Desempenho da cultura líquida MGIT após implementação em uma rede de laboratórios públicos do estado de São Paulo / Performance of liquid culture MGIT after implementation in a network of public laboratories of Sao Paulo state

A OMS, em 2007, recomendou a implementação da cultura líquida para o diagnóstico da tuberculose (TB) e teste de sensibilidade para países de baixa e média renda. Neste estudo foi avaliado odesempenho da cultura líquida MGIT em condição de rotina após dois anos de implantação em uma rede de laboratórios públicos. Foi efetuada análise retrospectiva de dados da cultura líquida,realizadas em dez laboratórios regionais do Instituto Adolfo Lutz, de janeiro a março de 2010. Foram incluídas amostras submetidas a baciloscopia, cultura líquida MGIT automatizada ou manual eidentificação presuntiva do complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). Foram detectadas 1.159 culturas positivas. Destas, 113 (9,7%) contaminaram, e 1.046 foram analisadas, sendo 850 (81,3%) CMTB, 116 (11,1%) micobactérias não tuberculosas e 6 (0,6%) Nocardia sp. A taxa de contaminação foi de 2,2% e o acréscimo da cultura para o diagnóstico da TB foi de 29,9%. A média do tempo de detecção da cultura foi de 14,7 dias (DP+/- 11,7 dias). A acurácia da identificação presuntiva foide 91,3%. A cultura líquida MGIT demonstrou ser excelente alternativa para efetuar diagnóstico da TB e das micobacterioses, em razão da rapidez possibilitando uma intervenção rápida e eficaz no tratamento.

In 2007, WHO recommended the implementation of liquid culture for tuberculosis (TB) diagnosis anddrug-susceptibility test in low and middle-income countries. This study evaluated the performanceof MGIT culture in routine condition after two years of its implementation in a public laboratoriesnetwork. This is a retrospective study, which analyzed the data on the liquid culture performed in ten regional laboratories of the Institute Adolfo Lutz, from January to March 2010. The data included clinical samples submitted to microscopy, automated or manual MGIT culture and presumptive M. tuberculosis complex (MTBC) identification by analyzing the cord formation. Culture waspositive in 1,159 samples. Of these, 113 (9.7%) contaminated, and 1,046 were analyzed, of which 850 (81.3%) were identified as MTBC, 116 (11.1%) as non-tuberculous mycobacteria and 6 (0.6%)as Nocardia sp. Contamination rate was 2.2% and the contribution of culture to the TB diagnosis was 29.9%. The detection mean time was 14.7 days (SD+/-11.7 days). The accuracy of the presumptive identification of MTBC was 91.3%. MGIT liquid culture demonstrated to be an excellent alternative for diagnosing TB and mycobacterioses, because of the rapidity of diagnosis, thus allowing an immediate and effective treatment.

Desempenho da cultura líquida MGIT após implementação em uma rede de laboratórios públicos do estado de São Paulo / Performance of liquid culture MGIT after implementation in a network of public laboratories of Sao Paulo state

A OMS, em 2007, recomendou a implementação da cultura líquida para o diagnóstico da tuberculose (TB) e teste de sensibilidade para países de baixa e média renda. Neste estudo foi avaliado o desempenho da cultura líquida MGIT em condição de rotina após dois anosde implantação em uma rede de laboratórios públicos. Foi efetuada análise retrospectiva de dados da cultura líquida, realizadas em dez laboratórios regionais do Instituto Adolfo Lutz, de janeiro a março de 2010. Foram incluídas amostras submetidas a baciloscopia, cultura líquida MGIT automatizada ou manual e identificação presuntiva do complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). Foram detectadas 1.159 culturas positivas. Destas, 113 (9,7%) contaminaram, e 1.046 foram analisadas, sendo 850 (81,3%) CMTB, 116 (11,1%) micobactérias não tuberculosas e 6 (0,6%) Nocardia sp A taxa de contaminação foi de 2,2% e o acréscimo da cultura para o diagnóstico da TB foi de 29,9%. A média do tempo de detecção da cultura foi de 14,7 dias (DP+/- 11,7 dias). A acurácia da identificação presuntiva foi de 91,3%. A cultura líquida MGIT demonstrou ser excelente alternativa para efetuar diagnóstico da TB e das micobacterioses, em razão da rapidez possibilitando uma intervenção rápida e eficaz no tratamento.

In 2007, WHO recommended the implementation of liquid culture for tuberculosis (TB) diagnosis and drug-susceptibility test in low and middle-income countries. This study evaluated the performance of MGIT culture in routine condition after two years of its implementation in a public laboratories network.This is a retrospective study, which analyzed the data on the liquid culture performed in ten regional laboratories of the Institute Adolfo Lutz, from January to March 2010. The data included clinical samples submitted to microscopy, automated or manual MGIT culture and presumptive M. tuberculosis complex (MTBC) identification by analyzing the cord formation. Culture was positive in 1,159 samples. Of these, 113 (9.7%) contaminated, and 1,046 were analyzed, of which 850 (81.3%) were identified as MTBC, 116 (11.1%) as non-tuberculous mycobacteria and 6 (0.6%) as Nocardia sp. Contamination rate was 2.2% and the contribution of culture to the TB diagnosis was 29.9%. The detection mean time was 14.7 days (SD+/-11.7 days). The accuracy of the presumptive identification of MTBC was 91.3%. MGIT liquid culture demonstrated to be an excellent alternative for diagnosing TB and mycobacterioses, because of the rapidity of diagnosis, thus allowing an immediate and effective treatment.

Estudo comparativo entre um sistema de sonda genética e métodos clássicos na identificação das micobactérias / Gene probes versus classical methods in the identification of mycobacteria

OBJETIVO: O aparecimento da co-infecção tuberculose/HIV e o aumento de casos de doenças provocadas por micobactérias não-tuberculosas (MNT) exigem repostas laboratoriais rápidas tanto no isolamento como na identificação das micobactérias. O objetivo deste trabalho foi avaliar a identificação das micobactérias através de sonda genética em comparação com os métodos bioquímicos clássicos. MÉTODOS: Entre 2002 e 2004, foram analisadas 178 culturas de micobactérias, confirmadas como bacilos álcool-ácido resistentes e obtidas de isolados clínicos de pacientes sintomáticos respiratórios ou com suspeita clínica de tuberculose pulmonar e/ou micobacterioses, atendidos nas Unidades de Saúde da Baixada Santista. RESULTADOS: A sonda genética identificou 137 amostras (77%) como complexo Mycobacterium tuberculosis e 41 (23%) como MNT. A discordância observada de 3% entre os métodos ocorreu apenas no ano de implantação (2002). Ao comparar os métodos, a sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo da sonda genética foram 98%, 93%, 98% e 93%, respectivamente. CONCLUSÕES: Apesar do custo elevado, a identificação de micobactérias pela técnica molecular é mais rápida: máximo de 3 h vs. 28-30 dias para os métodos clássicos. A utilização de sondas genéticas é uma técnica molecular validada, simples e disponível no mercado, com elevada especificidade, sensibilidade e rapidez, o que justifica sua implantação e uso rotineiro em laboratórios de referência, facilitando o diagnóstico e permitindo uma intervenção clínica ágil.

OBJECTIVE: The emergence of tuberculosis/HIV co-infection and the increase in the number of cases of infection with nontuberculous mycobacteria (NTM) require rapid laboratory test results in the isolation and identification of mycobacteria. The objective of this study was to evaluate the identification of mycobacteria by means of gene probes in comparison with that obtained using classical biochemical methods. METHODS: Between 2002 and 2004, 178 mycobacterial cultures, all testing positive for acid-fast bacilli, were analyzed. Samples were obtained from clinical specimens of patients with respiratory symptoms or with clinical suspicion of pulmonary tuberculosis/mycobacteriosis who were treated in the greater metropolitan area of Santos. RESULTS: The gene probe identified 137 samples (77%) as Mycobacterium tuberculosis complex and 41 (23%) as NTM. Discordant results between the methods (3%) were obtained only in the year of implementation (2002). When comparing the methods, the sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of the gene probe method were 98%, 93%, 98% and 93%, respectively. CONCLUSIONS: Despite the cost, the identification of mycobacteria using the molecular technique is faster: maximum 3 h vs. 28-30 days for classical methods. The use of gene probes is a validated molecular technique. It is fast, easy to use and readily available on the market. It has high specificity and sensitivity, which justifies its implementation and routine use in referral laboratories, since it facilitates the diagnosis providing agile clinical interventions.

Estudo descritivo da freqüência de micobactérias não tuberculosas na Baixada Santista (SP) / Descriptive study of the frequency of nontuberculous mycobacteria in the Baixada Santista region of the state of São Paulo, Brazil

OBJETIVO: Este estudo teve por objetivo descrever a freqüência das espécies de micobactérias não tuberculosas (MNT) identificadas laboratorialmente a partir do isolamento de sítios não estéreis (escarro) de indivíduos infectados ou não pelo vírus HIV na Baixada Santista (SP), período de 2000 a 2005. MÉTODOS: Foi realizada análise retrospectiva dos resultados de baciloscopia e cultura, disponíveis nos registros do laboratório regional de tuberculose, Instituto Adolfo Lutz-Santos. RESULTADOS: Analisou-se 194 cepas de MNT correspondentes a 125 indivíduos, sendo 73 (58,4 por cento) HIV negativos e 52 (41,6 por cento) HIV positivos. Foram identificadas 13 diferentes espécies: Mycobacterium kansasii; complexo M. avium; M. fortuitum; M. peregrinum; M. gordonae; M. terrae; M. nonchromogenicum; M. intracellulare; M. flavescens; M. bohemicum; M. chelonae; M. shimoidei; e M. lentiflavum. Em 19,2 por cento dos casos obteve-se diagnóstico bacteriológico confirmado pelo isolamento da mesma espécie em no mínimo duas amostras consecutivas. CONCLUSÕES: Os resultados mostram a importância da realização sistemática da identificação de MNT na rotina laboratorial e sua integração com a clínica, podendo contribuir na caracterização da doença e ações de efetivo controle, como nas populações co-infectadas tuberculose e HIV.

OBJECTIVE: The present study aims at describing the frequency of nontuberculous mycobacteria (NTM) species identified through laboratory testing of samples collected from non-sterile sites (sputum), as well as its frequency in HIV-infected and non-HIV-infected individuals in the Baixada Santista region of the state of São Paulo, Brazil, in the period from 2000 to 2005. METHODS: Retrospective analysis of sputum smear microscopy results and culture was conducted based on the records on file at the Instituto Adolfo Lutz-Santos, the regional tuberculosis laboratory. RESULTS: We analyzed 194 NTM strains isolated from 125 individuals, of whom 73 (58.4 percent) were HIV-negative and 52 (41.6 percent) were HIV-positive. Thirteen different species were identified: Mycobacterium kansasii; M. avium complex; M. fortuitum; M. peregrinum; M. gordonae; M. terrae; M. nonchromogenicum; M. intracellulare; M. flavescens; M. bohemicum; M. chelonae; M. shimoidei; and M. lentiflavum. In 19.2 percent of the cases, the bacteriological diagnosis was confirmed by isolation of the same species in at least two consecutive samples. CONCLUSIONS: Our results show the importance of including systematic identification of NTM in the laboratory routine, and that its integration into the clinical routine could improve the characterization of the disease, thereby informing the planning of effective control measures in specific populations, such as individuals presenting tuberculosis/HIV co-infection.