Resistencia antimicrobiana y factores de virulencia en aislados de Vibrio cholerae O1. Cuba, 2012-2015 / Antimicrobial resistance and virulence factors in Vibrio cholerae O1 isolates. Cuba, 2012-2015

Introducción: El cólera es una infección intestinal aguda causada por cepas toxigénicas de Vibrio choleare. La rápida diseminación y emergencia de la multirresistencia que caracteriza a este patógeno, podría interferir en el éxito de la terapia antimicrobiana, por lo que constituye una prioridad monitorear los cambios en los patrones de susceptibilidad, como parte trascendental de la política de control de la resistencia antimicrobiana. Objetivo: Determinar el comportamiento de la resistencia antimicrobiana frente a los antimicrobianos de interés empleados en el tratamiento, la presencia de factores de virulencia enzimáticos y si existe relación entre ambos. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal durante julio de 2012 a diciembre de 2015. Se estudiaron 500 aislamientos pertenecientes al cepario del Laboratorio Nacional de Referencia de Enfermedades Diarreicas Agudas del Instituto de Medicina Tropical Pedro Kourí, procedentes de brotes de enfermedades diarreicas agudas de la red nacional de laboratorios de Microbiología de Cuba. Se aplicaron métodos convencionales fenotípicos para determinar el comportamiento de la resistencia antimicrobiana, la presencia de factores enzimáticos y la relación de estos con la resistencia antimicrobiana. Resultados: Los mayores porcentajes de sensibilidad se obtuvieron frente a azitromicina (98 por ciento), doxiciclina (96 por ciento) y ciprofloxacina (93 por ciento) y de resistencia frente a ampicilina (100 por ciento) y trimetoprim-sulfametoxazol (99,4 por ciento). Se encontraron 44 aislados (8,8 por ciento) multirresistente. Todos los aislamientos poseían al menos dos enzimas extracelulares como factores de virulencia, las más frecuentes: gelatinasa (96 por ciento) y lecitinasa (95 por ciento). Conclusiones: Se evidencia una relación directa y proporcional entre la presencia de los factores de virulencia y resistencia antimicrobiana, sinergismo que surgiere mayor patogenicidad de los aislados estudiados procedentes de brotes epidémicos(AU)

Introduction: Cholera is an acute intestinal infection caused by toxigenic strains of Vibrio choleare. The rapid dissemination and emergence of the multiresistance that characterizes this pathogen could interfere with the success of antimicrobial therapy, so it is a priority to monitor changes in susceptibility patterns, as a transcendental part of the resistance control policy antimicrobial. Objective: To determine the behavior of antimicrobial resistance against the antimicrobials of interest used in the treatment, the presence of enzymatic virulence factors and whether there is a relationship between them. Methods: A descriptive cross-sectional study was conducted during July 2012 to December 2015. Where 500 isolates belonging to the cepary of the National Reference Laboratory for Acute Diarrheal Diseases of the Institute of Tropical Medicine Pedro Kourí, from outbreaks of EDA of the national network of Microbiology laboratories in Cuba. Conventional phenotypic methods were applied to determine the behavior of antimicrobial resistance, the presence of enzymatic factors and their relationship with antimicrobial resistance. Results: The highest percentages of sensitivity were obtained against azithromycin (98 percent), doxycycline (96 percent) and ciprofloxacin (93 percent) and resistance to ampicillin (100 percent) and trimethoprim-sulfamethoxazole (99.4 percent). 44 isolated (8.8 percent) multi-resistant were found. All isolates had at least two extracellular enzymes as virulence factors, the most frequent: gelatinase (96 percent) and lecithinase (95 percent). Conclusions: There is a direct and proportional relationship between the presence of virulence factors and antimicrobial resistance, synergism that arises greater pathogenicity of the isolates studied from epidemic outbreaks(AU)

Escherichia coli diarrogénicos, identificación de patotipos y fenotipos de resistencia antimicrobiana en aislados cubanos / Diarrheagenic Escherichia coli: identification of pathotypes and antimicrobial resistance phenotypes in Cuban isolates

Introducción: En los países en vías de desarrollo las enfermedades diarreicas agudas son causa frecuente de morbilidad y mortalidad. Entre las primeras causas se encuentra Escherichia coli diarrogénicos, que afecta a pacientes en edades extremas de la vida y con inmunodeficiencias. Objetivo: Identificar los patotipos de Escherichia coli diarrogénicos que más inciden y los fenotipos de resistencia antimicrobiana expresados por el patotipo predominante. Métodos: Se estudiaron 184 aislamientos procedentes de 15 centros provinciales de Higiene, Epidemiología y Microbiología de Cuba e Isla de la Juventud. La investigación se realizó desde julio de 2012 hasta febrero de 2014. La identificación de género, especie y patotipos fue realizada por métodos de diagnóstico convencional y molecular. La determinación de la susceptibilidad antimicrobiana se realizó por el método de Bauer y Kirby, y las normas del Clinical and Laboratory Institute Standards de 2013. Resultados: Se identificaron 108 (58 por ciento) Escherichia coli diarrogénicos. Los patotipos confirmados fueron: en la PCR múltiple 1, 5 (6 por ciento) de Escherichia coli enteropatogénico, 4 (4 por ciento) de enterotoxigénico y 0 (0 por ciento) de enterohemorrágico. La PCR múltiple 2 reveló 72 (82 por ciento) Escherichia coli enteroagregativo, que resultó el predominante en el estudio. La PCR 3 (simple) detectó 7 (8 por ciento) de enteroinvasivo. El 100 por ciento del patotipo predominante mostró resistencia, al menos a un antimicrobiano de los probados, un solo patron de resistencia a dos antimicrobianos, y nueve patrones de multirresistencia. Conclusiones: El estudio demuestra la importancia del uso de pruebas moleculares rápidas para la confirmación de los patotipos de E. coli diarrogénicos, los que provocan deshidratación ligera, complicaciones graves y la muerte. Se logra identificar los cuatro patotipos más frecuentes y E. coli enteroagregativo, el de mayor incidencia en la población estudiada. El patotipo predominante mostró altos porcentaje de resistencia antimicrobiana a betalactámicos y buena sensibilidad antimicrobiana a los aminoglucósidos y cefalosporinas de tercera generación. La investigación aporta conocimientos, no revelados en estudios anteriores con aislados cubanos, lo que es considerado de alto valor para los clínicos, pediatras y epidemiólogos del país(AU)

Introduction: Acute diarrheal disease is a frequent cause of morbidity and mortality in developing countries. One of the leading causes is diarrheagenic Escherichia coli, which affects patients at extreme ages and with immunodeficiencies. Objective: Identify the most active pathotypes of diarrheagenic Escherichia coli and the antimicrobial resistance phenotypes expressed by the prevailing pathotype. Methods: A study was conducted from July 2012 to February 2014 of 184 isolates obtained from 15 provincial Hygiene, Epidemiology and Microbiology Centers in Cuba and the Isle of Youth. Identification of the genus, species and pathotypes was based on conventional and molecular diagnostic methods. Determination of antimicrobial susceptibility was performed by the Bauer-Kirby method in compliance with guidelines from the Clinical and Laboratory Standards Institute of 2013. Results: A total 108 (58 percent) diarrheagenic Escherichia coli were identified. The following pathotypes were confirmed: Multiplex PCR 1 revealed 5 (6 percent) enteropathogenic, 4 (4 percent) enterotoxigenic and 0 (0 percent ) enterohemorrhagic Escherichia coli. Multiplex PCR 2 found 72 (82 percent) enteroaggregative Escherichia coli, which was the prevailing type in the study. PCR 3 (simple) detected 7 (8 percent) enteroinvasive Escherichia coli. 100 percent of the prevailing pathotype displayed resistance to at least one of the antimicrobials tested, a single resistance pattern to two antimicrobials, and nine multiresistance patterns. Conclusions: The study showed the importance of the use of rapid molecular tests to confirm diarrheagenic E. coli pathotypes, which cause mild dehydration, serious complications and death. Identification could be done of the four most common pathotypes and enteroaggregative E. coli, the one with the highest incidence in the study population. The prevailing pathotype displayed high percentages of antimicrobial resistance to beta-lactams and good antimicrobial sensitivity to third-generation cephalosporins and aminoglycosides. The study contributed knowledge not revealed by previous research about Cuban isolates. Such information is considered to be highly valuable for clinicians, pediatricians and epidemiologists in the country(AU)

Determinación de biopelículas y betalactamasas de espectro extendido en Vibrio cholerae no-O1, no-O139 aislados de pacientes con diarreas en Cuba / Determination of biofilms and extended-spectrum beta-lactamases in Vibrio cholerae non-O1, non-O139 isolates from patients with diarrhea in Cuba

. Vibrio cholerae no-O1, no-O139 es el tercer grupo de bacterias del género Vibrio que con más frecuencia producen diarreas. Sobrevive en los ambientes acuáticos, utilizando la formación de biopelícula como mecanismo de supervivencia que propicia la transmisión de la enfermedad diarreica. Desde 1977 se caracterizan aislados de V. cholerae con resistencia múltiple, y algunos de los mecanismos involucrados incluyen la producción de β-lactamasas de espectro extendido (BLEE). Este trabajo tuvo como objetivo determinar la formación de biopelícula en los aislados cubanos de V. cholerae no-O1, no-O139, causantes de enfermedad diarreica aguda (EDA), y detectar la producción de BLEE en aquellos con resistencia total e intermedia a ampicilina. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal, entre enero 2014 y junio 2015. Se estudiaron 55 aislados caracterizados previamente, que formaban parte del cepario del Laboratorio Nacional de Referencia de EDA del Instituto Pedro Kourí. Para la determinación fenotípica de BLEE se estudiaron 43, de los que ya se conocía su susceptibilidad a ampicilina. El 54,5 por ciento de los aislados resultaron positivos a la formación de biopelícula, y predominaron los clasificados como formadores moderados (46,6 por ciento ) y débiles (36,6 por ciento ). De los 34 resistentes a ampicilina, 26,5 por ciento resultaron positivos a la producción de BLEE. En el caso de los nueve aislados con resistencia intermedia a ampicilina, 44,4 por ciento resultaron positivos. Los resultados del presente estudio contribuyen al conocimiento sobre la capacidad que tienen de persistir en el ambiente y permiten profundizar sobre los mecanismos de resistencia a los antimicrobianos(AU)

Vibrio cholerae non-O1, non-O139 is the third bacterium group from the genus Vibrio most commonly causing diarrhea. It survives in aquatic environments, using the formation of biofilm as a survival mechanism facilitating the transmission of diarrheal disease. Multi-drug resistant V. cholerae isolates have been characterized since the year 1977, and some of the mechanisms involved include the production of extended-spectrum β-lactamases (ESBLs). The purpose of the study was to determine the formation of biofilm in Cuban isolates of V. cholerae non-O1, non-O139 causing acute diarrheal disease (ADD), and detect the production of ESBLs in those with total or intermediate resistance to ampicillin. A descriptive cross-sectional study was conducted from January 2014 to June 2015. The study sample was 55 previously characterized isolates obtained from the strain collection at the ADD National Reference Laboratory of Pedro Kourí Institute. For phenotypic determination of ESBLs, 43 were studied which were known to be susceptible to ampicillin. 54.5 percent of the isolates tested positive for biofilm formation, with a predominance of those classified as moderate (46.6 percent) and weak (36.6 percent) biofilm producers. Of the 34 isolates resistant to ampicillin, 26.5 percent were positive for ESBL production. Of the 9 with intermediate ampicillin resistance, 44.4 % were positive. The results of the present study contribute knowledge about their ability to persist in the environment, and provide insight into antimicrobial resistance mechanisms(AU)

Frequency of Variants in DNA-Repair Genes in a Southwest Colombian Population / Frecuencia de las variantes en genes de reparación del ADN en una población del suroccidente de Colombia

Objective To describe the frequency of mutations in DNA-repair genes in a southwestern Colombian population. Methods We have designed an observational study, including 162 people from all ages from southwest Colombia. We have extracted and collected their DNA in filters. We have immersed the DNA in a phosphate buffer along with DNeasy package (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA). The preparation process was with the TruSeq Exome Library Prep (Illumina, Inc. San Diego, CA, USA), then the obtained libraries were normalized with TruSeq Rapid Exome (Illumina, Inc. San Diego, CA, USA). We sequenced the full exome and identified the variants associated with 12 genes (ataxia telangiectasia mutated [ATM], BRCA1 DNA repair associated [BRCA1], BRCA2 DNA repair associated [BRCA2], checkpoint kinase 2 [CHEK2], epithelial cell adhesion molecule [EPCAM], homeobox protein Hox-B13 [HOXB13], mutS homolog 1, 2 and 6 [MLH1, MSH2, MSH6], nibrin [NBN], PMS1 homolog 2, mismatch repair system component [PMS2], and tumor protein p53 [TP53]). Descriptive statistics were performed with the R software (The R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria). Results A total of 7,315,466 pieces of data were sequenced in this population. The most frequently mutated genes were ATM (1,221 pieces of data; 13.2%), BRCA1 (1,178 pieces of data; 12.8%), BRCA2 (1,484 pieces of data; 16.12%), and NBN (965 pieces of data; 10.42%). The most common single nucleotide polymorphisms (SNPs) in these 12 genes were the following: BRCA2 (rs169547, rs206075, rs206076); ATM (rs659243, rs228589); TP53 (rs1625895, rs1042522, rs1642785); PMS2 (rs2228006, rs1805319); NBN (rs709816); and MSH6 (rs3136367) Conclusion The BRCA2, ATM, BRCA1 and NBN DNA-repair genes were the most frequently mutated in this southwestern Colombian Population

Objetivo Describir la frecuencia de las mutaciones en los genes de reparación del ADN en una población del suroccidente de Colombia. Métodos Diseñamos un estudio observacional que incluyó a 162 personas del suroccidente de Colombia de todas las edades. Hemos extraído y recogido el ADN en filtros. Los sumergimos en tampón fosfato junto con el paquete DNeasy (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, EEUU). El proceso de preparación fue realizado con TruSeq Exome Library Prep (Illumina, Inc. San Diego, CA, EEUU); luego, las bibliotecas obtenidas se normalizaron con TruSeq Rapid Exome (Illumina, Inc. San Diego, CA, USA). Secuenciamos el exoma completo e identificamos las variantes asociadas a doce genes (ataxia telangiectasia mutated [ATM], BRCA1 DNA repair associated [BRCA1], BRCA2 DNA repair associated [BRCA2], checkpoint kinase 2 [CHEK2], epithelial cell adhesion molecule [EPCAM], homeobox protein Hox-B13 [HOXB13], mutS homolog 1, 2 and 6 [MLH1, MSH2, MSH6], nibrin [NBN], PMS1 homolog 2, mismatch repair system component [PMS2], y tumor protein p53 [TP53]). La estadística descriptiva se realizó en el programa R (The R Foundation for Statistical Computing, Viena, Austria). Resultados Un total de 7.315.466 datos fueron secuenciados en esta población. Los genes más frecuentemente mutados fueron el ATM, con 1.221 datos (13,2%), el BRCA1, con 1.178 datos (12,8%), el BRCA2, con 1.484 datos (16,12%) y el NBN, con 965 datos (10,42%). Los polimorfismos de un solo nucleótido (PSN) más comunes en estos 12 genes fueron los siguientes: BRCA2 (rs169547, rs206075, rs206076); ATM (rs659243, rs228589); TP53 (rs1625895, rs1042522, rs1642785); PMS2 (rs2228006, rs1805319); NBN (rs709816) y MSH6 (rs3136367) Conclusión Los genes de reparación de ADN BRCA2, ATM, BRCA1 NBN fueron los más frecuentemente mutados en esta población del suroccidente de Colombia.

Una mirada global y actualizada del cáncer de próstata / An updated and global review on prostate cancer

Resumen Introducción. El cáncer de próstata es una patología importante en la salud pública y tiene alto impacto mundial. El conocimiento y manejo de esta enfermedad debe ser del dominio de todo médico general y especialista que tenga a cargo pacientes que la padezcan. Objetivo. Obtener una visión actualizada de la epidemiología, los factores de riesgo, la clasificación, el diagnóstico y el tratamiento del cáncer de próstata. Materiales y métodos. Se realizó una búsqueda en las bases de datos Embase y MEDLINE desde enero del 2000 hasta marzo del 2017 mediante la cual se hizo un recorrido a través de las condiciones de riesgo, tamizaje, diagnóstico, nuevos biomarcadores y tratamiento del cáncer de próstata. Resultados. Factores genéticos y medioambientales son foco de estudio en la actualidad. La sospecha diagnóstica del cáncer de próstata sigue siendo con el antígeno específico prostético y el tacto rectal y su diagnóstico se debe hacer con la biopsia de próstata. Se han hecho cambios importantes en cuanto a la clasificación y tratamiento de los pacientes con esta enfermedad. Conclusión. Existe mucha investigación en curso y por venir sobre la prevención, el diagnóstico y el tratamiento de esta condición tan importante, relevante y pertinente para los hombres alrededor del mundo.

Abstract Introduction: Prostate cancer is a major public health concern with a high impact worldwide. Knowledge and management of this disease should be mastered by general practitioners and specialists who treat patients with this pathology. Objective: To obtain an updated and detailed review of the epidemiology, risk factors, classification, diagnosis and treatment of prostate cancer. Materials and methods: A search was carried out in the Embase and MEDLINE databases from January 2000 to March 2017, comprising risk factors, screening, diagnosis, new biomarkers and treatment of prostate cancer. Results: Genetic and environmental factors are currently the focus of studies. Prostate-specific antigen and digital rectal examination are still used to suspect prostate cancer, while diagnosis is achieved with a prostate biopsy. Important changes have been made regarding the classification and treatment of patients with this disease. Conclusion: Significant changes have been made in the area. Several ongoing and upcoming researches on prevention, diagnosis and treatment of this condition are available, which are relevant for men around the world.

Ameloblastoma sólido plexiforme multiquístico en cuerpo mandibular izquierdo. Reporte de caso / Solid plexiform multicystic ameloblastoma in left mandibular body. Case report

En el 2017 la Organización Mundial de la Salud describió al ameloblastoma como una neoplasia benigna, localmente invasiva, consistente en una proliferación de epitelio odontogénico, que usualmente presenta un patrón folicular o plexiforme, y se encuentra dentro de un estroma fibroso. Cursa con un lento crecimiento y gran afinidad por el tejido óseo, presenta un alto índice de recurrencia, aproximadamente de 60 a 80%, si no es removido de la manera adecuada. Algunas variantes como la uniquística y la desmoplásica cuentan con un mejor pronóstico que la sólida o multiquística. Representan el 1% de todos los tumores de la mandíbula y el 11 % de todos los tumores odontogénicos. Se presenta el caso clínico de un paciente masculino de 43 años de edad que acude a nuestro servicio en el 2016 por presentar aumento de volumen con un año de evolución, asintomático, y con principios de movilidad dental en la zona mandibular izquierda. A la exploración intraoral se aprecia aumento de volumen en región mandibular con un incremento de expansión de las corticales, lo cual es involucrado desde la pieza dentaria 36 a la 41, no presenta sintomatología dolorosa a la palpación ni a la percusión. Palabras clave: Ameloblastoma; Reconstrucción mandibular; Neoplasias de la boca; Patología.

In 2017, World Health Organization described the ameloblastoma like a benign, locally invasive neoplasm , that consists in proliferation of odontogenic epithelium, which usually presents a folicular or plexiform pattern, and it is found inside a fibrous stroma. It presents slow development and affinity with woven osseus tissue, with high recurrence (60% -80%) if it is not well resected. Variants like uniquistic and desmoplastic have better prognostic than solid o multicyst. It represents the 1% of tumors of the jaw and the 11% of odontogenic tumors. The following case is a male patient, 43 years old which goes to our service in 2016 by increasing volume of a year of evolution, asymptomatic, and with principles of tooth mobility in left side of the jaw. Intraoral examination shows increase in volume in mandibular region with increased cortical expansion which involves teeth 36 to 41, asymptomatic to palpation or percussion of teeth involved. Keywords: Ameloblastoma; Mandibular reconstruction; Mouth Neoplasms; Pathology.

Cierre de comunicación oroantral mediante el uso de membrana de plasma: revisión de la literatura y reporte de un caso clínico / Closure of oroantral communication using a plasma membrane: review of the literature and report of a clinical case

Una comunicación oroantral es el espacio creado entre el seno maxilar y la cavidad oral, si ésta no es tratada a tiempo puede desencadenar una fístula e inclusive la presencia de sinusitis crónica. La comunicación oroantral es una de las complicaciones con mayor prevalencia que puede presentarse durante los procedimientos quirúrgicos cercanos a la zona donde se vea involucrado el seno maxilar. Con mayor incidencia encontramos los primeros molares, seguidos de los segundos molares y por último los terceros molares. El manejo convencional de una comunicación oroantral va desde su cierre espontáneo hasta el manejo quirúrgico; esto dependerá del tamaño de la lesión y el tiempo transcurrido de ésta. El caso clínico se trata de un paciente de 42 años de edad con antecedente de extracción del O.D. 16 por facultativo particular, desarrollando posteriormente un cuadro de sinusitis, por lo que acude al Servicio de Urgencias del Hospital Regional 1o de Octubre, I.S.S.S.T.E. en la CDMX, siendo valorado por nuestro servicio, donde se observa una comunicación franca entre la cavidad bucal y el seno maxilar, realizándose cierre de la misma con una membrana de plasma rico en factores de crecimiento plaquetario (AU)

Oroantral communication is the space created between the maxillary sinus and the oral cavity, if the communication is not treated on time, it would progress to oroantral fi stula or chronic sinus disease. An oroantral communication is the most common complication during surgical procedures closer to the maxillary sinus. With greater incidence we found sites of upper fi rst molar, followed by the second molar and fi nally third molars. The conventional handling of an oroantral communication goes between spontaneously closure or surgical closure management, it will depend in the size of the lesion and the time elapsed. The present article shows a clinical case, is a male patient of 42 years old with a previous extraction of tooth 16, by a private doctor, later developing a picture of sinusitis. Then he goes to the emergency department of the Hospital 1o of October, ISSSTE in the CDMX, being evaluated by our service, where there is a frank communication between the oral cavity and the maxillary sinus, closing it with a plasma membrane rich in growth factors (AU)

Complejidad de la expresión de genes asociados a obesidad en el tejido adiposo humano / Complexity of the expression of genes associated with obesity in human adipose tissue / Complexidade da expressão de genes associados à obesidade no tecido adiposo humano

Resumen Objetivo: Analizar la complejidad de la expresión génica en tejido adiposo de genes asociados con obesidad, mediante simulación computacional con diferentes herramientas bioinformáticas. Métodos: Después de una búsqueda bibliográfica en PubMed, se seleccionaron 37 genes asociados con obesidad con fold change mayor a 1,5. A partir del cálculo de valores de los z-score obtenidos de experimentos de micromatrices de ADN de muestras de tejido adiposo de personas obesas y de control, se construyó una red de interacción con el programa Cytoscape 3.2. La información detallada sobre las características genómicas de estos genes se extrajo de las bases de datos Genome Browser de la UCSC y del NCBI. Utilizando herramientas de análisis de multivariado, se hizo un análisis de componentes principales y uno de agrupación. Resultados: La red construida mostró que los genes con mayor número de interacciones fueron: 1) el factor nuclear respiratorio (NRF1), 2) el canal activado de potasio activado por calcio alfa 1 (KCNMA1) y 3) la sintasa de ácidos grasos (FASN). Los que tuvieron mayores valores de expresión fueron: 1) el factor de crecimiento endotelial vascular A (VEGFA), 2) la dioxigenasa dependiente de alfa-cetoglutarato (FTO) y 3) el regulador de crecimiento neuronal 1 (NEGR1). Las proteínas IL6, BDNF y HLC tuvieron los mayores valores de interacción con IL6R, NRF1 y ACACB, respetivamente. Las categorías ontológicas más importantes se relacionaron con procesos metabólicos de lipoproteínas, el ciclo de los ácidos tricarboxílicos, la activación de las MAP-quinasas y la cascada JNK. Conclusiones: En su conjunto los resultados obtenidos de sobreexpresión diferencial de genes asociados con el metabolismo de lípidos en el tejido adiposo de personas obesas podría ser un criterio para discriminar a nivel de diagnóstico esta patología.

Summary Objective: To analyze the complexity of gene expression in the adipose tissue of genes associated with obesity, by computer simulation with different bioinformatics tools. Methods: After conducting a PubMed literature search, 37 genes associated with obesity with a fold change greater than 1.5 were selected. An interaction network was cons tructed using the Cytoscape 3.2 program from the calculation of z-score values obtained from DNA microarray experiments of adipose tissue samples collected from obese and control people. Detailed information on the genomic characteristics of these genes was extracted from the UCSC and NCBI Genome Browser databases. Using multivariate analysis tools, a principal component analysis and a cluster analysis were carried out. Results: The constructed network showed that the genes with the greatest number of interactions were: 1) the nuclear respiratory factor (NRF1), 2) the activated channel of potassium activate by calcium alpha 1 (KCNMA1), and 3) the fatty acid synthase (FASN). Those with the higher expression values were: 1) vascular endothelial growth factor A (VEGFA), 2) alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase (FTO), and 3) neuronal growth regulator 1 (NEGR1). The IL6, BDNF and HLC proteins had the highest interaction values with IL6R, NRF1 and ACACB, respectively. The most important ontological categories were related to lipoprotein metabolic processes, the tricarboxylic acid cycle, the activation of the MAP kinases, and the JNK cascade. Conclusions: As a whole, the results obtained from differential overexpression of genes associated with lipid metabolism in the adipose tissue of obese people could be a criterion to discriminate this pathology at a diagnostic level.

Resumo Objetivo: Analisar a complexidade da expressão gênica no tecido adiposo de genes associados com obesidade, por meio de simulação por computador com diferentes ferramentas bioinformáticas. Métodos: Após uma busca bibliográfica em PubMed, foram selecionados 37 genes associados com obesidade com fold change superior a 1,5. A partir do cálculo de valores dos z-score obtidos de experimentos de micro matrizes de ADN de amostras de tecido adiposo de pessoas obesas e de controle, construiu-se uma rede de interação com o programa Cytoscape 3.2. A informação detalhada sobre as características genômicas destes genes foi obtida das bases de dados Genome Browser da UCSC e do NCBI. Utilizando ferramentas de análise de multivariado, fez-se uma análise de componentes principais e um de agrupação. Resultados: A rede construída mostrou que os genes com maior número de interações foram: 1) o fator nuclear respiratório (NRF1), 2) o canal ativado de potássio ativado por cálcio alfa 1 (KCNMA1) e 3) ácido graxo sintase (FASN). Os que tiveram maiores valores de expressão foram: 1) o fator de crescimento endo-telial vascular A (VEGFA), 2) a dioxigenase dependente de alfa-cetoglutarato (FTO) e 3) o regulador de crescimento neuronal 1 (NEGR1). As proteínas IL6, BDNF e HLC tiveram os maiores valores de interação com IL6R, NRF1 e ACACB, respectivamente. As categorias ontológicas mais importantes se relacionaram com processos metabólicos de lipoproteínas, o ciclo dos ácidos tri carboxílicos, a ativação das MAP-quinases e a cascata JNK. Conclusões: Em seu conjunto, os resultados obtidos de superexpressão diferencial de genes associados com o metabolismo de lipídios no tecido adiposo de pessoas obesas poderia ser um critério para discriminar a nível de diagnóstico esta patologia.

Susceptibilidad antimicrobiana en aislamientos cubanos de Vibrio cholerae O1 procedentes de muestras clínicas / Antimicrobial susceptibility in Cuban isolates of Vibrio cholerae O1 obtained from clinical samples

Introducción: la re-emergencia de cólera en Haití estableció un nuevo reservorio para el incremento de la séptima pandemia. Esto provocó su diseminación a República Dominicana y a otros países de la región del Caribe, como Cuba y México. Objetivo: estudiar la susceptibilidad antimicrobiana de aislamientos de Vibrio cholerae O1, serotipo Ogawa, biotipo El Tor aisladas de pacientes durante el evento epidemiológico de cólera ocurrido en Cuba entre junio de 2012 y agosto de 2013. Métodos: se realizó el estudio de la susceptibilidad antimicrobiana in vitro en 144 aislamientos de V. cholerae, mediante el método de Bauer-Kirby frente a nueve antimicrobianos: ampicilina, sulfonamida, trimetoprim/sulfametoxazol, cloranfenicol, tetraciclina, doxiciclina, azitromicina, ciprofloxacina y gentamicina, según las normas del Instituto de Estándares de Laboratorio Clínico de los Estados Unidos de América. Resultados: el total de los aislamientos resultaron resistentes al trimetoprim-sulfametoxazol; el 98,7 por ciento lo fue a la sulfonamida y el 90,3 por ciento a la ampicilina. Se obtuvieron valores de sensibilidad intermedia para ciprofloxacina (30,6 por ciento) y cloranfenicol (27,1 por ciento). Se apreciaron niveles de sensibilidad superior al 92 por ciento a los antimicrobianos de primera línea en el tratamiento de la enfermedad (doxiciclina, tetraciclina y azitromicina), así como también a la gentamicina. No se observaron cepas multirresistentes. Conclusiones: los datos aportados por este trabajo demuestran la efectividad in vitro de los antimicrobianos utilizados en el tratamiento la enfermedad diarreica aguda causada por V. cholerae en Cuba(AU)

Introduction: re-emergence of cholera in Haiti created a new reservoir for the increase of the seventh pandemic. This resulted in its spread to the Dominican Republic and other Caribbean countries, such as Cuba and Mexico. Objectives: study the antimicrobial susceptibility of isolates of Vibrio cholerae O1, Ogawa serotype, El Tor biotype, obtained from patients during the cholera epidemiological event occurring in Cuba from June 2012 to August 2013. Methods: a study was conducted of 144 V. cholerae isolates using the Bauer-Kirby method to determine in vitro susceptibility to nine antimicrobials: ampicillin, sulfonamide, trimethoprim/sulfamethoxazole, chloramphenicol, tetracycline, doxycycline, azithromycin, ciprofloxacin and gentamicin, in compliance with standards from the U.S. Clinical and Laboratory Standards Institute. Results: all isolates were resistant to trimethoprim/sulfamethoxazole; 98.7 percent to sulfonamide and 90.3 percent to ampicillin. Intermediate sensitivity values were obtained for ciprofloxacin (30.6 percent) and chloramphenicol (27.1 percent). Sensitivity levels above 92 percent were found for first-line antimicrobials (doxycycline, tetracycline and azithromycin), as well as gentamicin. Multi-drug resistant strains were not found. Conclusions: results reveal the effectiveness in vitro of the antimicrobials used in Cuba to treat acute diarrheal disease caused by V. cholerae(AU)

Caracterización funcional y estructural de genes asociados a preeclampsia expresados en la placenta humana / Structural and functional characterization of genes associated with preeclampsia expressed in human placenta / Caracterização estrutural e funcional de genes associados à pré-eclâmpsia expressaram em humanos placenta

Introducción: La preeclampsia continúa siendo la primera causa de morbimortalidad perinatal. El conocimiento sobre su etiología molecular se ha incrementado en los últimos años debido al avance en la aplicación de las ciencias "ómicas". Ello ha llevado a identificar genes candidatos que participarían en su patogénesis. Objetivo: Identificar y caracterizar estructural y funcionalmente genes expresados en placenta que se asocian con preeclampsia. Métodos: A partir de una revisión de literatura de los últimos diez años, se identificaron 16 genes cuya expresión en placenta estaba asociada con la patología. Se realizó la minería de datos incluyendo las siguientes variables: número de genes, tamaño de los genes, número de exones codificantes, islas CpG y las familias de los diferentes elementos repetidos en una ventana de 100Kbp. Mediante un análisis bioinformático, usando los diferentes recursos del NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) y del Genome Browser de UCSC (http://genome.ucsc.edu/). Adicionalmente se usó el portal BioGPS (http://biogps.gnf.org/#goto=welcome) se determinaron los niveles de expresión de cada gen por tejidos. Resultados: Se registraron diferencias en la cromatina que contiene las familias de elementos no codificantes de los genes asociados en comparación con los controles (Prueba de Kruskall-Wallis, P= 0.0341824). Los genes LEP, EBI3, PROCR, FSTL3, HEXB, INHBA y ENG fueron los que registraron el mayor puntaje z en placentas preeclámpsicas. Conclusión:La aplicación de las herramientas bioinformáticas se convierte en un instrumento potente para el análisis integrado de la expresión de genes y su papel en la patogénesis de la PE. Esto conllevaría a la identificación temprana de mujeres afectadas.

Introduction: Preeclampsia still is the main cause of perinatal morbi-mortality; due to the advance in the application of the omics sciences the knowledge about its molecular etiology has increased in the last years, this has led to the identification of candidate genes, which would be involved in its pathogenesis. Objective: To identify those genes, expressed in placenta that are associated with preeclampsia and compare their structural and functional characteristics. Methods: From a literature review, 16 genes were found, whose expression in placenta was associated to the pathology. Data mining was performed including the following genomic variables: number of genes, genomic size, coding exon count, CpG islands and repeat elements in a 100Kbp window. For the Bioinformatics analysis, we used different resources of the NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) and the UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/). Furthermore, the portal BioGPS (http://biogps.gnf.org/#goto=welcome) Was used to determine the expression levels of each gene per tissue. Results: Significant differences were found for the non-coding elements of the chromatin in that associated genes, in comparison with controls (Kruskall-Wallis test, P= 0.0341824). The genes LEP, EBI3, PROCR, FSTL3, HEXB, INHBA and ENG were the ones with the highest z- score values in preeclampsic placenta. Conclusion: The application of computational tools has become a powerful instrument for the integrated analysis of gene expression and its role in the pathogenesis of PE. This would lead to an early detection of affected women.

Introdução: A pré-eclâmpsia ainda é a principal causa perinatal Morbi-mortalidade; devido ao avanço na aplicação das ciências "ómicas" o conhecimento sobre sua etiologia molecular tem aumentado nos últimos anos, Isto levou à identificação de genes candidatos, que estariam envolvidos na sua Patogênese. Objetivo: Para identificar esses genes, Expresso em placenta que está associada à pré-eclâmpsia e comparar as suas características estruturais e funcionais. Métodos: A partir de uma revisão da literatura, foram encontrados 16 genes, cuja expressão na placenta foi asociada à patología. Extração de dados Foi realizada incluindo as seguintes variáveis genómicas: Número de genes, tamanho genômico, exon contagem de codificação, CpG ilhas e repetir elementos em uma janela de 100Kbp. Para a análise bioinformática, Utilizamos diferentes recursos do NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) e do UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/). Além disso, o portal BioGPS (http://biogps.gnf.org/#goto=welcome) foi utilizado para determinar os níveis de expressão de cada gene por tecido. Resultados: Se encontrou diferenças significativas para os elementos não codificantes da cromatina nos genes associados, Em comparação com os controlos (teste de Kruskall-Wallis, P = 0,0341824). Os genes LEP, EBI3, PROCR, FSTL3, HEXB, INHBA e ENG foram os que apresentaram os maiores valores de z-score na placenta pré-eclâmpsica. Conclusão: A aplicação de ferramentas computacionais tornou-se um poderoso instrumento para a análise integrada da expressão gênica e seu papel na patogênese da PE. Isso levaria a uma detecção precoce das mulheres afetadas.

Global differential expression of genes located in the Down Syndrome Critical Region in normal human brain / Expresión diferencial global de genes localizados en la Región Crítica del Síndrome de Down en el cerebro humano normal

Background: The information of gene expression obtained from databases, have made possible the extraction and analysis of data related with several molecular processes involving not only in brain homeostasis but its disruption in some neuropathologies; principally in Down syndrome and the Alzheimer disease. Objective: To correlate the levels of transcription of 19 genes located in the Down Syndrome Critical Region (DSCR) with their expression in several substructures of normal human brain. Methods: There were obtained expression profiles of 19 DSCR genes in 42 brain substructures, from gene expression values available at the database of the human brain of the Brain Atlas of the Allen Institute for Brain Sciences", (http://human.brain-map.org/). The co-expression patterns of DSCR genes in brain were calculated by using multivariate statistical methods. Results: Highest levels of gene expression were registered at caudate nucleus, nucleus accumbens and putamen among central areas of cerebral cortex. Increased expression levels of RCAN1 that encode by a protein involved in signal transduction process of the CNS were recorded for PCP4 that participates in the binding to calmodulin and TTC3; a protein that is associated with differentiation of neurons. That previously identified brain structures play a crucial role in the learning process, in different class of memory and in motor skills. Conclusion: The precise regulation of DSCR gene expression is crucial to maintain the brain homeostasis, especially in those areas with high levels of gene expression associated with a remarkable process of learning and cognition.

Introducción: La información de la expresión de genes consignada en bases de datos, ha permitido extraer y analizar información acerca procesos moleculares implicados tanto en la homeostasis cerebral y su alteración en algunas neuropatologías. Objetivos: Correlacionar los niveles de transcripción de 19 genes localizados en la región crítica del cromosoma 21, asociada a Síndrome de Down (DSCR), con la localización cerebral y su coexpresión en diferentes subestructuras del cerebro humano. Métodos: A partir de valores de expresión génica disponibles en la base de datos del proyecto cerebro humano del Atlas del Cerebro del "Allen Institute for Brain Sciences" (http://human.brain-map.org/), se construyeron perfiles de expresión de 19 genes DSCR en 42 subestructuras cerebrales. Además, utilizando métodos estadísticos multivariados se analizaron los patrones de coexpresión de genes DSCR en el cerebro normal. Resultados: En el núcleo caudado, el núcleo accumbens y el putamen además de las Áreas centrales 2, 3 y 4, se determinaron los valores de expresión más elevados para los genes incluidos RCAN1, que codifica para una proteína involucrada en el proceso de transducción de señales de SNC; PCP4 cuya proteína interviene en la unión a la calmodulina y TTC3 una proteína que interviene en la diferenciación de neuronas. Las subestructuras identificadas con una elevada expresión de estos genes, están asociadas con procesos de aprendizaje, en diferentes tipos de memoria y habilidades motoras. Conclusiones: La regulación de la expresión de los genes DSCR es clave para mantener la homeostasis cerebral, especialmente en aquellas áreas de mayor expresión, las cuales están asociadas con procesos sumamente importantes.

Caracterización fenotípica de cepas de Aeromonas aisladas de pacientes con enfermedad diarreica aguda / Phenotypic characterization of Aeromonas isolated from patients with acute diarrheal diseases

INTRODUCCIÓN: las enfermedades diarreicas agudas constituyen una de las principales causas de morbilidad y mortalidad en los niños menores de 5 años y en la población general, esto ocasiona una gran demanda de atención en los servicios de salud. La situación se agrava por el abuso de los antimicrobianos y el desarrollo de resistencia bacteriana, suceso que hoy día constituye un problema emergente de salud en diversas regiones del mundo. Entre los microorganismos causantes de enfermedades diarreicas agudas se encuentran los pertenecientes al género Aeromonas, los cuales han sido reconocidos como patógenos emergentes de riesgo II. OBJETIVOS: determinar las especies de Aeromonas más frecuentemente aisladas a partir de muestras de heces de pacientes con enfermedades diarreicas agudas y su susceptibilidad antimicrobiana. MÉTODOS: se determinó la susceptibilidad mediante el método de Bauer-Kirby frente a diferentes antimicrobianos a 100 aislamientos remitidos desde los centros provinciales de higiene y epidemiología del país durante 2007-2008. RESULTADOS: En 67 por ciento de los aislamientos se logró la identificación hasta especie, se observó el predominio de A. caviae (33 por ciento) y A. hydrophila (29 por ciento). Se demostró que 100 por ciento de los aislamientos resultaron resistentes al menos a un antimicrobiano de los investigados. El porcentaje más elevado de resistencia se observó frente a la cefalotina, las sulfonamidas y el ácido nalidíxico. CONCLUSIONES: se propone a la tetraciclina y el cloranfenicol como fármacos de elección para el tratamiento de las infecciones intestinales producidas por estos microorganismos en Cuba.

INTRODUCTION: the acute diarrheal diseases are one of the main causes of morbidity and mortality in children aged under 5 years and in the general population; this demands a great deal of care in the healthcare services. The situation worsens due to the overuse of antimicrobials and the development of bacterial resistance, being the latter an emerging health problem in different areas of the world. Among the causative microorganisms of acute diarrheal diseases are those of Aeromonas genus, recognized as second risk emerging pathogens. OBJECTIVES: to determine the most frequently isolated Aeromonas species in fecal samples from acute diarrheal patients and their antimicrobial susceptibility. METHODS: the Bauer-Kirby´s method allowed identifying the susceptibility to several antimicrobials of 100 isolated samples coming from the provincial hygiene and epidemiology centers during 2007 and 2008. RESULTS: identification of the species was accomplished in 67 percent of isolates, being A. caviae (33 percent) y A. hydrophila (29 percent) the predominant species. It was demonstrated that 100 percent of isolates got resistant to at least one of the studied antimicrobials. Drug resistance to cefalotine, sulfonamides and nalidixic acid showed the highest percentages. CONCLUSIONS: tetracycline and chloramphenicol are recommended as the drugs of choice for treating intestinal infections caused by these microorganisms in Cuba.

Estudio genómico de la región crítica del cromosoma 21 asociada con el síndrome de Down / Genomic study of the critical region of chromosome 21 associated to Down syndrome

Introduction: Previous reports have identified a region of chromosome 21 known as Down syndrome critical region (DSCR) in which the expression of some genes would modulate the main clinical characteristics of this pathology. In this sense, there is currently limited information on the architecture of the DSCR associated. Objective: To obtain in silico a detailed vision of the chromatin structure associated with the evaluation of genomic covariables contained in public data bases. Methods: Taking as reference the information consigned in the National Center for Biotechnology Information, the Genome Browser from the University of California at Santa Cruz and from the HapMap project, a chromosome walk along 21 Mb of the distal portion of chromosome 21q arm was performed. In this distal portion, the number of single nucleotide polymorphisms (SNP), number of CpG islands, repetitive elements, recombination frequencies, and topographical state of that chromatin were recorded. Results: The frequency of CpG islands and Ref genes increased in the more distal 1.2 Mb DSCR that contrast with those localized near to the centromere. The highest level of recombination calculated for women was registered in the 21q22.12 to 22.3 bands. DSCR 6 and 9 genes showed a high percentage of methylation in CpG islands in DNA from normal and trisomic fibroblasts. The DSCR2 gene exhibited high levels of open chromatin and also methylation in some lysine residues of the histone H3 as relevant characteristics. Conclusion: The existence of a genomic environment characterized by high values of recombination frequencies and CpG methylation in DSCR 6 and 9 and also DSCR2 genes led us to postulate that in non-disjunction detected in Down syndrome, complex genomic, epigenetic and environmental relationships regulate some processes of meiosis.

Introducción: Análisis previos han identificado una región del cromosoma 21, conocida como región crítica del síndrome de Down (DSCR) en donde se localizan algunos genes cuya expresión modularía las principales características clínicas de este síndrome. En este sentido, existe poca información detallada sobre la arquitectura de la cromatina asociada con la DSCR. Objetivo: Obtener in silico, a partir de la evaluación de covariables genómicas contenidas en bases de datos públicas, una visión detallada de la estructura cromatina asociada con la DSCR. Métodos: Tomando como referencia la información consignada en el National Center for Biotechnology Information, el Genome Browser de la Universidad de California en Santa Clara y el proyecto internacional HapMap, se efectuó un paseo cromosómico a lo largo de 21Mb de la porción distal del brazo q del cromosoma 21, para registrar el número de polimorfismos de nucleótido único, el de islas CpG, de secuencias repetidas, las tasas de recombinación y el estado topológico de la cromatina asociada. Resultados: La frecuencia de islas CpG y de genes referenciados se incrementó en los últimos 1,2 Mb de la región distal en contraste con su distribución pericentromérica. La mayor tasa de recombinación calculada en este estudio para mujeres se registró en las bandas 21q22.13 y 21q22.3. Los genes DSCR 6 y 9 presentaron un elevado grado de metilación en islas CpG tanto en fibroblastos normales como en trisómicos. En el gen DSCR2 se observó un alto grado de descondensación cromatínica, además de metilación de diferentes residuos de lisina de la histona H3. Conclusiones: La existencia de un ambiente genómico caracterizado por tener elevadas tasas de recombinación y de metilación de genes DSCR 6 y 9, permite postular que en la no disyunción asociada con el SD, operarían complejas interacciones genómicas, epigenéticas y ambientales que actuarían en algunos procesos meióticos.

Human T-Lymphotropic virus (HTLV) type I in vivo integration in oral keratinocytes

Although the infection of HTLV-1 to cell components of the mouth have been previously reported, there was not until this report, a detailed study to show the characteristics of such infection. From 14 Tropical Spastic Paraparesis/ HTLV-1-Associated Myelopathy (HAM/TSP) patients and 11 asymptomatic carrier individuals (AC) coming from HTLV-1 endemic areas of southwest Pacific of Colombia, infected oral mucosa cells were primary cultured during five days. These cell cultures were immunophenotyped by dual color fluorescence cell assortment using different lymphocyte CD markers and also were immunohistochemically processed using a polyclonal anti-keratin antibody. Five days old primary cultures were characterized as oral keratinocytes, whose phenotype was CD3- /CD4-/CD8-/CD19-/CD14-/CD45-/A575-keratin+. From DNA extracted of primary cultures LTR, pol, env and tax HTLV-1 proviral DNA regions were differentially amplified by PCR showing proviral integration. Using poly A+ RNA obtained of these primary cultures, we amplify by RT-PCR cDNA of tax and pol in 57.14 percent (8/14) HAM/TSP patients and 27.28 percent (3/11) AC. Tax and pol poly A+ RNA were expressed only in those sIgA positive subjects. Our results showed that proviral integration and viral gene expression in oral keratinocytes are associated with a HTLV-1 specific local mucosal immune response only in those HTLV-1 infected individuals with detectable levels of sIgA in their oral fluids. Altogether the results gave strong evidence that oral mucosa infection would be parte of the systemic spreading of HTLV-1 infection.

Caracterización genómica de la integración in vitro del VIH-1 en células mononucleares de sangre periférica, macrófagos y células T de Jurkat / Genomic characterization of HIV-1 in vitro integration in peripheral blood mononuclear cells, macrophages and Jurkat T cells

Introducción: La mayor parte del genoma celular es accesible a la integración retroviral; sin embargo, se propone que este proceso no es aleatorio y es dependiente de cada retrovirus. Objetivos: Identificar y caracterizar las regiones del genoma humano en donde ocurre la integración del virus de la inmunodeficiencia humana de tipo 1 (VIH-1) en células mononucleares de sangre periférica, macrófagos y células T de Jurkat infectadas. Materiales y métodos: Se seleccionaron 300 secuencias de ADN humano obtenidas por el método de ligación mediada por PCR, previamente depositadas en el GenBank. Utilizando el programa BLAST, sólo 264 de ellas se incluyeron en el estudio, pues se pudo obtener información sobre localización cromosómica, genes anotados, secuencias repetidas, número de islas CpG y tiempo medio de replicación, entre otras variables genómicas. Estas secuencias se exportaron a otras bases de datos. Resultados: El 53% (140/264) de las integraciones se registraron en bandas G. El 70,45% de los provirus se localizaron en los genes humanos anotados, mientras que el restante lo hizo en elementos repetidos. En general, la selección del sitio de integración se relacionó con las características locales genómicas y estructurales de la cromatina, entre las que se incluyen secuencias Alu-Sx y L1, densidad génica y de islas CpG, remodelación de la cromatina y tiempo de replicación. Éstas influenciarían la interacción eficiente del complejo de preintegración con los genomas celulares. Conclusión: Se determinó que la integración del VIH-1 en los genomas celulares estudiados estaría condicionada por características diferenciales de la cromatina y por procesos epigenéticos que influirían la selección del sitio blanco de integración.

Introduction: Most of the infected host cell genome is available for retroviral integration; however, it has been proposed that this process does not occur at random and depends upon each type of retrovirus. Objective: The objective is to identify and characterize differences in human genome regions of peripheral blood mononuclear cells, macrophages and Jurkat T cells in which integration of HIV-1 occurs. Material and Methods: Three hundred human DNA genome sequences, previously deposited in the GenBank, were selected at random. Using program BLAST, only 264 of them were included in the study because relevant information about chromosomal position, associated genes, repetitive sequences, number of CpG islands and average replication time was available; these sequences were exported to other data bases for analysis. Results: 53% (140/264) of integrations were located on G bands. 70.45% of provirus was located in human genes and the rest was located in repetitive elements. In general the integration site selection was correlated with genomics and structural characteristics of cell chromatin including Alu-Sx and L1 sequences, gene and CpG island densities, remodeling of chromatin, and replication time. All of them would influence the efficient interaction between the pre-integration complex and target cell genomes. Conclusion: It was determined that HIV-1 integration in target cellular genomes would be conditioned by differential characteristics of associated chromatin and by epigenetic processes that would influence the selection of integration sites.

Expansión clónica y caracterización genómica del proceso de integración del virus linfotrópico humano tipo I en la leucemia/linfoma de células T en adultos / Clonal expansion and genomic characterization of the human T-cell lymphotropic virus type I during the integration process in adult T-cell leukemia/lymphoma

Introducción. Aunque la integración del virus linfotrópico humano tipo I no es al azar, se desconocen muchos de los detalles de este proceso. Objetivo. Evaluar las características de la cromatina celular adyacente a secuencias provirales en pacientes con leucemia/linfoma de células T en adultos asociada al virus. Materiales y métodos. Se extrajo el ADN de biopsias de siete pacientes colombianos con leucemia/linfoma de células T en adultos y positivos para el virus linfotrópico humano tipo I. Éste se amplificó mediante reacción inversa en cadena de la polimerasa, para determinar el grado de expansión clónica y su composición de nucleótidos. A partir de 61 secuencias de ADN humano adyacentes a provirus, provenientes de pacientes leucémicos colombianos y japoneses, se efectuó un análisis in silico para obtener datos sobre su integración, las características de la cromatina y sus funciones asociadas. Resultados. La expansión de clones celulares fue predominantemente oligoclónica. De las 61 secuencias de ADN adyacente a provirus, se seleccionaron 155 alineamientos que cumplieron con los criterios de inclusión (homologías≥95%, e-value≤0,05). De éstos, 74,84% fueron secuencias no codificantes repetidas y no repetidas. El 45,95% de las integraciones provirales se localizó en los cromosomas de los grupos A y B. Se observaron tendencias de integración hacia exones de genes que se replican tempranamente, regulan el ciclo celular y participan en la transducción de señales. Conclusiones. Los resultados permiten postular que la integración del virus linfotrópico humano tipo I se dirigiría hacia un ambiente genómico caracterizado por elevado contenido de C:G, genes de replicación temprana que regularían el ciclo celular y la transducción de señales.

Introduction. Although the integration of human T-cell lymphotropic virus type I into the T-cells is not a random process, the mechanistic details are not understood. Objectives. The characteristics of the flanking host chromatin were evaluated at the integration sites in adult T-cell leukaemia/lymphoma (ATLL) patients infected with the virus. Materials and methods. From seven leukemic Colombian patients positive for the human T-cell lymphotropic virus type I (HTLV-I), lymphocyte DNA samples were extracted and amplified by inverse polymerase chain reaction (IPCR). Clonal expansion and human genome nucleotide composition in an extension of 50 bp was determined. To establish the characteristics of the human genome flanking provirus, 61 IPCR sequences from Colombian and Japanese ATLL patients, were analyzed in silico to obtain insights about the genomic structure, functions and nature of associated chromatin. Results. The clonal expansion of cell clones was predominantly oligoclonal. From 61 IPCR sequences, 155 alignments with homology higher than 95% (e-value <0.05) were screened. Seventy-five percent of those sequences corresponded to non coding elements that include repetitive and non-repetitive DNA. Fifty percent of the proviral integrations were associated with chromosomes of A and B groups. Viral DNA integration tended to favor exons of genes that replicated early, controlled the cell cycle, or were involved in signal transduction. Conclusions. The results indicated that HTLV-I integration was preferentially directed towards genomic environments with high C:G content, and toward genes that replicate early, regulate cell cycle or involved with signal transduction.

Modelación molecular y variación estructural de las integrasas de dos retrovirus humanos: HTLV-I y VIH-1 / Molecular modeling and structural variation of two human retrovirus integrases: HTLV-I and HIV-1

Objetivo: Analizar las características moleculares y de variación de secuencias de las integrasas del HTLV-I y del VIH-1 y sus variantes poblacionales. Metodología: Análisis de secuencias y estructuras obtenidas de diferentes bases de datos; para ello se utilizaron programas computacionales de modelación de estructuras proteicas e identificación de sustituciones polimórficas en secuencias de aminoácidos de integrasas del HTLV-I y VIH-1 previamente reportadas. Materiales y métodos: Tanto la integrasa del HTLV-I como la del VIH-1 son proteínas compuestas por 288 residuos de aminoácidos. Se encontró un parecido de estructuras terciarias entre los dominios catalíticos de las IN de VIH-1, ASV y RSV con la del HTLV- I. A partir de 103 secuencias completas de la integrasa del VIH-1 se registraron, en 46 codones, un total de 53 sustituciones que se localizaron en diferentes posiciones de la proteína nativa; las más frecuentes fueron: N27G (32,1%), A265V (30,1%), L101I (31,1%) y T123A (27,0%). Ninguna de las sustituciones más frecuentemente encontradas generó un cambio en el plegamiento nativo de la correspondiente región. Conclusión: La estructura tridimensional del dominio central catalítico de la integrasa condicionaría su actividad y su relación con moléculas potencialmente inhibidoras. Las sustituciones observadas fueron neutrales sin alterar la estructura nativa. Los resultados obtenidos confirman que la integrasa es un nuevo y promisorio blanco para el desarrollo de terapias antirretrovirales más efectivas en el siglo XXI...

Objective: To analyze the molecular characteristics and aminoacid sequence variations of HTLV-I and of HIV-1 integrases and their population variants. Materials and methods: Data mining and analysis of integrase sequences and protein structure data bases by using appropriate software for modelling and search for polymorphic substitutions in HTLV-I and HIV-1 integrase amino acid sequences previously reported. Results: HTLV-I and HIV-1 integrases are proteins of 288 amino acid residues. Structural modeling of tertiary folding of HTLV-I integrase catalytic central domain’s, showed closed structural characteristic with those of HIV-1, ASV and RSV. From 103 full amino acid sequences of HIV-1 integrase, 53 substitutions located in 46 different codons were recorded. The more frequents correspond to N27G (32,1%), L101I (31,1%), A265V (30,1%) and T123A (27,0%). None of these frequent substitutions introduced changes in the folding of HIV-1 native integrase. Conclusion: The tridimensional structure of central catalytic domain would influence the integrase activity and its relationship with potentially inhibitory molecules. Those observed aminoacid substitutions were neutral and do not alter the native protein structure. Our data confirm those previously published, and enable us to propose that IN is a new and promissory target for develop more effective antiviral therapies in the XXI century...

Sindrome autoinmune en la paraparesia tropical espastica/ mielopatia asociada a la infeccion por el virus linfotropico / Autoimmune syndrome in the tropical spastic paraparesis/myelopathy associated with human T-lymphotropic virus infections

Introduccion. Trabajos previos han aportado evidencias de que en la paraparesia espastica tropical/mielopatia asociada con el virus linfotropico humano tipo I, existe un componente autoinmune asociado a su patogenesis. Objetivo. Evaluar el estado autoinmune y la existencia de mimetismo molecular en pacientes con paraparesia espastica tropical del pacifico colombiano. Materiales y metodos. A partir de muestras de plasma de 37 pacientes con paraparesia espastica tropical/mielopatia asociada al HTLV-I, 10 con leucemia de celulas T del adulto, 22 individuos portadores asintomáticos y 20 seronegativos para el HTLV-I, se determinaron niveles plasmaticos de anticuerpos antinucleares y anticardiolipina-2 y de interferon e interleucina- 4. Se evaluo, por Western blot, la reactividad cruzada de plasmas contra proteinas obtenidas de varias fuentes celulares normales del sistema nervioso. Ademas, se estudio la reactividad cruzada de plasmas de seropositivos y del anticuerpo monoclonal LT4 anti-taxp40 en secciones de medula espinal de ratas Wistar no infectadas. Resultados. El 70,2 por ciento y el 83,8 por ciento de los pacientes con paraparesia espastica tropical fueron reactivos para anticuerpos ANA y ACL-2, respectivamente, en contraste con los de leucemia de celulas T del adulto y los seropositivos asintom¨¢ticos (P<0,001). Ademas, el 70,3 por ciento y el 43,2 por ciento de los pacientes con paraparesia espastica tropical tuvieron niveles detectables de IFN-¦Ã e IL-4, respectivamente. El anticuerpo LT4 anti tax-p40 y los plasmas de paraparesia espastica tropical/mielopatia asociada al HTLV-I mostraron una reaccion cruzada con una proteina de PMr 33-35 kDa, obtenida del nucleo de neuronas de la medula espinal de ratas Wistar no infectadas. Conclusion. Se obtuvieron evidencias que apoyan la existencia de un sindrome autoinmune mediado por mimetismo molecular como parte de la etiopatogenesis de la degeneracion axonal observada en la paraparesia espastica tropical en pacientes colombianos de la costa pacifica.