COVID-19 mortality in two waves of the pandemic in Cali, Colombia, before and during vaccination roll-out / Mortalidad por COVID-19 en dos olas de la pandemia en Cali, Colombia, antes y durante el despliegue de las vacunas / Mortalidade por COVID-19 em duas ondas da pandemia em Cali, Colômbia, antes e durante a disponibilização das vacinas

ABSTRACT Objective. To describe the variation in COVID-19 mortality among residents of Cali, Colombia, in the second wave of the pandemic, before vaccines, and in the fourth wave, with vaccination roll-out in process, taking into account variables of sex, age group, comorbidities, and interval between onset of symptoms and death, and to estimate the number of deaths averted by vaccination. Methods. A cross-sectional study of second wave and fourth wave deaths and vaccination coverage. The frequencies of attributes of deceased population in the two waves were compared, including comorbidities. Machado's method was used to calculate an estimate of the number of deaths averted in the fourth wave. Results. There were 1 133 deaths in the second wave and 754 deaths in the fourth wave. It was calculated that approximately 3 763 deaths were averted in the fourth wave in Cali in the context of vaccination roll-out. Conclusions. The decline in COVID-19-associated mortality observed supports the continuation of the vaccination program. Given the lack of data to explain other possible reasons for this decline, such as on the severity of novel viral variants, the limitations of the study are discussed.

RESUMEN Objetivo. Describir la variación en la mortalidad por COVID-19 en los residentes de Cali, Colombia, en la segunda ola de la pandemia (antes de las vacunas) y en la cuarta ola (durante el despliegue de las vacunas). Se tomaron en cuenta las variables referidas al sexo, grupo de edad, comorbilidades e intervalo entre el inicio de los síntomas y la muerte y se estimó el número de muertes evitadas por la vacunación. Métodos. Estudio transversal sobre las muertes en la segunda y cuarta olas de la pandemia de COVID-19 y la cobertura de vacunación. Se compararon las frecuencias de los atributos correspondientes a la población fallecida durante las dos olas, incluidas las comorbilidades. Se utilizó el método de Machado para estimar el número de muertes evitadas en la cuarta ola. Resultados. Se registraron 1 133 muertes en la segunda ola y 754 en la cuarta. Se calculó que, en el contexto del despliegue de las vacunas, en la cuarta ola se evitaron aproximadamente 3 763 muertes en Cali. Conclusiones. La disminución observada en la mortalidad asociada a la COVID-19 respalda la continuación del programa de vacunación. Dada la falta de datos para explicar otras posibles causas de esta disminución, como puede ser la gravedad causada por las nuevas variantes virales, se analizan las limitaciones del estudio.

RESUMO Objetivo. Descrever a variação da mortalidade por COVID-19 entre residentes de Cali, Colômbia, na segunda onda da pandemia (antes das vacinas) e na quarta onda (com a implantação da vacinação já em andamento), considerando as variáveis sexo, faixa etária, comorbidades e intervalo entre início dos sintomas e óbito, bem como estimar o número de óbitos evitados pela vacinação. Métodos. Estudo transversal de mortes e cobertura vacinal na segunda e quarta ondas da pandemia. Foram comparadas as frequências dos atributos da população que foi a óbito durante as duas ondas, incluindo comorbidades. Foi utilizado o método de Machado para estimar o número de mortes evitadas na quarta onda. Resultados. Houve 1.133 mortes na segunda onda e 754 mortes na quarta onda. Calcula-se que cerca de 3.763 mortes foram evitadas na quarta onda em Cali, no contexto da disponibilização das vacinas. Conclusões. A queda observada na mortalidade associada à COVID-19 apoia a continuidade do programa de vacinação. Considerando a falta de dados para explicar outros possíveis motivos para esta queda, como a gravidade das novas variantes do vírus, discutem-se as limitações do estudo.

Predicciones de un modelo SEIR para casos de COVID-19 en Cali, Colombia / Predictions of a SEIR model for COVID-19 cases in Cali-Colombia

RESUMEN Objetivo Predecir el número de casos de COVID-19 en la ciudad de Cali-Colombia mediante el desarrollo de un modelo SEIR. Métodos Se utilizó un modelo determinista compartimental SEIR considerando los estados: susceptibles (S), expuestos (E), infectados (I) y recuperados (R). Los parámetros del modelo fueron seleccionados de acuerdo a la revisión de literatura. En el caso de la tasa de letalidad, se usaron los datos de la Secretaría de Salud Municipal de Cali. Se plantearon varios escenarios teniendo en cuenta variaciones en el número básico de reproducción (R0) y en la tasa de letalidad; además, se comparó la predicción hasta el 9 de abril con los datos observados. Resultados A través del modelo SEIR se encontró que, con el número básico de reproducción más alto (2,6) y utilizando la letalidad calculada para la ciudad de 2,0%, el número máximo de casos se alcanzaría el primero de junio con 195 666 (prevalencia); sin embargo, al comparar los casos observados con los esperados, al inicio la ocurrencia observada estaba por encima de la proyectada; pero luego cambia la tendencia con una disminución marcada de la pendiente. Conclusiones Los modelos epidemiológicos SEIR son métodos muy utilizados para la proyección de casos en enfermedades infecciosas; sin embargo, se debe tener en cuenta que son modelos deterministas que pueden utilizar parámetros supuestos y podrían generar resultados imprecisos.(AU)

ABSTRACT Objective To predict the number of cases of COVID-19 in the city of Cali-Colombia through the development of a SEIR model. Methods A SEIR compartmental deterministic model was used considering the states: susceptible (S), exposed (E), infected (I) and recovered (R). The model parameters were selected according to the literature review, in the case of the case fatality rate data from the Municipal Secretary of Health were used. Several scenarios were considered taking into account variations in the basic number of reproduction (R0), and the prediction until april 9 was compared with the observed data. Results Through the SEIR model it was found that with the highest basic number of reproduction [2,6] and using the case fatality rate for the city of 2,0%, the maximum number of cases would be reached on June 1 with 195 666 (prevalence). However, when comparing the observed with the expected cases, at the beginning the observed occurrence was above the projected, but then the trend changes decreasing the slope. Conclusions SEIR epidemiological models are widely used methods for projecting cases in infectious diseases, however it must be taken into account that they are deterministic models that can use assumed parameters and could generate imprecise results.(AU)

Análisis espacio-temporal del SARS-COV-2 en Cali, Colombia / SARS-coV-2 spatio - temporal analysis in Cali, Colombia

RESUMEN Objetivo Describir la distribución espacio-temporal del COVID-19 en la ciudad de Cali durante el primer mes de epidemia. Métodos Se realizó un análisis exploratorio de datos espaciales, compuesto por un análisis de densidad de Kernel y se verificó la presencia de patrones espaciales por medio de la función K de Ripley. Resultados La distribución espacial de los casos tiende a concentrarse inicialmente en el norte y sur de la ciudad, con una dinámica cambiante hacia el oriente y occidente. Conclusiones El patrón espacial identificado puede estar influenciado por las medidas de aislamiento tomadas a nivel local y nivel nacional, además no se puede descartar el efecto del poco acceso que tiene la población general a las pruebas diagnósticas, los retrasos y represamientos para conocer los resultados de las mismas y aun los posibles sesgos por dificultades en la técnica de toma de la muestra o su conservación.(AU)

ABSTRACT Objective To describe the spatio-temporal distribution of the COVID-19 in the city of Cali during the first month of the epidemic. Methods An exploratory analysis of spatial data was carried out, consisting of a kernel density analysis and the presence of spatial patterns was verified by the K-Ripley function. Results The spatial distribution of the cases tends to initially concentrate in the north and south of the city, with a changing dynamic towards the east and west. Conclusions The identified spatial pattern may be influenced by the isolation measures taken at the local and national level, but the effect of the low access of the general population to diagnostic tests, delays and restraints to know the results cannot be ruled out and even possible biases due to difficulties in the technique of taking the sample or its conservation.(AU)

Objetivo: Descrever a distribuição espaço-temporal do COVID-19 na cidade de Cali durante o primeiro mês da epidemia. Métodos: Foi realizada uma análise exploratória de dados espaciais, consistindo em uma análise de densidade de kernel e a presença de padrões espaciais foi verificada pela função K-Ripley. Resultados: A distribuição espacial dos casos tende a se concentrar inicialmente no norte e no sul da cidade, com uma dinâmica mutante para o leste e oeste. Conclusões: O padrão espacial identificado pode ser influenciado pelas medidas de isolamento tomadas a nível local e nacional, mas não se pode descartar o efeito do baixo acesso da população em geral aos exames diagnósticos, atrasos e limitações para conhecer os resultados e mesmo possíveis vieses devido às dificuldades na técnica de coleta da amostra ou na sua conservação.(AU)

Sindrome autoinmune en la paraparesia tropical espastica/ mielopatia asociada a la infeccion por el virus linfotropico / Autoimmune syndrome in the tropical spastic paraparesis/myelopathy associated with human T-lymphotropic virus infections

Introduccion. Trabajos previos han aportado evidencias de que en la paraparesia espastica tropical/mielopatia asociada con el virus linfotropico humano tipo I, existe un componente autoinmune asociado a su patogenesis. Objetivo. Evaluar el estado autoinmune y la existencia de mimetismo molecular en pacientes con paraparesia espastica tropical del pacifico colombiano. Materiales y metodos. A partir de muestras de plasma de 37 pacientes con paraparesia espastica tropical/mielopatia asociada al HTLV-I, 10 con leucemia de celulas T del adulto, 22 individuos portadores asintomáticos y 20 seronegativos para el HTLV-I, se determinaron niveles plasmaticos de anticuerpos antinucleares y anticardiolipina-2 y de interferon e interleucina- 4. Se evaluo, por Western blot, la reactividad cruzada de plasmas contra proteinas obtenidas de varias fuentes celulares normales del sistema nervioso. Ademas, se estudio la reactividad cruzada de plasmas de seropositivos y del anticuerpo monoclonal LT4 anti-taxp40 en secciones de medula espinal de ratas Wistar no infectadas. Resultados. El 70,2 por ciento y el 83,8 por ciento de los pacientes con paraparesia espastica tropical fueron reactivos para anticuerpos ANA y ACL-2, respectivamente, en contraste con los de leucemia de celulas T del adulto y los seropositivos asintom¨¢ticos (P<0,001). Ademas, el 70,3 por ciento y el 43,2 por ciento de los pacientes con paraparesia espastica tropical tuvieron niveles detectables de IFN-¦Ã e IL-4, respectivamente. El anticuerpo LT4 anti tax-p40 y los plasmas de paraparesia espastica tropical/mielopatia asociada al HTLV-I mostraron una reaccion cruzada con una proteina de PMr 33-35 kDa, obtenida del nucleo de neuronas de la medula espinal de ratas Wistar no infectadas. Conclusion. Se obtuvieron evidencias que apoyan la existencia de un sindrome autoinmune mediado por mimetismo molecular como parte de la etiopatogenesis de la degeneracion axonal observada en la paraparesia espastica tropical en pacientes colombianos de la costa pacifica.