ABSTRACT
Abstract The resources and platforms available on the internet for collecting and sharing information and performing genomic sequence analysis have made it possible to follow closely the evolution the evolution of SARS-CoV-2. However, the current monkeypox outbreak in the world brings us back to the need to use these resources to appraise the extent of this outbreak. The objective of this work was an analysis of the information presented so far in the genomic database GISAID EpiPox™, using various tools available on the web. The results indicate that the monkeypox outbreak is referred as MPXV clade II B.1 lineage and sub-lineages, isolated from male patients mainly from the European and American continents. In the current scenario, the access to genomic sequences, epidemiological information, and tools available to the scientific community is of great importance for global public health in order to follow the evolution of pathogens.
Resumen Los recursos y plataformas disponibles en Internet para recopilar, compartir información y realizar análisis de secuencias genómicas han permitido seguir de cerca la evolución del SARS-CoV-2. El actual brote global de viruela del mono en el mundo, requiere de nuevo utilizar estos recursos para conocer el alcance de este brote. El objetivo de este trabajo fue un análisis de la información presentada hasta el momento en la base de datos genómica EpiPox™ de GISAID, utilizando diversas herramientas disponibles en la web. Los resultados indican que el brote de la viruela del mono o símica está referido al linaje y sub-linajes B.1 del clado II de MPXV, aislado principalmente de pacientes hombres de Europa y América. En el escenario actual, el acceso a las secuencias genómicas, la información epidemiológica, y las herramientas disponibles para la comunidad científica son de gran importancia para la salud pública mundial con el fin de seguir la evolución de los patógenos.
ABSTRACT
Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.
Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.
ABSTRACT
Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.
Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.
ABSTRACT
Globally, about 50% of liver cancer originates as a result of long term infection with hepatitis B virus (HBV), and some genotypes and mutations have been associated with an increased severity of infection. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of HBV in patients from Venezuela, with chronic infection, cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC) and to compare the occurrence of mutations in all patient groups. Samples from patients with different pathologies of the liver, associated with HBV infection, were collected. The HBV S region was analyzed for genotype determination and, when available, the whole genome sequence was examined for mutations analysis. Genotype F was the most common genotype (87%). While the HBV subgenotype F3 was the most frequent genotype in the whole group of samples (44%), the subgenotype F2 predominated in HCC patients (56%). Mutations were more common in HCC and cirrhosis cases (p=0.01). The A1762T mutation was significantly associated with the advanced stage of liver disease (p=0.008). Additionally, mutations were more common in early stages of liver disease in HBV subgenotype F2- infected patients, and a significant association between this subgenotype and the emergence of T1753C, A1762T, A1762T/G1764A (p=0.04) and C1773T (p=0.001) mutations in chronic patients was found, when compared to the HBV subgenotype F3. By comparing F2 with all other HBV subgenotypes, a positive association for the three basal core promoter (BCP) mutants (A1762T, A1762T/G1764A p=0.01, G1764A p=0.04) was found. These results suggest that the HBV subgenotype F2 might be associated to more severe forms of liver disease in comparison with the HBV subgenotype F3.
Mundialmente, alrededor del 50% del cáncer de hígado se origina como consecuencia de la infección a largo plazo con el virus de la hepatitis B (VHB), y algunos genotipos y mutaciones han sido asociados con severidad incrementada de la infección. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad genética del VHB en pacientes de Venezuela con infección crónica, cirrosis y carcinoma hepatocelular (CHC) y comparar la ocurrencia de mutaciones en los tres grupos de pacientes. Se reunieron muestras de pacientes con diferentes patologías de la enfermedad del hígado asociada a la infección por VHB. La región S del VHB fue analizada para la determinación del genotipo y cuando estuvo disponible, la secuencia del genoma completo fue examinada para análisis de mutaciones. El genotipo F de VHB fue el más frecuente (87%). Mientras que el F3 fue el subgenotipo más encontrado en el grupo completo de muestras (44%), el F2 fue predominante en pacientes con CHC (56%). Las mutaciones fueron más comunes en casos de pacientes con cirrosis y CHC (p=0,01). La mutación A1762T estuvo asociada significativamente con estado avanzado de la enfermedad del hígado (p=0,008). Adicionalmente, las mutaciones fueron más comunes en estados tempranos de la enfermedad del hígado en pacientes infectados con el subgenotipo F2, encontrándose una asociación significativa entre este subgenotipo y la ocurrencia de las mutaciones T1753C, A1762T, A1762T/ G1764A (p=0,04) y C1773T (p=0,001) en pacientes crónicos, en comparación con el subgenotipo F3. Por otro lado, al comparar F2 con los demás subgenotipos de VHB, se encontró una asociación positiva para las tres mutantes del promotor basal de la cápside (PBC) (A1762T, A1762T/G1764A p=0,01, G1764A p=0,04). Estos resultados sugieren que el subgenotipo F2 de VHB puede estar asociado a formas más severas de la enfermedad del hígado en comparación al subgenotipo F3.
Subject(s)
Humans , Genetic Variation , Hepatitis B virus/genetics , Carcinoma, Hepatocellular/virology , Liver Neoplasms/virology , Mutation , Venezuela , GenotypeABSTRACT
The aim of this study was to determine the prevalence of several viral antibodies in non-human primates from two zoological gardens from Venezuela. Only two out of 66 sera were positive for antibodies to dengue virus by hemagglutination inhibition. Six out of 62 sera exhibited antibodies against Hepatitis B virus (HBV) core antigen. Viral DNA was detected by nested PCR in one positive serum and in three negative without serological evidence of HBV infection. Sequence analysis showed the circulation of HBV genotype F, predominant in Venezuela. Antibodies against rotavirus antigens were found in 87 percent (20/23) of Old World primates and in 50 percent (13/26) of New World primates. Both the prevalence of antibodies and the mean O.D. value by ELISA were significantly lower in New World primate sera. These results suggest that non-human primates do not seem to represent an important reservoir for dengue virus infection, highly endemic in Venezuela. Anthropozoonotic infection of HBV seems to occur among primates not only from the Old but also from the New World, reinforcing the importance of vaccination of species at risk. This study also suggests a lower frequency of infection by rotavirus of non-human primates from the New World, compared to primates from the Old World.
En este estudio se determinó la prevalencia de anticuerpos contra varios virus en primates no humanos de dos parques zoológicos de Venezuela. Sólo dos de 66 sueros fueron positivos, por inhibición de la hemaglutinación, para anticuerpos contra virus dengue. Seis de 62 sueros presentaron anticuerpos contra la cápside del virus de la hepatitis B virus (VHB). Se detectó el ADN viral, mediante PCR en dos rondas, en uno de éstos y en tres sueros sin evidencia serológica de infección por VHB. El análisis de la secuencia mostró la circulación del VHB genotipo F, predominante en Venezuela. Un 87 por ciento (20/23) de los sueros de primates del Viejo Mundo y un 50 (13/26) de los del Nuevo Mundo mostraron anticuerpos contra antígenos de rotavirus. Tanto la prevalencia de anticuerpos como los valores promedio de D.O. por ELISA fueron significativamente menores en sueros de primates del Nuevo Mundo. Los primates no humanos no parecen jugar un papel importante como reservorio de la infección por virus dengue, altamente prevalente en el país. La infección por cepas humanas del VHB en primates sugiere infección antroponótica y la importancia de vacunar las especies a riesgo. Los resultados sugieren igualmente una menor frecuencia de infección por rotavirus en primates del Nuevo Mundo.
Subject(s)
Animals , Hepatitis B virus , Haplorhini/virology , Primates , Rotavirus/chemistry , Seroepidemiologic Studies , Virology/methods , Dengue Virus/chemistry , Molecular BiologyABSTRACT
Se adaptó y empleó la corriente sináptica espontánea en la unión neuromusuclar de la cola de renacuajos de Bufo marinus