Utilidad de la implementación de un método molecular automatizado en el diagnóstico de agentes causales de infecciones de transmisión sexual / Usefulness of the implementation of an automated molecular method in the diagnosis of causal agents of sexually transmitted infections / Utilidade da implementação de um método molecular automatizado no diagnóstico de agentes causais de infecções sexualmente transmissíveis

Resumen Se presentan los resultados obtenidos en los primeros meses desde la implementación del diagnóstico de agentes causales de infecciones de transmisión sexual (ITS) por PCR en tiempo real en un sistema automatizado. Se estudiaron 46 muestras endocervicales y 39 muestras de uretra masculina, por examen microscópico en fresco, coloración de Gram, cultivo en agar sangre, agar Thayer Martin, galerías miniaturizadas para investigar Ureaplasma spp. y Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, Francia) y PCR múltiple para Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis . Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, EE.UU.). Mediante PCR múltiple se detectó un agente vinculado a ITS en el 48,7% de las muestras uretrales y en el 21,7% de las muestras endocervicales, además de 5 casos de coinfección. El 18,8% de las infecciones se diagnosticaron sólo por PCR. Estos datos demuestran que mediante PCR se optimizó el diagnóstico de ITS en personas de ambos sexos.

Abstract The results obtained in the first months after the implementation of the diagnosis of causative agents of sexually transmitted infections (STIs) by real- time PCR in an automated system are presented. Forty-six endocervical samples and 39 male urethral samples were studied by fresh microscopic examination, Gram staining, blood agar culture, Thayer Martin agar, miniaturised galleries to investigate Ureaplasma spp. and Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, France), and multiplex PCR for Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis and Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, USA). Using multiplex PCR, an agent linked to STIs was detected in 48.7% of the urethral samples and in 21.7% of the endocervical samples, in addition to 5 cases of coinfection. A total of 18.8% of the infections were diagnosed only by PCR. These data show that PCR optimised the diagnosis of STIs in people of both sexes.

Resumo São apresentados os resultados obtidos nos primeiros meses a partir da implementação do diagnóstico de agentes causadores de infecções sexualmente transmissíveis (ISTs) por PCR em tempo real em um sistema automatizado. Quarenta e seis amostras endocervicais e 39 amostras uretrais masculinas foram estudadas por exame microscópico fresco, coloração de Gram, cultura de ágar sangue, ágar Thayer Martin, galerias miniaturizadas para investigar Ureaplasma spp. e Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, França) e PCR múltiplo para Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis e Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, EUA). Utilizando PCR múltiplo, um agente ligado a IST foi detectado em 48,7% das amostras uretrais e em 21,7% das amostras endocervicais, além de 5 casos de coinfecção; 18,8% das infecções foram diagnosticadas apenas por PCR. Esses dados mostram que através do PCR foi otimizado o diagnóstico de IST em pessoas de ambos os sexos.

Utilidad del panel FilmArray® BCID en la detección de bacteriemia: estudio multicéntrico latinoamericano / Usefulness of the FilmArray® BCID panel in the detection of bacteremia: Latin American multicenter study

Resumen Los objetivos de este estudio fueron determinar el desempeño del panel BCID de FilmArray® y establecer el impacto de estos resultados en el tratamiento antimicrobiano de pacientes con bacteriemia en 11 hospitales de Latinoamérica. Se incluyeron 397 episodios de bacteriemia y se documentaron 551 microorganismos aislados de hemocultivos. La identificación microbiana fue correcta en el 91,4% (504/551) de los aislados y en el 98,6% (504/511) si se consideran solo los microorganismos incluidos en el panel BCID. La sensibilidad en la detección de los genes mecA, vanA/B y blaKPC fue del 100% y la especificidad fue del 97%, 100% y 99,6% respectivamente. La notificación temprana del resultado permitió cambios terapéuticos en 242 episodios (60,9%). El panel BCID es un método confiable y rápido para la detección de mecanismos críticos de resistencia y de los microorganismos más frecuentemente aislados de bacteriemias y permite la optimización temprana del tratamiento antimicrobiano.

Abstract The objectives of this study were to determine the performance of the BCID panel and to establish the impact of these results on the antimicrobial treatment of patients with bacteremia in 11 hospitals in Latin America. Three hundred and ninety-seven episodes of bacteremia were included and 551 microorganisms isolated from blood cultures were documented. Microbial identification was correct in 91.4% (504/551) of the isolates and in 98.6% (504/511) if only the microorganisms included in the BCID panel are considered. The sensitivity in the detection of the genes mecA, vanA/B and blaKPC was 100% and the specificity was 97%, 100% and 99.6% respectively. Early notification of the outcome allowed therapeutic changes in 242 episodes (60.9%). The BCID panel is a reliable and rapid method for the detection of critical resistance mechanisms and of the microorganisms most frequently isolated from bacteremia and it enables early optimisation of antimicrobial treatment.

Resumo Os objetivos deste estudo foram determinar o desempenho do painel BCID do FilmArray® e estabelecer o impacto desses resultados no tratamento antimicrobiano de pacientes com bacteremia em 11 hospitais da América Latina. Trezentos e noventa e sete episódios de bacteremia foram incluídos e 551 microrganismos isolados de hemoculturas foram documentados. A identificação microbiana foi correta em 91,4% (504/551) dos isolados e em 98,6% (504/511) considerando apenas os microrganismos incluídos no painel BCID. A sensibilidade na detecção dos genes mecA, vanA/B e blaKPC foi de 100% e a especificidade foi de 97%, 100% e 99,6% respectivamente. A notificação precoce do desfecho permitiu mudanças terapêuticas em 242 episódios (60,9%). O painel BCID é um método confiável e rápido para a detecção de mecanismos críticos de resistência e dos microrganismos mais frequentemente isolados da bacteremia e permite a otimização precoce do tratamento antimicrobiano.

Implementación del método de FilmArrayTM en pacientes pediátricos con infecciones severas / Implementation of the FilmArrayTM method in pediatric patients with severe infections / Implementação do método de matriz do FilmArrayTM em pacientes pediátricos com infecções graves

Se evaluó la implementación del método de PCR múltiple FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EE.UU.) en 21 niños con infección respiratoria aguda baja, 3 con meningoencefalitis, y un caso de sepsis. Se registraron el tiempo de demora hasta obtener el resultado y adecuar el tratamiento, los días de internación, los patógenos detectados y el costo de la incorporación de esta metodología. En los niños estudiados con FilmArrayTM el resultado estuvo disponible a los 90 minutos desde la toma de la muestra. Se detectaron patógenos no demostrados por los métodos disponibles, como Rhinovirus, además de diagnosticar coinfección viral; el tiempo promedio de estadía resultó 5 días. Se estimó reducir un 40% el costo global de internación. La implementación de FilmArrayTM resultó sencilla y se pudo incorporar a la sistemática de trabajo. Si bien esta experiencia incluyó un bajo número de pacientes, aportó información que demuestra el potencial de esta metodología para un mejor manejo del paciente crítico.

The implementation of multiple PCR FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, USA) for 21 children with low acute respiratory infection, 3 with meningoencephalitis, and 1 case of sepsis was evaluated. Delay time until the result was obtained and the treatment adapted, hospitalization days, pathogens detected and the cost of incorporating this methodology were all recorded. In the children studied with FilmArrayTM the result was available 90 minutes after the sample was taken. Pathogens were not demonstrated by the available methods, such as Rhinovirus, apart from diagnosing viral coinfection, the average length of stay was 5 days. It was estimated to reduce the overall cost of hospitalization by 40%. The implementation of FilmArrayTM was simple and could be incorporated into the work system. Although this experience included a low number of patients, it provided information that demonstrates the potential of this methodology for better management of the critical patient.

Foi avaliada a implementação do método de PCR múltiplo FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EUA) em 21 crianças com infecção respiratória aguda baixa, 3 com meningoencefalite e um caso de sepse. O tempo de atraso foi registrado até a obtenção do resultado e a adaptação do tratamento, dias de internação, patógenos detectados e o custo da incorporação dessa metodologia. Nas crianças estudadas com o FilmArrayTM, o resultado ficou disponível 90 minutos após a coleta da amostra; foram detectados os patógenos não demonstrados pelos métodos disponíveis, como o Rinovírus, além de diagnosticar a coinfecção viral; o tempo médio de permanência foi de 5 dias. Foi estimado reduzir o custo total da hospitalização em 40%. A implementação do FilmArrayTM foi simples e pôde ser incorporada à sistemática de trabalho. Embora essa experiência tenha incluído um número de pacientes baixo, forneceu informações que demonstram o potencial dessa metodologia para um melhor gerenciamento do paciente crítico.