongos foram observadas após o tratamento com o extrato. Este estudo estabelece que o extrato tem alta eficácia com comparativamente menos toxicidade e pode ser usado para o controle do DM.

Phylogenetic status and diet of red fox (Vulpes vulpes griffithii) inhabiting Ayubia National Park, Pakistan

Abstract The red fox (Vulpes vulpes) is a medium-sized carnivore that occurs in different regions of Pakistan, however, still lacks scientific data on its ecology and distribution. The current study investigated the phylogenetic status and diet of the red fox (V.v. griffithii) occurring in Ayubia National Park, Pakistan. Through camera trapping and molecular analysis, we confirmed the occurrence of red fox in the study area. Based on mitochondrial cytochrome B (304 bp) and limited sampling, nearly all red foxes of Ayubia National Park and surrounding Himalayan ranges fall within Holarctic maternal lineage, whereas red foxes found in plains of Pakistan are part of the basal Palearctic maternal lineage. Using 32 scats, we found that red fox diet comprises of 80% animal-based prey species (both wild and domestic) and 19% plant matter. The wild animal prey species included Cape hare (Lepus capensis) and flying squirrel (Pteromyini sp.), which constituted 17% and 15% of diet, respectively. Red foxes infrequently consumed House mouse (Mus musculus), Himalayan Palm civet (Paguma larvata) and sheep (Ovis aries), each comprising around 6% to 9% of red fox diet. The fox species also scavenged on domestic donkey opportunistically. Based on our sampling, our study suggests that the red fox (V.v. griffithii) that occurs in Ayubia National Park and across the lesser Himalayan ranges belongs to Holarctic maternal lineage. The study also highlights consumption of plant seeds by red foxes, indicating it may play an important ecological role in seed dispersal in Ayubia National Park.

Resumo A raposa-vermelha (Vulpes vulpes) é um carnívoro de médio porte que ocorre em diferentes regiões do Paquistão, porém ainda carece de dados científicos sobre sua ecologia e distribuição. O presente estudo investigou o status filogenético e a dieta da raposa-vermelha (V.v. griffithii) que ocorre no Parque Nacional de Ayubia, Paquistão. Por meio de armadilhas fotográficas e análises moleculares, confirmamos a ocorrência de raposa-vermelha na área de estudo. Com base no citocromo B mitocondrial (304 bp) e amostragem limitada, quase todas as raposas-vermelhas do Parque Nacional de Ayubia e áreas circundantes do Himalaia se enquadram na linhagem materna holártica, enquanto as raposas-vermelhas encontradas nas planícies do Paquistão fazem parte da linhagem materna basal paleártica. Usando 32 fezes, descobrimos que a dieta da raposa-vermelha compreende 80% de espécies de presas de origem animal (selvagens e domésticas) e 19% de matéria vegetal. As espécies de presas de animais selvagens incluíram a lebre-do-cabo (Lepus capensis) e o esquilo-voador (Pteromyini sp.), que constituíram 17% e 15% da dieta, respectivamente. As raposas-vermelhas consumiam raramente ratos domésticos (Mus musculus), algas do Himalaia (Paguma larvata) e ovelhas (Ovis aries), cada um compreendendo cerca de 6% a 9% da dieta da raposa-vermelha. A espécie de raposa também se alimentava de burros domésticos de forma oportunista. Com base em nossa amostragem, nosso estudo sugere que a raposa-vermelha (V.v. griffithii) que ocorre no Parque Nacional de Ayubia e nas cordilheiras menores do Himalaia pertence à linhagem materna holártica. O estudo também destaca o consumo de sementes de plantas por raposas-vermelhas, indicando que pode desempenhar um papel ecológico importante na dispersão de sementes no Parque Nacional de Ayubia.

Mutations in the bone morphogenetic protein 15 gene causing defective protein secretion in Cholistani infertile sheep

Abstract Naturally occurring mutations in morphogenetic protein 15 (BMP15) are associated with decreased ovulation rate (OR), litter size (LS), and sterility. It is of a great interest to elucidate BMP15 gene in Cholistani sheep breed to uplift socio-economic status and the knowledge of Cholistani sheep breeding in Southern Punjab, Pakistan. In our study, a total of 50 infertile Cholistani sheep aged between 2-6 years and having no blood relation were screened for BMP15 mutations. For this purpose, a high-quality DNA was extracted from the blood of sheep followed by primer designing, Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification, DNA sequencing, and in silico analyses. Out of total 50 samples, 9 samples including case 1 (T3), case 2 (T8), case 3 (T17), case 4 (T22), case 5 (T25), case 6 (T33), case 7 (T40), case 8 (T44), and case 9 (T47) were found positive for a variety of already reported and novel BMP15 mutations. Further in silico analyses of the observed mutations have shown the functional impact of these mutations on different characteristics (molecular weight, theoretical PI, estimated half-life, instability index, sub-cellular localization, and 3D confirmation) of the encoded proteins, possibly altering the normal functionality. In a nutshell, findings of this study have confirmed the possible essential role of the BMP15 mutations in the infertility of the Cholistani sheep.

Resumo Mutações de ocorrência natural na proteína morfogenética 15 (BMP15) estão associadas à diminuição da taxa de ovulação (TO), tamanho da ninhada (TN) e esterilidade. Estudar a BMP15 na raça Cholistani para elevar o status socioeconômico e o conhecimento da criação de ovinos Cholistani no sul de Punjab, Paquistão. Em nosso estudo, 50 ovelhas Cholistani inférteis sem parentesco sanguíneo foram rastreadas para mutações BMP15. Para tanto, um DNA de alta qualidade foi extraído do sangue dessas ovelhas, seguido de concepção do primer, amplificação da reação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento de DNA e análises in silico. Do total de 50 amostras, 9, incluindo caso 1 (T3), caso 2 (T8), caso 3 (T17), caso 4 (T22), caso 5 (T25), caso 6 (T33), caso 7 (T40), caso 8 (T44) e caso 9 (T47), foram consideradas positivas para uma variedade de mutações BMP15 novas e já relatadas. Mais análises in silico das mutações observadas mostraram o impacto funcional dessas mutações em diferentes características (peso molecular, PI teórico, meia-vida estimada, índice de instabilidade, localização subcelular e confirmação 3D) das proteínas codificadas, possivelmente alterando a funcionalidade normal. Nossos achados confirmaram o possível papel essencial das mutações BMP15 na infertilidade de ovelhas Cholistani.

Morpho-physiological and phytohormonal changes during the induction of adventitious root development stimulated by exogenous IBA application in Magnolia biondii Pamp

Abstract Magnolia biondii Pamp is an important ornamental tree species widely grown and used as a rootstock in the propagation of different Magnolia varieties. In the current studies, anatomical, physiological and endogenous hormones were studied to check the effect of IBA 750 mg/L on the adventitious rooting and to provide theoretical and technical support for the propagation of Magnolia biondii Pamp through stem cuttings. Two thousand stem cuttings were prepared and divided into two groups i.e., IBA treated cuttings and water control. For the evaluation of antioxidant enzyme activities, and endogenous hormones levels, samples were collected on the day of planting and each 5th day and further steps were carried out in the laboratory according to the protocols and proper precautions. For the anatomical observations, samples were collected on the 13th, 15th, and 17th day for IBA treated cuttings while 21st, 23rd, and 25th day for control. Collected samples were preserved in the FAA solution and further observations were carried out in the laboratory. Anatomical observations showed that it took 13 days for the differentiation of root primordia to the appearance of young adventitious roots in IBA treated cuttings, while it took 21 days to develop primordia in the control. Antioxidant enzyme activities involved in ROS were significantly higher in the IBA treated cuttings compared to control. POD showed a peak on the 13th day before the emergence of roots in IBA treated cuttings while it showed a peak on the 21st day in the control. PPO showed a peak on the 21st day in the IBA treated cuttings while it showed a peak on the 29th day in the control. SOD showed a peak on the 17th day in IBA treated cuttings, while it showed a peak on the 25th day in the control. Exogenous application of IBA enhanced the endogenous IAA and GA3 levels compared to CK, while it reduced the levels of ABA continuously at the time of rooting and then increased gradually. Inclusively, our study suggests that IBA 750 mg/L is efficient for the rooting of Magnolia biondii Pamp cuttings, as it enhanced the process of antioxidant enzyme activities, endogenous hormones levels and reduced the time of root formation which is evident from the anatomical observations.

Resumo Magnolia biondii Pamp é uma importante espécie de árvore ornamental muito cultivada e utilizada como porta-enxerto na propagação de diferentes variedades de Magnolia. Nos estudos atuais, hormônios anatômicos, fisiológicos e endógenos foram estudados para verificar o efeito do AIB na dose de 750 mg / L no enraizamento adventício e fornecer suporte teórico e técnico para a propagação de M. biondii Pamp por meio de estacas. Duas mil estacas foram preparadas e divididas em dois grupos, ou seja, tratadas com AIB e controle de água. Para a avaliação das atividades das enzimas antioxidantes e dos níveis de hormônios endógenos, as amostras foram coletadas no dia do plantio e a cada 5 dias, enquanto as demais etapas foram realizadas em laboratório de acordo com os protocolos e os devidos cuidados. Para as observações anatômicas, as amostras foram coletadas no 13º, 15º e 17º dias para estacas tratadas com AIB e no 21º, 23º e 25º dias para o controle. As amostras coletadas foram preservadas em solução FAA, e outras observações foram realizadas em laboratório. Observações anatômicas mostraram a necessidade de 13 dias para a diferenciação dos primórdios radiculares até o aparecimento de raízes adventícias jovens em estacas tratadas com AIB e de 21 dias para o desenvolvimento dos primórdios no controle. As atividades das enzimas antioxidantes envolvidas nas ROS foram significativamente maiores nas estacas tratadas com AIB em comparação com o controle. A POD apresentou pico no 13º dia antes da emergência das raízes nas estacas tratadas com AIB, enquanto no 21º dia apresentou pico no controle. A PPO teve pico no 21º dia nas estacas tratadas com AIB e no 29º dia no controle. A SOD apresentou pico no 17º dia nas estacas tratadas com AIB e no 25º dia no controle. A aplicação exógena de AIB aumentou os níveis endógenos de IAA e GA3 em relação ao controle, enquanto reduziu os níveis de ABA continuamente no momento do enraizamento e, em seguida, aumentou gradativamente. Inclusive, nosso estudo sugere que o AIB na dose de 750 mg / L é eficiente para o enraizamento de estacas de M. biondii Pamp, visto que potencializou o processo de atividades de enzimas antioxidantes e os níveis de hormônios endógenos, além de reduzir o tempo de formação de raízes, o que fica evidente nas observações anatômicas.

Phylo-geographic analysis of whitefly on the basis of mitochondrial cytochrome oxidase 1 gene

Abstract Bemisia tabaci is a species complex that causes damage to its broad range of plant hosts through serious feeding. It transmits plant viruses of different groups to important agricultural crops. Some important cash crops of Pakistan are sugar cane, rice, tobacco and seed oil. It shows high genetic variability and is differentiated as races or biotypes. Biotypes are, biotype Q, biotype B, biotype B2, biotype M, biotype L, biotype A, biotype H, biotype C, biotype K, biotype N, biotype R, biotype E, biotype P, biotype J, biotype S, biotype AN. Although the current report based on the Bayesian study of mitochondrial cytohrome oxidase gene1 (CO1) DNA sequences has classified the different populations of whiteflies into twelve genetic groups which are Mediterranean, Sub-Saharan Africa silverleafing, Indian Ocean, Asia II, Asia I, Australia, New World, Italy, China, Sub-Saharan Africa non-silverleafing, Mediterranean/Asia Minor/Africa and Uganda sweet potato. Begomoviruses is largest group of viruses transmitted by B. tabaci and cause major diseases of crops such as tomato and chili leaf curl disease, cassava mosaic disease; yellow mosaic disease of legumes and cotton leaf curl disease. The main objective of current study is to inculpate knowledge regarding genetic diversity of whitefly in cotton fields across Pakistan via analysis of partial DNA sequence of mitochondrial gene Cytochrom Oxidase I (mtCO1).

Resumo Bemisia tabaci é um complexo de espécies que causa danos a uma ampla gama de hospedeiros vegetais por meio de alimentação séria. Ele transmite vírus de plantas de diferentes grupos para importantes safras agrícolas. Algumas safras comerciais importantes do Paquistão são cana-de-açúcar, arroz, tabaco e óleo de semente. Apresenta alta variabilidade genética e é diferenciado em raças ou biótipos. Os biótipos são: biótipo Q, biótipo B, biótipo B2, biótipo M, biótipo L, biótipo A, biótipo H, biótipo C, biótipo K, biótipo N, biótipo R, biótipo E, biótipo P, biótipo J, biótipo S, biótipo AN . Embora o relatório atual baseado no estudo bayesiano das sequências de DNA do gene 1 da oxidase do citocromo mitocondrial (CO1) tenha classificado as diferentes populações de moscas-brancas em doze grupos genéticos, que são Mediterrâneo, África Subsaariana com folha de prata, Oceano Índico, Ásia II, Ásia I, Austrália, Novo Mundo, Itália, China, África Subsaariana sem folha prateada, Batata-doce Mediterrâneo / Ásia Menor / África e Uganda. Os begomovírus são o maior grupo de vírus transmitidos por B. tabaci e causam as principais doenças de culturas, como a doença do cacho do tomate e da pimenta-malagueta, doença do mosaico da mandioca, doença do mosaico amarelo de leguminosas e doença do enrolamento da folha do algodão. O principal objetivo do presente estudo é inculpar conhecimento sobre a diversidade genética da mosca-branca em campos de algodão em todo o Paquistão por meio da análise da sequência parcial de DNA do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (mtCO1).

Up-regulation of GINS1 highlighted a good diagnostic and prognostic potential of survival in three different subtypes of human cancer / A regulação positiva de GINS1 destacou um bom potencial diagnóstico e prognóstico de sobrevivência em três subtipos diferentes de câncer humano

Abstract Cancer is a fatal malignancy and its increasing worldwide prevalence demands the discovery of more sensitive and reliable molecular biomarkers. To investigate the GINS1 expression level and its prognostic value in distinct human cancers using a series of multi-layered in silico approach may help to establish it as a potential shared diagnostic and prognostic biomarker of different cancer subtypes. The GINS1 mRNA, protein expression, and promoter methylation were analyzed using UALCAN and Human Protein Atlas (HPA), while mRNA expression was further validated via GENT2. The potential prognostic values of GINS1 were evaluated through KM plotter. Then, cBioPortal was utilized to examine the GINS1-related genetic mutations and copy number variations (CNVs), while pathway enrichment analysis was performed using DAVID. Moreover, a correlational analysis between GINS1 expression and CD8+ T immune cells and a the construction of gene-drug interaction network was performed using TIMER, CDT, and Cytoscape. The GINS1 was found down-regulated in a single subtypes of human cancer while commonly up-regulated in 23 different other subtypes. The up-regulation of GINS1 was significantly correlated with the poor overall survival (OS) of Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC), Lung Adenocarcinoma (LUAD), and Kidney renal clear cell carcinoma (KIRC). The GINS1 was also found up-regulated in LIHC, LUAD, and KIRC patients of different clinicopathological features. Pathways enrichment analysis revealed the involvement of GINS1 in two diverse pathways, while few interesting correlations were also documented between GINS1 expression and its promoter methylation level, CD8+ T immune cells level, and CNVs. Moreover, we also predicted few drugs that could be used in the treatment of LIHC, LUAD, and KIRC by regulating the GINS1 expression. The expression profiling of GINS1 in the current study has suggested it a novel shared diagnostic and prognostic biomarker of LIHC, LUAD, and KIRC.

Resumo O câncer é uma doença maligna fatal e sua crescente prevalência mundial exige a descoberta de biomarcadores moleculares mais sensíveis e confiáveis. Investigar o nível de expressão de GINS1 e seu valor prognóstico em cânceres humanos distintos, usando uma série de abordagens in silico em várias camadas, pode ajudar a estabelecê-lo como um potencial biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de diferentes subtipos de câncer. O mRNA de GINS1, a expressão da proteína e a metilação do promotor foram analisados ​​usando UALCAN e Human Protein Atlas (HPA), enquanto a expressão de mRNA foi posteriormente validada via GENT2. Os valores prognósticos potenciais de GINS1 foram avaliados por meio do plotter KM. Em seguida, o cBioPortal foi utilizado para examinar as mutações genéticas relacionadas ao GINS1 e as variações do número de cópias (CNVs), enquanto a análise de enriquecimento da via foi realizada usando DAVID. Além disso, uma análise correlacional entre a expressão de GINS1 e células imunes T CD8 + e a construção de uma rede de interação gene-droga foi realizada usando TIMER, CDT e Cytoscape. O GINS1 foi encontrado regulado negativamente em um único subtipo de câncer humano, enquanto comumente regulado positivamente em 23 outros subtipos diferentes. A regulação positiva de GINS1 foi significativamente correlacionada com a sobrevida global pobre (OS) de Carcinoma Hepatocelular de Fígado (LIHC), Adenocarcinoma de Pulmão (LUAD) e Carcinoma de Células Claras Renais de Rim (KIRC). O GINS1 também foi encontrado regulado positivamente em pacientes LIHC, LUAD e KIRC de diferentes características clínico-patológicas. A análise de enriquecimento de vias revelou o envolvimento de GINS1 em duas vias diversas, enquanto poucas correlações interessantes também foram documentadas entre a expressão de GINS1 e seu nível de metilação do promotor, nível de células imunes T CD8 + e CNVs. Além disso, também previmos poucos medicamentos que poderiam ser usados ​​no tratamento de LIHC, LUAD e KIRC, regulando a expressão de GINS1. O perfil de expressão de GINS1 no estudo atual sugeriu que é um novo biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de LIHC, LUAD e KIRC.

Phylo-geographic analysis of whitefly on the basis of mitochondrial cytochrome oxidase 1 gene / Análise filogeográfica da mosca-branca com base no gene citocromo oxidase 1 mitocondrial

Bemisia tabaci is a species complex that causes damage to its broad range of plant hosts through serious feeding. It transmits plant viruses of different groups to important agricultural crops. Some important cash crops of Pakistan are sugar cane, rice, tobacco and seed oil. It shows high genetic variability and is differentiated as races or biotypes. Biotypes are, biotype Q, biotype B, biotype B2, biotype M, biotype L, biotype A, biotype H, biotype C, biotype K, biotype N, biotype R, biotype E, biotype P, biotype J, biotype S, biotype AN. Although the current report based on the Bayesian study of mitochondrial cytohrome oxidase gene1 (CO1) DNA sequences has classified the different populations of whiteflies into twelve genetic groups which are Mediterranean, Sub-Saharan Africa silverleafing, Indian Ocean, Asia II, Asia I, Australia, New World, Italy, China, Sub-Saharan Africa non-silverleafing, Mediterranean/Asia Minor/Africa and Uganda sweet potato. Begomoviruses is largest group of viruses transmitted by B. tabaci and cause major diseases of crops such as tomato and chili leaf curl disease, cassava mosaic disease; yellow mosaic disease of legumes and cotton leaf curl disease. The main objective of current study is to inculpate knowledge regarding genetic diversity of whitefly in cotton fields across Pakistan via analysis of partial DNA sequence of mitochondrial gene Cytochrom Oxidase I (mtCO1).

Bemisia tabaci é um complexo de espécies que causa danos a uma ampla gama de hospedeiros vegetais por meio de alimentação séria. Ele transmite vírus de plantas de diferentes grupos para importantes safras agrícolas. Algumas safras comerciais importantes do Paquistão são cana-de-açúcar, arroz, tabaco e óleo de semente. Apresenta alta variabilidade genética e é diferenciado em raças ou biótipos. Os biótipos são: biótipo Q, biótipo B, biótipo B2, biótipo M, biótipo L, biótipo A, biótipo H, biótipo C, biótipo K, biótipo N, biótipo R, biótipo E, biótipo P, biótipo J, biótipo S, biótipo AN . Embora o relatório atual baseado no estudo bayesiano das sequências de DNA do gene 1 da oxidase do citocromo mitocondrial (CO1) tenha classificado as diferentes populações de moscas-brancas em doze grupos genéticos, que são Mediterrâneo, África Subsaariana com folha de prata, Oceano Índico, Ásia II, Ásia I, Austrália, Novo Mundo, Itália, China, África Subsaariana sem folha prateada, Batata-doce Mediterrâneo / Ásia Menor / África e Uganda. Os begomovírus são o maior grupo de vírus transmitidos por B. tabaci e causam as principais doenças de culturas, como a doença do cacho do tomate e da pimenta-malagueta, doença do mosaico da mandioca, doença do mosaico amarelo de leguminosas e doença do enrolamento da folha do algodão. O principal objetivo do presente estudo é inculpar conhecimento sobre a diversidade genética da mosca-branca em campos de algodão em todo o Paquistão por meio da análise da sequência parcial de DNA do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (mtCO1).

Mutations in the bone morphogenetic protein 15 gene causing defective protein secretion in Cholistani infertile sheep / Mutações no gene da proteína morfogenética óssea 15 causadoras de defeitos na secreção proteica em ovelhas inférteis Cholistani

Naturally occurring mutations in morphogenetic protein 15 (BMP15) are associated with decreased ovulation rate (OR), litter size (LS), and sterility. It is of a great interest to elucidate BMP15 gene in Cholistani sheep breed to uplift socio-economic status and the knowledge of Cholistani sheep breeding in Southern Punjab, Pakistan. In our study, a total of 50 infertile Cholistani sheep aged between 2-6 years and having no blood relation were screened for BMP15 mutations. For this purpose, a high-quality DNA was extracted from the blood of sheep followed by primer designing, Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification, DNA sequencing, and in silico analyses. Out of total 50 samples, 9 samples including case 1 (T3), case 2 (T8), case 3 (T17), case 4 (T22), case 5 (T25), case 6 (T33), case 7 (T40), case 8 (T44), and case 9 (T47) were found positive for a variety of already reported and novel BMP15 mutations. Further in silico analyses of the observed mutations have shown the functional impact of these mutations on different characteristics (molecular weight, theoretical PI, estimated half-life, instability index, sub-cellular localization, and 3D confirmation) of the encoded proteins, possibly altering the normal functionality. In a nutshell, findings of this study have confirmed the possible essential role of the BMP15 mutations in the infertility of the Cholistani sheep.

Mutações de ocorrência natural na proteína morfogenética 15 (BMP15) estão associadas à diminuição da taxa de ovulação (TO), tamanho da ninhada (TN) e esterilidade. Estudar a BMP15 na raça Cholistani para elevar o status socioeconômico e o conhecimento da criação de ovinos Cholistani no sul de Punjab, Paquistão. Em nosso estudo, 50 ovelhas Cholistani inférteis sem parentesco sanguíneo foram rastreadas para mutações BMP15. Para tanto, um DNA de alta qualidade foi extraído do sangue dessas ovelhas, seguido de concepção do primer, amplificação da reação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento de DNA e análises in silico. Do total de 50 amostras, 9, incluindo caso 1 (T3), caso 2 (T8), caso 3 (T17), caso 4 (T22), caso 5 (T25), caso 6 (T33), caso 7 (T40), caso 8 (T44) e caso 9 (T47), foram consideradas positivas para uma variedade de mutações BMP15 novas e já relatadas. Mais análises in silico das mutações observadas mostraram o impacto funcional dessas mutações em diferentes características (peso molecular, PI teórico, meia-vida estimada, índice de instabilidade, localização subcelular e confirmação 3D) das proteínas codificadas, possivelmente alterando a funcionalidade normal. Nossos achados confirmaram o possível papel essencial das mutações BMP15 na infertilidade de ovelhas Cholistani.

Morpho-physiological and phytohormonal changes during the induction of adventitious root development stimulated by exogenous IBA application in Magnolia biondii Pamp / Alterações morfofisiológicas e fito-hormonais durante a indução do desenvolvimento radicular adventício estimulado pela aplicação exógena do AIB em Magnolia biondii Pamp

Magnolia biondii Pamp is an important ornamental tree species widely grown and used as a rootstock in the propagation of different Magnolia varieties. In the current studies, anatomical, physiological and endogenous hormones were studied to check the effect of IBA 750 mg/L on the adventitious rooting and to provide theoretical and technical support for the propagation of Magnolia biondii Pamp through stem cuttings. Two thousand stem cuttings were prepared and divided into two groups i.e., IBA treated cuttings and water control. For the evaluation of antioxidant enzyme activities, and endogenous hormones levels, samples were collected on the day of planting and each 5th day and further steps were carried out in the laboratory according to the protocols and proper precautions. For the anatomical observations, samples were collected on the 13th, 15th, and 17th day for IBA treated cuttings while 21st, 23rd, and 25th day for control. Collected samples were preserved in the FAA solution and further observations were carried out in the laboratory. Anatomical observations showed that it took 13 days for the differentiation of root primordia to the appearance of young adventitious roots in IBA treated cuttings, while it took 21 days to develop primordia in the control. Antioxidant enzyme activities involved in ROS were significantly higher in the IBA treated cuttings compared to control. POD showed a peak on the 13th day before the emergence of roots in IBA treated cuttings while it showed a peak on the 21st day in the control. PPO showed a peak on the 21st day in the IBA treated cuttings while it showed a peak on the 29th day in the control. SOD showed a peak on the 17th day in IBA treated cuttings, while it showed a peak on the 25th day in the control. Exogenous application of IBA enhanced the endogenous IAA and GA3 levels compared to CK, while it reduced the levels of ABA continuously at the time of rooting and then increased gradually. Inclusively, our study suggests that IBA 750 mg/L is efficient for the rooting of Magnolia biondii Pamp cuttings, as it enhanced the process of antioxidant enzyme activities, endogenous hormones levels and reduced the time of root formation which is evident from the anatomical observations.

Magnolia biondii Pamp é uma importante espécie de árvore ornamental muito cultivada e utilizada como porta-enxerto na propagação de diferentes variedades de Magnolia. Nos estudos atuais, hormônios anatômicos, fisiológicos e endógenos foram estudados para verificar o efeito do AIB na dose de 750 mg / L no enraizamento adventício e fornecer suporte teórico e técnico para a propagação de M. biondii Pamp por meio de estacas. Duas mil estacas foram preparadas e divididas em dois grupos, ou seja, tratadas com AIB e controle de água. Para a avaliação das atividades das enzimas antioxidantes e dos níveis de hormônios endógenos, as amostras foram coletadas no dia do plantio e a cada 5 dias, enquanto as demais etapas foram realizadas em laboratório de acordo com os protocolos e os devidos cuidados. Para as observações anatômicas, as amostras foram coletadas no 13º, 15º e 17º dias para estacas tratadas com AIB e no 21º, 23º e 25º dias para o controle. As amostras coletadas foram preservadas em solução FAA, e outras observações foram realizadas em laboratório. Observações anatômicas mostraram a necessidade de 13 dias para a diferenciação dos primórdios radiculares até o aparecimento de raízes adventícias jovens em estacas tratadas com AIB e de 21 dias para o desenvolvimento dos primórdios no controle. As atividades das enzimas antioxidantes envolvidas nas ROS foram significativamente maiores nas estacas tratadas com AIB em comparação com o controle. A POD apresentou pico no 13º dia antes da emergência das raízes nas estacas tratadas com AIB, enquanto no 21º dia apresentou pico no controle. A PPO teve pico no 21º dia nas estacas tratadas com AIB e no 29º dia no controle. A SOD apresentou pico no 17º dia nas estacas tratadas com AIB e no 25º dia no controle. A aplicação exógena de AIB aumentou os níveis endógenos de IAA e GA3 em relação ao controle, enquanto reduziu os níveis de ABA continuamente no momento do enraizamento e, em seguida, aumentou gradativamente. Inclusive, nosso estudo sugere que o AIB na dose de 750 mg / L é eficiente para o enraizamento de estacas de M. biondii Pamp, visto que potencializou o processo de atividades de enzimas antioxidantes e os níveis de hormônios endógenos, além de reduzir o tempo de formação de raízes, o que fica evidente nas observações anatômicas.

Ethnomedicinal uses of plants for various diseases in the remote areas of Changa Manga Forest, Pakistan / Usos etnomedicinais de plantas para várias doenças nas áreas remotas da Floresta Changa Manga, Paquistão

This study aims at reporting the indigenous knowledge of the medicinal flora from the inhabitants of surroundings of the World's largest artificial planted forest "Changa Manga", Pakistan. Data were collected by direct interviews and group meetings from 81 inhabitants including 32 local healers having information regarding the use of indigenous medicinal plants over a period of one year. Different statistical tools were applied to analyze the data including Frequency citation (FC), Relative frequency citation (RFC), Use Value, Factor of informants consensus and fidelity level. This study reported 73 plant species belonging to 37 plant families and 46 genera. The majority of plant species belong to compositae family. The most commonly used medicinal plants were P. hysterophorus L., P. dactylifera L., S. indicum L, P. harmala L., P. emblica L., and A. indica A.Juss. The greatest number of species was used to cure gastrointestinal disorders. The highest fidelity level (68.18%) was of E. helioscopia to cure gastrointestinal disorders. Maximum fresh uses (17) were reported by C. dactylon (L.) Pars. While the highest number of species reporting fresh uses in similar number was 13. In this study, five novel plants are being reported for the first time in Pakistan for their ethnomedicinal worth. Our data reflect unique usage of the medicinal plants in the study area. The statistical tools used in the study proved useful in pointing the most important and disease category specific plants. High use value plant and the new reported medicinal plants might prove an important source of the isolation of pharmacologically active compounds.

Este estudo tem como objetivo relatar o conhecimento indígena sobre a flora medicinal dos habitantes do entorno da maior floresta artificial plantada do mundo, a Changa Manga, no Paquistão. Os dados foram coletados por meio de entrevistas diretas e reuniões em grupo de 81 habitantes, incluindo 32 curandeiros locais, com informações sobre o uso de plantas medicinais indígenas durante o período de um ano. Diferentes ferramentas estatísticas foram aplicadas para analisar os dados, incluindo citação de frequência (FC), citação de frequência relativa (RFC), valor de uso, fator de consenso dos informantes e nível de fidelidade. Este estudo relatou 73 espécies de plantas pertencentes a 37 famílias de plantas e 46 gêneros. A maioria das espécies de plantas pertence à família Compositae. As plantas medicinais mais utilizadas foram P. hysterophorus L., P. dactylifera L., S. indicum L., P. harmala L., P. emblica L. e A. indica A. Juss. O maior número de espécies foi usado para curar distúrbios gastrointestinais. O maior nível de fidelidade (68,18%) foi de E. helioscopia para cura de distúrbios gastrointestinais. Os usos máximos em fresco (17) foram relatados por C. dactylon (L.) Pars. enquanto o maior número de espécies relatando usos frescos em número semelhante foi de 13. Neste estudo, cinco novas plantas estão sendo relatadas pela primeira vez no Paquistão por seu valor etnomedicinal. Nossos dados refletem o uso exclusivo das plantas medicinais na área de estudo. As ferramentas estatísticas utilizadas no estudo mostraram-se úteis para apontar as plantas mais importantes e específicas da categoria de doença. Plantas de alto valor de uso e as novas plantas medicinais relatadas podem ser uma importante fonte de isolamento de compostos farmacologicamente ativos.

A comprehensive review on the documented characteristics of four Reticulitermes termites (Rhinotermitidae, Blattodea) of China / Uma revisão abrangente sobre as características documentadas de quatro cupins Reticulitermes da China

Termites are known as social insects worldwide. Presently in China 473 species, 44 genera and 4 families of termites have been reported. Of them, 111 Reticulitermes species are widely spread in different zones of China. The dispersion flight season of these Chinese Reticulitermes species are usually started from February to June, but in some regions different species are distributed, sharing their boundaries and having overlapping flight seasons. These reasons become important sources of hybridization between two different heterospecific populations of termites. It was confirmed that the fertilized eggs and unfertilized eggs of some Reticulitermes termites have the capacity of cleavage. While the unfertilized eggs of R. aculabialis, R. chinensis and R. labralis cleaved normally and the only R. aculabialis unfertilized eggs develop in embryos. While, the R. flaviceps and R. chinensis were observed with their abnormal embryonic development, and not hatching of eggs parthenogenetically. They were reported more threatening to Chinese resources as they propagate with parthenogenesis, hybridization and sexual reproduction. Eggshell and macrophiles of eggs play important roles in species identification and control. Although, they are severe pests and cause a wide range of damages to wooden structures and products in homes, buildings, building materials, trees, crops, and forests in China's Mainland.

Os cupins são conhecidos como insetos sociais em todo o mundo. Atualmente na China foram relatadas 473 espécies, 44 gêneros e 4 famílias de cupins. Destas, 111 espécies de Reticulitermes estão amplamente distribuídas em diferentes zonas da China. A temporada de voo de dispersão dessas espécies chinesas de Reticulitermes geralmente começa de fevereiro a junho, mas em algumas regiões diferentes espécies são distribuídas, compartilhando seus limites e tendo temporadas de voo sobrepostas. Essas razões tornam-se importantes fontes de hibridização entre duas populações heteroespecíficas de cupins. Foi confirmado que os ovos fertilizados e não fertilizados de alguns cupins Reticulitermes possuem capacidade de clivagem. Já os ovos não fertilizados de R. aculabialis, R. chinensis e R. labralis clivaram normalmente, e os únicos ovos não fertilizados de R. aculabialis se desenvolvem em embriões. R. flaviceps e R. chinensis foram observados com desenvolvimento embrionário anormal, e não eclosão de ovos por partenogênese. Eles foram relatados como mais ameaçadores para os recursos chineses à medida que se propagam com partenogênese, hibridização e reprodução sexual. Casca de ovo e macrófilos de ovos desempenham papéis importantes na identificação e controle de espécies, embora sejam pragas graves e causem uma ampla gama de danos a estruturas e produtos de madeira em residências, edifícios, materiais de construção, árvores, plantações e florestas na China continental.

Age and growth assessment of the near-threatened fish Rita rita (Siluriformes: Bagridae) in the Ganges basin

Introduction: Rita rita is a freshwater catfish under threat of extinction, mainly from loss of breeding and nursing grounds. A reliable method for age and growth estimation is needed by fishery managers. Objective: To identify the best body structure for age and growth estimation. Methods: We assessed estimates precision based on Average Percent Error (APE), Coefficient Variation (CV), and Percent Agreement (PA) between readers separately analyzed each calcified structure. We used 390 fish samples from three rivers, Ganga, Yamuna and Ramganga, from September 2018 to August 2019. Results: The three indicators favored the use of vertebrae for age estimation; the growth band seems to be annual and formed from May to September. The growth equations were Lt = 90.19(1-e-0.145(t+0.51)) for Ganga; Lt = 91.19 (1-e-0.14(t+0.59)) for Yamuna and Lt = 89.63 (1-e-0.15(t+0.68)) for Ramganga. Conclusion: This species reaches moderate growth in these rivers, where vertebrae are the recommended age estimation structure, followed, in case of need, by sectioned otoliths, whole otoliths and opercular bones. Pectoral spines should be avoided, especially in older fish.

Introducción: Rita rita es un pez de agua dulce bajo amenaza de extinción, principalmente por la pérdida de sitios de reproducción y crianza. Un método fiable para las estimaciones de edad y crecimiento es necesario para los administradores de recursos pesqueros. Objetivo: Identificar la mejor estructura corporal para estimaciones de edad y crecimiento. Métodos: Evaluamos la precisión de las estimaciones mediante el Porcentaje de Error Promedio (APE), Coeficiente de Variación (CV), y Porcentaje de Acuerdo (PA) entre lecturas para cada estructura calcificada. Usamos 390 muestras de peces de tres ríos, Ganga, Yamuna y Ramganga, de setiembre 2018 hasta agosto 2019. Resultados: Los tres indicadores favorecieron el uso de vértebras para la estimación de edad; la banda de crecimiento parece ser anual y se forma entre mayo y setiembre. Las ecuaciones de crecimiento fueron Lt = 90.19(1-e-0.145(t+0.51)) para Ganga; Lt = 91.19 (1-e-0.14(t+0.59)) para Yamuna y Lt = 89.63 (1-e-0.15(t+0.68)) para Ramganga. Conclusión: La especie alcanza un crecimiento moderado en estos ríos, dónde las vértebras son la estructura de estimación etaria recomendada, seguido de, en caso de ser necesario, los otolitos segmentados, otolitos enteros y huesos operculares. Debe evitarse el uso de espinas pectorales, especialmente en peces de mayor edad.

Comparison of different diagnostic modalities for isolation of Mycobacterium Tuberculosis among suspected tuberculous lymphadenitis patients / Comparação de diferentes modalidades de diagnóstico para isolamento de Mycobacterium tuberculosis entre pacientes com suspeita de linfadenite tuberculosa

Abstract Tuberculosis is a communicable disease with high morbidity and mortality rates in developing countries. The study's primary objective is to compare conventional methods such as acid-fast bacillus (AFB) culture and microscopy with rapid diagnostic methods. The secondary objective is to compare histopathological and microbiological findings in suspected patients with tubercular lymphadenitis. A total of 111 samples (August 2018 to September 2019) of lymph nodes were processed for AFB microscopy, AFB cultures, drug-susceptibility testing (DST), histopathology, and Xpert Mycobacterium Tuberculosis (MTB)/resistance to Rifampin (RIF) assays. Out of 111 lymph node samples, 6 (5.4%) were positive for AFB smear microscopy, 84 (75.6%) were positive for AFB culture, 80 (70.7%) were positive on Gene Xpert, and 102 (91.8%) were indicative of tuberculosis for histopathology studies. Mycobacteria growth indicator tube (MGIT) culture positivity was 84 (75.6%) higher than solid Lowenstein-Jensen (LJ) culture 74 (66.6%). Positive cultures underwent phenotypic DST. Two cases were Multidrug-resistant (MDR) on DST, while three cases were Rifampicin resistant on Gene Xpert. The sensitivity of Genexpert was (62%) against the conventional AFB culture method. The poor performance of conventional lymphadenitis diagnostic methods requires early and accurate diagnostic methodology. Xpert MTB/RIF test can help in the treatment of multidrug-resistant TB cases. Nonetheless, rapid and conventional methods should be used for complete isolation of Mycobacterium tuberculosis.

Resumo A tuberculose é uma doença transmissível com altas taxas de morbimortalidade nos países em desenvolvimento. O objetivo principal do estudo é comparar métodos convencionais, como cultura de bacilo álcool-ácido resistente (BAAR) e microscopia, com métodos de diagnóstico rápido. O objetivo secundário é comparar os achados histopatológicos e microbiológicos em pacientes com suspeita de linfadenite tubercular. Um total de 111 amostras (agosto de 2018 a setembro de 2019) de gânglios linfáticos foi processado ​​para microscopia de AFB, culturas de AFB, teste de susceptibilidade a drogas (DST), histopatologia e Xpert Mycobacterium tuberculosis (MTB)/ensaios de resistência à rifampicina (RIF). Das 111 amostras de linfonodos, 6 (5,4%) foram positivas para baciloscopia de AFB, 84 (75,6%) foram positivas para cultura de AFB, 80 (70,7%) foram positivas para o GeneXpert e 102 (91,8%) foram indicativas de tuberculose para estudos histopatológicos. A positividade da cultura do tubo indicador de crescimento de micobactérias (MGIT) foi 84 (75,6%), maior que a cultura sólida de Lowenstein-Jensen (LJ), 74 (66,6%). As culturas positivas foram submetidas a DST fenotípico. Dois casos eram multirresistentes (MDR) ao DST, enquanto três casos eram resistentes à rifampicina no GeneXpert. A sensibilidade do GeneXpert foi 62% contra o método convencional de cultura AFB. O fraco desempenho dos métodos convencionais de diagnóstico de linfadenite requer metodologia de diagnóstico precoce e precisa. O teste Xpert MTB/RIF pode ajudar no tratamento de casos de tuberculose multirresistente. No entanto, métodos rápidos e convencionais devem ser usados ​​para o isolamento completo do Mycobacterium tuberculosis.

Population distribution and habitat analysis of Rufous treepie (Dendrocitta vagabunda) in Abbottabad, Pakistan / Distribuição da população e análise de habitat de Rufous treepie (Dendrocitta vagabunda) em Abbottabad, Paquistão

Abstract The Rufous treepie (Dendrocitta vagabunda) belongs to family corvidae, order Passeriformes which includes about 100 species. The current study was conducted to gather information about the Population distribution and habitat analysis of D. vagabunda at District Abbottabad, Pakistan. The data were collected on monthly basis both morning and evening times (2018-2019). "The ''Point count Method" was used for population estimation and ''Quadrates Method" for habitat analysis of study area. The result shows an average month-wise population density of D. vagabunda was maximum at Jhangra 0.14±0.039/ha, whereas minimum at Havelian 0.11±0.022/ha. There was no significant difference (p>0.05) among monthly population densities of D. vagabunda, however, a significant difference (p<0.05) was found between morning and evening times population of the specie. The present study revealed that importance value index (IVI) of plants species at Sherwan, Bakot, Havelian, Langra and Jhangra were 59.6±12.6, 50.1±6.9, 53.4±6.3, 66.8±10 and 60.1±7.7. Likewise, the frequency of shrubs at Sherwan, Bakot, Havelian, Langra and Jhangra were 33.3±4.2, 45±9.4, 46.7±8.2, 55.6±22.2 and 37.5±8.5. Similarly, the frequency of herbs at Sherwan, Bakot, Havelian, Langra and Jhangra were 40.4±6.0, 37.5±5.6, 53.3±7.4, 48.5±5.2 and 46.9±7.4 respectively. Our results show the study area as suitable habitat for D. vagabunda.

Resumo A trepadeira Rufous (Dendrocitta vagabunda) pertence à família corvidae, ordem Passeriformes que inclui cerca de 100 espécies. O estudo atual foi realizado para reunir informações sobre a distribuição da população e análise do habitat de D. vagabunda no distrito de Abbottabad, Paquistão. Os dados foram coletados mensalmente pela manhã e à noite (2018-2019). O "método de contagem de pontos" foi usado para estimativa da população e o "método dos quadrados" para análise de habitat da área de estudo. O resultado mostra que uma densidade populacional média mensal de D. vagabunda foi máxima em Jhangra 0,14 ± 0,039 / ha, enquanto a mínima em Havelian 0,11 ± 0,022/ha. Não houve diferença significativa (p> 0,05) entre as densidades populacionais mensais de D. vagabunda, entretanto foi encontrada diferença significativa (p <0,05) entre os períodos matutino e noturno da população da espécie. O presente estudo revelou que o índice de valor de importância (IVI) das espécies de plantas em Sherwan, Bakot, Havelian, Langra e Jhangra foi de: 59,6 ± 12,6, 50,1 ± 6,9, 53,4 ± 6,3, 66,8 ± 10 e 60,1 ± 7,7. Da mesma forma, a frequência de arbustos em Sherwan, Bakot, Havelian, Langra e Jhangra foi de: 33,3 ± 4,2, 45 ± 9,4, 46,7 ± 8,2, 55,6 ± 22,2 e 37,5 ± 8,5. Da mesma forma, a frequência de ervas em Sherwan, Bakot, Havelian, Langra e Jhangra foi: 40,4 ± 6,0, 37,5 ± 5,6, 53,3 ± 7,4, 48,5 ± 5,2 e 46,9 ± 7,4, respectivamente. Nossos resultados mostram a área de estudo como habitat adequado para D. vagabunda.

Revision of some mensural measurements, food preference, and haematological parameters in breeding pairs of blue rock pigeon, Columba livia sampled from Punjab Pakistan / Revisão de algumas medidas mensurais, preferência alimentar e parâmetros hematológicos em pares de criação de pombo blue rock (Columba livia), amostragem de Punjab, Paquistão

The present study describes the haematological profile, feeding preference, and comparison of morphometric characters of blue rock pigeon (Columba livia) breeding pairs. For this purpose, 25 pairs (25 samples per sex) were sampled through Mist nets from district Okara and Bahawalnagar, Punjab, Pakistan. Birds were then anaesthetized with a combination of ketamine HCL (10 mg/kg) and diazepam (0.2 mg/kg) and subjected to morphometric measurements. 5µL blood also was taken from the jugular vein of each anaesthetized bird for haematological analysis. Few pairs were also dissected to remove gastrointestinal tracts (GITs) for food preferences. Results revealed that there are no significant differences in the haematological parameters and feeding preference of breeding pairs of Columba livia. The gut analysis further revealed, the major portion of gut contents consisted of pea and corn in most of the pairs. Regarding the mensural measurements, significant differences were recorded in the body weight, length of the longest primary feather, and chest circumference, whereas the rest of the studied parameters remain nonsignificant between sexes. So, it is concluded that apart from 3 morphometric parameters (body weight, length of longest primary feather and chest circumference), both sexes are alike in term of morphometry, haematology and food preference.

O presente estudo descreve o perfil hematológico, a preferência alimentar e a comparação de caracteres morfométricos de casais reprodutores de pombo-rocha (Columba livia). Para tanto, 25 pares (25 amostras por sexo) foram amostrados por meio de redes de névoa do distrito de Okara e Bahawalnagar, Punjab, Paquistão. As aves foram então anestesiadas com uma combinação de cetamina HCL (10 mg/kg) e diazepam (0,2 mg/kg) e submetidas a medidas morfométricas; 5 µL de sangue também foram retirados da veia jugular de cada ave anestesiada para análise hematológica. Poucos pares também foram dissecados para remover o trato gastrointestinal (GITs) para preferências alimentares. Os resultados revelaram que não há diferenças significativas nos parâmetros hematológicos e na preferência alimentar dos casais reprodutores de Columba livia. A análise intestinal revelou ainda que a maior parte do conteúdo intestinal consistia em ervilha e milho na maioria dos pares. Em relação às medidas mensurais, foram registradas diferenças significativas no peso corporal, comprimento da pena primária mais longa e circunferência torácica, enquanto os demais parâmetros estudados permanecem não significativos entre os sexos. Assim, conclui-se que além de três parâmetros morfométricos (peso corporal, comprimento da pena primária mais longa e circunferência torácica), ambos os sexos são semelhantes em termos de morfometria, hematologia e preferência alimentar.

Body composition, growth performance and enzyme activities of Labeo rohita fed different commercial fish feeds / Composição corporal, desempenho de crescimento e atividades enzimáticas de diferentes alimentos para peixes comerciais alimentados por Labeo rohita

We have evaluated the effects of different fish feeds on the body composition, growth, and enzyme activities of Labeo rohita (Rohu). In total, 240 fishes between the average weights of 24.77±2.15g were studied. The treatments were applied in a completely randomized design, with 4 treatments of 60 fishes each. Treatments consisted of four different fish feeds [Oryza (T1), AMG (T2), Aqua (T3), and Supreme (T4)]. Body composition, growth performance, and enzyme activities were evaluated. There was a significant variation in performance of fishes fed with different type of feed; as fishes having Oryza feed showed the highest weight gain, specific growth rate (SGR), and best feed conversion ratio (FCR) as compared to other groups that were considered to be significant (P ≤ 0.05). High net weight gain was obtained in T4 when compared with T2 and T3. FCR value of T4 was less than T1 but higher than T2, T3 and T2, which showed the lowest values. The specific growth rate was recorded as average in T4, but T2 led a high SGR than T3. Similarly, crude protein level and digestive enzymes activity was recorded significantly highest in fed with Oryza (T1) as compared to AMG (T2), Aqua (T3), and Supreme (T4). Water quality parameters were recorded significant in all treatments except pH and DO of treatment (T1), significantly different from other treatments. It was concluded that Rohu (Labeo rohita) could show a promising growth rate and protease enzyme activity when fed with the Oryza feed of 25% protein.

Avaliamos os efeitos de diferentes alimentos para peixes em relação à composição corporal, crescimento e atividades enzimáticas de Labeo rohita (Rohu). No total, foram estudados 240 peixes com pesos médios de 24,77 ± 2,15 g. Os tratamentos foram aplicados em delineamento inteiramente casualizado, com quatro tratamentos de 60 peixes cada. Os tratamentos consistiram em quatro alimentos diferentes para peixes: Oryza (T1), AMG (T2), Aqua (T3) e Supreme (T4). Foram avaliados a composição corporal, o desempenho de crescimento e as atividades enzimáticas. Houve uma variação significativa no desempenho dos peixes alimentados com diferentes tipos de ração. Peixes com alimentação Oryza apresentaram maior ganho de peso, taxa de crescimento específico (SGR) e melhor taxa de conversão alimentar (FCR) em comparação com outros grupos que foram considerados significativos (P ≤ 0,05). Elevado ganho de peso líquido foi obtido em T4 quando comparado com T2 e T3. O valor da FCR de T4 foi menor que T1, mas maior que T2 e T3, que apresentaram os menores valores. A taxa de crescimento específico foi registrada como média em T4, mas T2 teve uma SGR alta do que T3. Da mesma forma, o nível de proteína bruta e a atividade das enzimas digestivas foram registrados significativamente mais altos nos peixes alimentados com Oryza (T1) em comparação com AMG (T2), Aqua (T3) e Supreme (T4). Os parâmetros de qualidade da água foram registrados como significativos em todos os tratamentos, exceto pH e OD do tratamento (T1), significativamente diferente dos demais tratamentos. Concluiu-se que Rohu (Labeo rohita) pode apresentar uma taxa de crescimento promissora e atividade da enzima protease quando alimentado com Oryza de 25% de proteína.

Comparative analysis of various sources of selenium on the growth performance and antioxidant status in broilers under heat stress / Análise comparativa de várias fontes de selênio no desempenho de crescimento e status antioxidante em frangos de corte sob estresse térmico

The supplementation of Selenium-enriched probiotics is effective in reducing oxidative stress and maintaining meat quality stability in broiler chicken especially under heat stress. An experimental study was conducted to perform Comparative analysis of Selenium yeast with inorganic Se in broilers under heat stress. A total of 120 broilers chicks of one day were assigned to 4 groups each consisting 30 chicks fed on same basal diet but different selenium sources. The basal diet of group D1 was not supplemented with Se source (Negative control), group D2 basal diet was supplemented with inorganic selenium (Sodium selenite 0.22mg/Kg starter phase and 0.15mg/Kg finisher phase), group D3 basal diet was supplemented with commercially available organic selenium (Seleno-methionine 0.22mg/Kg starter phase and 0.15mg/Kg finisher phase) and group D4 basal diet was supplemented with self-developed organic selenium (Se-enriched yeast 0.22mg/Kg starter phase and 0.15mg/Kg finisher phase). The performance parameters i.e. feed intake (FI), live body weight (BW) and FCR were not significantly (p>0.05) effected by selenium supplementation in the starter phase but were significantly (p<0.05) effected in the finisher phase. Selenium supplementation significantly (p<0.05) effected serum Se level in different supplemented groups. Higher serum Se value (58.20±0.06) was recorded in D4 group. Similarly significantly lower selenium value was recorded for D4 and higher was recorded for D1 (11.36±0.08). However lower serum Paraoxonase (PON) value was recorded for D4 (13.24±0.01) and higher for D1 (13.33±0.03). Comparatively self-developed Se enriched yeast increased the Se accumulation and improved antioxidant system. Glutathione peroxidase (GPx) was found higher in D4 (12.333±0.03) followed by D3, D2 and D1 respectively. Whereas superoxide dismutase (SOD) was significantly lower (p<0.05) in D4 (0.1437±0.003) followed by D3 (0.1457±0.002). Selenium supplementation increased the [...].

A suplementação de probióticos enriquecidos com selênio é eficaz na redução do estresse oxidativo e na manutenção da estabilidade da qualidade da carne em frangos de corte, especialmente sob estresse por calor. Um estudo experimental foi conduzido para realizar uma análise comparativa da levedura selênio com o Se inorgânico em frangos de corte sob estresse térmico. Um total de 120 pintos de um dia foi dividido em 4 grupos, cada um consistindo de 30 pintos alimentados com a mesma dieta basal, mas com diferentes fontes de selênio. A dieta basal do grupo D1 não foi suplementada com fonte de Se (controle negativo), a dieta basal do grupo D2 foi suplementada com selênio inorgânico (selenito de sódio 0,22 mg / kg fase inicial e 0,15 mg / kg fase finalizadora), a dieta basal do grupo D3 foi suplementada com selênio orgânico disponível comercialmente (fase inicial de seleno-metionina 0,22 mg / kg e fase finalizadora de 0,15 mg / kg) e a dieta basal do grupo D4 foi suplementada com selênio orgânico autodesenvolvido (fermento enriquecido com Se 0,22 mg / kg fase inicial e 0,15 mg / kg fase finalizadora). Os parâmetros de desempenho, ou seja, consumo de ração (FI), peso corporal vivo (PC) e FCR não foram significativamente (p > 0,05) afetados pela suplementação de selênio na fase inicial, mas foram significativamente (p < 0,05) afetados na fase final. A suplementação de selênio afetou significativamente (p < 0,05) o nível de Se sérico em diferentes grupos suplementados. O maior valor de Se sérico (58,20 ± 0,06) foi registrado no grupo D4. Da mesma forma, valor de selênio significativamente menor foi registrado para D4 e maior foi registrado para D1 (11,36 ± 0,08). No entanto, um valor mais baixo de Paraoxonase (PON) sérica foi registrado para D4 (13,24 ± 0,01) e mais alto para D1 (13,33 ± 0,03). A levedura enriquecida com Se comparativamente autodesenvolvida aumentou o acúmulo de Se e melhorou o sistema [...].

Stoichioproteomics study of differentially expressed proteins and pathways in head and neck cancer / Estudo estequioproteômico de proteínas e vias expressas diferencialmente no câncer de cabeça e pescoço

Hypoxia is a prominent feature of head and neck cancer. However, the oxygen element characteristics of proteins and how they adapt to hypoxia microenvironments of head and neck cancer are still unknown. Human genome sequences and proteins expressed data of head and neck cancer were retrieved from pathology atlas of Human Protein Atlas project. Then compared the oxygen and carbon element contents between proteomes of head and neck cancer and normal oral mucosa-squamous epithelial cells, genome locations, pathways, and functional dissection associated with head and neck cancer were also studied. A total of 902 differentially expressed proteins were observed where the average oxygen content is higher than that of the lowly expressed proteins in head and neck cancer proteins. Further, the average oxygen content of the up regulated proteins was 2.54% higher than other. None of their coding genes were distributed on the Y chromosome. The up regulated proteins were enriched in endocytosis, apoptosis and regulation of actin cytoskeleton. The increased oxygen contents of the highly expressed and the up regulated proteins might be caused by frequent activity of cytoskeleton and adapted to the rapid growth and fast division of the head and neck cancer cells. The oxygen usage bias and key proteins may help us to understand the mechanisms behind head and neck cancer in targeted therapy, which lays a foundation for the application of stoichioproteomics in targeted therapy and provides promise for potential treatments for head and neck cancer.

A hipóxia é uma característica proeminente do câncer de cabeça e pescoço. No entanto, as características do elemento oxigênio das proteínas e como elas se adaptam aos microambientes de hipóxia do câncer de cabeça e pescoço ainda são desconhecidas. Sequências do genoma humano e dados expressos de proteínas de câncer de cabeça e pescoço foram recuperados do atlas de patologia do projeto Human Protein Atlas. Em seguida, comparou o conteúdo do elemento de oxigênio e carbono entre proteomas de câncer de cabeça e pescoço, e células epiteliais escamosas da mucosa oral normal, localizações do genoma, vias e dissecção funcional associada ao câncer de cabeça e pescoço também foram estudadas. Um total de 902 proteínas expressas diferencialmente foi observado onde o conteúdo médio de oxigênio é maior do que as proteínas expressas de forma humilde em proteínas de câncer de cabeça e pescoço. Além disso, o conteúdo médio de oxigênio das proteínas reguladas positivamente foi 2,54% maior do que das outras. Nenhum de seus genes codificadores foi distribuído no cromossomo Y. As proteínas reguladas positivamente foram enriquecidas em endocitose, apoptose e regulação do citoesqueleto de actina. O conteúdo aumentado de oxigênio das proteínas altamente expressas e reguladas pode ser causado pela atividade frequente do citoesqueleto e adaptado ao rápido crescimento e divisão das células cancerosas de cabeça e pescoço. O viés do uso de oxigênio e as proteínas-chave podem nos ajudar a entender os mecanismos por trás do câncer de cabeça e pescoço na terapia direcionada, o que estabelece uma base para a aplicação da estequioproteômica na terapia direcionada e oferece uma promessa para potenciais tratamentos para o câncer de cabeça e pescoço.

Molecular detection and prevalence of Rotavirus with acute gastroenteritis among the children of rural and urban areas / Detecção molecular e prevalência de rotavírus com gastroenterite aguda entre as crianças de áreas rurais e urbanas

Rotavirus is the main infective agent of acute gastroenteritis (AGE) in children under the age of five years and causing significant morbidity as well as mortality throughout the world. The study was carried out to detect the prevalence rate, genotypes strain and risk factors of Rotavirus among the children of rural and urban areas of district Bannu Khyber Pakhtunkhwa Pakistan. A total of 180 stool samples were collected from children under the age of 5 years from two major hospitals of Bannu from January to December (2015). The samples were analyzed by Reverse-transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) for the detection of Rotavirus, positive samples were further processed for genotyping (G and P type) through specific PCR. Of the total, 41 (23%) samples were positive for Rotavirus. The most prevalent G genotypes found were: G3, G8, G9 (each 29%), followed by G10 (15%), and G11 (10%). Whereas the prevalent P genotypes were: P-8 (25%), P-4 and P-10 (each 20%), P-9 (15%), followed by P-6 and P-11 (each 10%). Moreover, Rotavirus infection was more prevalent in summer (23.73%) and winter (22.7%) than spring (20%) and autumn (21.4%). Rotavirus infection exhibited high frequency in June (14%), October (8%) and November (6%). It is concluded that Rotavirus is more prevalent in children and various genotypes (G and P) of Rotavirus are present in the study area. Lack of studies, awareness and rarer testing of Rotavirus are the principal reasons of virus prevalence in district Bannu, Pakistan.

O rotavírus é o principal agente infeccioso da gastroenterite aguda (AGE) em crianças menores de 5 anos e causa de morbidade e mortalidade significativas em todo o mundo. O estudo foi realizado para detectar a taxa de prevalência, cepa de genótipos e fatores de risco de rotavírus entre as crianças de áreas rurais e urbanas do distrito de Bannu Khyber Pakhtunkhwa, Paquistão. Um total de 180 amostras de fezes foi coletada de crianças menores de 5 anos de dois grandes hospitais de Bannu de janeiro a dezembro (2015). As amostras foram analisadas por reação em cadeia da polimerase transcriptase reversa (RT-PCR) para detecção de rotavírus; as amostras positivas foram posteriormente processadas para genotipagem (tipo G e P) através de PCR específica. Do total, 41 (23%) amostras foram positivas para rotavírus. Os genótipos G mais prevalentes encontrados foram: G3, G8, G9 (cada 29%), seguidos de G10 (15%) e G11 (10%). Considerando que os genótipos P prevalentes foram: P-8 (25%), P-4 e P-10 (cada 20%), P-9 (15%), seguido por P-6 e P-11 (cada 10%). Além disso, a infecção por rotavírus foi mais prevalente no verão (23,73%) e inverno (22,7%) do que na primavera (20%) e no outono (21,4%). A infecção por rotavírus apresentou alta frequência em junho (14%), outubro (8%) e novembro (6%). Conclui-se que o rotavírus é mais prevalente em crianças e vários genótipos (G e P) do rotavírus estão presentes na área de estudo. A falta de estudos, conhecimento e testes mais raros de rotavírus são as principais razões da prevalência do vírus no distrito de Bannu, Paquistão.