Molecular survey of tick-borne pathogens in small mammals from Brazilian Amazonia / Levantamento molecular de patógenos transmitidos por carrapatos em pequenos mamíferos da Amazônia brasileira

Abstract Small non-volant mammals (marsupials and small rodents) were captured at three different timepoints from 23 forest fragments across three municipalities (Alta Floresta, Sinop and Cláudia) covering the Amazonian biome of the Mato Grosso State in Midwestern Brazil. The animal tissues (liver and spleen) and blood were screened using molecular tools for the detection of Babesia, Coxiella, Cytauxzoon, Hepatozoon, Theileria, and Anaplasmataceae agents. A total of 230 specimens (78 rodents and 152 marsupials) were trapped. Hepatozoon and Piroplasmorida agents were detected in the common opossums (Didelphis marsupialis). In turn, all samples (blood, liver, or spleen) collected from the small mammals were negative for the genus Coxiella and the family Anaplasmataceae, as detected by polymerase chain reaction (PCR). Phylogenetic analyses inferred from partial sequences of the 18S rRNA gene highlighted the occurrence of new Hepatozoon and Piroplasmorida haplotypes. Future studies determining the role of common opossum (D. marsupialis) in the epidemiological cycles of Hepatozoon and Babesia under natural conditions in the Amazonian biome are necessary.

Resumo Pequenos mamíferos não voadores (marsupiais e pequenos roedores) foram capturados em três diferentes períodos, ao longo de 23 fragmentos florestais de três municípios (Alta Floresta, Sinop e Cláudia), localizados no bioma amazônico do Estado de Mato Grosso, no centro-oeste do Brasil. Os tecidos dos animais (fígado e baço) e sangue foram selecionados e submetidos a ensaios moleculares para a detecção do DNA de Babesia, Coxiella, Cytauxzoon, Hepatozoon, Theileria e agentes Anaplasmataceae. Um total de 230 espécimes (78 roedores e 152 marsupiais) foram capturados. Hepatozoon e agentes Piroplasmorida foram detectados em gambás (Didelphis marsupialis). Ao contrário, todas as amostras (sangue, fígado ou baço) coletadas dos pequenos mamíferos foram negativas para o gênero Coxiella e a família Anaplasmataceae, conforme detectado pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Análises filogenéticas inferidas pelas sequências parciais do gene 18S rRNA evidenciaram a ocorrência de novos haplótipos de Hepatozoon e Piroplasmorida. Futuros estudos determinando a importância do gambá-comun (D. marsupialis) nos ciclos epidemiológicos de Hepatozoon e Babesia em condições naturais, no bioma amazônico, são necessários.

Edge effects and the impact of wildfires on populations of small non-volant mammals in the forest-savanna transition zone in Southern Amazonia / Efeito de borda e do fogo sobre pequenos mamíferos não-voadores (Rodentia e Didelphimorphia) em uma zona de transição Floresta-Cerrado ao sul da Amazônia

The impact of fire and edge effects on the community of small non-volant mammals was investigated in transitional Amazon forest within a matrix of soybean plantations. The animals were live trapped on 24 line transects, of which 16 were distributed in unburned areas and 8 in a burned area. A total of 11 species was recorded, including six rodents and five marsupials. The abundance and richness of small mammals appeared to decrease in burned areas, although this impact appeared to mask edge effects. In the absence of fire impacts, a positive relationship was found between mammal abundance and the distance from the forest edge. The impact of the edge effect on the diversity of small mammals appears to be influenced by the type of anthropogenic matrix and the ecological characteristics of the different species.

O efeito de borda e do fogo sobre a comunidade de pequenos mamíferos não-voadores foi investigada em uma área de transição entre Cerrado e Floresta em uma área de matriz de soja na Amazônia Oriental. Os indivíduos foram coletados em 24 transectos, dos quais 16 foram distribuídos em área sem efeito do fogo e oito distribuídos com efeito do fogo. Um total de 11 espécies foi registrado, incluindo seis roedores e cinco marsupiais. A espécie Hylaeamys megacephalus foi a mais abundante em áreas sem efeito do fogo. A abundância e riqueza de pequenos mamíferos não-voadores apresentaram uma diminuição em áreas queimadas, entretanto o efeito do fogo parece mascarar o efeito de borda nestas mesmas áreas. Em relação ao efeito de borda, sem nenhum efeito de fogo, a relação entre a abundância de pequenos mamíferos não-voadores com a distância da borda foi positiva. A relação entre a diversidade de pequenos mamíferos e efeito de borda pode ser ligada à vegetação matriz e características ecológicas de cada espécie.

Checklist dos mamíferos do Estado de São Paulo, Brasil / Checklist of mammals from São Paulo State, Brazil

A fauna de mamíferos do estado de São Paulo consta de 231 táxons, sendo este número uma estimativa da real diversidade presente na região, dado a falta de amostragem em grandes extensões do estado, e também de revisões taxonômicas para determinados grupos. Ainda assim, nosso conhecimento aumentou em 20% desde a última estimativa em 1998, principalmente em relação aos quirópteros e roedores. Estes dados são provenientes de inventários faunísticos, e também do estudo de espécimes depositados em coleções científicas oriundos de revisões taxonômicas. Também temos um maior volume de dados a respeito da distribuição dos mamíferos em relação às diferentes paisagens presentes no estado, o que nos permite dividir a mastofauna em três componentes distintos: o mais importante desses é o das espécies generalistas, que ocorrem em todas as principais paisagens do estado; o segundo grupo concentra espécies das formações abertas, e o terceiro grupo inclui as espécies essencialmente florestais. Além disso, o número de estudos que tem se preocupado com o efeito da fragmentação de hábitats sobre as comunidades de mamíferos, bem como a respeito da permeabilidade das espécies em áreas alteradas, também aumentaram. Dados a respeito da ocorrência, abundância e vulnerabilidade das espécies foram essenciais para traçar estratégias em relação à escolha de áreas e à indicação de ações prioritárias para a conservação dos mamíferos no estado, assim como classificar as espécies nas diferentes categorias de ameaças propostas, culminando na Lista das Espécies Ameaçadas do Estado de São Paulo. Entretanto, ainda existem inúmeras lacunas de conhecimento, que vão desde o número limitado de amostras zoológicas, até a falta de informações acerca da ecologia e história natural de várias espécies. É imprescindível que aumentemos as amostras de mamíferos em coleções zoológicas, principalmente em áreas de Floresta Ombrófila Densa, nos fragmentos de Cerrado, bem como em áreas do centro e oeste do Estado, que permanecem ainda pouco estudadas, com o objetivo de produzir um maior número de revisões taxonômicas em diversos grupos de mamíferos, e de estudos com abordagens filogeográficas e de genética de populações, para diagnosticarmos de forma efetiva a riqueza de mamíferos no estado, bem como os mecanismos evolutivos responsáveis por esta diversificação. Aliados a esses estudos serão necessárias abordagens ecológicas para gerarmos conhecimento, que em conjunto, nos permitirá avaliarmos o estado de conservação dos mamíferos de São Paulo e tomarmos decisões sobre as melhores estratégias para manejarmos e preservarmos estas espécies.

São Paulo harbors 231 mammal species until now. This is an estimate of its real diversity since many regions of the State continue poorly surveyed, and also reflects the lack of taxonomic work for certain mammal taxa. Nevertheless, our knowledge of the São Paulo mammals has increased in 20% in the last 12 years, especially in relation to bats and rodents. These new data are based in mammal inventories and also in the analysis of specimens housed in scientific collections associated with taxonomic revisions. We also know better about the mammal distribution in the distinct vegetation units present in the State, permitting us to divide the mammals in three distinct components: the most important one is the generalists, represented by species occurring in every landscape in the State, while the second one concentrates species inhabiting the open formations, and the third component the species associated with the forest formations. Besides, the number of studies dealing with the effect of fragmentation and the permeability of mammals in altered areas also has increased. Occurrence, abundance and vulnerability data were essential to raise strategies in order to choose priority areas and to indicate priority actions to conserve the mammals of the State, as well as to classify the species in the different proposed threaten categories, culminating in the List of the Threaten Species of the São Paulo State. However, there are many points yet poorly developed or poorly known, such as the limited number of zoological samples, and the lack of information about the ecology and natural history of many species, respectively. It's extremely important that we increase our samples in the scientific collections, especially in areas of Dense Ombrofilous Forests, in the Cerrado fragments, as well as in central and western areas of the State that continue poorly surveyed. The objective is to produce more taxonomic work in several mammalian groups, and also studies focusing in the phylogeography and in the population genetics in order to effectively diagnose the mammal richness of the State, as well as the evolutionary processes responsible for this diversification. Additionally, ecological data accompanying this information is needed in order to evaluate the conservation status of the São Paulo mammals to decide about the better strategies to manage and conserve these mammals.