A code biology analysis of the regulatory regions in cell lines / Análisis de biología de códigos de las regiones reguladoras en líneas celulares

Abstract Coding sequences are widely studied for their relevance in protein synthesis. However, higher organism genomes, such as human genomes, has a small amount of them, and a larger proportion of non-coding sequences. ENCODE and Epigenomic Roadmap projects discovered that regulatory functions are carried out in the non-coding regions of the human genome. These regulatory functions are part of the regulatory machinery that yields different gene expression profiles, thus, different cell lines. Whereas different environmental elements, i. e. histone modifications, DNA methylation, and other epigenomic phenomena, determine the regulatory function of genome part, the sequences' composition where these functions take place could also influence regulatory machinery. In this work, we explore the non-coding regulatory sequences and lexica build with subsequences between 3 and 16 nucleotides to evaluate the difference between the sequence composition of the regulatory regions in the cell lines. Our results show that the lexica corresponding to the regulatory regions are different based on their complexity/degeneracy, moreover, the lexica of regulatory regions in different cell lines are also different. These features suggest that non-coding sequences are an active element of the regulatory machinery and the histone code that are involved in cell differentiation.

Resumen Las secuencias codificantes han sido ampliamente estudiadas por su relevancia en la síntesis de proteínas. Sin embargo, los genomas de organismos complejos, como el humano, tiene una porción menor de estas secuencias y una mayor proporción de secuencias no codificantes. Los proyectos del ENCODE y Epigenomic Roadmap describieron que las funciones reguladoras se llevan acabo en las regiones no codificantes del genoma humano. Estas funciones reguladoras son parte de la maquinaria reguladora que produce diferentes perfiles de expresión genética, por tanto, diferentes líneas celulares. Mientras diferentes elementos del entorno, como las modificaciones en las histonas, metilación del ADN y otros fenómenos epigenéticos, determinan la función reguladora que tienen una porción del genoma, la composición de la secuencia donde estas funciones son llevadas a cabo también podrían influir en la maquinaria reguladora. En este trabajo, se exploraron las secuencias de las regiones no codificantes y los léxicos generados con las subsecuencias entre 3 y 16 nucleótidos, para evaluar las diferencias entre la composición de las secuencias de las regiones reguladoras en las líneas celulares. Los resultados muestran que los léxicos correspondientes a las regiones reguladoras son diferentes con base en su complejidad/degeneración, así mismo, los léxicos de las regiones reguladoras en distintas líneas celulares son también distintos. Estos detalles sugieren que las secuencias no codificantes son elemento activo de la maquinaria reguladora y del código histónico que participan en la diferenciación celular.

Cáncer Gástrico en un Hospital General: Hospital Santa Rosa / Gastric cancer in a general hospital. Santa Rosa Hospital. experience

OBJETIVO: Determinar la frecuencia de cáncer gástrico y sus características clínico patológicas, estadios clínicos, tratamiento quirúrgico, morbimortalidad y sobrevida en un hospital general. MATERIALES Y MÉTODOS: Estudio retrospectivo, descriptivo, de 71 pacientes consecutivos diagnosticados con cáncer gástrico en el Hospital Santa Rosa desde el 1 de enero 2005 hasta el 31 de enero 2008. RESULTADOS: En el periodo de estudio se confirmaron por histopatologia 71 casos de adenocarcinoma gástrico. El sexo masculino es el más frecuente, con una relación de 1,54 a 1 con respecto al sexo femenino. La edad de presentación más frecuente se encuentra entre la 5ta y 7ma década de vida. Los tumores distales (81,7 por ciento) son cuatro veces más frecuentes que los proximales (18,3 por ciento). El tipo histológico más frecuente fue el carcinoma en células de anillo de sello (40,8 por ciento). El grado de diferenciación más frecuente fue el Indiferenciado (42,3 por ciento). El 62 por ciento (n=44) ingresó a sala de operaciones. La tasa de resecabilidad fue de 68 por ciento (n=30). El estadío clínico avanzado ha sido la forma depresentación más frecuente de los pacientes (97,2 por ciento), mientras que el estadío precoz ha sido raro (2,8 por ciento). La cirugía más frecuente fue la gastrectomía subtotal distal (73,3 por ciento) y gastrectomía total (26,7 por ciento). La disección realizada fue la D2 (73,3 por ciento). La tasa de mortalidadfue 6,7 por ciento y morbilidad de 26,7 por ciento. La sobrevida fue mejor en los pacientes que tuvieron resección frente a los que sólo se les realizó biopsia o fueron irresecables, evidenciandosignificancia estadística. CONCLUSIÓN: El cáncer gástrico se diagnóstica en etapa tardía y el tratamiento quirúrgicojuega un rol fundamental e incluso en casos avanzados, la morbimortalidad es aceptable para la experiencia inicial en un Hospital general de tercer nivel. Es necesario realizar programas de tamizaje para detectar la enfermedad en...

PURPOSE: Determine the frequency of gastric cancer and its clinical and pathological characteristics, clinical stages, surgical treatment, morbimortality and survival in ageneral hospital. MATERIALS AND METHODS: Retrospective, descriptive study on 71 consecutive patients diagnosed with gastric cancer at the Santa Rosa Hospital from January 1, 2005 to January 31, 2008. RESULTS: During the study period, 71 cases of gastric adenocarcinoma were confirmed by histopathology. This disease is more frequent in men, with a 1.54 to 1 ratio, as compared to women. The most frequent age of appearance is between the fifth and seventh decadesof life. Distal tumors (81.7 per cent) are four times more common than proximal tumors (18,3 per cent).The most common histological type was carcinoma in signet-ring cells (40.8 per cent). The mostfrequent degree of differentiation was Undifferentiated (42.3 per cent). A 62 per cent (n=44) of patients entered the operating room. The resectability rate was 68 per cent (n=30). The advanced stagewas the most common form of presentation in patients (97.2 per cent), while the early stage was rare (2.8 per cent). The most frequent surgeries were the distal subtotal gastrectomy (73.3 per cent) and the total gastrectomy (26.7 per cent). The D2 (73.3 per cent) dissection was performed. The mortality rate was 6.7 per cent and the morbidity rate was 26.7 per cent. Survival was better in patients who underwent resection than in patients who only underwent biopsy or were unresectable, evidencing statistical significance. CONCLUSIÓN: Gastric cancer is diagnosed in a late stage and surgical treatment playsa pivotal role and, even in advanced cases, morbidity/mortality is acceptable for the initial experience at a third-level general hospital. It is necessary to carry out screening program to detect the disease in earlier stages.

Banco de huesos: Obtención, conservación y utilización de injertos oseos esponjos de banco / Bank of bones: Obtaining, conservation and use of esponjos bony grafts of bank

Constituye una guía médica para la atención de pacientes con lesiones oseas. Presenta la organización y metodología de los bancos de huesos, así como las normas para el uso y conservación del material oseo esponjoso...