Predicting Pathogenicity of CDH1 Gene Variants in Patients with Early-onset Diffuse Gastric Cancer from Western Mexico

ABSTRACT Background: Early-onset diffuse gastric cancer (EODGC) occurs at or before 50 years of age. Pathogenic mutations and germline deletions in the CDH1 gene (E-cadherin) are well-documented genetic factors associated with the causes of EODGC. Objective: The objective of the study was to study CDH1 germline variants and their potential functional impact in patients with EODGC in a Mexican population. Methods: We studied seven EODGC patients from a biomedical research center in western Mexico. Variants were identified by Sanger sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification. The DeepSEA and SNPClinic v.1.0 software and the Ensembl (1000 Genomes Project, 1kGP) and ClinVar databases were used to predict functional single-nucleotide polymorphisms (SNPs). The genetic admixture of the Mexican patients was corroborated by 22 short tandem repeat loci genotyping and structure analysis. Results: We found 12 germline CDH1 variants in all EODGC patients, and all of them are considered as polymorphisms: rs34561447, rs5030625, rs16260, rs1330727101, rs28372783, rs942269593, rs3743674, rs1801552, rs34939176, rs33964119, rs3556654, and rs1801026. The prediction of regulatory SNPs in the promoter suggests a role for a retrovirus in EODGC that induces the transcription of interferon-related genes through toll-like receptor-interferon response factor 3 signaling, as three SNPs in the CDH1 promoter alter three binding sites for this transcription factor. In addition, SNPs rs28372783 and rs1801026 could alter upstream stimulatory factors 1 (USF1)/USF2-mediated telomerase-dependent lymphocyte activation in EODGC. Other interesting result is a CTCF-dependent shorter CDH1 isoform lacking exon 14, probably due to exon-skipping mediated by rs33964119. Conclusions: Classical pathogenic germline mutations in the CDH1 gene were not found in these 7 EODGC patients. However, the in silico approaches revealed the possible involvement of a retrovirus and a shorter E-cadherin isoform in EODGC. Nevertheless, further in vitro and in vivo assays are needed to confirm these predictions.

Relación del polimorfismo TaqI del gen del receptor de la vitamina D con la lepra lepromatosa en población mexicana / Association between the TaqI polymorphism of Vitamin D Receptor gene and lepromatous leprosy in a Mexican population sample

OBJETIVO: Determinar la relación del polimorfismo TaqI del gen del receptor de la vitamina D (RVD) con la lepra lepromatosa (LL) en individuos originarios de Sinaloa, México. MATERIAL Y MÉTODOS: Se amplificó un fragmento de 740 pb del gen RVD en muestras de ADN de 71 pacientes con LL y 144 controles en el Hospital General de Culiacán durante el periodo 2004-2007. El polimorfismo se identificó mediante la endonucleasa TaqI. RESULTADOS: Se observó un aumento de relevancia estadística del genotipo TT en pacientes con LL en comparación con los controles (p= 0.040; RM= 1.82). CONCLUSIÓN: Se demuestra un nexo entre el genotipo TT y la susceptibilidad a la LL.

OBJETIVE: To establish the association of the vitamin D receptor gene TaqI polymorphism with lepromatous leprosy (LL) in individuals from Sinaloa, Mexico. MATERIAL AND METHODS: A 740 bp fragment was amplified from the VDR gene in DNA samples of 71 patients with LL and 144 controls in the Hospital General de Culiacán during 2004-2007. Polymorphism was identified through TaqI endonuclease. RESULTS: A significant increase in the genotype TT of the VDR gene was observed in patients when compared to controls (p = 0.040; OR = 1.82). CONCLUSIONS: Our data support the association between the TT genotype and susceptibility to LL in this Mexican population.

Association between polymorphisms of the androgen and vitamin D receptor genes with prostate cancer risk in a Mexican population / Asociación entre polimorfismo de andrógenos y receptores de vitamina D con riesgo de cáncer prostático en una población mexicana

Introduction. Prostate cancer (PCa) is a worldwide health issue, because of its high incidence and mortality. Its etiology is complex and includes certain risk factors such as age, hormonal status, ethnic origin and family history of PCa. Genetic predisposition is proposed as a major risk factor and there are several controversial reports on the association of PCa and gene polymorphism such as the receptors of the androgen receptor (AR) and the vitamin D (VDR). Objective. To evaluate the CAG triplets repetitions in the first exon of the AR and polymorphisms in the restriction site Taql in the VDR in Mexicans with PCa. Material and methods. A total of 68 Mexicans with histopathological diagnosis of PCa and 48 healthy Mexican with normal prostate specific antigen and rectal exam where included. 10ml of peripheral blood were extracted to isolate DNA and the polymorphisms were evaluated with specific primers for the AR and VDR. Results. The allelic and genetic distributions of the AR and VDR polymorphisms were consistent with the Hardy-Weinberg equilibrium, and there were no statistical differences between the PCa patients and controls (p > 0.05). However, there was a statistical difference between the number of CAG repeats in younger patients with PCa compared to controls (p = 0.045) but when the young patient group was compared versus the elder group there was not stadistically difference (p = 0.085), but the results showed a tendency towards less repetitions of CAG in elder patients. Concerning the VDR, when we analyzed the patients with PCa and a bad pathological prognosis they had a less frequent genotype of TT (p = 0.03). Conclusions. Our results suggest an association between the VDR and AR gene polymorphisms, and the hystopathological score and age at diagnosis in Mexican patients with PCa, respectively. However, it is important to confirm these results in a larger scale study.

Introducción. El cáncer de próstata (PCa) es un problema de salud mundial, tanto por su elevada incidencia como mortalidad. Su etiología es compleja e incluye factores de riesgo reconocidos como la edad, estado hormonal, origen étnico y antecedentes familiares de PCa. El fondo genético es un factor de riesgo y existen reportes controversiales de la asociación de PCa y polimorfismos en los genes como son los receptores de vitamina D (VDR) y el de andrógenos (AR). Objetivo. Evaluar las repeticiones de tripletes de CAG en el primer exon del AR y polimorfismos en el sitio de restricción Taql en el VDR en mexicanos con PCa. Material y métodos. Se incluyeron 68 mexicanos con diagnóstico histopatológico de PCa y 48 mexicanos con niveles normales de antígeno prostático y tacto rectal normal. Se les extrajo 10 mL de sangre periférica para aislar DNA y mediante olígos específicos se evaluaron los polimorfismos mencionados. Resultados. La distribución alélica y genotípica de los polimorfismos en el AR y VDR fueron consistentes con el equilibrio de Hardy-Weinberg, y no mostraron diferencias significativas entre los casos y controles (p > 0.05). Sin embargo, el número de repeticiones de CAG en el AR fueron estadísticamente diferentes en pacientes jóvenes con PCa comparados con los controles (p = 0.045), cuando se comparó el grupo de pacientes de jóvenes contra aquellos mayores de 60 años no se encontró diferencia estadísticamente significativa (p - 0.085); sin embargo, se observó una tendencia de un número menor de repetidos CAG en pacientes mayores con PCa. Por otra parte, al comparar VDR en los pacientes con PCa de mal pronóstico por el patrón histológico tenían menor frecuencia de genotipos TT (p - 0.03). Conclusiones. Nuestros resultados sugieren una asociación entre los polimorfismos de los genes del VDR y AR, y el patrón histológico y la edad al diagnóstico en pacientes mexicanos con PCa, respectivamente. Sin embargo, es necesario confirmar estos resultados en un estudio con mayor número de pacientes.

La huella genética del DNA en Varones: haplotipo del cromosom Y en una población mexicana analizando cinco STRs / Male DNA profile: Y-chromosome haplotypes in a Mexican population analyzing five STRs

Antecedentes: Las repeticiones cortas en tándem o S TR s (short tandem repeats) localizadas en la región no seudo-autosómica del cromosoma Y , son marcadores moleculares utilizados para obtener la huella genética del DNA específicamente en varones, lo cual permite resolver casos especiales en el campo de la Medicina Legal. Analizando varios S TR s para formar haplotipos del cromosoma Y , se pueden solucionar de manera sencilla pruebas de paternidad donde el supuesto padre no está disponible, así como situaciones forenses, como casos de violación donde se encuentran mezclas de DNA de hombre y mujer. Métodos: Cinco STRs del cromosoma Y recientemente informados: A4, A7.1, A7.2, A10 y C4 (White et al. 1999) fueron tipificados en 101 mestizos mexicanos del Noroeste de México mediante PCR, electroforesis en gel de poliacrilamida y tinción de plata. Resultados: Se estimaron frecuencias alélicas de cada S TR . El rango de diversidad genética de estos marcadores fue de 57.1 por ciento para A-4 a 74.7 por ciento para C-4. Con excepción de A-4, las distribuciones alélicas de los cinco S TR s fueron similares (p>0.05) a la del reporte original. Se observaron 75 haplotipos diferentes de los 98 haplotipos completos obtenidos. Este sistema de cinco S TR s presentó una diversidad haplotípica de 99.0 por ciento y una capacidad de discriminación de 77.5 por ciento (76/98) en la muestra poblacional estudiada. Conclusiones: Estos marcadores STRs del cromosoma Y representan un gran potencial para identificar varones y líneas paternas, y pueden usarse confiablemente para lograr exclusiones en pruebas forenses y de paternidad en población mexicana.