Evolution of the prevalence and antimicrobial resistance among Escherichia coli isolated as a cause of infection in patients admitted to a iv-level hospital in Lima, Peru

The levels and evolution of antimicrobial resistance of Escherichia coli during 01/2009-06/2010 (Period 1), 01/2012-06-2013 (Period 2) and 07/2013-12/2014 (Period 3) were analyzed. Identification, susceptibility levels to 13 antibiotics and the presence of extendedspectrum ß-lactamases (ESBLs) were determined. Overall, 9,918 microorganisms were isolated as a cause of infection. Of these 3,016 (30.4%) were E. coli, with 1,770 (59%), 992 (33%) and 254 (8%), from the Medicine and the Surgery Departments and the Intensive Care Unit (ICU), respectively. There was a significant increase (p=0.0002) of E. coli throughout considered periods. The isolates presented high levels of resistance (>60%) to cephalosporins, ciprofloxacin and cotrimoxazole, being only susceptible to imipenem (0.3% of resistance) and tigecycline. Overall the analysis of evolution of antimicrobial resistance showed that resistance to cephalosporins and amikacin significantly increased, while, the ones of piperacillintazobactam, cotrimoxazole and gentamicin had significantly decreased. Nevertheless, the ICU isolates showed an inverse scenario for cephalosporins. These findings agree with an increase of ESBLs on the Medicine (56% to 66%; p<0.0001) and on the Surgery (54% to 62%; p=0.0197) departments, with a parallel decrease in the ICU (76% to 68%). In summary, high levels of antimicrobial resistance have been reported among E. coli, with worrisome levels of ESBL. A continuous surveillance of antimicrobial resistance levels in the area is needed.

Frecuencia de genes que codifican proteínas autotransportadoras serin-proteasa de Enterobacteriaceae (SPATE) en cepas de Escherichia coli difusamente adherente (DAEC) provenientes de niños con y sin diarrea / Frequency of serine protease autotransporters of enterobacteriaceae (SPATE) encoding genes in diffusely adherent escherichia coli (DAEC) isolates from children with and without diarrhea

RESUMEN El objetivo del estudio fue determinar la frecuencia de seis genes que codifican proteínas autotransportadoras serin-proteasa de Enterobacteriaceae (SPATE) en aislamientos de Escherichia coli difusamente adherente (DAEC) provenientes de niños con diarrea (NCD, n=63) y sin diarrea (NSD, n=41) de Lima, Perú. Los NSD se consideraron como grupo control. Para la detección de los genes se estandarizaron 2 PCRs múltiples: triple A (sigA, pet, espP) y triple B (sat, pic, espC). En ambos grupos el gen SPATE más frecuente fue sat (39,7% de NCD y 41,5% de NSD), seguido de espP (20,6% y 9,7% en NCD y NSD respectivamente). Los otros genes se detectaron en proporciones inferiores al 10,0%, en el siguiente orden de frecuencia: pet, sigA, espC y pic, sin diferencias significativas entre los grupos. Se concluye que Sat es la SPATE más frecuente en cepas DAEC, y que estas cepas pueden poseer genes SPATE independientemente de si se aíslan en NCD o NSD.

ABSTRACT The aim of the study was to determine the frequency of six genes encoding serine protease autotransporter proteins Enterobacteriaceae (SPATE) in diffusely adherent Escherichia coli (DAEC) isolates from children with (WD, n=63) and without diarrhea (WOD, n=41) from Lima, Peru. WOD were considered a control group. For the detection of the genes, 2 multiple PCRs were standardized: triple A (sigA, pet, espP) and triple B (sat, pic, espC). In both groups, the most frequent SPATE gene was Sat (39.7% of WD and 41.5% of WOD), followed by spP (20.6% and 9.7% in WD and WOD respectively). The other genes were detected in proportions lower than 10.0%, in the following order of frequency: pet, sigA, espC and pic, without significant differences between the groups. It was concluded that Sat is the most frequent SPATE in DAEC and that these strains may possess SPATE genes regardless of whether they are isolated in WD or WOD.

Caracterización de Escherichia coli D7111 productora de ß-LACTAMASA TEM-176 / Characterization of Escherichia coli D7111 producing the ß-LACTAMASA TEM-176

RESUMEN El presente reporte es la descripción original de bla TEM-176. Se caracterizaron los mecanismos de resistencia a antimicrobianos de un aislamiento de Escherichia coli enterotoxigénica, determinándose la resistencia a 22 antimicrobianos categorizados en 15 grupos diferentes mediante difusión en agar, estableciéndose grupo filogenético, mecanismos de resistencia y presencia de integrones de Clase 1 y 2 mediante PCR. Integrones y genes de resistencia a β-lactámicos fueron secuenciados. El aislamiento del grupo filogenético A, mostró resistencia o sensibilidad disminuida a ampicilina, amoxicilina más ácido clavulánico, ácido nalidíxico, ciprofloxacino, estreptomicina, kanamicina, tetraciclina, trimetoprim, sulfisoxazol, cotrimoxazol, azitromicina y nitrofurantoina, detectándose la presencia de bla TEM, aadA1/2, aphA1, sul3, tet(A) y un integron de Clase 2 conteniendo un gen dfrA1. La resistencia a quinolonas se relacionó con la substitución Ser83Ala. La secuencia de TEM mostró la substitución Ala222Val, la cual a la fecha no había sido descrita, reportándose como una nueva β-lactamasa, con el nombre de bla TEM-176.

ABSTRACT The present report is the original description of bla TEM-176. The mechanisms of resistance to antimicrobial agents were determined in an enterotoxigenic Escherichia coli, determining the susceptibility to 22 antimicrobials classified in 15 different groups by agar diffusion and establishing the phylogenetic group, mechanisms of resistance and presence of Class 1 and 2 integrons. Integrons and β-lactam resistance genes were sequenced. The isolate, belonging to phylogenetic group A, showed the presence of resistance or diminished susceptibility to a ampicillin, amoxicillin plus clavulanic acid, nalidíxic acid, ciprofloxacin, streptomycin, kanamycin, tetracycline, trimethoprim, sulfisoxazole, cotrimoxazole, azithromycin and nitrofurantoin, carrying bla TEM, aadA1/2, aphA1, sul3, tet(A) and a Class 2 integron containing a dfrA1 gene. Quinolone resistance was related to the substitution Ser83Ala. The TEM sequencing showed the presence of the new substitution Ala222Val, which led to the description of the new β-lactamase bla TEM-176.

Caracterización de Escherichia coli D7111 productora de ß-LACTAMASA TEM-176 / Characterization of Escherichia coli D7111 producing the ß-LACTAMASE TEM-176

RESUMEN El presente reporte es la descripción original de bla TEM-176. Se caracterizaron los mecanismos de resistencia a antimicrobianos de un aislamiento de Escherichia coli enterotoxigénica, determinándose la resistencia a 22 antimicrobianos categorizados en 15 grupos diferentes mediante difusión en agar, estableciéndose grupo filogenético, mecanismos de resistencia y presencia de integrones de Clase 1 y 2 mediante PCR. Integrones y genes de resistencia a β-lactámicos fueron secuenciados. El aislamiento del grupo filogenético A, mostró resistencia o sensibilidad disminuida a ampicilina, amoxicilina más ácido clavulánico, ácido nalidíxico, ciprofloxacino, estreptomicina, kanamicina, tetraciclina, trimetoprim, sulfisoxazol, cotrimoxazol, azitromicina y nitrofurantoina, detectándose la presencia de bla TEM, aadA1/2, aphA1, sul3, tet(A) y un integron de Clase 2 conteniendo un gen dfrA1. La resistencia a quinolonas se relacionó con la substitución Ser83Ala. La secuencia de TEM mostró la substitución Ala222Val, la cual a la fecha no había sido descrita, reportándose como una nueva β-lactamasa, con el nombre de bla TEM-176.

ABSTRACT The present report is the original description of bla TEM-176. The mechanisms of resistance to antimicrobial agents were determined in an enterotoxigenic Escherichia coli, determining the susceptibility to 22 antimicrobials classified in 15 different groups by agar diffusion and establishing the phylogenetic group, mechanisms of resistance and presence of Class 1 and 2 integrons. Integrons and β-lactam resistance genes were sequenced. The isolate, belonging to phylogenetic group A, showed the presence of resistance or diminished susceptibility to a ampicillin, amoxicillin plus clavulanic acid, nalidíxic acid, ciprofloxacin, streptomycin, kanamycin, tetracycline, trimethoprim, sulfisoxazole, cotrimoxazole, azithromycin and nitrofurantoin, carrying bla TEM, aadA1/2, aphA1, sul3, tet(A) and a Class 2 integron containing a dfrA1 gene. Quinolone resistance was related to the substitution Ser83Ala. The TEM sequencing showed the presence of the new substitution Ala222Val, which led to the description of the new β-lactamase bla TEM-176.

Frecuencia de genes que codifican proteínas autotransportadoras serin-proteasa de Enterobacteriaceae (SPATE) en cepas de Escherichia coli difusamente adherente (DAEC) provenientes de niños con y sin diarrea / Frequency of serine protease autotransporters of enterobacteriaceae (SPATE) encoding genes in diffusely adherent escherichia coli (DAEC) isolates from children with and without diarrhea

RESUMEN El objetivo del estudio fue determinar la frecuencia de seis genes que codifican proteínas autotransportadoras serin-proteasa de Enterobacteriaceae (SPATE) en aislamientos de Escherichia coli difusamente adherente (DAEC) provenientes de niños con diarrea (NCD, n=63) y sin diarrea (NSD, n=41) de Lima, Perú. Los NSD se consideraron como grupo control. Para la detección de los genes se estandarizaron 2 PCRs múltiples: triple A (sigA, pet, espP) y triple B (sat, pic, espC). En ambos grupos el gen SPATE más frecuente fue sat (39,7% de NCD y 41,5% de NSD), seguido de espP (20,6% y 9,7% en NCD y NSD respectivamente). Los otros genes se detectaron en proporciones inferiores al 10,0%, en el siguiente orden de frecuencia: pet, sigA, espC y pic, sin diferencias significativas entre los grupos. Se concluye que Sat es la SPATE más frecuente en cepas DAEC, y que estas cepas pueden poseer genes SPATE independientemente de si se aíslan en NCD o NSD.

ABSTRACT The aim of the study was to determine the frequency of six genes encoding serine protease autotransporter proteins Enterobacteriaceae (SPATE) in diffusely adherent Escherichia coli (DAEC) isolates from children with (WD, n=63) and without diarrhea (WOD, n=41) from Lima, Peru. WOD were considered a control group. For the detection of the genes, 2 multiple PCRs were standardized: triple A (sigA, pet, espP) and triple B (sat, pic, espC). In both groups, the most frequent SPATE gene was Sat (39.7% of WD and 41.5% of WOD), followed by spP (20.6% and 9.7% in WD and WOD respectively). The other genes were detected in proportions lower than 10.0%, in the following order of frequency: pet, sigA, espC and pic, without significant differences between the groups. It was concluded that Sat is the most frequent SPATE in DAEC and that these strains may possess SPATE genes regardless of whether they are isolated in WD or WOD.

Citas a ciegas / Blind citations

Las citas que se utilizan en los artículos son una parte integral de los mismos, dando soporte a afirmaciones, comparaciones y datos. No obstante, a menudo esos trabajos citados no son leídos por aquellos que los citan, en el mejor de los casos la lectura se limita a los resúmenes recogidos en bases de datos o simplemente se citan al oído, transcribiendo lo que otros autores usan en sus introducciones o discusiones, o aplicando razonamientos lógicos, que no tienen por qué ser correctos. Esto, que es una evidente mala práctica científica, lleva a la introducción y perpetuación de errores en la literatura científica. Para ilustrar este problema, voy a poner varios ejemplos, fáciles de constatar, usando un clásico de la temática de resistencia a antibióticos; seguro que la mayoría lo conocemos: La beta-lactamasa "TEM"

Resistencia a nitrofuranos en Salmonella enterica aisladas de carne para consumo humano / Nitrofuran resistance in Salmonella enterica isolated from meat for human consumption

RESUMEN En el presente estudio, se analizaron los mecanismos de resistencia a nitrofuranos en 18 muestras cár nicas con Salmonella enterica (15 de pollo, 2 de ternera y 1 de cerdo) de mercados de Lima (Perú). Determinaron los serotipos de los aislamientos y la sensibilidad a furazolidona y nitrofurantoina (con y sin el inhibidor de bombas de expulsión Phenyl-Arginine-β-Naphthylamide [PAβN]), las mutaciones en los genes snrA y cnr por PCR y la transferabilidad de la resistencia por conjugación. Se identificaron 15 muestras con S. infantis (13 muestras de pollo), 2 con S. enteritidis y 1 con S. anatum. Todos los aisla mientos, excepto S. anatum, fueron resistentes a ambos nitrofuranos (concentración mínima inhibidora [CMI] a furazolidona: 32-64 µg/mL, CMI a nitrofurantoina: 128-256 µg/mL), sin diferencias al adicio narse PAβN. Todos los aislamientos resistentes a nitrofuranos presentaron sustituciones en snrA y cnr (S. infantis: snrA STOP-151; cnr STOP-137; S. enteritidis: snrA STOP-180; cnr STOP-179). No se detectaron mecanismos transferibles de resistencia a nitrofuranos.

ABSTRACT The mechanisms of resistance to nitrofurans from 18 meat samples with Salmonella enterica (chicken: 15; beef: 2; pork: 1) collected in Lima (Peru) were analyzed. The isolates were serotyped and the susceptibility levels to furazolidone and nitrofurantoin [with and without the efflux pump inhibitor Phenyl-Arginine- β-naphthylamide (PAβN)], the presence of mutations in the snrA and cnr genes and the transferability of resistance by conjugation were established. Fifteen samples with S. infantis (13 from chicken samples), 2 with S. enteritidis and 1 with S. anatum were identified. All isolates except the S. anatum were resistant to both nitrofurans showing MICs (minimum inhibitory concentration) of furazolidone and nitrofurantoin of 32-64 μg/mL and 128-256 μg/mL, respectively. The addition of PAßN had no effect on the MIC levels. All nitrofuran-resistant isolates showed amino acid codon alterations at both snrA and cnr (S. infantis: snrA STOP-151; cnr STOP-137; S. enteritidis: snrA STOP-180; cnr STOP-179). No transferable mecha nisms of nitrofuran resistance were detected.

Reflexión acerca del concepto de «Una Salud¼ / A reflection on the concept of «One Health¼

Durante los últimos años se ha establecido el concepto de Una Salud, reviviendo un antiguo concepto de la investigación en salud: la interrelación entre diferentes ambientes. Este concepto se considera el enfoque más útil para comprender la dinámica de las enfermedades infecciosas, así como de factores relacionados, como la resistencia a los antibióticos. No obstante, a veces el uso de este término no es totalmente correcto y no se abordan una serie de consideraciones relevantes, como las relaciones cambiantes entre diferentes ambientes, fruto de sus propias dinámicas evolutivas, o la realidad de enfermedades olvidadas, que sólo pasan a ser consideradas cuando su efecto se expande más allá de sus áreas tradicionales. En este contexto, es importante iniciar un debate sobre la corrección de algunas consideraciones o la necesidad de introducir otros factores que conduzcan a un desarrollo más sólido del concepto de «Una Salud¼.

The concept of “One Health” has been established in recent years, bringing back an old concept of medical research: the interrelationship between different environments. This concept is considered the most useful approach to understanding the dynamics of infectious diseases and related factors, such as antibiotic resistance. However, the use of this term may not be entirely correct when a number of relevant considerations are not addressed; i.e., the changing relationships between different environments (fruit of their own evolutionary dynamics) or the existence of neglected diseases, which are only taken into consideration when their effect expands beyond their traditional areas. In this context, it is important to initiate a debate on how to amend some of these considerations or on the need to introduce other factors that will lead to a more solid development of the concept of “One Health”.

Presencia de Enterobacteriaceae y Escherichia coli multirresistente a antimicrobianos en carne adquirida en mercados tradicionales en Lima / Presence of multidrug resistant Enterobacteriaceae and Escherichia coli in meat purchased in traditional markets of Lima

RESUMEN Objetivos. El objetivo del presente estudio fue describir la presencia de Enterobacteriaceae en muestras de carne recolectadas en mercados tradicionales de Lima y establecer los niveles de resistencia a antimicrobianos y la presencia de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) y AmpC en Escherichia coli. Materiales y métodos. Se recolectaron un total de 138 muestras de carne, 64 (46,4 %) de pollo, 44 (31,9 %) de carne de res y 30 (21,7%) de carne de cerdo. Las bacterias aisladas pertenecieron a 17 géneros diferentes, y específicamente 14 fueron clasificados como Enterobacteriaceae. Se analizó la sensibilidad frente a diez agentes antimicrobianos mediante el método de difusión de disco Kirby-Bauer, se determinó la presencia de BLEE y AmpC mediante las pruebas de doble disco y de inducción de imipenem-ceftazidima, respectivamente. Resultados. Los niveles de resistencia a los antimicrobianos fueron altos frente a trimetoprima-sulfametoxazol, ampicilina, tetraciclina, ácido nalidíxico, ciprofloxacino y cloranfenicol. Existen diferencias significativas en los niveles de resistencia a los antibióticos según el tipo de carne (pollo, carne de res y cerdo) (p <0,05). Los niveles de resistencia a múltiples antimicrobianos (MDR) fueron particularmente altos en pollo y cerdo (98,2 % y 86,4 %, respectivamente). Además, la presencia de BLEE en Escherichia coli aisladas de carne de pollo fue del 59,4 %. Conclusiones. Los niveles de resistencia a los antimicrobianos fueron altos frente a los antibióticos usados frecuentemente en humanos, se destaca el pollo y la res como potenciales reservorios de Escherichia coli productoras de BLEE y pAmpC, respectivamente.

ABSTRACT Objective. The objective of this study was to describe the presence of Enterobacteriaceae in meat samples collected in traditional markets of Lima and to establish the levels of antimicrobial resistance and the presence of extended spectrum beta-lactamases (BLEE) and AmpC in Escherichia coli. Materials and Methods. A total of 138 meat samples, 64 (46.4%) chicken, 44 (31.9%) beef and 30 (21.7%) pork were collected. The isolated bacteria belonged to 17 different genera and, specifically, 14 were classified as Enterobacteriaceae. Sensitivity to ten antimicrobial agents was analyzed using the Kirby-Bauer disc diffusion method, BLEE and AmpC were determined by double disc and imipenem-ceftazidime induction tests, respectively. Results. Antimicrobial resistance levels were high against trimethoprim-sulfamethoxazole, ampicillin, tetracycline, nalidixic acid, ciprofloxacin and chloramphenicol. There are significant differences in antibiotic resistance levels depending on the type of meat (chicken, beef and pork) (p <0.05). Multiple drug resistance (MDR) levels were particularly high in chicken and pork (98.2% and 86.4%, respectively). In addition, the presence of BLEE in Escherichia coli isolated from chicken meat was 59.4%. Conclusions. Multiple drug resistance levels were high compared to antibiotics frequently used in humans; chicken and beef are highlighted as potential reservoirs of BLEE and pAmpC-producing Escherichia coli, respectively.

Preferencias de uso de antibióticos en niños menores de cinco años por médicos de centros de salud de primer nivel en zonas periurbanas de Lima, Perú / Preferences of antibiotic use in children less than five in physicians working health centers of primary level in peri-urban areas of Lima, Peru

Objetivos. Describir las preferencias de uso de antibióticos en niños menores de cinco años por parte del personal médico en centros de salud de nivel primario en tres distritos periurbanos de Lima, Perú. Materiales y métodos. Se aplicó una encuesta estructurada a 218 médicos generales de tres redes de salud de Lima, que incluía seis casos clínicos típicos en niños menores de cinco años con preguntas acerca del uso de antibióticos en resfrío común, faringitis, neumonía, síndrome obstructivo bronquial y diarrea (acuosa y disentérica). Resultados. El 81,6% de los médicos respondió que más de la cuarta parte de los pacientes que atienden son niños menores de cinco años. El 15,6% usaría un antibiótico en el caso de resfrío común. En el caso de disentería, el 90,4% usaría antibióticos, a predominio de trimetroprim-sulfametxazol (TMP-SMX) y furazolidona. El 86,2% de los médicos recomendaría un antibiótico para tratar faringitis. Para tratar diarrea acuosa 33% usaría antibióticos. En el caso de broncoespasmo, 72,9% de los médicos recomendaría un antibiótico y el 98,2% recomendaría un antibiótico en el caso de neumonía. La percepción del grado de satisfacción de la madre aumentó el riesgo de prescripción inadecuada de antibióticos (OR: 1,6; IC 95%: 1,1 - 2,6). Conclusiones. Existe una tendencia al sobreuso de antibióticos en diagnósticos como faringitis y broncoespasmo, así como en casos de diarrea acuosa y resfrío común, la cual se debería a que una gran cantidad de niños menores de cinco años son atendidos por médicos generales que no han recibido entrenamiento en atención pediátrica.

Objectives. To describe physicians’ preferences of antibiotic use in children less than 5 years in health centers of primary level in three periurban districts in Lima, Perú. Material and methods. A structured survey was applied to 218 general practitioners from three health networks of Lima. The survey included six typical clinical cases in children under 5 years with questions about antibiotic use: the cases were common cold, pharyngitis, pneumonia, bronchial obstructive syndrome, watery diarrhea and dysentery. Results. 81.6% of the physicians responded that more than a quarter of the patients they attended were children under five years. 15.6% of the general physicians would use an antibiotic for common cold treatment. For dysentery treatment 90.4% would use antibiotics, the frequently used were Trimethoprim-Sulfamethoxazole (TMP-SMX) and Furazolidone. 86.2% of physicians would recommend an antibiotic for pharyngitis. In a watery diarrhea case 32.7% of the doctors would use. In the case of bronchospasm, 73% of the doctors would recommend an antibiotic. 96.3% would recommend antibiotics for pneumonia. The perception of the degree of mother’s satisfaction increased the risk of inappropriate prescription of antibiotics OR: 1.6, p=0.031, 95% CI: 1.1-2.6). Conclusions. There is tendency to overuse antibiotics for diagnoses such as pharyngitis and bronchospasm, as well as in cases of watery diarrhea and common cold, the reason could be that a large number of children under five years are treated by general practitioners without training in pediatric care.

Niveles de resistencia a quinolonas y otros antimicrobianos en cepas de Escherichia coli comensales en niños de la zona periurbana de Lima, Perú / Levels of quinolones resistance and other antimicrobial in non-pathogenic Escherichia coli strains in children from the periurban area of Lima, Peru

El objetivo principal del estudio fue establecer el nivel de resistencia a antimicrobianos en un total de 222 cepas comensales de E. coli de origen fecal, en Perú. Las frecuencias de resistencia encontrados, frente los antimicrobianos evaluados, fueron: ampicilina (62,6 por ciento), cotrimoxazol (48,6 por ciento), tetraciclina (43,0 por ciento) y cloranfenicol (15,8 por ciento). Destacan los elevados niveles de resistencia a quinolonas: 32 por ciento al ácido nalidíxico (NAL) y 12 por ciento a ciprofloxacino (CIP). Estos elevados niveles hacia las quinolonas en cepas comensales aisladas en niños de esta franja de edad, realzan el uso extendido y el impacto de consumo de este tipo de antimicrobianos en la comunidad, mostrando el riesgo potencial de su pérdidade utilidad en el área

Mecanismos moleculares de resistencia antibiótica en Escherichia coli asociadas a diarrea / Molecular mechanisms of antibiotic resistance in Escherichia coli- associated diarrhea

La resistencia antibiótica es un problema emergente a nivel mundial presente en diversas bacterias, en especial en la Escherichia coli, que tiene altos porcentajes de resistencia hacia ampicilina, trimetoprim-sulfametoxazol, tetraciclina, cloramfenicol y ácido nalidíxico, lo que supone grandes complicaciones en el tratamiento antibiótico cuando este es requerido. Este aumento de resistencia antibiótica se debe a la adquisición de diferentes mecanismos moleculares de resistencia mediante mutaciones puntuales a nivel cromosómico o transferencia horizontal de material genético entre especies relacionadas o diferentes, facilitada por algunos elementos genéticos tales como los integrones. Esta revisión discute los efectos de los mecanismos moleculares de resistencia más comunes en E.coli: inactivación enzimática, alteraciones en el sitio blanco y alteraciones de la permeabilidad. El conocer los mecanismos de resistencia implicados, como lo recomienda la Organización Mundial de la Salud, permitirá optimizar la vigilancia de resistencia y las políticas de control y uso de antibióticos a nivel nacional.

Antibiotic resistance is an emerging problem worldwide present in many bacteria, specially in Escherichia coli, which has high percentages of resistance to ampicilline, thrimethoprim-sulfamethoxazole, tetracycline, chloramphenicol and nalidixic acid, which implies important complications in antibiotic treatment when required. The increasing antibiotic resistance is due to the acquisition of different molecular mechanisms of resistance through point chromosomal mutations and /or horizontal transfer of genetic material between related or different species facilitated by some genetic elements such as integrons. This review discusses the effects of the most common molecular mechanisms of antibiotic resistance in E. coli: enzymatic inactivation, changes in the target site and permeability disturbances. Getting to know the mechanisms of resistance which are involved, as the World Health Organization recommends, will allow us to improve the surveillance of the antibiotic resistance, the control policies and the antibiotic utilization at a national level.

Frecuencia y patotipos de Escherichia coli diarrogénicas en niños peruanos con y sin diarrea / Frequency and pathotypes of diarrheagenic Escherichia coli in peruvian children with and without diarrhea

Introducción. Las E. coli diarrogénicas (DEC) son una de las principales causas de diarrea en niños en países en vías de desarrollo. Sin embargo, no son rutinariamente diagnosticadas en los laboratorios clínicos. Objetivos. Determinar la prevalencia de las DEC en niños peruanos y describir la variabilidad genética de estas cepas. Materiales y métodos. Se utilizaron 8 003 cepas de E. coli previamente aisladas de ocho estudios previos de diarrea en niños, mayormente en zonas periurbanas de Lima. El diagnóstico de las DEC fue a través de un PCR múltiple a tiempo real para los seis grupos de DEC. Se empleó PCR para la determinación de genes adicionales de virulencia. Resultados. La prevalencia promedio global en muestras de diarrea (n=4 243) fue: E. coli enteroagregativa (EAEC) 9,9 por ciento, enteropatogénica (EPEC) 8,5 por ciento, enterotoxigénica (ETEC) 6,9 por ciento, difusamente adherente (DAEC) 4,8 por ciento, productora de toxina shiga (STEC) 0,8 por ciento y enteroinvasiva (EIEC) 0,6 por ciento. La frecuencia relativa de cada patógeno varía según la edad y tipo de estudio. Los principales patotipos en muestras control (n=3 760) fueron EPEC (10,9 por ciento) y EAEC (10,4 por ciento). Se encontró una gran variabilidad en la frecuencia de genes de virulencia para cada patotipo, así como en los mecanismos moleculares de resistencia, sin diferencias significativas entre muestras de diarrea y control. Conclusiones. Las DEC son causa importante de diarrea en niños peruanos. Estos patógenos son altamente heterogéneos. Se requieren estudios adicionales para determinar la prevalencia en zonas rurales del Perú, así como en casos graves de diarrea.

Introduction. Diarrheagenic E. coli (DEC) are a major cause of diarrhea in children in developing countries. However, they are not part of routine diagnosis in clinical laboratories. Objectives. To determine the DEC prevalence in Peruvian children and to describe the genetic variability of these strains. Materials and methods. A total of 8 003 E. coli strains previously isolated from eight different studies of diarrhea in children, mainly from peri-urban areas of Lima, were analyzed. Diagnosis of DEC was done with Multiplex real-time PCR using genes for each of the 6 DEC groups. Conventional PCR was performed for the detection of additional virulence genes. Results. Globally, the mean prevalence in diarrhea samples (n=4,243) was: enteroaggregative E. coli (EAEC) 9.9 percent, enteropathogenic E. coli (EPEC) 8.5 percent, enterotoxigenic E. coli (ETEC) 6.9 percent, diffusely adherent E. coli (DAEC) 4.8 percent, Shiga toxin-producing E. coli (STEC) 0.8 percent and enteroinvasive E. coli (EIEC) 0.6 percent. The relative frequency of each pathogen varies according to the age and the type of study. The main pathotypes in control samples (n=3,760) were EPEC (10.9 percent) and EAEC (10.4 percent). An important variability in the virulence genes frequency and molecular resistance mechanisms for each pathotype was found, without differences between diarrhea and control groups. Conclusions. DEC are a major cause of diarrhea in Peruvian children. These pathogens are highly heterogeneous. Additional studies are required to determine the prevalence in rural areas of Peru and in severe diarrhea cases.

Analysis of the clonal relationship among clinical isolates of Salmonella enterica serovar Infantis by different typing methods

Salmonella Infantis has been the second most common serovar in Argentina in the last two years, being isolated mostly from paediatric hospitalised patients. In order to determine the clonal relationship among Salmonella Infantis strains, we examined 15 isolates from paediatric patient faeces in Argentina (12 geographically related and 3 geographically non-related) by using antimicrobial susceptibility, plasmid profiling, repetitive extragenic palindromic (REP) PCR, enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR, and low-frequency restriction analysis of chromosomal DNA by pulsed field gel electrophoresis (PFGE). Four Spanish strains were included as controls of clonal diversity in molecular techniques. Antibiotype and plasmid profile was not useful as epidemiological tools. PFGE and REP-PCR were able to discriminate between Argentinean and Spanish isolates of Salmonella Infantis allowing to detect genetically related strains in three different cities. This finding indicates that a possible spread of a clone of this serovar in the North-eastern Region of Argentina has taken place in 1998