Molecular detection of SARS-CoV-2 in Argentina: Evaluation of alternative diagnostic tools for the decentralization of the diagnosis

Abstract The rocketing number of COVID-19 cases highlighted the critical role that diagnostic tests play in medical and public health decision-making to contain and mitigate the SARS-CoV-2 pandemic. This study reports the evaluation and implementation of different tests for the molecular detection of SARS-CoV-2 in the central region of Argentina. We evaluated 3 real time RT-PCR kits (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit and WGene SARS-CoV-2 RT Detection), 2 nucleic acid extraction methods [MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II (BioFlux), 35-min vs. 9-min, a pre-analytical reagent (FlashPrep®) and 2 isothermal amplification tests (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). The order according to the best performance of the 3 real-time RT-PCR kits evaluated was: DisCoVery > GeneFinderTM> WGene. The 2 RNA extraction methods showed similar good results: MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min was selected due to its faster performance. FlashPrep® reagent showed excellent results to perform direct RNA detection. Isothermal amplification assays showed acceptable sensitivity and specificity values (>80%), except in samples with Ct> 30. Our data show optimal real time RT-PCR kits and alternative molecular methods for SARS-CoV-2 diagnostic. These alternative assays proved to be aceptable.

Resumen La explosión de casos de COVID-19 resaltó el papel fundamental que desempeñan las pruebas de diagnóstico en la toma de decisiones médicas y de salud pública para contener y mitigar la pandemia de SARS-CoV-2. Este estudio reporta la evaluación y la implementación de diferentes test para la detección molecular de SARS-CoV-2 en la región central de Argentina. Evaluamos tres kits de RT-PCR en tiempo real (GeneFinder COVID-19 Plus RealAmp Kit, DisCoVery SARS-CoV-2 RT-PCR Detection Kit y WGene SARS-CoV-2 RT Detection), dos métodos de extracción de ácidos nucleicos (MagaBio plus Virus DNA/RNA Purification Kit II [BioFlux, 35-min vs. 9-min), un reactivo pre-analítico (FlashPrep®) y dos test de amplificación isotérmica (Neokit Plus and ELA CHEMSTRIP®). El orden de rendimiento de los tres kits de RT-PCR en tiempo real evaluados fue el siguiente: DisCoVery GeneFinder™ WGene. Los dos métodos de extracción de RNA mostraron buenos y similares resultados; se seleccionó MagaBio plus Virus RNA Purification Kit II (BioFlux) 9-min debido a su rápido tiempo de procesamiento. El reactivo FlashPrep® mostró excelentes resultados para realizar detección directa de RNA. Los ensayos de amplificación isotérmica mostraron valores de sensibilidad y de especificidad aceptables (80%), excepto en muestras con Ct 30. Nuestros resultados muestran kits de RT-PCR en tiempo real óptimos, como así también métodos moleculares alternativos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 que resultan aceptables para su uso en contextos adversos, de descentralización y en diferentes escenarios epidemiológicos, para la detección rápida y precisa del SARS-CoV-2.

Microbicidas para la prevención de infecciones de transmisión sexual: estado actual y estrategias para la evaluación preclínica de nuevos candidatos / Microbicides for preventing sexually transmitted infections: current status and strategies for preclinical evaluation of new candidates

Los microbicidas constituyen una nueva herramienta, todavía en proceso de investigación, que podrían ayudar en la prevención de la infección por los virus de la inmunodeficiencia humana (Human immunodeficiency virus: HIV) y de otras infecciones de transmisión sexual (ITS). Una serie de evidencias ha demostrado que la complejidad de la transmisión sexual de patógenos virales requiere de la identificación de compuestos capaces de bloquear los eventos tempranos del ciclo de infección viral. En este manuscrito hacemos una revisión exhaustiva de las diferentes estrategias que se han estudiado o se están considerando para prevenir ITS mediante el uso de microbicidas, haciendo particular énfasis en aquellos con el potencial de bloquear la infección por el HIV. También se revisa el proceso complejo de evaluación preclínica que se requiere para llegar a estudios en humanos y se concluye con un breve análisis de las estrategias que podrían formar parte del futuro inmediato en la investigación de microbicidas

Microbicides are a new tool, still under investigation, which could help prevent infection by the human immunodeficiency virus (HIV) and other sexually transmitted infections (STIs). Increasing evidence shows that the complexity of sexual transmission of viral pathogens requires the identification of compounds able to block the early events during the cycle of viral infection. In this manuscript we provide a comprehensive review of the different microbicide strategies that have been studied or are currently being considered for STI prevention, particularly emphasizing those having the potential to block HIV infection. The manuscript also reviews the complex process that is required to conduct future clinical studies in humans and concludes with a brief discussion of the strategies that could be part of the immediate future in microbicide research

Evidencia molecular de la infección por Chlamydophila pneumoniae en reptiles de Argentina / Molecular evidence of Chlamydophila pneumoniae infection in reptiles in Argentina

En la región central de Argentina, las características epidemiológicas y moleculares de las infecciones por Chlamydophila pneumoniae en reptiles son desconocidas. Para detectar C. pneumoniae, se usó la reacción en cadena de la polimerasa anidada que amplifica el gen rpoB en muestras de hisopado cloacal de 19 reptiles. Once (57,89 %) reptiles resultaron positivos. La secuenciación y el análisis filogenético corroboraron la presencia de esta bacteria. No se detectó ADN de C. pneumoniae en la faringe ni IgM anti-C. pneumoniae en el suero de los cuidadores; sin embargo, ellos presentaron títulos muy elevados de IgG anti-C. pneumoniae. La detección de ADN de C. pneumoniae en los reptiles demostró la circulación de este agente en el centro recreativo donde se realizó este estudio, lo que podría explicar la exacerbada respuesta inmunitaria en los cuidadores; este hallazgo sugiere la presencia de un potencial ciclo zoonótico. Se reporta aquí por primera vez la detección de C. pneumoniae en reptiles en Argentina

In the central area of Argentina, the epidemiological and molecular characteristics of Chlamydophila pneumoniae infections in reptiles are still unknown. A nested polymerase chain reaction of the rpoB gene was used to detect C. pneumoniae in cloacal swab samples from 19 reptiles at a recreational area. Eleven (57.89%) reptiles were positive; the sequencing and phylogenetic analysis confirmed the presence of this bacterium. Neither C. pneumoniae DNA in the caregivers'pharynges nor IgM antibodies anti-C. pneumoniae in their serum samples were detected; however, caregivers presented very high titers of IgG anti-C. pneumoniae. The detection of C. pneumoniae DNA in reptiles demonstrated the circulation of this agent in the recreational area and could be responsible for the exacerbated immune response of the personnel handling the reptiles, which suggests a potential zoonotic cycle. This is the first report of the detection of C. pneumoniae in reptiles in Argentina

Perfil epidemiologico de la infección por el virus de la hepatitis C en la región central de Argentina / Molecular epidemiology pattern of hepatitis C virus infection in central region of Argentina

La presencia de RNA-HCV y la distribución de genotipos se detectaron mediante técnicas moleculares (RT-nested PCR y RFLP) en 310 muestras de individuos de la región centro de Argentina. Se halló 11,8% de coinfección HCV/HIV, con mayor prevalencia de genotipo 1 (73%). La distribución de los genotipos 1 y 2 entre individuos monoinfectados fue de 49,4% y 43,9%, respectivamente. El análisis de regresión logística multivariado mostró que la edad y el uso de drogas endovenosas (UDEV) condicionó la distribución de genotipos. El genotipo 2 se halló frecuentemente entre adultos mayores y su diseminación no se pudo asociar a ninguna vía de transmisión. El genotipo 1 se lo halló principalmente en adultos jóvenes y asociados al UDEV. El notable incremento de genotipo 1, homogéneamente distribuido en todas las edades posee importantes implicancias en las decisiones terapéuticas, considerando que posee baja respuesta a laterapia antiviral.