SELAdb: A database of exonic variants in a Brazilian population referred to a quaternary medical center in São Paulo

OBJECTIVES: High-throughput sequencing of genomes, exomes, and disease-focused gene panels is becoming increasingly common for molecular diagnostics. However, identifying a single clinically relevant pathogenic variant among thousands of genetic polymorphisms is a challenging task. Publicly available genomic databases are useful resources to filter out common genetic variants present in the population and enable the identification of each disease-causing variant. Based on our experience applying these technologies at Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP), São Paulo, Brazil, we recognized that the Brazilian population is not adequately represented in widely available genomic databases. METHODS: Here, we took advantage of our 5-year experience as a high-throughput sequencing core facility focused on individuals with putative genetic disorders to build a genomic database that may serve as a more accurate reference for our patient population: SELAdb. RESULTS/CONCLUSIONS: Currently, our database comprises a final cohort of 523 unrelated individuals, including patients or family members managed by different clinics of HCFMUSP. We compared SELAdb with other publicly available genomic databases and demonstrated that this population is very heterogeneous, largely resembling Latin American individuals of mixed origin, rather than individuals of pure European ancestry. Interestingly, exclusively through SELAdb, we identified a spectrum of known and potentially novel pathogenic variants in genes associated with highly penetrant Mendelian disorders, illustrating that pathogenic variants circulating in the Brazilian population that is treated in our clinics are underrepresented in other population databases. SELAdb is freely available for public consultation at: http://intranet.fm.usp.br/sela

Cardiac structural and functional findings in Persian cats with autosomal dominant polycystic kidney disease / Achados estruturais e funcionais cardíacos em gatos persas com doença renal policística autossômica dominante

ABSTRACT: Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) has been related to left ventricular structural and functional abnormalities in human patients. The present study aimed to evaluate the cardiac structural and functional findings in Persian cats with ADPKD. Client-owned ADPKD (n=12) and non-ADPKD (n=12) Persian cats were enrolled in this study. The animals underwent echo- and electrocardiographic (ECG) examinations, and non-invasive measurements of systolic blood pressure (SBP) were obtained. Both groups were similar regarding hematological and biochemical parameters, including white blood cell count and levels of blood urea nitrogen, creatinine, total protein and thyroxine. There were no differences related to ECG parameters between ADPKD and non-ADPKD cats. Left ventricular hypertrophy (LVH) was demonstrated in 6/12 (50%) normotensive ADPKD cats with preserved renal function. There were no differences between animal groups regarding the echocardiographic parameters, including left ventricular ejection fraction and shortening fraction; however, basal interventricular septal thickness at end-diastole near the left ventricular outflow tract and aortic artery flow velocity showed slightly elevated values in ADPKD-cats. Our study revealed that Persian cats with ADPKD do not reproduce the functional and structural cardiac phenotype reported in human patients; however, large-scale cohort studies are necessary to distinguish the possibilities of a true linkage between ventricular myocardial hypertrophy and ADPKD in this breed.

RESUMO: A doença renal policística autossômica dominante (DRPAD) tem sido relacionada a anormalidades estruturais e funcionais de ventrículo esquerdo em pacientes humanos. O objetivo do presente estudo foi avaliar os achados estruturais e funcionais cardíacos em gatos persas com DRPAD. Gatos persas pertencentes à clientes com DRPAD (n=12) e sem DRPAD (n=12) foram envolvidos neste trabalho. Os animais foram submetidos aos exames de eco e eletrocardiografia (ECG) e foram obtidas medições não-invasivas da pressão arterial sistólica (PAS). Ambos os grupos apresentaram valores semelhantes em relação aos parâmetros hematológicos e bioquímicos, incluindo contagem de glóbulos brancos e níveis séricos de ureia, creatinina, proteína total e tiroxina. Não houve diferença em relação aos parâmetros do ECG entre os gatos com ou sem DRPAD. A hipertrofia ventricular esquerda foi demonstrada em 6/12 (50%) dos gatos normotensos com DRPAD e função renal preservada. Não houve diferenças entre os grupos em relação aos parâmetros ecocardiográficos, incluindo fração de ejeção e fração de encurtamento do ventrículo esquerdo, entretanto a espessura septal interventricular basal na diástole na via de saída do ventrículo esquerdo e a velocidade do fluxo da artéria aórtica mostraram valores ligeiramente elevados em gatos com DRPAD. Nosso estudo revelou que gatos persas com DRPAD não reproduzem o fenótipo cardíaco funcional e estrutural encontrado em pacientes humanos. No entanto, estudos de coorte em larga escala são necessários para distinguir as possibilidades de uma verdadeira ligação entre a hipertrofia ventricular do miocárdio e a DRPAD nesta raça.

Clinical aspects of autosomal recessive polycystic kidney disease / Aspectos clínicos da doença renal policística autossômica recessiva DRPAR

INTRODUÇÃO: A Doença Renal Policística Autossômica Recessiva (DRPAR) é uma causa importante de morbidade e mortalidade pediátricas, com um espectro variável de manifestações clínicas. MÉTODOS: A apresentação e evolução clínica de 25 pacientes (Pts) foram analisadas através da revisão de prontuários, aplicando-se os formulários propostos por Guay-Woodford et al. As morbidades associadas à doença foram avaliadas quanto à frequência e à idade de manifestação. RESULTADOS: A idade média de diagnóstico foi de 61,45 meses (0 a 336,5 meses), com distribuição similar entre os sexos (52 por cento dos pts do sexo feminino). Houve histórico familiar da doença em 20 por cento dos casos (5/25), com dois casos de consanguinidade. Na análise inicial, diagnosticou-se hipertensão arterial (HAS) em 56 por cento dos Pts (14/25); doença renal crônica estágio > 2 (DRC > 2) em 24 por cento (6/25); infecções do trato urinário (ITU) em 40 por cento (10/25) e hipertensão portal (HP) em 32 por cento dos casos (8/25). Das ultrassonografias abdominais iniciais, 80 por cento demonstraram rins ecogênicos com cistos grosseiros e 64 por cento detectaram fígado e vias biliares normais. Inibidores da ECA foram utilizados em 36 por cento dos Pts, betabloqueadores em 20 por cento, bloqueadores de canais de cálcio em 28 por cento e diuréticos em 36 por cento dos casos. Na análise final, após um tempo de acompanhamento médio de 152,2 meses (29,8 a 274,9 meses), HAS foi diagnosticada em 76 por cento dos Pts, DRC > 2 em 44 por cento, ITU em 52 por cento e HP em 68 por cento. CONCLUSÃO: As altas morbidade e mortalidade associadas à DRPAR justificam a construção de um banco de dados internacional, visando ao estabelecimento de um tratamento de suporte precoce.

INTRODUCTION: Autosomal Recessive Polycystic Kidney Disease (ARPKD) is an important pediatric cause of morbidity and mortality, with a variable clinical spectrum. METHODS: The clinical presentation and evolution of 25 patients (Pts) were analyzed by clinical record review, according to the forms proposed by Guay-Woodford et al. Morbidities associated with the disease were evaluated with respect to their frequencies and age of onset. RESULTS: The median age at the diagnosis was 61.45 months (0 to 336.5 months), with similar gender distribution (52 percent of the patients were female). A family ARPKD history was found in 20 percent of the cases (5/25), two of them associated with consanguinity. On arrival, arterial hypertension (SAH) was diagnosed in 56 percent of the Pts (14/25); chronic kidney disease stage > 2 (CKD > 2) in 24 percent (6/25); urinary tract infection (UTI) in 40 percent (10/25); and portal hypertension (PH) in 32 percent of the cases (8/25). Eighty percent of the initial abdominal ultrasonograms detected echogenic kidneys with gross cysts and 64 percent demonstrated normal liver and biliary ducts. ACE inhibitors were used in 36 percent of the analyzed patients, beta-blockers in 20 percent, calcium channel blockers in 28 percent, and diuretics in 36 percent of them. In the final evaluation, after an average follow-up time of 152.2 months (29.8 to 274.9 months), SAH was detected in 76 percent of the cases, CKD > 2 in 44 percent, UTI in 52 percent and PH in 68 percent. CONCLUSION: The high morbidity and mortality associated with ARPKD justify the assembly of an international database, with the aim of establishing an early therapeutic support.

Hipotermia acidental: alteraçöes glicêmicas, hematológicas e da amilasemia / Accidental hypothermia: glycemic, hematologic and amylasemia changes

Foram estudados 20 doentes com hipotermia acidental, principalmente com relaçäo às alteraçöes glicémicas, pancreáticas e hatológicas, bem como suas evoluçöes com aquecimento e implicaçöes Clínicas. O diagnóstico de hipotermia acidental foi realizado através do exame de admissäo no Serviço de Emergência do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de Säo Paulo. Estes pacientes foram tratados na Unidade de Tratamento de Choque da Divisäo de Clínica Médica. Os dados obtidos mostraram que a hipermilasemia foi muito freqüente na hipotermia acidental, apesar do quadro Clínico de pancratite ter sido raramente observado. A hiperglicemia foi mais freqüênte que a hipoglicemia. Pacientes com temperatura inferior a 30-C apresentavam freqüentemente leucopenia cuja normalizaçäo ocorria com o aquecimento adequado. As complicaçöes mais freqüentes foram pneumonia e a sépsis, que levaram oito pacientes ao óbito

Aspectos prognósticos e terapêuticos da hipotermia acidental / Prognostic factors and treatment of accidental hipothermia

A hipotermia acidental constitui-se numa entidade relativamente comum no sul do Brasil durante o inverno. 36 pacientes admitidos em hipotermia acidental em unidades de terapia intensiva foram estudados neste trabalho, sendo 82% dos casos do sexo masculino. O alcoolismo, desnutriçäo, o comprometimento clínico basal e a pneumonia foram condiçöes freqüentemente associadas a hipotermia e a temperatura média de admissäo foi de 27.7-C. em 22 casos, a freqüência cardíaca, a pressäo arterial média e a pressäo arterial diferencial foram avaliadas inicialmente e em 14 destes casos evolutivamente. Os 36 doentes foram avaliados quanto a taxa de mortalidade durante o período de permanência em terapia intensiva e 24 deles quanto ao padräo neurológico de admissäo. 11 pacientes foram aquecidos por diálise peritoneal, enquanto 9 o foram por aquecimento torácico externo. Os resultados demonstraram um aumento significante da pressäo arterial diferencial com o aquecimento de (16 ñ 0,4 para 3,6 ñ 0,5 cm Hg, p < 0,01), presença de correlaçäo entre a pressäo arterial média e o padräo neurológico iniciais (p < 0,05), entre a pressäo arterial média e a taxa de mortalidade (p < 0,05), entre a pressäo arterial diferencial e o padräo neurológico inicial (p < 0,05) e entre o padräo neurológico inicial e a taxa de mortalidade (p < 0,05). Mostraram também que todos os pacientes conscientes apresentaram boa evoluçäo clínica, independentemente da técnica de reaquecimento empregada. Os resultados nos conduziram as seguintes

Efeitos da dopamina e da dobutamina sobre a funçäo renal de ratos normais / Effects of dopamine and dobutamine on the renal function of normal rats

Os efeitos da dopamina e da dobutamina sobre a funçäo renal foram estudados em ratos normais. Tais drogas, primariamente desenvolvidas com finalidade inotrópica positiva, foram infundidas por via endovenosa nas doses respectivas de 50microng/kg/min e 10micron/lg/min. A dopamina näo alterou a pressäo arterial média dos animais, enquanto a dobutamina se relacionaou a uma discreta queda da mesma (de 11 ñ 3 para 93 ñ 4mmHg). Ambas as drogas näo alteram significantemente a taxa de filtraçäo glomerular, avaliada pelo clearance de inulina. As duas drogas determinaram um aumento do fluxo urinário (de 0,070 ñ 0,002 para 0,101 ñ 0,05 ml/min para a dopamina e de 0,085 ñ 0,005 para 0,099 ñ 0,006 ml/min para o dobutamina), acompanhado de uma reduç äo da relaçäo (Inulina) urinária (Inulina) plasmática, bem mais intensa para a dopamina (de 19,0 ñ 3,6 para 12,6 ñ 2,4 que para a dobutamina (de 12,5 ñ 2,4 para 10,4 ñ 0,7). A dopamina foi capaz de elevar significantemente a natriurese (de 0,736 ñ 0,324 para 1,130 ñ 0,330 micronEq/min) e a caliurese (de 1,69 ñ 0,21 para 2,63 ñ 0,47 micronEq/min), enquanto a dobutamina näo as alterou de forma importante. Os resultados nos levam as seguintes conclusöes: a) a dopamina constitui-se numa potentedroga natriurética e caliurética em ratos, mesmo em doses insuficientes para alterar a taxa de filtraçäo glomerular, o que näo se observa para a dobutamina; 2) a dopamina mostrou-se uma droga capaz de elevar o fluxo urinário em ratos, mesmo na presenç a de taxa de filtraçäo glomerular e pressäo arterial média inalterada; 3) a dobutamina também mostrou-se capaz de elevar o fluxo urinário sem aumentar a taxa de filtraçäo glomerular