Quinolone resistance and ornithine decarboxylation activity in lactose-negative Escherichia coli

Quinolones and fluoroquinolones are widely used to treat uropathogenic Escherichia coli infections. Bacterial resistance to these antimicrobials primarily involves mutations in gyrA and parC genes. To date, no studies have examined the potential relationship between biochemical characteristics and quinolone resistance in uropathogenic E. coli strains. The present work analyzed the quinolone sensitivity and biochemical activities of fifty-eight lactose-negative uropathogenic E. coli strains. A high percentage of the isolates (48.3%) was found to be resistant to at least one of the tested quinolones, and DNA sequencing revealed quinolone resistant determining region gyrA and parC mutations in the multi-resistant isolates. Statistical analyses suggested that the lack of ornithine decarboxylase (ODC) activity is correlated with quinolone resistance. Despite the low number of isolates examined, this is the first study correlating these characteristics in lactose-negative E. coli isolates.

Ardra profiles of bacteria and archaea in mangrove sediments with different levels of contamination in the estuarine complex of Paranaguá, Brazil

The mangrove's sediments from the coastal areas under human activities may contain significant contaminations by hydrocarbons, even when there are no visual evidences of it. The microorganisms are essential to these ecosystems, especially in the control of their chemical environment. Sediment samples were collected in two regions under different environment conditions (pristine and contaminated) of the Paranaguá Estuarine Complex (Paranaguá Bay and Laranjeiras Bay), Brazil. Aliphatic hydrocarbons were determined by the GC-FID to assess the status of contamination of the studied areas. The total DNA was extracted from these samples. The 16S rRNA gene was amplified by the PCR reactions with the pair of primers 21F and 958R for the archaeal domain, and 27F and 1492R for the bacterial domain. Comparisons of communities were made by the ARDRA technique, using the HinfI restriction enzyme. The phosphate concentration showed significant differences between the two regions. The aliphatic hydrocarbons analysis showed the presence of unresolved complex mixture (UCM), an indicator of oil contamination, in the samples from the Paranaguá Bay, which was corroborated by the concentration of total aliphatic hydrocarbons. The ARDRA profile indicated that the structure of archaeal and bacterial communities of the sampled areas was very similar. Therefore, the anthropogenic influences in the Paranaguá Bay showed to be not sufficient to produce disturbances in the prokaryotic dominant groups.

Detecção de Escherichia coli Shiga Toxigênica (STEC) através da amplificação dos genes Stx / Detection of Shiga Toxigenic Escherichia coli (STEC) by amplification of Stx genes

As Escherichia coli Shiga Toxigênicas (STEC) são patógenos emergentes, causadores de diarréia e doenças graves como colite hemorrágica e síndrome hemolítico-urêmica. As STEC diferenciam-se das demais estirpes de E. Coli pela produção de um ou mais tipos de toxina denominadas toxina Shiga 1 e 2, codificadas pelos genes Stx1 e Stx2, respectivamente. O diagnóstico microbiológico das infecções causadas por STEC é dificultado pelo rápido decréscimo no número de organismos excretados nas fezes após o início dos sintomas e pela diversidade bioquímica e sorológica das estirpes de STEC. O objetivo deste trabalho é estabelecer um protocolo de PCR para a detecção de STEC que seja adequado para a rotina dos laboratórios clínicos. As culturas de estirpes de STEC e outros organismos usados como controles e das amostras de fezes diarréicas foram realizadas em ágar MacConkey e incubadas a 36ºC por 18-24 horas. A extração de DNA foi realizada pelo métoda da fervura. Na PCR foi utilizado um único par de iniciadores, ATACAGAGGGA/GGA/GATTTCGT e CC/ATGATGATGG/ACAATTCAG, capaz de detectar os genes Stx, Stx2 e seus variantes numa mesma reação através da ampliação de um fragmento de DNA de aproximadamente 220 pares de base (pb). A PCR foi realizada em volume de 50ml, contendo 10 ml de DNA, tampão Taq 1X; MgCl2, 1,5mM, dNTP 200mM, iniciadores 1mM cada, Taq DNA polimerase 2U. Empregou-se 1 ciclo de 94ºC por 5 minutos e 35 ciclos de 94ºC por 1 minuto, 47ºC por 30 segundos e 72ºC por 30 segundos, seguidos de 1 ciclo de 72ºC por 10 minutos. Os produtos de amplificação foram detectados através de eletroforese em gel de agarose a 2%. DNA extraído das estirpes de STEC O157:H7 (Stx1, Stx2) e O111 (Stx1) permitiu a amplificação de um fragmento de cerca de 220pb, mas nenhum produto de amplificação foi produzido quando o DNA de E. coli ATCC 25922 e de outros organismos controle não produtores de Stx foi utilizado. Foram analisadas 123 cultura de fezes e 3 apresentaram amplificação do fragmento de DNA de cerca de 220 pb, sugerindo a presença de Stx. O protocolo descrito neste trabalho mostrou-se sensível, específico e adequado ao laboratório clínico.