Identical sequence patterns in the ends of exons and introns of human protein-coding genes

Intron splicing is one of the most important steps involved in the maturation process of a pre-mRNA. Although the sequence profiles around the splice sites have been studied extensively, the levels of sequence identity between the exonic sequences preceding the donor sites and the intronic sequences preceding the acceptor sites has not been examined as thoroughly. In this study we investigated identity patterns between the last 15 nucleotides of the exonic sequence preceding the 5' splice site and the intronic sequence preceding the 3' splice site in a set of human protein-coding genes that do not exhibit intron retention. We found that almost 60% of consecutive exons and introns in human protein-coding genes share at least two identical nucleotides at their 3' ends and, on average, the sequence identity length is 2.47 nucleotides. Based on our findings we conclude that the 3' ends of exons and introns tend to have longer identical sequences within a gene than when being taken from different genes. Our results hold even if the pairs are non-consecutive in the transcription order.

A safety and feasibility study of cell therapy in dilated cardiomyopathy

The aim of this study was to determine if bone marrow mononuclear cell (BMMC) transplantation is safe for moderate to severe idiopathic dilated cardiomyopathy (IDC). Clinical trials have shown that this procedure is safe and effective for ischemic patients, but little information is available regarding non-ischemic patients. Twenty-four patients with IDC, optimized therapy, age 46 ± 11.6 years, 17 males, NYHA classes II-IV, and left ventricular ejection fraction <35 percent were enrolled in the study. Clinical evaluation at baseline and 6 months after stem cell therapy to assess heart function included echocardiogram, magnetic resonance imaging, cardiopulmonary test, Minnesota Quality of Life Questionnaire, and NYHA classification. After cell transplantation 1 patient showed a transient increase in enzyme levels and 2 patients presented arrhythmias that were reversed within 72 h. Four patients died during follow-up, between 6 and 12 weeks after therapy. Clinical evaluation showed improvement in most patients as reflected by statistically significant decreases in Minnesota Quality of Life Questionnaire (63 ± 17.9 baseline vs 28.8 ± 16.75 at 6 months) and in class III-IV NYHA patients (18/24 baseline vs 2/20 at 6 months). Cardiopulmonary exercise tests demonstrated increased peak oxygen consumption (12.2 ± 2.4 at baseline vs 15.8 ± 7.1 mL·kg-1·min-1 at 6 months) and walked distance (377.2 ± 85.4 vs 444.1 ± 77.9 m at 6 months) in the 6-min walk test, which was not accompanied by increased left ventricular ejection fraction. Our findings indicate that BMMC therapy in IDC patients with severe ventricular dysfunction is feasible and that larger, randomized and placebo-controlled trials are warranted.

Fermentação ruminal de ovinos alimentados com alto concentrado e grãos de girassol ou gordura protegida / Ruminal fermentation of sheep fed high-concentrated diet containing sunflower grains or protected fat

Seis ovinos machos, não castrados, da raça Santa Inês, com média de peso de 30kg, fistulados no rúmen, foram distribuídos em delineamento de quadrado-latino duplo (3x3). Três períodos e três dietas, uma controle, sem inclusão de fonte de lipídio, e duas com inclusão de grãos de girassol ou gordura protegida, foram testados quanto aos parâmetros ruminais. Foram verificadas diferenças (P<0,05) entre as dietas quanto à concentração ruminal de amônia (18mg/dL), mas não houve efeito sobre o pH (6,1), a produção total de ácidos graxos de cadeia curta (98mM), a proporção de acetato (66,4 por cento), de propionato (20 por cento) e de butirato (13 por cento) e sobre a razão acetato:propionato (3,2:1). As bactérias sólido-aderidas isoladas do conteúdo ruminal dos animais recebendo a dieta-controle apresentaram maior teor de nitrogênio (10,7 por cento) que as das dietas com gordura protegida (9,8 por cento) ou com grãos de girassol (9,1 por cento). A produção de nitrogênio pelas bactérias sólido-aderidas da dieta-controle (170mg/g) não diferiu da dieta com grãos de girassol (153mg/kg) ou com gordura protegida (160mg/kg). A inclusão de grãos de girassol ou gordura protegida na dieta com alto concentrado para ovinos propiciou ambiente adequado para fermentação ruminal.

Six not castrated Santa Inês breed male sheep, weighing 30kg, fistulated in the rumen, were randomly alloted in a double Latin-Square design (3x3). Three periods and three diets, a control without addition of the lipid source, and two with addition of sunflower seeds or protected fat, were tested on the ruminal fermentation. Differences (P<0.05) between diets for ruminal ammonia concentration (18mg/dL) were observed. However, effects were not detected on pH (6.1); the total production of short-chain fatty acids (98mM); proportions of acetate (66.4 percent), propionate (20 percent), and butyrate (13 percent); and acetate:propionate ratio (3.2:1). The solid-adherent bacteria isolated from the rumen content of animals fed control diet had higher nitrogen content (10.7 percent) than those fed protected fat diet (9.8 percent) or sunflower seeds diet (9.1 percent). The production of nitrogen by bacteria attached to solid-control diet (170mg/kg) did not differ from sunflower seeds (153mg/kg) or protected fat diets (160mg/kg). The inclusion of sunflower seeds or protected fat in diets with high concentrate for sheep provided suitable environment for rumen fermentation.

pp-Blast: a "pseudo-parallel" Blast

We have developed a software called pp-Blast that uses the publicly available Blast package and PVM (parallel virtual machine) to partition a multi-sequence query across a set of nodes with replicated or shared databases. Benchmark tests show that pp-Blast running in a cluster of 14 PCs outperformed conventional Blast running in large servers. In addition, using pp-Blast and the cluster we were able to map all human cDNAs onto the draft of the human genome in less than 6 days. We propose here that the cost/benefit ratio of pp-Blast makes it appropriate for large-scale sequence analysis. The source code and configuration files for pp-Blast are available at http://www.ludwig.org.br/biocomp/tools/pp-blast

Valvoplastia mitral percutânea por baläo, resultados imediatos e complicaçöes / Percutaneous mitral balloon valvuloplasty. Immediate results and complications

Foram estudados os resultados obtidos em 156 procedimentos de valvoplastia mitral percutânea por baläo (VMPB) realizados em 153 pacientes, no período de 6 de julho de 1987 a 31 de maio de 1993. A idade do grupo foi de 37,62 +/_ 13,76 anos. Foram 126 procedimentos (80,8 por cento) em mulheres (idade média 37,30 +/_ 13,00 anos) e 30 procedimentos (19,2 por cento) em homens (idade média de 38,93 +/_ 16,74 anos) p= 0,568181). A classe funcional (CF) de NYHA foi II em 12 procedimentos (7,7 por cento), I em 118(75,6 por cento) e IV EM 26(16,7 por cento). Em 131 procedimentos (84,0 por cento) os pacientes estavam em ritmo sinusial e em 25 (16,0 por cento) estavam em fibrilaçäo atrial. O escore ecocardiográfico variou de 4 a 14 pontos com média 7,7 +/_ 1,7 pontos, entre 4 a 9 pontos situou-se 90,4 por cento dos pacientes. Foram efetivados com dados pré e pós VMPB, 139 procedimentos e houve sucesso, área valvar mitral (AVM) 1,5 centímetros ao quadrado pós VMPB, em 131 procedimentos. Quando medida pela ccardiografia AVM pré VMPB foi de 0,9 +/_ 0,2 cm ao quadrado e após VMPB 1,8 +/_ 0,3 cm ao quadrado (p<0,000001) e quando medida por métodos hemodinâmicos foi de 0,9 +/_ 0,2 cm ao quadrado pós VMPB (p<0,000001). A pressäo pulmonar média caiu de 41 +/_ 15 mmHg 27 +/_ 11 mmHg pós VMPB (p<0,000001) e o gradiente mitral médio caiu de 22 +/_ 7 mmHg para 6 +/_ 5 mmHg (p<0,000001). Foram utilizados baläo único de 20 mm (4 procedimentos), duplo baläo (7 procedimentos), baläo de Inoue (4 procedimentos) e baläo nio de baixo perfil (131 procedimentos). Dos 139 procedimentos pré VMPB, em 121 a valva mitral (VM) era competente e em 18 havia regurgitaçäo mitral (RM) de 1+. Após a VMPB a VM era competente em 91 e havia RM de 1+ em 39, de 3+ em 4 e de 4+ em 1. Houve complicaçäo em 10 procedimentos, sendo insuficiência mitral grave IM em 5 (3 ou 4+), acidente vascular cerebral (AVC) em 3 e tamponamento cardíaco em 2. Dos 10,2 evoluíram para óbito, um após tamponamento cardíaco por perfuraçäo de ventrículo esquerdo e utr por descerebraçäo após AVC. Conclui-se que a VMPB foi um procedimento efetivo, com alto grau de suceso nos procedimentos efetivados e com baixo percentual de complicaçöes.

Importância clínica da indicaçäo prococe da terapêutica ablativa em pacientes com Síndrome de Wolf-Parkinson-White e fibrilaçäo atrial com ou sem parada cardio-respiratório / The clinical relevance of early indication of radiofrequency catheter ablation in patientes with Wolff-Parkinson-White Syndrome and atrial fibrilation with or wilhout cardiac arrest

Problema: Vias anômalas com período refratário anterógrado curto, representar um risco de morte súbita em pacientes portadores de Síndrome de Wolff-Parkinson-White. Métodos: De um total de 120 pacientes (pts) portadores de uma conexäo anômala (CA) atrioventricular, 42 pts foram submetidos a ablaçäo com radiofrequência. Desse total, quatro pts do sexo masculino (Grupo 1) com idade média de 37 +/_ 8,6 (27-50) anos que evoluíram para parada cardio-respiratória (PCR) após episódio de fibrilaçäo atrial A) com respostas ventricular rápida foram comparados com 31 pts portadores de vias anômalas manifestas (Grupo 2). Os episódios de PCR ocorreram por administraçäo indevida de verapamil venoso ou betabloqueador oral durante as crises de FA. Após recuperaçäo do quadro de PCR os pts foram submetidos a estudo eletrofisiológico e concominante ablaçäo via cateter com radiofrequência. Foram comparadas também os pacientes do grupo 1 com os pacientes do grupo 2 apresentaram crise de FA porém sem PCR (Grupo 3). Reutados: Todos os pacientes apresentaram pelo menos um episódio de FA durante o procedimento e necessitam cardioversäo elétrica. A médida da capacidade de conduçäo da CA avaliada pelo menor intervalo RR durante FA induzida no grupo(1) de PCR variou de 185 +/_ 25 ms (n=4) contra 253 +/_ 55 ms (n=31) no grupo 2 (p=0,018). A média do menor intervalo RR no grupo 1 variou de 185 +/_ 25 ms contra 212 +/_ 26 ms (n=9) no grupo 3 (p=0,058). Três pacientes com PCR apresentam uma localizaçäo da via anômala em pardepostero-lateral esquerda e um em parede anterolateral esquerda. A ablaçäo foi realizada em ritmo sinusal em pacientes e durante FA em 1 (4 episódios de FA durante a ablaçäo). Durante o FA o parâmetro utilizado para omapeamento foi a presença do eletrograma "V" mais precoce. Os pacientes do G1 encontram-se assintomáticos após um acompanhamento médio de 10,5 meses. Conclusäo: 1-Pacientes portadores de síndrome de WPW e FA com período refratário efetivo curto devem ser encaminhados precocemente para ablaäo.2-Todo paciente com WPW deve ser comunicado da contra-indicaçäo do uso de drogas de açäo exclusivamente no nó. AV. 3-A ablaçäo pode serf realizada durante FA baseando-se na presença da depolarizaçäo "V" endocavitária mais precose em relaçào ao complexo "QRS" do ECG de superfície.