Web-tools for the genomic analysis of the 2022 Monkeypox virus global outbreak / Herramientas web para el análisis genómico del virus de la viruela símica durante el brote mundial de 2022

Abstract The resources and platforms available on the internet for collecting and sharing information and performing genomic sequence analysis have made it possible to follow closely the evolution the evolution of SARS-CoV-2. However, the current monkeypox outbreak in the world brings us back to the need to use these resources to appraise the extent of this outbreak. The objective of this work was an analysis of the information presented so far in the genomic database GISAID EpiPox™, using various tools available on the web. The results indicate that the monkeypox outbreak is referred as MPXV clade II B.1 lineage and sub-lineages, isolated from male patients mainly from the European and American continents. In the current scenario, the access to genomic sequences, epidemiological information, and tools available to the scientific community is of great importance for global public health in order to follow the evolution of pathogens.

Resumen Los recursos y plataformas disponibles en Internet para recopilar, compartir información y realizar análisis de secuencias genómicas han permitido seguir de cerca la evolución del SARS-CoV-2. El actual brote global de viruela del mono en el mundo, requiere de nuevo utilizar estos recursos para conocer el alcance de este brote. El objetivo de este trabajo fue un análisis de la información presentada hasta el momento en la base de datos genómica EpiPox™ de GISAID, utilizando diversas herramientas disponibles en la web. Los resultados indican que el brote de la viruela del mono o símica está referido al linaje y sub-linajes B.1 del clado II de MPXV, aislado principalmente de pacientes hombres de Europa y América. En el escenario actual, el acceso a las secuencias genómicas, la información epidemiológica, y las herramientas disponibles para la comunidad científica son de gran importancia para la salud pública mundial con el fin de seguir la evolución de los patógenos.

Sub-lineages of the Omicron variant of SARS-CoV-2: characteristic mutations and their relation to epidemiological behavior / Sub-linajes de la variante Ómicron del SARS-CoV-2: mutaciones características y su relación con el comportamiento epidemiológico

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.

Detection of the Omicron variant of SARSCoV-2 by restriction analysis targeting the mutations K417N and N440K of the spike protein / Detección de la Variante Ómicron del SARS-CoV-2 por análisis de restricción de dos mutaciones de la proteína de la espiga

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.

Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.

Circulación de virus Chikungunya en el estado Aragua (Venezuela) durante el año 2014 / Circulation of Chikungunya virus in Aragua state (Venezuela) during the year 2014

El virus chikungunya (CHIKV) es un Alfavirus causante de la fiebre chikungunya (CHIKF). En Venezuela, una región desprovista de inmunidad contra CHIKV y con presencia de Aedes aegypti y Aedes albopictus, el primer caso importado fue reportado por las autoridades sanitarias en junio de 2014. Por la relevancia del hecho, se analizaron 94 muestras de pacientes febriles que acudieron a los centros de salud públicos y privados del estado Aragua entre enero y diciembre de 2014, mediante la detección de los fragmentos de los genes nsP4 (Alfavirus) y E1 (CHIKV) utilizando técnicas moleculares, como Transcripción Reversa acoplada a Reacción en Cadena de la Polimerasa (RT-PCR) y/o secuenciación nucleotídica. Los resultados indicaron positividad en 19,2 % de las muestras analizadas. Se vieron afectados pacientes con edades entre 6 y 66 años, con predominio del sexo femenino (12/18). Clínicamente, todos los pacientes positivos a CHIKV manifestaron signos y síntomas asociados a CHIKF, tales como fiebre (18/18), artralgia (18/18) y erupción (16/18), entre otros. A pesar de que la positividad puede considerarse baja con relación a lo reportado en otras comunidades, este estudio representa el primer reporte local de detección molecular de CHIKV en Venezuela (estado Aragua) durante el año 2014.

Chikungunya virus is an Alphavirus that causes chikungunya Fever (CHIKF). In Venezuela, a region devoid of immunity against CHIKV and presence of Aedes aegypti and Aedes albopictus. The first imported case was reported by health authorities in June 2014. The relevance of the fact, 94 samples of febrile patients who came to the centers of public and private health Aragua state between january and december for detection of the nsP4 (Alphavirus) and E1 (CHIKV) fragments were analyzed by molecular techniques (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction and/or nucleotide sequencing). The results showed 19.2 % of positivity by CHIKV. Clinically all CHIKV positive patients showed signs and symptoms related with CHIKF, such as fever (18/18), arthralgia (18/18) and rash (16/18), among others. Were affected patients between the ages of 6 and 66 years with a predominance of the female sex (12/18). Although the positivity may be considered low compared to those reported in other communities, this represents the first local report of molecular detection of CHIKV in Venezuela (Aragua state) during 2014.

Selección de variantes de virus dengue sensibles a la heparina en células BHK-21 / Selection of heparin-sensitive dengue virus variants in BHK-21 cells

Estudios previos han demostrado que la adaptación de diversos virus a crecer en líneas celulares de vertebrados, conduce a la selección de variantes virales que unen al heparán sulfato (HS) con alta afinidad. En el presente trabajo se determinó la susceptibilidad de cepas del virus dengue (DENV) a la heparina hipersulfatada un análogo al HS, después de pases seriados en células BHK-21. A aislados de campo de los cuatro serotipos de DENV, se les realizaron ocho pases seriados en células BHK-21. La adaptación de los DENV al cultivo celular seleccionó variantes virales con una aumentada capacidad replicativa en células BHK-21 y una incrementada susceptibilidad a la heparina, en relación a las respectivas cepas no adaptadas, obteniéndose una inhibición de la infectividad más significativa en DENV-2 y DENV-4. Las cepas de DENV adaptadas presentaron cambios en la secuencia de aminoácidos de la proteína de envoltura (E), en particular una substitución K204R para DENV-1, N67K para DENV-2, K308R y V452A para DENV-3 y E327G para DENV-4. Estas sustituciones implicaron ganancia de residuos básicos que incrementaron la carga neta positiva de la proteína. Los resultados sugieren, que la adaptación de cepas de DENV a células BHK-21 selecciona variantes virales sensibles a la heparina y que la efectividad de este compuesto varía dependiendo de la cepa viral. Además sugieren que el HS puede jugar un papel importante en la infectividad de las cepas de DENV adaptadas al cultivo celular, a diferencia de los aislados de DENV no adaptados.

Several studies have shown that adaptation of various viruses to grow in certain cell lines of vertebrates, leads to the selection of virus variants that bind heparan sulfate (HS) with high affinity. In this study we investigated the susceptibility of strains of dengue virus (DENV) to oversulfated heparin an analogue of HS after passages in BHK-21 cells. Field isolates of the four serotypes of DENV with a limited number of passes in mosquito cells C6/36HT were serially passaged eight times in BHK-21 cells. The adaptation of the DENV to the cell culture selected viral variants with an increased replicative capacity in BHK-21 cells and an increased susceptibility to heparin compared with the original not adapted strains, with a more significant inhibition of the infectivity in DENV-2 and DENV-4.The E protein of the adapted strains showed changes in the amino acid sequence, particularly at the position K204R to DENV-1, N67K to DENV-2, K308R and V452A for DENV-3 and E327G to DENV-4. These substitutions implicated a gain of basic residues that increased the net positive charge of the protein. These results suggest that adaptation of DENV strains to BHK-21 cells implies changes in the envelope protein, changes associated to the protein reactivity with heparin, the inhibitory effectiveness of this compound varying depending on the viral strain. In addition, these results suggest that the HS can play an important role in the infectivity of the DENV strains adapted to vertebrate cell culture, but not in the infectivity of non-adapted DENV isolates.

Diagnóstico molecular y serológico de un brote de dengue en Coro, estado Falcón-Venezuela / Molecular and serological diagnóstic of an outbreak of dengue in Coro, state Falcon-Venezuela

El virus dengue (VD) es responsable de un espectro de enfermedades que van desde una enfermedad febril autolimitante (FD, fiebre por dengue) hasta las formas severas, fiebre hemorrágica/síndrome de shock por dengue (FHD/SSD). El propósito del presente estudio fue la confirmación serológica y molecular de un brote de dengue en el Estado Falcón, Venezuela con la finalidad de confirmar la etiolgía de la enfermedad, determinar los serotipos infectantes y la relación del diagnóstico clínico con las respuestas inmunitarias en los pacientes con infección activa. Se analizaron 54 sueros de pacientes con diagnóstico clínico de infección por VD, mediante inmunoensayos enzimaticos desarrollados en Venezuela (ELISA, IgM e IgG) y por PCR. El 78 por ciento de los pacientes mostró evidencia de infección por VD (PCR+ y/o IgM), 48 por ciento presentaron viremia demostrada por PCR+ y 57 resultaron positivos a IgM, lo que sugiere que un alto número de los casos reportados como dengue en el país se deben efectivamente a la infección por VD. Un hecho resaltante fue el alto porcentaje (76 por ciento) de pacietnes con infección pasada o secundaria al VD (IgG positivos), dentro de los cuales se encontraban la totalidad de los pacientes diagnósticados clínicamente con FHD (n=8). De los pacientes PCR positivos, el 27 por ciento correspondió al serotipo 1,54 por ciento al serotipo 2 y 19 al serotipo 4. Para el momento de esta evaluación no se determinó la presencia del serotipo 3, aunque se conocía de su presencia en la cercana Isla de Aruba, la combinación de métodos serológicos y moleculares nos permitió obtener una información bastante precisa de este brote.

Participación de los linfocitos T en la Leishmaniasis cutánea / Participation of blood T cells in cutaneous Leishmaniasis

El mecanismo exacto por el cual el sistema inmune interviene en la destrucción del parásito Leishmania no se conoce, sin embargo, se considera a la inmunidad mediada por células fundamental en la resolución de la infección. Se ha demostrado en la Leishmaniasis cutánea Americana, que la densidad de linfocitos T en sangre periférica es similar en los pacientes con leishmaniasis cutánea localizada (LCL), con Leishmaniasis cutáneo mucosa (LCM), Leishmaniasis cutáneo difusa (LCD) e individuos sanos. Sin embargo, la evaluación de las subpoblaciones de linfocitos T (T cooperador/inductor, T supresor citotóxico, T totales y linfocitos T Tac+) han mostrado diferencias en las diferentes formas de la enfermedad. La respuesta linfoproliferativa frente a mitógenos y antígenos de Leishmania ha sido estudiada por Castés y col. (1983), demostrando que los pacientes anérgicos con LCD presentan un defecto de tipo específico ya que reaccionan en forma adecuada frente a mitógenos (PHA y Con A) pero defectuosamente frente a antígenos del parásito. Los pacientes con LCL y LCM presentaron respuestas altas frente a los antígenos del parásito y disminuidas frente a PHA y Con A. Estas alteraciones en la respuesta proliferativa de las células T a los mitógenos sugieren un defecto en las células linfoides, ya que ambos mitógenos estimulan significativamente a los linfocitos. Recientemente Cillari y col. (1986) demostraron que las células esplénicas de ratones BALB/c infectados, producen bajos y defectuosos niveles de IL-2 frente a Con A, cuando se comparó con los no infectados e igualmente observaron una actividad supresora para inhibir la IL-2 en ..