Structural analysis of human respiratory syncytial virus P protein: identification of intrinsically disordered domains

Human Respiratory Syncytial Virus P protein plus the viral RNA, N and L viral proteins, constitute the viral replication complex. In this report we describe that HRSV P protein has putative intrinsically disordered domains predicted by in silico methods. These two domains, located at the amino and caboxi terminus, were identified by mass spectrometry analysis of peptides obtained from degradation fragments observed in purified P protein expressed in bacteria. The degradation is not occurring at the central oligomerization domain, since we also demonstrate that the purified fragments are able to oligomerize, similarly to the protein expressed in cells infected by HRSV. Disordered domains can play a role in protein interaction, and the present data contribute to the comprehension of HRSV P protein interactions in the viral replication complex.

Polymerase chain reaction detection of adenovirus DNA sequences in human lymphocytes

Seqüências de DNA de adenovirus são freqüentemente encontradas em linfócitos humanos, tendo sido utilizadas para tal as técnicas de PCR e "Southern blot". Isto é possível apesar dessas células não serem permissivas à replicação de adenovírus, sugerindo persistência do genoma viral. Para investigar esse fenômeno, procuramos detectar em voluntários não sintomáticos DNA adenoviral e expressão do gene E1A. Amostras de DNA obtidas de glóbulos brancos periféricos de 51 voluntários, foram submetidas à PCR utilizando oligonucleotídeos para uma seqüência conservada do gene hexon, seguindo-se uma "nested PCR". Seqüências de adenovirus foram encontradas em 27 amostras (52,9 per center). Depois de mais de um ano, novas amostras desses voluntários positivos foram analisadas e em 70,8 per center dos casos o resultado foi mantido. Como isto poderia ser devido à persistência, decidimos verificar se o gene precoce E1A estava relacionado analisando sua expressão através de RT-PCR. Os resultados foram negativos para todas as amostras. O par de oligonucleotídeos desenvolvido para essa finalidade, que tem como alvo uma região conservada em E1A, permitiu detectar seqüências de adenovírus diretamente por PCR. A concordância encontrada entre essa análise e a pesquisa para o gene hexon foi de 84 per center. Nossos dados sugerem alta ocorrência e persistência de genoma adenoviral em linfócitos humanos, e indicam que uma região distinta de E1A é responsável pela persistência. Podemos também afirmar que a PCR para o gene E1A é uma boa opção quando se quer detectar adenovírus, evitando-se o alto risco de contaminação da "nested PCR" necessária para identificar a presença do gene hexon.