ABSTRACT
El genoma del VIH contiene nueve genes, tres de estos genes (gag, pol y env) codifican proteínas estructurales. Existen dos variantes principales de este virus, VIH-1 y VIH-2. El primero es el causante de la mayoría de las infecciones a nivel mundial, actualmente se han identificado nueve subtipos de VIH-1 y 58 formas recombinantes circulantes (FRC). En Centroamérica, el subtipo B del VIH-1 es el causante de la mayoría de los casos de VIH positivo; en Guatemala se ha reportado la presencia de subtipo B, de formas recombinantes BF1 y del subtipo C; sin embargo, actualmente no existen análisis filogenéticos que indiquen las variantes de este subtipo. Debido a lo anterior, el objetivo del estudio fue llevar a cabo la subtipificación de 400 secuencias de la región pol del VIH-1 obtenidas de 400 pacientes VIH-1 positivos, en una clínica de atención integral de Guatemala del 2010 al 2015. Para determinar los distintos subtipos de VIH-1 presentes en Guatemala se realizó la subtipificación de las secuencias obtenidas por la prueba de genotipo en formato FASTA, con la herramienta REGA HIV-1 Subtyping Tool Version 3.0. Con el fin de determinar la relación entre las variantes de VIH-1, se realizó un alineamiento de secuencias y árboles filogenéticos utilizando el método Neighbor Joining y Máxima Verosimilitud con 100 réplicas bootstrap, con el programa MEGA 7.0.21. Se determinó que el subtipo con mayor frecuencia de las secuencias analizadas es el subtipo B con un 71.5 %, seguido de la forma recombinante BD (16.75 %) y el subtipo B-like (7.75 %)
The HIV genome contains nine genes, three of these genes (gag, pol, and env) encode structural proteins. There are two main variants of this virus, HIV-1 and HIV-2. The first one (HIV-1) is the cause of most infections worldwide, of which nine subtypes and 58 circulating recombinant forms (CRF) have been identified. In Central America, subtype B of HIV-1 is the cause of the majority of HIV positive cases. In Guatemala, it has been reported the presence of subtype B, recombinant forms BF1 and subtype C. However, no phylogenetic analysis has been performed to indicate the variants of this subtype. The aim of the study was to subtype 400 sequences of the pol region of HIV-1, of samples that were obtained from a care clinic during the period 2010 to 2015. To determine the different subtypes of HIV-1 present in Guatemala, the subtyping of the sequences obtained by the genotype test, in FASTA format, was performed with REGA HIV-1 Subtyping Tool - Version 3.0. In order to determine the relationship between HIV-1 variants, an alignment of sequences and phylogenetic trees was performed using the Neighbor Union and Maximum Likelihood method with 100 bootstrap replicas, with the MEGA 7.0.21 program. It was determined that the subtypes with the highest prevalence of the studied sequences are the subtype B (71.5 %), recombinant BD (16.75 %), and subtype B-like (7.75 %)
ABSTRACT
La resistencia a los antibióticos constituye uno de los problemas más relevantes de salud pública en todo el mundo. Las enterobacterias productoras de carbapenemasas representan la mayor amenaza. Las carbapenemasas son potentes enzimas que inactivan los antibióticos carbapenémicos y en general, a todos los antibióticos betalactámicos. Las consecuencias para el tratamiento de las infecciones causadas por estas bacterias son relevantes, ya que los carbapenemes son de las últimas opciones disponibles para bacterias multirresistentes. Esta investigación tuvo como objetivos determinar por medio de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) punto final, la presencia de los genes de carbapenemasas blaKPC (Klebsiella pneumoniae carbapenemasa) y blaNDM (New Delhi Metalobetalactamasa) en aislamientos de K. pneumoniae del Hospital General San Juan de Dios de la ciudad de Guatemala, caracterizar el tipo de muestra y definir el servicio del hospital donde se aislaron este tipo de bacterias. Se analizaron 54 aislamientos de K. pneumoniae resistentes a carbapenemes (imipenem y/o meropenem), 49 (91%) fueron portadoras del gen blaNDM. Estas bacterias se aislaron con más frecuencia en muestras de sangre (37%) y orina (14%). En esta investigación, el 53% de aislamientos se obtuvieron de pacientes de servicios de intensivos. Los resultados de este estudio indican que K. pneumoniae portadora del gen blaNDM se ha diseminado dentro del Hospital General San Juan de Dios, desde el primer caso reportado hace cinco años, poniendo en riesgo de muerte a los pacientes, especialmente a los hospitalizados en los servicios de intensivos.
Resistance to antibiotics is one of the most important public health problems worldwide. Enterobacteriaceae producing carbapenemases pose the greatest threat. The carbapenemases are powerful enzymes that inactivate carbapenem antibiotics and generally all beta-lactam antibiotics. The consequences for the treatment of infections caused by these bacteria are important because carbapenems are the latest options available for multidrug-resistant bacteria. This research aimed to determine through endpoint polymerase chain reaction (PCR), the presence of the carbapenemases encoding genes blaKPC (Klebsiella pneumoniae carbapenemase) and blaNDM (New Delhi metallolactamase) in K. pneumoniae isolates from San Juan de Dios General Hospital located in Guatemala City; and to characterize the sample type and define the service of the hospital where such bacteria were isolated 54 K. pneumoniae isolates resistant to carbapenems (imipenem and / or meropenem), were analyzed. From these, 49 (91 %) were detected as blaNDM gene carriers. These bacteria were isolated more frequently in blood samples (37%) and urine (14%). In this research, 53% of isolates were obtained from patients hospitalized in intensive care units. This study demonstrates that K. pneumoniae carrying the blaNDM gene has spread within San Juan de Dios General Hospital, since the first reported case five years ago, risking the life of patients, especially of those hospitalized in intensive care services.
ABSTRACT
La resistencia a la terapia antirretroviral (TARV) es un factor determinante para el fallo virológico en pacientes con VIH. El objetivo de este estudio fue identificar los patrones genotípicos de resistencia en pacientes con fallo virológico. Fueron incluidos pacientes de las diferentes unidades de atención integral de VIH en Guatemala, de quienes se sospechaba resistencia y que necesitaban cambios en la TARV por fallo virológico, se requirió haber evaluado la adherencia y una carga viral ≥1,000 copias/ml. La información clínica y demográfica fue recolectada a través de la forma de solicitud. El análisis de resistencia se realizó a través de la metodología TRUGENE® HIV-1. La muestra se restringió a 25 pacientes por motivos de accesibilidad. El 68% de las muestras analizadas presentaron resistencia; por familia de ARV la resistencia fue de 88.2% para ITINN, 70.5% para ITIAN y 17.6% para IP. Se identificaron 79 mutaciones entre el grupo de estudio, el 46.8% de fueron asociadas a ITINN, 76.6% a ITIAN y 26.6% a IP. Para ITIAN las mutaciones más frecuentes fueron la M184V 43%, M184I 14% y K219E 10%; el 23.8% fueron mutaciones TAMs. Para ITINN fueron la V179D 16%, K103N 14%, G190A 14% y Y181C 14%. Para los IP la mutación más frecuente fue la M36I con 29%. La resistencia identificada en este grupo, fue menor a lo reportado en otros países latinoamericanos; sin embargo es similar a lo reportado por OMS en países con bajo o medio ingreso económico.
ARV drug resistance is one of the leading causes of virologic failure among HIV patients on HAART. Theobjective of this study was to determine genotypic resistance profiles among HIV patients on virologic failure. Patients from one HIV clinic in Guatemala on whom ARV drug resistance was suspected and needed a change in their ARV regimen due to virologic failure were included. In order to perform the genotype, the patient had to demonstrate good adherence to therapy and a confirmed viral load ≥1,000 copies/ml. Demographics andclinical data were collected through the resistance-testing questionnaire. The TRUGENE® HIV-1 methodology was used for resistance analysis. The patient sample was restricted to 25 patients due to accessibility, 68% presented resistance to at least one ARV drug. By ARV class, 88.2% presented resistance to NNRTIs, 70.5% to NRTIs and 17.6% to IPs. We found 79 mutations among the samples analyzed. Of the mutations found, 46.8% were associated with NNRTI resistance, 76.6% to NRTI resistance and the remainder 26.6% to PI resistance. The most frequent NRTI associated mutations were M184V 43%, M184I 14% and K219E 10%; 23.8% were TAM. The NNRTI associated mutations were V179D 16%, K103N 14%, G190A 14% and Y181C 14%. For the PI the most frequent mutation was M36I with 29%. The resistance found in this study was lower to that reported in other Latin American studies, however, it is similar to what is reported by WHO in low and middle income countries.