ABSTRACT
In this paper a 3D morphological composition of transformations for brain extraction on brain Magnetic Resonance Images T1 (MRI T1) is presented. The proposal makes use of two morphological connected transformations, the lower leveling and a family of the viscous alternating sequential filters (VASFs). The properties of these operators -which consist in the control of the reconstruction process of a marker into the original image-, are exploited to segment the brain in 20 volumes of MRI T1. The segmented brains are compared with respect to: i) the segmentations obtained from BET which is popular among the scientific community for segmenting the brain; and ii) manual segmentations. The computed indices indicate that the proposed transformation produces good results during its performance. The consumed time for the algorithm during the execution is acceptable and it can be implemented in Matlab.
En este artículo se presenta una composición de transformaciones morfológicas para la extracción del cerebro en imágenes de resonancia magnética T1 (MRI T1) en 3D. La propuesta hace uso de dos transformaciones morfológicas conexas, la nivelación inferior y una familia de filtros viscosos alternados secuenciales (VASFs). Las propiedades de estos operadores- las cuales consisten en el control del proceso de reconstrucción de un marcador dentro de la imagen original-, se explotan para segmentar el cerebro de 20 volúmenes de MRI T1. Los cerebros segmentados se comparan respecto a: i) segmentaciones obtenidas a partir del algoritmo BET, el cual es popular en la comunidad científica para la segmentación del cerebro; y ii) segmentaciones manuales. Los índices calculados indican que la transformación propuesta produce buenos resultados en su desempeño. El tiempo empleado por el operador durante su ejecución es aceptable además de que la propuesta puede ser implementada en Matlab.
ABSTRACT
En este trabajo se presenta un método para medir la variación del calcio intracelular en células foliculares. Esta propuesta consiste en dos etapas: (i) La detección de los núcleos de las células; y (ii) el análisis de las variaciones de fluorescencia. La primera etapa se realiza a través de la transformada modificada de líneas divisoras de agua controlada por marcadores (en inglés: Modified-Watershed Transformation) controlando el proceso de etiquetado de células por el establecimiento de criterios particulares. El proceso de detección homogeniza las condiciones de luminosidad a través de un filtro morfológico y utiliza como descriptores a los bordes de las células. En la segunda etapa, se asocia la variación de la fluorescencia con los cambios de Ca2+ intracelular donde la variación se modela como una función exponencial decreciente. Luego, se presenta un nuevo proceso morfológico, denominado proceso de reconstrucción medio, que permite suavizar los datos para el proceso de modelado. Este proceso utiliza la información del sub modelado y sobre modelado de la señal, mediante las propiedades de los operadores de reconstrucción, conservando la estructura interna de la señal original. Finalmente, en un proceso experimental utilizando células de anfibios, se muestran los resultados obtenidos después de aplicar la propuesta a un grupo de células.
This paper presents a method for the measurement of the variation of intracellular calcium in follicular cells. This proposal consists in two stages: (i) The detection of the cell's nuclei, and (ii) the analysis of the fluorescence variations. The first stage is performed with the modified-watershed transformation, where the marker process is controlled by establishing own criterion. The detection process homogenizes the luminance conditions through a morphological filter and uses as descriptors the edges of the cells. In the second stage, the variations of fluorescence are associated with changes in intracellular Ca2+, which are modeled as an exponential decay function. Then, we present a new morphological process called medium reconstruction process, that smoothes the data in the process of model creation. This process uses the information of under and over model of the signal, through the properties of reconstruction operators, keeping the internal structure of the original signal. Finally, using amphibian cells in an experimental process, the results obtained are showed after applying the proposal to a group of cells.