Genetic power of a brazilian three-generation family with generalized aggressive periodontitis. II

The genetic power of a Brazilian three-generation family with generalized aggressive periodontitis (GAgP) has been reported. The empirical logarithms of the odds (LOD) score thresholds for genetic linkage analysis of complex diseases proposed by Haines rely on confirmation from independent datasets. This study estimated the power of another large Brazilian family with GAgP for future linkage analysis. The three-generation family was seen at the Dental School of the Federal University of Bahia. Following the previously described methodology, full-mouth periodontal probing at 6 sites/tooth was performed in all 19 family members. Six out of 12 siblings were affected with GAgP. All affected family members were non-smokers and did not present diabetes or any other systemic condition or consanguinity. A parametric simulation (?=0) was performed on 100 replicates using the statistical software SLINK for linkage analysis. There was maximum expected LOD scores of 3.75 and 3.45 at penetrance rate F=0.98, and both studied phenocopy rates P=0.0 and P=0.02, respectively. The power of the study increased with the increase of the adopted penetrance rates in both studied phenocopy rates. The studied Brazilian three-generation family showed statistical power for future genetic linkage analysis of candidate genes to GAgP.

O poder genético em uma família brasileira de três gerações com periodontite agressiva generalizada (PAgG) foi reportado. Os valores dos escores logarítmicos (LOD) empíricos para análise genética de ligação de doenças complexas propostos por Haines se baseam na confirmação em conjuntos de dados independentes. O objetivo deste estudo foi de estimar o poder de uma nova grande família com PAgG para futura análise de ligação. A família de três gerações foi vista na Faculdade de Odontologia da Universidade Federal da Bahia. De acordo com metodologia previamente descrita, sondagem periodontal em 6 sítios/dente foi realizada em todos 19 membros da família. Seis de 12 irmãos apresentaram PAgG. Todos os membros afetados da família eram não fumantes, não apresentaram diabetes ou qualquer condição sistêmica ou consangüinidade. Uma simulação paramétrica (?=0) foi realizada em 100 réplicas usando software estatístico SLINK para análise de ligação. Houve escore LOD esperado máximo de 3,75 e 3,45 no valor de penetrância F=0,98 em ambas razões de fenocópia estudadas P=0,0 e P=0,02, respectivamente. O poder do estudo aumento com o aumento do grau de penetrância adotado em ambas razões fenotípicas estudadas. A família brasileira de três gerações estudada mostrou poder estatístico para futura análise de ligação genética de genes candidatos para PAgG.

Genetic power of a Brazilian three-generation family with generalized aggressive periodontitis

Aggressive periodontitis is a multifactorial disease with strong familial aggregation. Genetic linkage analysis is a method to localize causative or predisposing genes along the chromosome, thus helping to unravel important pathogenic pathways. Prior to applying this method, however, it is essential to estimate the power of the study design. The aim of this study was to estimate the power of a large Brazilian family with generalized aggressive periodontitis (GAgP) for future linkage analysis. A three-generation family was seen at the Dental School of the Federal University of Bahia. A full-mouth periodontal probing at 6 sites/tooth was performed in all 23 family members. Five out of 10 siblings were affected with GAgP. A parametric simulation (? = 0) was performed on 100 replicates using the statistical software SLINK for linkage analysis. The linkage LOD score criteria for complex diseases described by Haines was adopted. There was maximum expected LOD scores of 3.56 and 3.48 at penetrance rate F = 0.98, and both studied phenocopy rates p=0.0 and p=0.02, respectively. The analyzed family showed statistical power for future genetic linkage analysis of candidate genes to GAgP.

Periodontite agressiva é uma doença multifatorial que apresenta forte agregação familiar. Análise de ligação genética é um método que localiza genes que causem ou predisponham doenças ao longo do cromossomo e pode ser útil na descoberta de importantes mecanismos patogênicos. No entanto, antes de se realizar uma análise genética de ligação, é essencial estimar o poder do estudo delineado. O objetivo deste estudo foi estimar o poder de uma grande família apresentando periodontite agressiva generalizada para futura análise genética de ligação. Uma família de três gerações (23 membros) que procurou por tratamento periodontal na Faculdade de Odontologia da Universidade Federal da Bahia foi analisada. Em todos os membros familiares foi realizado um exame periodontal completo em seis sítios/dente em todas as unidades dentais presentes por um único examinador. Dos dez irmãos, cinco apresentaram a periodontite agressiva generalizada de acordo com o sistema de classificação da Academia Americana de Periodontia 1999. Uma simulação paramétrica (? = 0) foi realizada em 100 repetições com o uso do software SLINK para ligação genética. O escore logarítmico LOD descrito como critério para doenças complexas (poligênicas ou multifatoriais) por Haines foi adotado. Em nosso estudo foi encontrado um LOD esperado máximo de 3,56 e 3,48 na razão de penetrância F=0,98 nas duas razões de fenocópia estudadas p=0,0 e p =0,02, respectivamente. A família analisada mostrou ter poder estatístico suficiente para futura análise de ligação genética de genes candidatos para periodontite agressiva generalizada.