Evaluation of eight protocols for genomic DNA extraction of Hypostomus commersoni Valenciennes, 1836 (Loricariidae: Siluriformes) / Avaliação de oito protocolos na extração de DNA genômico de Hypostomus commersoni Valenciennes, 1836 (Loricariidae: Siluriformes)

Abstract The principle and the techniques applied in DNA extraction play a pivotal role in the obtention of a purified genetic material. The present study investigates the efficiency of eight protocols in the DNA extraction of Hypostomus commersoni, an essential component of South American freshwater ichthyofauna. The quality of samples was assessed through spectrophotometry, gel electrophoresis, and PCR-RAPD markers amplification. The efficiency of DNA extraction was influenced both by the method applied and the target-tissue of choice. Higher concentrations and yield of DNA were obtained from ocular tissue, with a positive spectrum of incubation in lysis buffer for up to 36 hours after sample collection, using fresh tissues and in the presence of a high concentration of Proteinase K (20 mg.ml-1). In these conditions, samples were successfully amplified. To date, there is no record of description for the parameters analyzed in this work, neither the description of RAPD markers for the species H. commersoni.

Resumo Os princípios e as técnicas aplicadas na extração de DNA desempenham um papel crucial na obtenção de material genético purificado. O presente estudo investiga a eficiência de oito protocolos na extração de DNA de Hypostomus commersoni, um importante componente ictiofaunístico de riachos da América do Sul. A qualidade das amostras foi avaliada por espectrofotometria, eletroforese em gel e amplificação por marcadores de PCR-RAPD. A eficiência da extração de DNA foi influenciada tanto pelo método aplicado quanto pelo tecido-alvo de escolha. Maiores concentrações e rendimento de DNA foram obtidos a partir do tecido ocular, com um espectro positivo de incubação em tampão de lise por até 36 horas após a coleta da amostra, utilizando tecidos frescos e na presença de alta concentração de proteinase K (20 mg.ml-1). Nestas condições, as amostras foram amplificadas com sucesso. Até o momento, não há registro de descrição para os parâmetros analisados neste trabalho, nem a descrição de marcadores RAPD para a espécie H. commersoni.

Growth responses and accumulation of soluble sugars in Inga marginata Wild. (Fabaceae) subjected to flooding under contrasting light conditions / Respostas de crescimento e acúmulo de açúcares solúveis em Inga marginata Willd. (Fabaceae) submetida ao alagamento e sob condições contrastantes de luminosidade

Abstract Flood events in riparian forests of southern Brazil, can be characterized as unpredictable and of low magnitude with an average duration of less than 15 days. Inga marginata is an evergreen tree which grows in Southeast South America on a wide range of environments, including riparian forests. In this paper, the interactive effects of the light environment and soil flooding on morphological parameters of I. marginata were examined. Seedlings were acclimated in two contrasting light conditions: sun or shade for 30 days. Sun and shade plants were subjected to soil flooding for two periods; five or 15 days. After 5 days, the interaction between flooding and light did not affect growth, chlorophyll content and dry mass or the root-shoot ratio. After 15 days, flooded plants from the sunny treatment had a lower shoot dry mass compared to control sun plants and flooded plants from the shaded treatment. Moreover, the higher dry mass observed for shade plants compared to sun plants, following flooding, can also be directly associated with a higher content of soluble sugars. Shade plants of I. marginata showed a greater acclimation to soil waterlogging. This acclimation appears to be associated with a larger accumulation of soluble sugars compared to non-flooded plants. The responses observed on the shade plants appear to be decisive to indicate the use of I. marginata in degraded areas.

Resumo As inundações em florestas ripárias do Sul do Brasil, podem ser caracterizadas como imprevisíveis e de baixa magnitude com uma duração média de menos de 15 dias. Inga marginata é uma árvore que cresce no sudeste da América do Sul em uma grande variedade de ambientes, incluindo matas ciliares. Neste trabalho, os efeitos combinados da luminosidade e do e alagamento do solo nos parâmetros morfológicos de I. marginata foram examinados. As plântulas foram aclimatadas em duas condições contrastantes de luminosidade: sol e sombra por 30 dias. Plantas de sol e sombra foram submetidas ao alagamento do solo por dois períodos; cinco ou 15 dias. Após 5 dias, a interação entre a inundação e luminosidade não afetou o crescimento, teor de clorofila e massa seca e a razão raiz-parte aérea. Após 15 dias, plantas de sol sob inundação apresentaram menor massa seca na parte aérea em relação as plantas controle de sol e as plantas alagadas de sombra. Além disso, a maior massa seca observada nas plantas de sombra em comparação com plantas de sol, sob inundação, pode ser diretamente associado com um maior teor de açúcares solúveis. Plantas de sombra de I. marginata mostraram uma maior aclimatação ao encharcamento do solo. Esta aclimatação parece estar associada com um maior acúmulo de açúcares solúveis em comparação com as plantas não-inundadas. As respostas observadas nas plantas de sombra parecem ser determinantes para a indicação do uso de I. marginata em áreas degradadas.

Evaluation of eight protocols for genomic DNA extraction of Hypostomus commersoni Valenciennes, 1836 (Loricariidae: Siluriformes)

Abstract The principle and the techniques applied in DNA extraction play a pivotal role in the obtention of a purified genetic material. The present study investigates the efficiency of eight protocols in the DNA extraction of Hypostomus commersoni, an essential component of South American freshwater ichthyofauna. The quality of samples was assessed through spectrophotometry, gel electrophoresis, and PCR-RAPD markers amplification. The efficiency of DNA extraction was influenced both by the method applied and the target-tissue of choice. Higher concentrations and yield of DNA were obtained from ocular tissue, with a positive spectrum of incubation in lysis buffer for up to 36 hours after sample collection, using fresh tissues and in the presence of a high concentration of Proteinase K (20 mg.ml-1). In these conditions, samples were successfully amplified. To date, there is no record of description for the parameters analyzed in this work, neither the description of RAPD markers for the species H. commersoni.

Resumo Os princípios e as técnicas aplicadas na extração de DNA desempenham um papel crucial na obtenção de material genético purificado. O presente estudo investiga a eficiência de oito protocolos na extração de DNA de Hypostomus commersoni, um importante componente ictiofaunístico de riachos da América do Sul. A qualidade das amostras foi avaliada por espectrofotometria, eletroforese em gel e amplificação por marcadores de PCR-RAPD. A eficiência da extração de DNA foi influenciada tanto pelo método aplicado quanto pelo tecido-alvo de escolha. Maiores concentrações e rendimento de DNA foram obtidos a partir do tecido ocular, com um espectro positivo de incubação em tampão de lise por até 36 horas após a coleta da amostra, utilizando tecidos frescos e na presença de alta concentração de proteinase K (20 mg.ml-1). Nestas condições, as amostras foram amplificadas com sucesso. Até o momento, não há registro de descrição para os parâmetros analisados neste trabalho, nem a descrição de marcadores RAPD para a espécie H. commersoni.