A system for aceessing a collection of histology images using content-based strategess / Sistema para acceder una colección de imágenes histológicas mediante estrategias basadas en el contenido

Histology images are an important resource for research, education and medical practice. The availability of image collections with reference purposes is limited to printed formats such as books and specialized journals. When histology image sets are published in digital formats, they are composed of some tens of images that do not represent the wide diversity of biological structures that can be found in fundamental tissues. Making a complete histology image collection available to the general public having a great impact on research and education in different areas such as medicine, biology and natural sciences. This work presents the acquisition process of a histology image collection with 20,000 samples in digital format, from tissue processing to digital image capturing. The main purpose of collecting these images is to make them available as reference material to the academic comunity. In addition, this paper presents the design and architecture of a system to query and explore the image collection, using content-based image retrieval tools and text-based search on the annotations provided by experts. The system also offers novel image visualization methods to allow easy identification of interesting images among hundreds of possible pictures. The system has been developed using a service-oriented architecture and allows web-based access in http://www.informed.unal.edu.co.

Las imágenes histológicas son un importante recurso para la investigación, la educación y la práctica médica. La disponibilidad de imágenes individuales o colecciones de imágenes de referencia está limitada a formatos impresos como libros y revistas científicas. En aquellos casos en donde se publican conjuntos de imágenes digitales, éstos están compuestos por algunas cuantas decenas de imágenes que no representan la gran diversidad de estructuras biológicas que pueden encontrarse en los tejidos fundamentales. Contar con una completa colección de imágenes histológicas es de gran apoyo para los procesos de investigación y educación en diferentes áreas de la medicina, biología y ciencias. En este trabajo se presenta el proceso de adquisición de una colección de 20.000 imágenes histológicas en formato digital, desde la preparación y fijación de los tejidos hasta su digitalización bajo el microscopio, con el propósito de publicarlas como material de referencia para la comunidad académica en general. Además, se presenta el diseño y la arquitectura de un sistema para consultar y explorar la colección de imágenes, utilizando herramientas de búsqueda basadas en el contenido de las imágenes y en las anotaciones provistas por los expertos. El sistema también ofrece novedosos mecanismos de visualización de las imágenes, para facilitar la tarea de identificar las imágenes interesantes entre otros cientos posibles en la colección. El sistema fue desarrollado usando una arquitectura orientada a servicios y ofrece acceso a través de la Web en http://www.informed.unal.edu.co.

Dinámica del cmpplejo del poro nuclarr / Dinamicsof nucleear pore compexx

El complejo del poro nuclear (CPN) es un conjunto supra-molecular compuesto de múltiples copias de 30 familias de proteínas diferentes, siendo 456 nucleoporinas (Nups) en total que atraviesan la envoltura nuclear de todos los organismos pertenecientes al dominio Eukaria. El CPN es la compuerta del núcleo por lo tanto, todas las macromoléculas deben atravesarla para transitar del núcleo al citoplasma y viceversa. Durante los últimos años, se han propuesto varios modelos para explicar la regulación y el transporte de macromoléculas a través del CPN. En este escrito se describe la estructura, los mecanismos y procesos involucrados durante el transporte a través del CPN, y cómo estos procesos son regulados por interacciones macromoleculares altamente dinámicas.

The nuclear pore complex (NPC) is a large supramolecular assemble made up of multiple copies of about 30 different families proteins, so in total 456 nucleoporines (Nups) span the nuclear envelope of all Eukariotic organisms. The NPC is considered the gate through which all macromolecules must pass in order to achieve nucleo-cytoplasmic transport. The aim of this review is to describe the structure, mechanisms and processes involved during the transportation of molecules and how of these processes are regulated by highly dynamic macromolecular interactions with molecules of the NPC which have been described during the past years.

Cultivos de célllas de nervio ciático y de ganglio de la raíz dorsal de ratón adulto / Cell Cultures of the Sciatic Nerve and Dorsal Root Ganglia from Adult Mouse

Las células de Schwann (CS) son la glía de sistema nervio periférico. El diseño de prótesis nerviosas se ha centrado en la producción de CS autólogas cultivadas a partir de nervios ciáticos (NC) y de ganglios de la raíz dorsal (GRD). Muy poca literatura reporta cultivo de células perineurales (CP) y fibroblastos endoneurales (FE), y no son consideradas como elementos a incluir en una prótesis. En este trabajo, se describe la importancia de la microdisección del nervio ciático y de los GRD para obtener cultivos de CS, FE y CP con 98%±2 de purificación. Las CS crecen sobre diferentes soportes, con y sin mitógenos. Se obtuvo un porcentaje de CS elevado cuando se elimina el epineuro y perineuro de los NC 90%±3 y la cápsula de los GRD 94%±3 antes de la disociación enzimática, comparado a 70%±4,2 sin microdisección u 80%±3,5 sin epineuro. Los FE se adhieren preferencialmente en las primeras 24 h y 20% de suero favorece su crecimiento. En el primer sub-cultivo, son 99% CS o FE, siendo confluentes a los 6 y 8 días respectivamente. Las CP o de la cápsula de GRD no se disocian y no crecen en sub-cultivos, únicamente crecen a partir de explantes de perineuro; no forman monocapa sino una "lámina" de múltiples capas celulares. En conclusión, la microdisección del GRD y del NC y su disociación son indispensables para obtener en pocos días CS, FE y CP de animales adultos en cultivos altamente purificados.

The Schwann cells (SC) are glial of system peripheral nerve. The nervous prostheses are related to the production of autologous SC obtained from the peripheral nervous and from the dorsal root ganglia (DRG). There is a small amount of literature that reports perineural cells (PC) and endoneural fibroblast (EF) cultures as elements to take account of prostheses. In this work, the micro dissection importance is described in the sciatic nerve (SN) and in the DRG to achieve SC, EF and PC culture with a purity of 98%. The SC grows up on different supports with and without mitogens. An elevated percentage of SC was obtained when the epineurium and the perineurium were removed in the SN (90%±3) and in the GRD (94%±3) before the enzymatic dissociation compared to seventy percentage when the micro dissection was omitted or eighty percentage without the epineurium micro dissection. The EF was adhered in the first twenty four hours and the twenty percentage of serum improved their growth. In the first passage, there is 99 percentage SC or EF, and they get the confluence in the six and eight day, respectively. The PC or the cells of the DRG don´t have neither a good dissociation, nor a growth in subcultures, they only grow from the perineurium explants that forms a lamina of several cellular layers more than a monolayer. In conclusion, the DRG and SN micro dissection and dissociated are indispensable to acquire in few days SC, EF and PC cultures with a high purity from adult animals.

Estudio morfolóiico del cultivo a largo plazo d folículos aislados y cerrados de tiroides de cerdo / Morphological Study of Long-term culture of closed isolated pig folicles

La unidad morfológica y funcional de la glándula tiroides es el folículo, estructura ovoide cerrada, constituida por una capa de células cúbicas (tirocitos) que encierran un lumen lleno del coloide secretado por ellas. En cultivo, tanto la estructura como la función del folículo se pierden rápidamente en las primeras 24 horas. Sin embargo, si se cultivan folículos cerrados de tiroides de rata conservan la arquitectura folicular, la morfología del tirocito y la función hasta la síntesis de hormonas tiroides de manera similar a la glándula in vivo. En este trabajo describimos el aislamiento y cultivo de folículos porcinos cerrados y su análisis morfológico. Los folículos se aíslan por digestión enzimática y disociación mecánica del parénquima tiroideo, luego se cultivan sobre agarosa con y sin hormona tirotrópica o tirotropina (1 mU/ml, TSH). El tejido de tiroides porcino obtenido tiene las mismas características de una glándula hipotiroidea in vivo, un epitelio casi plano, retículo endoplásmico rugoso (RER) exiguo, complejo de Golgi (CG), y microvellosidades escasas y cortas. Los folículos cultivados sin TSH conservan la forma ovoide y el coloide en su interior, y la misma ultra-estructura del tejido in vivo, RER y CG muy escasos, pero con el tiempo de cultivo aumenta la longitud de la microvellosidades y el espesor del epitelio. En presencia de TSH el epitelio se hipertrofia desde el primer día y las cavidades foliculares se reducen considerablemente. Se demuestra que folículos cerrados de tiroides durante ocho días (d) de cultivo conservan su morfología con y sin TSH. Además, estos responden al estímulo de TSH disminuyendo su cavidad folicular y aumentando el espesor del epitelio folicular.

The morphological and functional unit of the thyroid gland is the follicle - an ovoid closed-structure, constituted by a layer of cubical cells (thyrocytes) that lock up a full lumen of the colloid secreted by themselves. In culture, the structures as well as the function of the follicles are lost rapidly in the first 24 hours. However, if the rat thyroid follicles closed are seeded since the beginning of the culture, these conserve the follicular structure, the thyrocyte morphology and the function even as the thyroid hormone synthesis in a similar way to the gland in vivo. This work describes the isolation and the culture of closed swine thyroid follicles and its morphological analysis. The follicles are isolated by enzymatic and mechanic digestion of the thyroid, then they are cultured in agarose with and without thyrotropin (1 mU/ml, TSH). The swine thyroid tissue obtained has the same characteristics of an in vivo hypothyroid gland, an almost flat epithelium, low quantity of Rough Endoplasmic Reticulum (RER) and Golgi complex (GC), short and very scarce microvillus. The isolated and closed follicles cultivated without TSH preserve the ovoid form and the colloid in the lumen, and the same ultrastructure of the thyroid tissue in vivo, RER and GC, but the length of the microvillus as well as the thickness of the epithelium were increased with the culture time. In the presence of TSH the thickness of the epithelium increases from the first day and the follicular cavities reduce considerably. The isolated and closed follicles preserve their morphology in the long term (8 days) of culture with and without the TSH. Besides, they responded to the stimulus of the TSH reducing the follicular cavity.