Analysis of diversity among six populations of Colombian mango (Mangifera indica L. cvar. Hilacha) using RAPDs markers

Currently in Colombia, there are only records of morph-agronomic characterizations of Mangifera indica cvar. Hilacha; molecular studies on this mango variety have not been carried out. The aim of this work was to identify the genetic diversity of six populations of mango Hilacha by RAPDs markers, as a fundamental base for breeding programs, conservation and selection of promissory materials for the fruit industry at the national level. From 60 primers evaluated in the populations, five primers were selected and were launched in the six populations. Polymorphic bands of RAPDs were transformed into binary matrices, which were then processed with NTSYS-PC, POPGENE and TFPGA softwares. The overall genetic diversity, H T = 0.468 +/- 0.0016, is very similar to the average subpopulation genetic diversity, H S = 0.4431 +/- 0.0024, which revealed a small genetic differentiation among the mango Hilacha populations studied (G ST = 0.0532). This means that each population contained in average 95 percent of the total genetic diversity found in the global population analyzed. Considerable gene flow between populations (Nm = 9) was found. Finally, we recommend studying the genetic diversity of mango Hilacha populations with other molecular markers to complement the information obtained and to find similarities or differences with the results presented herein.

Caracterización molecular de materiales cultivados de gulupa (Passiflora edulis f. edulis) / Molecular characterization of cultivated materials of gulupa (Passiflora edulis f. edulis) / Caracterização molecular de materiais cultivados de gulupa (Passiflora edulis f. edulis)

Objetivo. Caracterizar mediante marcadores moleculares RAM (Random Amplified Microsatellite) la diversidad genética de materiales cultivados de gulupa (Passiflora edulis f. edulis), colectados en los departamentos de Boyacá, Cundinamarca y Huila. Materiales y métodos. Hojas jóvenes y en buen estado fitosanitario fueron colectadas en fincas productoras de gulupa, para la extracción de ADN y caracterización mediante marcadores moleculares RAM, de acuerdo con el protocolo descrito por Hantula (1996). A partir de los perfiles de bandas obtenidos, se generaron datos binarios de presencia (1) y ausencia (0). Los datos fueron analizados con el programa estadístico NTSYS- pc versión 2.0, obteniéndose una matriz de similitud utilizando el coeficiente o índice de Dice. Resultados. Los marcadores RAM fueron eficientes para detectar polimorfismos en esta especie, en total fueron usados cuatro primers universales, con los cuales se obtuvo un polimorfismo de 88,8%. En términos generales con los marcadores RAM se evidenció una amplia diversidad genética distribuida en las zonas en las que se cultiva la gulupa en el país. En el presente estudio no se encontró una concordancia con la procedencia de las muestras por departamento o localidad. Conclusiones. Los materiales de gulupa evaluados en este estudio mostraron una alta diversidad genética (0,291-1), probablemente producto del método de propagación, de su procedencia diversa y el poco tiempo de establecimiento de los cultivos en el país.

Objective. To evaluate through RAM (Random Amplified Microsatellites) molecular markers the genetic diversity of cultivated materials of gulupa (Passiflora edulis f. edulis), collected in the departments of Boyacá, Cundinamarca and Huila. Materials and methods. Young and healthy leaves were collected from crop fields of gulupa for DNA extraction and characterization through RAM molecular markers, according to Hantula's protocol (1996). Binary data of the type presence/absence were collected from the electrophoretic profiles. Data were analyzed with NTSYS- pc- 2.0 statistical package, obtaining a similarity matrix using the Dice coefficient. Results. RAM markers were efficient in detecting polymorphism in this species. Four universal primers were used that produced 88.8% of polymorphism. In general terms, with the RAM molecular markers a high genetic diversity was detected in the areas where gulupa is cultivated in Colombia. In the present study no geographical relatedness was found with the accessions evaluated for department or locality. Conclusions. The materials of gulupa evaluated in this study showed a high genetic diversity (0.291-1), probably due to the propagation method, its diverse provenances and the short time of establishment of the culture in Colombia.

Objetivo. Caracterizar por marcadores moleculares RAM (Random Amplified Microsatellite) a diversidade genética dos materiais cultivados de gulupa (Passiflora edulis f. edulis), coletados nos departamentos de Boyacá, Cundinamarca e Huila. Materiais e métodos. Folhas jovens e em bom estado fitossanitário foram coletadas em fazendas produtoras de gulupa para extração de ADN e caracterização por marcadores moleculares RAM, de acordo com o protocolo descrito por Hantula (1996). Dos perfis de bandas obtidos foram gerados dados binários de presença (1) e ausência (0). Os dados foram analisados pelo programa estatístico NTSYS-pc versão 2.0, produzindo uma matriz de similaridade usando o coeficiente ou índice de Dice. Resultados. Os marcadores RAM foram eficientes na detecção de polimorfismos nesta espécie, foram utilizados quatro primers universales, com os quais se obteve um polimorfismo de 88,8%. No geral, com os marcadores RAM revelou-se uma ampla diversidade genética distribuída em áreas onde se cultiva a gulupa no país. O presente estudo não encontrou uma correspondência com a origem das amostras por departamento ou localidade. Conclusões. Os materiais de gulupa avaliados neste estudo mostraram alta diversidade genética (0,291-1), provavelmente como resultado do método de propagação, de sua origem diversa e ao pouco tempo de estabelecimento dos cultivos no país.

Optimización de la extracción de ADN de Passiflora ligularis para el análisis por medio de marcadores moleculares / Aperfeiçoamento da extração do DNA de Passiflora ligularis para análise através de marcadores moleculares / Extraction of high quality DNA of passiflora ligularis for its analysis with molecular markers

Objetivo. Estandarizar un protocolo de extracción de ADN eficiente y preciso para Passiflora ligualaris. Materiales y métodos. Se evaluaron dos métodos de extracción de ADN y dos tipos de tejido de Passiflora ligularis en términos de pureza, calidad y cantidad de ADN obtenido, al igual que su aplicabilidad en técnicas moleculares basadas en PCR como los RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). La cuantificación de ADN se realizó mediante espectrofotometría de absorbancia a una longitud de onda de 260nm (A260) usando el espectrofotómetro Beckman Du® 530, de igual manera se obtuvo una estimación de la pureza del ADN por medio de la relación de absorbancia (A260/A280nm). Las variables analizadas en este estudio fueron: el método de extracción (A) y el tipo de tejido (B), con el fin de definir la influencia que éstas tuvieron en la pureza y cantidad de ADN extraído. Para el estudio de estas variables se usó un diseño aleatorio con arreglo factorial 2 x 2...

Extraction of high quality DNA of Passiflora ligularis for its analysis with molecular markers. Objective. To standardize a precise and efficient DNA isolation protocol of Passiflora ligularis. Materials and methods. Two methods of DNA extraction and two different tissues of Passiflora ligularis were evaluated in terms of purity, quality and quantity of DNA yield, as well as DNA's suitability for molecular techniques based on PCR such as RAPDs. Quantification of DNA was done using absorbance spectrophotometry at a wavelength of 260nm (A260) with a Beckman Du ® 530 spectrophotometer. An estimate of the DNA's purity was obtained using the absorbance ratio (A260 / A280 nm). The variables analyzed in this study were the extraction method (A) and the tissue type (B), in order to define their influence on the purity and quantity of the DNA extracted. For the study of these variables a random design with a 2 x 2 factorial arrangement wasused. Results. The average quantities of DNA obtained with the modified method of Mc Couch et al. (1988) and the modified method of Doyle & Doyle (1991) method were 778.9 µg/ml and 660.1 µg/ml respectively for dry tissue. Averages with fresh tissue were 1543.3 µg/ml and 820.4 µg/ml respectively. Conclusion. Based upon our results we suggest the use of Mc Couch et al. (1988) method with fresh leaftissue to obtain a high quality DNA suitable to be used with RAPDs molecular markers...

Aperfeiçoamento da extração do DNA de Passiflora ligularis para análise através de marcadores moleculares. Objetivo. Padronizar um protocolo de extração eficiente e preciso do DNA para Passiflora ligularis. Materiais e métodos. Avaliaram-se dois métodos deextração do DNA em dois tipos de tecido de Passiflora ligularis em termos de pureza, qualidade e quantidade do DNA obtido, assim como, sua aplicabilidade em técnicas moleculares baseadas em PCR como os RAPD. A quantificação do DNA realizou-se mediante espectrofotometria de absorbância numa longitude de onda de 260nm (A260) usando o espectrofotômetro Beckman DU® 530, em formasimilar, obteve-se uma estimação da pureza do DNA por meio da relação de absorbância (A260/A280nm). As variáveis analisadas neste estudo foram: o método de extração (A) e o tipo de tecido (B), com a finalidade de definir a influência que estas tiveram na pureza e quantidade do DNA extraído. Para o estudo destas variáveis empregou-se um desenho aleatório com arranjo fatorial 2 X 2. Resultados. Aquantidade media do DNA obtido com o método de Mc Couch et al (1988) modificado e Doyle & Doyle (1991) modificado, foi 778,9 µg/ml y 660,1 µg/ml respectivamente para o tecido seco; para o tecido fresco as medias foram 1543,3 µg/ml e 820,4 µg/ml respectivamente.Conclusão. Considerando os resultados obtidos propõe-se que com o método de Mc Couch et al (1988) e utilizando tecido folhar fresco obteve-se um DNA de ótima qualidade para ser utilizado nos marcadores RAPD...