ABSTRACT
Frenar la propagación de la enfermedad por el coronavirus 2019 (COVID-19, por su sigla en inglés) es fundamental, y se puede realizar mediante técnicas de detección rápidas y efectivas. El objetivo fue comparar la precisión diagnóstica de un test rápido de antígeno (TRAg,) con la reacción en cadena de polimerasa con retrotranscripción (RT-qPCR, por su sigla en inglés) y describir los umbrales de amplificación (Ct, por su sigla en inglés). Participaron niños de 1 mes a 11 años que tuvieran menos de 7 días de síntomas, sin resultado detectable en los últimos 90 días, e inmunocompetentes. Se incluyeron 1855 pacientes con una prevalencia de COVID-19 del 4,7 %. La sensibilidad global del TRAg fue del 60,2 % y su especificidad, del 99,8 %; en niños mayores de 5 años los valores fueron de 69,8 % y 99,8 %, respectivamente. Los valores de Ct de las muestras discordantes fueron más altos. En conclusión, la precisión diagnóstica muestra que TRAg tiene una especificidad similar a la RT-qPCR, pero una sensibilidad considerablemente menor, sobre todo en niños de menos de 5 años.
Stopping the spread of coronavirus disease 2019 (COVID-19) is critical and can be achieved through rapid and effective detection techniques. Our objective was to compare the diagnostic accuracy of rapid antigen tests (RAgT) and reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) and to describe amplification cycle thresholds (Cts). Participants were children aged 1 month to 11 years with symptoms for less than 7 days, who did not have a detectable result in the past 90 days, and were immunocompetent. A total of 1855 patients were included; the prevalence of COVID-19 was 4.7%. For the RAgT, overall sensitivity was 60.2% and specificity, 99.8%; in children older than 5 years, values were 69.8% and 99.8%, respectively. Ct values for discordant samples were higher. To conclude, the diagnostic accuracy indicated that the specificity of RAgT is similar to that of RT-qPCR, but its sensitivity is notably lower,especially in children younger than 5 years.
Subject(s)
Humans , Infant , Child, Preschool , Child , SARS-CoV-2 , COVID-19/diagnosis , Cross-Sectional Studies , Sensitivity and Specificity , Clinical Laboratory Techniques/methods , Real-Time Polymerase Chain Reaction , COVID-19 TestingABSTRACT
Resumen La deficiencia de alfa-1 antitripsina (AAT) es uno de los trastornos hereditarios más frecuentes y con mayor incidencia en pacientes con enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC). Se desconoce su prevalencia en aquellos con neumotórax espontáneo. El objetivo fue estimar la prevalencia de deficiencia de AAT en sujetos con neumotórax espontáneo. El estudio fue prospectivo y de corte transversal en pacientes con neumotórax espontáneo primario. Se excluyeron aquellos con neumotórax secundario. Se realizó cuantificación de AAT en suero por nefelometría y posterior genotipificación rápida (PCR en tiempo real) para detectar los alelos de deficiencia más prevalentes (Z y S) en aquellos con concentraciones séricas ≤ 120 mg/dl. Se incluyeron 58 pacientes con neumotórax espontáneo primario. La edad promedio fue de 34 ± 13 años con predominio de sexo masculino (72%) y alta prevalencia de tabaquismo actual y pasado (60%). Del total, el 26% (IC95%: 15-39) presentó concentraciones de AAT ≤ 120mg/dl. Encontramos 7 formas deficitarias (12%; IC 95%: 5-23%). Un paciente presentó una forma grave Pi*ZZ (1.7%), 3 fueron heterocigotos Z (5.2%) y 3 heterocigotos S (5.2%). La prevalencia de variantes deficitarias de AAT fue alta en este grupo con neumotórax espontáneo.
Abstract Alpha-1 antitrypsin (AAT) deficiency is one of the most common inherited disorders with a higher incidence in patients with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Its prevalence in patients with spontaneous pneumothorax is unknown. The objective was to estimate the prevalence of AAT deficiency in patients with spontaneous pneumothorax. This was a prospective cross-sectional study, in patients with spontaneous pneumothorax, where those with secondary pneumothorax were excluded. Quantification of serum AAT by nephelometry and subsequent rapid genotyping (real time PCR) was performed, in order to detect the most prevalent deficiency alleles (Z and S) in those subjects with serum AAT concentrations ≤ 120 mg/dl. Fifty-eight patients with primary spontaneous pneumothorax were included. The average age was 34 ± 13 years with male predominance (72%) and high prevalence of current and past smoking (60%). Twenty six percent of them (95% CI: 15-39) presented AAT serum concentrations ≤ 120mg/dl. We found 7 deficiency variants (12%; IC 95%: 5-23%). One patient presented a severe Pi*ZZ form (1.7%), 3 were heterozygotes Z (5.2%) and 3 heterozygotes S (5.2%). The prevalence of AAT deficient variants was high in patients with spontaneous pneumothorax.
Subject(s)
Humans , Pneumothorax/epidemiology , alpha 1-Antitrypsin Deficiency/epidemiology , Pneumothorax/genetics , Cross-Sectional Studies , Prospective Studies , alpha 1-Antitrypsin Deficiency/complications , alpha 1-Antitrypsin Deficiency/genetics , Pulmonary Disease, Chronic ObstructiveABSTRACT
Los objetivos de este estudio fueron determinar la actividad in vitro de las cefalosporinas de espectro extendido frente a aislamientos clínicos de enterobacterias sin AmpC inducible y evaluar la utilidad de las normativas propuestas por el CLSI 2009 y de los puntos de corte recomendados por el CLSI 2010 y el EUCAST 2010. El análisis incluye la caracterización feno y genotípica de los mecanismos de resistencia. En todos los aislamientos se realizó un antibiograma semicuantitativo y se determinó la CIM por dilución en agar. Asimismo, se realizó la detección fenotípica de p-lactamasas de espectro extendido (BLEE), de AmpC plasmídica (AmpCp) y de carbapenemasas de tipo KPC. En los aislamientos que fueron resistentes a las cefalosporinas de espectro extendido (CEE) se evaluó, mediante PCR múltiple para b/aSHV y b/aCTX-M y PCR con cebadores específicos, el tipo de p-lactamasa pre-valente y la presencia de KPC. Se recuperaron de pacientes 169 aislamientos resistentes a CEE: 95 de K/ebsie//a pneumoniae, 55 de Escherichia co/i y 19 de Proteus mirabi/is. La resistencia a CEE se verificó en el 56,2 %; 32,6 % y 11,2 % de estos conjuntos de aislamientos, respectivamente. Se detectó el fenotipo BLEE en 152 aislamientos (90 %), el fenotipo AmpCp en 12 (7 %) y el KPC en 5 (3 %). Las recomendaciones del CLSI 2009 y los puntos de corte del CLSI 2010 y del EUCAST 2010 para la ceftriaxona permitieron detectar eficientemente las BLEE, mientras que para la ceftacidima, con los puntos de corte del CLSI 2010 solo se detectó el 55 % de las BLEE. Esta discrepancia en los porcentajes de resistencia a ceftriaxona y a ceftacidima se relaciona con la presencia de CTX-M en nuestro medio. Los nuevos puntos de corte detectaron con mayor eficiencia las enzimas de tipo AmpCp.
The aims of this study were to evaluate the in vitro activity of extended-spectrum cephalosporins (ESC) in non-inducible AmpC enterobacteria throµgh phenotypic and genotypic characterization of the mechanisms of resistance (ESBL, plasmid-mediated AmpC and KPC) and to evaluate the interpretation criteria proposed by the existing recommendations and the new breakpoints established by the CLSI and the EUCAST. Susceptibility tests and PCR multiplex for b/aSHV and b/aCTX-M and amplification using specific primers was performed. One hundred sixty nine resistant isolates: K/ebsie//a pneumoniae (95), Escherichia co/i (55), and Proteus mirabi/is (19) were recovered. ESC resistance was 56.2 %, 32.6%, and 11.2 %, respectively. ESBL was detected in 152 (90 %) isolates, plasmid-mediated AmpC in 12 (7 %) and KPC in 5 (3 %). The CLSI 2009 recommendations and the breakpoints sµggested by the CLSI 2010 and the EUCAST for ceftriaxone were efficacious to detect ESBL, whereas the different breakpoints for ceftazidime presented discrepancies. The CLSI 2010 breakpoints only detected 55 % of the ESBL-producing isolates due to the endemic presence of CTX-M ESBLs in our country. Regarding the plasmid-mediated AmpC producers, the recommendations of the CLSI 2010 and the EUCAST 2010 proved to be more efficient than the old ones.