Multiplex sequencing of SARS-Cov-2 genome directly from clinical samples using the Ion Personal Genome Machine (PGM)

@#Various methods have been developed for rapid and high throughput full genome sequencing of SARS-CoV-2. Here, we described a protocol for targeted multiplex full genome sequencing of SARS-CoV-2 genomic RNA directly extracted from human nasopharyngeal swabs using the Ion Personal Genome Machine (PGM). This protocol involves concomitant amplification of 237 gene fragments encompassing the SARS-CoV-2 genome to increase the abundance and yield of viral specific sequencing reads. Five complete and one near-complete genome sequences of SARS-CoV-2 were generated with a single Ion PGM sequencing run. The sequence coverage analysis revealed two amplicons (positions 13 751-13 965 and 23 941-24 106), which consistently gave low sequencing read coverage in all isolates except 4Apr20-64Hu. We analyzed the potential primer binding sites within these low covered regions and noted that the 4Apr20-64-Hu possess C at positions 13 730 and 23 929, whereas the other isolates possess T at these positions. The genome nucleotide variations observed suggest that the naturally occurring variations present in the actively circulating SARS-CoV-2 strains affected the performance of the target enrichment panel of the Ion AmpliSeq™ SARS CoV 2 Research Panel. The possible impact of other genome nucleotide variations warrants further investigation, and an improved version of the Ion AmpliSeq™ SARS CoV 2 Research Panel, hence, should be considered.

COVID-19 in Singapore and Malaysia: Rising to the Challenges of Orthopaedic Practice in an Evolving Pandemic

@#With the increasing number of COVID-19 cases and related deaths worldwide, we decided to share the development of this condition in Singapore and Malaysia. First few cases were diagnosed in the two countries at the end of January 2020, and the numbers have surged to thousands by end of March 2020. We will focus on strategies adopted by the government and also the Orthopaedic community of the two countries up till the beginning of April 2020. We hope that by sharing of relevant information and knowledge on how we are managing the COVID-19 condition, we can help other communities, and health care workers to more effectively overcome this pandemic.

Obstrucción de la unión pieloureteral en niños y adolescentes: estudio y tratamiento / Obstruction of the pyelouretheral junction in children and adolescents: study and treatment

Se presenta un estudio retrospectivo de 84 pacienes que en el período comprendido entre enero del 86 y agosto del 95 fueron sometidos a una ureteropieloplastía. La Orografía intravenosa realizada a los 6 meses de la intervención mostró ausencia de dilatación en 20 riñones 56 con ectasia residual (95 por ciento de exito). Anulación en un caso y persistencia de la obtrucción en 3 casos. 9 pacientes no acudieron al control. Se presentaron complicaciones en 8 pacientes (8,9 por ciento). Dado el carácter histórico de nuestra serie tenemos una baja incidencia de diagnóstico prenatal de obtrucción de la UPU. 21 por ciento, que en las series actuales se acerca al 70 por ciento gracias al uso sístemático de la ecografía durante el embarazo. El diagnóstico prenatal nos pemitiría llevar a cabo la reparación de la obtrucción de la UPU lo más precozmente posible. Ya que parece existir un menor índice de complicaciones.con un mayor índice de éxitos en los grupos de menor edad

Evaluación de las subpoblaciones linfocitarias CD4+ y CD8+ en adultos infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) / valuation of CD4+ and CD8+ lymphocyte subpopulation in adults infected with the human immunodeficiency virus

Se presentan los resultados de la evaluación de las subpoblaciones linfocitarias CD4+ y CD8+ en 127 adultos cubanos, infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) y acogidos a tratamiento sanatorial. En comparación con el grupo control, se encontró una disminución significativa de las células CD4 en los infectados con VIH (32,2+13.3 vs. 48,2 + 10,4 %: p<0,01), un incremento significativo en las células CD8+ (39,3 + 12,4 % vs. 26,5 + 10.2 %, p<0,01) y una disminución de la relación CD4/CD8 (0,9 + 0.6 vs. 2,0 + 0,7: p<0,01). Cuando los seropositivos al VIH se agruparon según su clasificación clínica después del ingreso en el sanatorio, tanto en los asintomáticos como en los casos con linfoadenopatía persistente generalizada y en los que presentaron otras complicaciones incluyendo el SIDA, se detectaron individuos con disminución de la relación CD4/CD8 desde su ingreso. Sin embargo, en los asintomáticos esta alteración se presentó sólo en el 28 % de los casos, mientras que en los pacientes sintomáticos el 37 % tenía esta alteración. El nivel de linfocitos T CD4+ no permitió diferenciar a los individuos clinicamente más afectados del resto de los infectados con VIH

Avaliaçäo nutricional no paciente oncológico / Nutritional evaluation in oncologia patients

Os autores avaliam nutricionalmente 87 doentes do Serviço de Cirurgia Gastrenterológica do Hospital do Ipiranga do INAMPS, Säo Paulo. Desses, 32 säo portadores de neoplasias e 55 de afecçöes simples sem suspeita clínica de má-nutriçäo. Os parâmetros medidos foram peso, altura, albumina e transferrina sérica, PCT e resposta ao PPD intradérmico. Discute-se a praticidade de cada método e sua capacidade de reconhecer a má nutriçäo. Na comparaçäo entre os grupos, o peso, a albumina e a PCT distinguem-se como método de avaliaçäo nutricional na abordagem inicial do paciente oncológico

Regresión espontánea del hemangioendotelioma múltiple juvenil del hígado / Spontaneous regression of hepatic hemangioendothelioma in adolescent

Se presentan tres casos de Hemangioendotelioma Múltiple Juvenil de la Unidad de Investigación en Nutrición y Gastroenterología Infantil del Hospital Miguel Pérez Carreño durante el período 1979-1985. Este tumor vascular benigno pero poco frecuente puede presentar problemas considerables tanto en el diagnóstico como en el tratamiento. El diagnóstico se basó en la tríada clínica de hepatomegalia, anemia e insuficiencia cardíaca con pruebas de funcionalismo hepático conservado y se confirmó con gammagrafía en los tres casos y ultrasonido y biopsia hepática en uno de ellos. El tratamiento médico fue efectivo en el control de los síntomas observándose en los tres casos una regresión espontánea del tumor