ABSTRACT
ABSTRACT Objectives. To implement and evaluate the use of wastewater sampling for detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in two coastal districts of Buenos Aires Province, Argentina. Methods. In General Pueyrredon district, 400 mL of wastewater samples were taken with an automatic sampler for 24 hours, while in Pinamar district, 20 L in total (2.2 L at 20-minute intervals) were taken. Samples were collected once a week. The samples were concentrated based on flocculation using polyaluminum chloride. RNA purification and target gene amplification and detection were performed using reverse transcription polymerase chain reaction for clinical diagnosis of human nasopharyngeal swabs. Results. In both districts, the presence of SARS-CoV-2 was detected in wastewater. In General Pueyrredon, SARS-CoV-2 was detected in epidemiological week 28, 2020, which was 20 days before the start of an increase in coronavirus virus disease 2019 (COVID-19) cases in the first wave (epidemiological week 31) and 9 weeks before the maximum number of laboratory-confirmed COVID-19 cases was recorded. In Pinamar district, the virus genome was detected in epidemiological week 51, 2020 but it was not possible to carry out the sampling again until epidemiological week 4, 2022, when viral circulation was again detected. Conclusions. It was possible to detect SARS-CoV-2 virus genome in wastewater, demonstrating the usefulness of the application of wastewater epidemiology for long-term SARS-CoV-2 detection and monitoring.
RESUMEN Objetivos. Aplicar y evaluar la utilización de muestreos de aguas residuales como método para la detección del coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo de tipo 2 (SARS-CoV-2) en dos distritos costeros de la Provincia de Buenos Aires, Argentina. Métodos. Se utilizó un dispositivo de muestreo automático para tomar muestras de 400 mL de las aguas residuales de 24 horas en el distrito de General Pueyrredon, mientras que en el distrito de Pinamar se tomaron muestras de 2,2 L a intervalos de 20 minutos hasta un volumen total de 20 L. Los muestreos se realizaron una vez por semana. Las muestras se concentraron mediante floculación con policloruro de aluminio. La purificación del ARN y la amplificación y detección del gen diana se llevaron a cabo mediante la prueba de reacción en cadena de la polimerasa con retrotranscripción para el diagnóstico clínico a partir de hisopados nasofaríngeos. Resultados. Se observó la presencia de SARS-CoV-2 en las aguas residuales de ambos distritos. En General Pueyrredon, el SARS-CoV-2 se halló en la semana epidemiológica 28 del 2020, es decir, 20 días antes del inicio del aumento de casos de enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) registrado en la primera ola (semana epidemiológica 31) y nueve semanas antes de que se alcanzara el número máximo de casos de COVID-19 con confirmación de laboratorio. En el distrito de Pinamar se detectó el genoma viral en la semana epidemiológica 51 del 2020, pero solo se pudo volver a realizar el muestreo en la semana epidemiológica 4 del 2022, en la que se volvió a detectar la circulación del virus. Conclusiones. Se pudo detectar el genoma del virus SARS-CoV-2 en aguas residuales, lo que muestra la utilidad de la aplicación de la epidemiología de aguas residuales como método para la detección y el seguimiento del SARS-CoV-2 a largo plazo.
RESUMO Objetivos. Implementar e avaliar o uso de amostragem de águas residuais na detecção do coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2) em dois distritos costeiros da Província de Buenos Aires, Argentina. Métodos. No distrito de General Pueyrredon, amostras de 400 mL de águas residuais foram coletadas ao longo de 24 horas com um amostrador automático; já no distrito de Pinamar, foram coletados 20 L no total (2,2 L a intervalos de 20 minutos). As amostras foram coletadas uma vez por semana e concentradas por floculação com cloreto de polialumínio. A purificação do RNA e a amplificação e detecção de genes-alvo foram realizadas por meio de reação em cadeia da polimerase com transcrição reversa para diagnóstico clínico de esfregaços nasofaríngeos humanos. Resultados. Detectou-se presença de SARS-CoV-2 em águas residuais dos dois distritos. Em General Pueyrredon, o SARS-CoV-2 foi detectado na semana epidemiológica 28 de 2020, ou seja, 20 dias antes do início de um aumento no número de casos da doença provocada pelo coronavírus de 2019 (COVID-19) na primeira onda (semana epidemiológica 31) e 9 semanas antes de se registrar o número máximo de casos de COVID-19 confirmados em laboratório. No distrito de Pinamar, o genoma viral foi detectado na semana epidemiológica 51 de 2020, mas não foi possível realizar a amostragem novamente até a semana epidemiológica 4 de 2022, quando a circulação do vírus foi novamente constatada. Conclusões. Foi possível detectar o genoma do vírus SARS-CoV-2 em águas residuais, demonstrando a utilidade da aplicação da epidemiologia baseada em águas residuais para detectar e monitorar o SARS-CoV-2 em longo prazo.
ABSTRACT
RESUMEN: Objetivo: Establecer la magnitud y los factores de riesgo de infección por SARS-CoV-2 en el Partido de General Pueyrredón, Buenos Aires, Argentina: estudio INECOVID. Métodos: Diseño de cohortes prospectivo con participantes de población general del partido. El período de seguimiento fue del 22 de junio al 18 de diciembre de 2020, con un intervalo mínimo de citación de 21 días. Los datos se obtuvieron mediante cuestionarios y muestras de suero o plasma. El evento primario fue el tiempo hasta la seroconversión (IgG) como evidencia de infección por SARS-CoV-2. Se estimó el riesgo acumulado de infección por el método de Kaplan Meier. Se construyeron modelos de Cox con variables tiempo-dependientes. Resultados: Fueron reclutados 345 participantes (n=222 mujeres, 64,3%; 123 hombres, 35,7%), con una edad mediana de 45 años en mujeres (Rango intercuartílico: 19) y 49 en hombres (Rango intercuartílico: 26). El 12,8% de los participantes (n=44) tuvieron evidencia de infección por SARS-CoV-2 [densidad de incidencia de 9,1 casos (mujeres: 11,1, hombres: 5,1) por 10.000 personas-días]. El 36,4% de los casos (n=16) fueron asintomáticos. Se mostraron asociados al riesgo de infección: ser contacto estrecho de un caso confirmado de COVID-19 (HR=5,56; IC95% 2,85-10,83), ser trabajador de salud (HR=2,93; IC95% 1,55-5,52), vivir en hacinamiento (HR=2,23; IC95% 1,13-4,49) y edad (HR=0,98; IC95% 0,95-1,00). Conclusión: Los factores de riesgo de infección hallados avalan las políticas y protocolos de protección adoptados por las autoridades sanitarias de Argentina para la población general y los programas de atención a los trabajadores de la salud en la etapa pre-vacunación.
ABSTRACT Objective: To establish the magnitude and risk factors for SARS-CoV-2 infection in the General Pueyrredón, Buenos Aires, Argentina: the INECOVID study. Methods: Prospective cohort designed with participants from the District general population. The follow-up period was from June 22nd to December 18th, 2020, with a minimum appointment interval of 21 days. Data were obtained via questionnaires and serum or plasma samples. The primary event was considered as the time to seroconversion (IgG) as evidence of SARS-CoV-2 infection. The accumulated risk of infection was estimated using the Kaplan Meier method. Cox models were built with time-dependent variables. Results: 345 participants were recruited (n=222 women, 64.3%; 123 men, 35.7%), with a median age of 45 years in women (Interquartile range: 19) and 49 in men (Interquartile range: 26). 12.8% of participants (n=44) had evidence of SARS-CoV-2 infection [incidence density of 9.1 cases (women: 11.1, men: 5.1) per 10,000 person-day]. 36.4% of the cases (n=16) were asymptomatic. The following factors were associated to the risk of infection: being in close contact of a confirmed COVID-19 case (HR=5.56; 95%CI 2.85-10.83), being a health worker (HR=2.93; 95%CI 1.55-5.52), living in crowded conditions (HR=2.23; 95%CI 1.13-4.49), and age (HR=0.98; 95%CI 0.95-1.00). Conclusion: The identified risk factors endorse the protection policies and protocols adopted by the Argentinian sanitary authorities for the general population and the care programs for health workers in the pre-vaccination phase.
Subject(s)
Humans , Male , Female , Middle Aged , COVID-19 , Argentina/epidemiology , Brazil , Prospective Studies , Risk Factors , Cohort Studies , Pandemics , SARS-CoV-2ABSTRACT
INTRODUCCIÓN: Durante la pandemia de enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) los adultos mayores residentes en instituciones semicerradas y su personal de salud constituyen una subpoblación vulnerable con riesgo elevado de hospitalización y muerte. OBJETIVO: Describir el abordaje epidemiológico efectuado en un establecimiento de estancia prolongada para adultos mayores bajo vigilancia activa, en el aglomerado urbano Mar del Plata-Batán, en diciembre de 2020. MÉTODOS: La estrategia de abordaje combinó la indicación de aislamiento de los casos sospechosos, la realización de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR) y la detección de anticuerpos del tipo inmunoglobulina G (IgG). RESULTADOS: Se detectaron 4 casos de infección por el nuevo coronavirus (SARS-CoV-2) por RT-PCR en miembros del personal de salud; solo 1 tenía antecedente de detección por RT-PCR durante el brote inicial ocurrido 95 días antes; los resultados en los residentes fueron negativos. Se encontraron 40 casos con anticuerpos de tipo IgG (63,5%); 12 de ellos (30%) no tenían antecedente de detección mediante RT-PCR en ninguno de los brotes. DISCUSIÓN: Los hallazgos indican que el hecho de haber atravesado un primer episodio de brote en el establecimiento confirió inmunidad a personas que no habían tenido manifestaciones clínicas de la enfermedad, lo cual, probablemente, contribuyó a evitar la propagación del segundo brote entre los residentes