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1.
Braz. j. biol ; 84: e252910, 2024. tab, graf
Article in English | LILACS-Express | MEDLINE, LILACSEXPRESS, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1360209

ABSTRACT

Abstract Bemisia tabaci is a species complex that causes damage to its broad range of plant hosts through serious feeding. It transmits plant viruses of different groups to important agricultural crops. Some important cash crops of Pakistan are sugar cane, rice, tobacco and seed oil. It shows high genetic variability and is differentiated as races or biotypes. Biotypes are, biotype Q, biotype B, biotype B2, biotype M, biotype L, biotype A, biotype H, biotype C, biotype K, biotype N, biotype R, biotype E, biotype P, biotype J, biotype S, biotype AN. Although the current report based on the Bayesian study of mitochondrial cytohrome oxidase gene1 (CO1) DNA sequences has classified the different populations of whiteflies into twelve genetic groups which are Mediterranean, Sub-Saharan Africa silverleafing, Indian Ocean, Asia II, Asia I, Australia, New World, Italy, China, Sub-Saharan Africa non-silverleafing, Mediterranean/Asia Minor/Africa and Uganda sweet potato. Begomoviruses is largest group of viruses transmitted by B. tabaci and cause major diseases of crops such as tomato and chili leaf curl disease, cassava mosaic disease; yellow mosaic disease of legumes and cotton leaf curl disease. The main objective of current study is to inculpate knowledge regarding genetic diversity of whitefly in cotton fields across Pakistan via analysis of partial DNA sequence of mitochondrial gene Cytochrom Oxidase I (mtCO1).


Resumo Bemisia tabaci é um complexo de espécies que causa danos a uma ampla gama de hospedeiros vegetais por meio de alimentação séria. Ele transmite vírus de plantas de diferentes grupos para importantes safras agrícolas. Algumas safras comerciais importantes do Paquistão são cana-de-açúcar, arroz, tabaco e óleo de semente. Apresenta alta variabilidade genética e é diferenciado em raças ou biótipos. Os biótipos são: biótipo Q, biótipo B, biótipo B2, biótipo M, biótipo L, biótipo A, biótipo H, biótipo C, biótipo K, biótipo N, biótipo R, biótipo E, biótipo P, biótipo J, biótipo S, biótipo AN . Embora o relatório atual baseado no estudo bayesiano das sequências de DNA do gene 1 da oxidase do citocromo mitocondrial (CO1) tenha classificado as diferentes populações de moscas-brancas em doze grupos genéticos, que são Mediterrâneo, África Subsaariana com folha de prata, Oceano Índico, Ásia II, Ásia I, Austrália, Novo Mundo, Itália, China, África Subsaariana sem folha prateada, Batata-doce Mediterrâneo / Ásia Menor / África e Uganda. Os begomovírus são o maior grupo de vírus transmitidos por B. tabaci e causam as principais doenças de culturas, como a doença do cacho do tomate e da pimenta-malagueta, doença do mosaico da mandioca, doença do mosaico amarelo de leguminosas e doença do enrolamento da folha do algodão. O principal objetivo do presente estudo é inculpar conhecimento sobre a diversidade genética da mosca-branca em campos de algodão em todo o Paquistão por meio da análise da sequência parcial de DNA do gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (mtCO1).

2.
Braz. j. biol ; 84: e256923, 2024. tab, graf
Article in English | LILACS-Express | MEDLINE, LILACSEXPRESS, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1360219

ABSTRACT

Abstract Naturally occurring mutations in morphogenetic protein 15 (BMP15) are associated with decreased ovulation rate (OR), litter size (LS), and sterility. It is of a great interest to elucidate BMP15 gene in Cholistani sheep breed to uplift socio-economic status and the knowledge of Cholistani sheep breeding in Southern Punjab, Pakistan. In our study, a total of 50 infertile Cholistani sheep aged between 2-6 years and having no blood relation were screened for BMP15 mutations. For this purpose, a high-quality DNA was extracted from the blood of sheep followed by primer designing, Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification, DNA sequencing, and in silico analyses. Out of total 50 samples, 9 samples including case 1 (T3), case 2 (T8), case 3 (T17), case 4 (T22), case 5 (T25), case 6 (T33), case 7 (T40), case 8 (T44), and case 9 (T47) were found positive for a variety of already reported and novel BMP15 mutations. Further in silico analyses of the observed mutations have shown the functional impact of these mutations on different characteristics (molecular weight, theoretical PI, estimated half-life, instability index, sub-cellular localization, and 3D confirmation) of the encoded proteins, possibly altering the normal functionality. In a nutshell, findings of this study have confirmed the possible essential role of the BMP15 mutations in the infertility of the Cholistani sheep.


Resumo Mutações de ocorrência natural na proteína morfogenética 15 (BMP15) estão associadas à diminuição da taxa de ovulação (TO), tamanho da ninhada (TN) e esterilidade. Estudar a BMP15 na raça Cholistani para elevar o status socioeconômico e o conhecimento da criação de ovinos Cholistani no sul de Punjab, Paquistão. Em nosso estudo, 50 ovelhas Cholistani inférteis sem parentesco sanguíneo foram rastreadas para mutações BMP15. Para tanto, um DNA de alta qualidade foi extraído do sangue dessas ovelhas, seguido de concepção do primer, amplificação da reação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento de DNA e análises in silico. Do total de 50 amostras, 9, incluindo caso 1 (T3), caso 2 (T8), caso 3 (T17), caso 4 (T22), caso 5 (T25), caso 6 (T33), caso 7 (T40), caso 8 (T44) e caso 9 (T47), foram consideradas positivas para uma variedade de mutações BMP15 novas e já relatadas. Mais análises in silico das mutações observadas mostraram o impacto funcional dessas mutações em diferentes características (peso molecular, PI teórico, meia-vida estimada, índice de instabilidade, localização subcelular e confirmação 3D) das proteínas codificadas, possivelmente alterando a funcionalidade normal. Nossos achados confirmaram o possível papel essencial das mutações BMP15 na infertilidade de ovelhas Cholistani.

3.
Braz. j. biol ; 84: e255664, 2024. graf
Article in English | LILACS-Express | MEDLINE, LILACSEXPRESS, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1360227

ABSTRACT

Abstract Magnolia biondii Pamp is an important ornamental tree species widely grown and used as a rootstock in the propagation of different Magnolia varieties. In the current studies, anatomical, physiological and endogenous hormones were studied to check the effect of IBA 750 mg/L on the adventitious rooting and to provide theoretical and technical support for the propagation of Magnolia biondii Pamp through stem cuttings. Two thousand stem cuttings were prepared and divided into two groups i.e., IBA treated cuttings and water control. For the evaluation of antioxidant enzyme activities, and endogenous hormones levels, samples were collected on the day of planting and each 5th day and further steps were carried out in the laboratory according to the protocols and proper precautions. For the anatomical observations, samples were collected on the 13th, 15th, and 17th day for IBA treated cuttings while 21st, 23rd, and 25th day for control. Collected samples were preserved in the FAA solution and further observations were carried out in the laboratory. Anatomical observations showed that it took 13 days for the differentiation of root primordia to the appearance of young adventitious roots in IBA treated cuttings, while it took 21 days to develop primordia in the control. Antioxidant enzyme activities involved in ROS were significantly higher in the IBA treated cuttings compared to control. POD showed a peak on the 13th day before the emergence of roots in IBA treated cuttings while it showed a peak on the 21st day in the control. PPO showed a peak on the 21st day in the IBA treated cuttings while it showed a peak on the 29th day in the control. SOD showed a peak on the 17th day in IBA treated cuttings, while it showed a peak on the 25th day in the control. Exogenous application of IBA enhanced the endogenous IAA and GA3 levels compared to CK, while it reduced the levels of ABA continuously at the time of rooting and then increased gradually. Inclusively, our study suggests that IBA 750 mg/L is efficient for the rooting of Magnolia biondii Pamp cuttings, as it enhanced the process of antioxidant enzyme activities, endogenous hormones levels and reduced the time of root formation which is evident from the anatomical observations.


Resumo Magnolia biondii Pamp é uma importante espécie de árvore ornamental muito cultivada e utilizada como porta-enxerto na propagação de diferentes variedades de Magnolia. Nos estudos atuais, hormônios anatômicos, fisiológicos e endógenos foram estudados para verificar o efeito do AIB na dose de 750 mg / L no enraizamento adventício e fornecer suporte teórico e técnico para a propagação de M. biondii Pamp por meio de estacas. Duas mil estacas foram preparadas e divididas em dois grupos, ou seja, tratadas com AIB e controle de água. Para a avaliação das atividades das enzimas antioxidantes e dos níveis de hormônios endógenos, as amostras foram coletadas no dia do plantio e a cada 5 dias, enquanto as demais etapas foram realizadas em laboratório de acordo com os protocolos e os devidos cuidados. Para as observações anatômicas, as amostras foram coletadas no 13º, 15º e 17º dias para estacas tratadas com AIB e no 21º, 23º e 25º dias para o controle. As amostras coletadas foram preservadas em solução FAA, e outras observações foram realizadas em laboratório. Observações anatômicas mostraram a necessidade de 13 dias para a diferenciação dos primórdios radiculares até o aparecimento de raízes adventícias jovens em estacas tratadas com AIB e de 21 dias para o desenvolvimento dos primórdios no controle. As atividades das enzimas antioxidantes envolvidas nas ROS foram significativamente maiores nas estacas tratadas com AIB em comparação com o controle. A POD apresentou pico no 13º dia antes da emergência das raízes nas estacas tratadas com AIB, enquanto no 21º dia apresentou pico no controle. A PPO teve pico no 21º dia nas estacas tratadas com AIB e no 29º dia no controle. A SOD apresentou pico no 17º dia nas estacas tratadas com AIB e no 25º dia no controle. A aplicação exógena de AIB aumentou os níveis endógenos de IAA e GA3 em relação ao controle, enquanto reduziu os níveis de ABA continuamente no momento do enraizamento e, em seguida, aumentou gradativamente. Inclusive, nosso estudo sugere que o AIB na dose de 750 mg / L é eficiente para o enraizamento de estacas de M. biondii Pamp, visto que potencializou o processo de atividades de enzimas antioxidantes e os níveis de hormônios endógenos, além de reduzir o tempo de formação de raízes, o que fica evidente nas observações anatômicas.

4.
Braz. j. biol ; 84: e255916, 2024. tab, graf
Article in English | LILACS-Express | MEDLINE, LILACSEXPRESS, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1364509

ABSTRACT

Abstract This study aims at reporting the indigenous knowledge of the medicinal flora from the inhabitants of surroundings of the World's largest artificial planted forest "Changa Manga", Pakistan. Data were collected by direct interviews and group meetings from 81 inhabitants including 32 local healers having information regarding the use of indigenous medicinal plants over a period of one year. Different statistical tools were applied to analyze the data including Frequency citation (FC), Relative frequency citation (RFC), Use Value, Factor of informants consensus and fidelity level. This study reported 73 plant species belonging to 37 plant families and 46 genera. The majority of plant species belong to compositae family. The most commonly used medicinal plants were P. hysterophorus L., P. dactylifera L., S. indicum L, P. harmala L., P. emblica L., and A. indica A.Juss. The greatest number of species was used to cure gastrointestinal disorders. The highest fidelity level (68.18%) was of E. helioscopia to cure gastrointestinal disorders. Maximum fresh uses (17) were reported by C. dactylon (L.) Pars. While the highest number of species reporting fresh uses in similar number was 13. In this study, five novel plants are being reported for the first time in Pakistan for their ethnomedicinal worth. Our data reflect unique usage of the medicinal plants in the study area. The statistical tools used in the study proved useful in pointing the most important and disease category specific plants. High use value plant and the new reported medicinal plants might prove an important source of the isolation of pharmacologically active compounds.


Resumo Este estudo tem como objetivo relatar o conhecimento indígena sobre a flora medicinal dos habitantes do entorno da maior floresta artificial plantada do mundo, a Changa Manga, no Paquistão. Os dados foram coletados por meio de entrevistas diretas e reuniões em grupo de 81 habitantes, incluindo 32 curandeiros locais, com informações sobre o uso de plantas medicinais indígenas durante o período de um ano. Diferentes ferramentas estatísticas foram aplicadas para analisar os dados, incluindo citação de frequência (FC), citação de frequência relativa (RFC), valor de uso, fator de consenso dos informantes e nível de fidelidade. Este estudo relatou 73 espécies de plantas pertencentes a 37 famílias de plantas e 46 gêneros. A maioria das espécies de plantas pertence à família Compositae. As plantas medicinais mais utilizadas foram P. hysterophorus L., P. dactylifera L., S. indicum L., P. harmala L., P. emblica L. e A. indica A. Juss. O maior número de espécies foi usado para curar distúrbios gastrointestinais. O maior nível de fidelidade (68,18%) foi de E. helioscopia para cura de distúrbios gastrointestinais. Os usos máximos em fresco (17) foram relatados por C. dactylon (L.) Pars. enquanto o maior número de espécies relatando usos frescos em número semelhante foi de 13. Neste estudo, cinco novas plantas estão sendo relatadas pela primeira vez no Paquistão por seu valor etnomedicinal. Nossos dados refletem o uso exclusivo das plantas medicinais na área de estudo. As ferramentas estatísticas utilizadas no estudo mostraram-se úteis para apontar as plantas mais importantes e específicas da categoria de doença. Plantas de alto valor de uso e as novas plantas medicinais relatadas podem ser uma importante fonte de isolamento de compostos farmacologicamente ativos.

5.
Braz. j. biol ; 84: e256354, 2024.
Article in English | LILACS-Express | MEDLINE, LILACSEXPRESS, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1364518

ABSTRACT

Abstract Termites are known as social insects worldwide. Presently in China 473 species, 44 genera and 4 families of termites have been reported. Of them, 111 Reticulitermes species are widely spread in different zones of China. The dispersion flight season of these Chinese Reticulitermes species are usually started from February to June, but in some regions different species are distributed, sharing their boundaries and having overlapping flight seasons. These reasons become important sources of hybridization between two different heterospecific populations of termites. It was confirmed that the fertilized eggs and unfertilized eggs of some Reticulitermes termites have the capacity of cleavage. While the unfertilized eggs of R. aculabialis, R. chinensis and R. labralis cleaved normally and the only R. aculabialis unfertilized eggs develop in embryos. While, the R. flaviceps and R. chinensis were observed with their abnormal embryonic development, and not hatching of eggs parthenogenetically. They were reported more threatening to Chinese resources as they propagate with parthenogenesis, hybridization and sexual reproduction. Eggshell and macrophiles of eggs play important roles in species identification and control. Although, they are severe pests and cause a wide range of damages to wooden structures and products in homes, buildings, building materials, trees, crops, and forests in China's Mainland.


Resumo Os cupins são conhecidos como insetos sociais em todo o mundo. Atualmente na China foram relatadas 473 espécies, 44 gêneros e 4 famílias de cupins. Destas, 111 espécies de Reticulitermes estão amplamente distribuídas em diferentes zonas da China. A temporada de voo de dispersão dessas espécies chinesas de Reticulitermes geralmente começa de fevereiro a junho, mas em algumas regiões diferentes espécies são distribuídas, compartilhando seus limites e tendo temporadas de voo sobrepostas. Essas razões tornam-se importantes fontes de hibridização entre duas populações heteroespecíficas de cupins. Foi confirmado que os ovos fertilizados e não fertilizados de alguns cupins Reticulitermes possuem capacidade de clivagem. Já os ovos não fertilizados de R. aculabialis, R. chinensis e R. labralis clivaram normalmente, e os únicos ovos não fertilizados de R. aculabialis se desenvolvem em embriões. R. flaviceps e R. chinensis foram observados com desenvolvimento embrionário anormal, e não eclosão de ovos por partenogênese. Eles foram relatados como mais ameaçadores para os recursos chineses à medida que se propagam com partenogênese, hibridização e reprodução sexual. Casca de ovo e macrófilos de ovos desempenham papéis importantes na identificação e controle de espécies, embora sejam pragas graves e causem uma ampla gama de danos a estruturas e produtos de madeira em residências, edifícios, materiais de construção, árvores, plantações e florestas na China continental.

6.
Braz. j. biol ; 84: e250575, 2024. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1350309

ABSTRACT

Abstract Cancer is a fatal malignancy and its increasing worldwide prevalence demands the discovery of more sensitive and reliable molecular biomarkers. To investigate the GINS1 expression level and its prognostic value in distinct human cancers using a series of multi-layered in silico approach may help to establish it as a potential shared diagnostic and prognostic biomarker of different cancer subtypes. The GINS1 mRNA, protein expression, and promoter methylation were analyzed using UALCAN and Human Protein Atlas (HPA), while mRNA expression was further validated via GENT2. The potential prognostic values of GINS1 were evaluated through KM plotter. Then, cBioPortal was utilized to examine the GINS1-related genetic mutations and copy number variations (CNVs), while pathway enrichment analysis was performed using DAVID. Moreover, a correlational analysis between GINS1 expression and CD8+ T immune cells and a the construction of gene-drug interaction network was performed using TIMER, CDT, and Cytoscape. The GINS1 was found down-regulated in a single subtypes of human cancer while commonly up-regulated in 23 different other subtypes. The up-regulation of GINS1 was significantly correlated with the poor overall survival (OS) of Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC), Lung Adenocarcinoma (LUAD), and Kidney renal clear cell carcinoma (KIRC). The GINS1 was also found up-regulated in LIHC, LUAD, and KIRC patients of different clinicopathological features. Pathways enrichment analysis revealed the involvement of GINS1 in two diverse pathways, while few interesting correlations were also documented between GINS1 expression and its promoter methylation level, CD8+ T immune cells level, and CNVs. Moreover, we also predicted few drugs that could be used in the treatment of LIHC, LUAD, and KIRC by regulating the GINS1 expression. The expression profiling of GINS1 in the current study has suggested it a novel shared diagnostic and prognostic biomarker of LIHC, LUAD, and KIRC.


Resumo O câncer é uma doença maligna fatal e sua crescente prevalência mundial exige a descoberta de biomarcadores moleculares mais sensíveis e confiáveis. Investigar o nível de expressão de GINS1 e seu valor prognóstico em cânceres humanos distintos, usando uma série de abordagens in silico em várias camadas, pode ajudar a estabelecê-lo como um potencial biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de diferentes subtipos de câncer. O mRNA de GINS1, a expressão da proteína e a metilação do promotor foram analisados ​​usando UALCAN e Human Protein Atlas (HPA), enquanto a expressão de mRNA foi posteriormente validada via GENT2. Os valores prognósticos potenciais de GINS1 foram avaliados por meio do plotter KM. Em seguida, o cBioPortal foi utilizado para examinar as mutações genéticas relacionadas ao GINS1 e as variações do número de cópias (CNVs), enquanto a análise de enriquecimento da via foi realizada usando DAVID. Além disso, uma análise correlacional entre a expressão de GINS1 e células imunes T CD8 + e a construção de uma rede de interação gene-droga foi realizada usando TIMER, CDT e Cytoscape. O GINS1 foi encontrado regulado negativamente em um único subtipo de câncer humano, enquanto comumente regulado positivamente em 23 outros subtipos diferentes. A regulação positiva de GINS1 foi significativamente correlacionada com a sobrevida global pobre (OS) de Carcinoma Hepatocelular de Fígado (LIHC), Adenocarcinoma de Pulmão (LUAD) e Carcinoma de Células Claras Renais de Rim (KIRC). O GINS1 também foi encontrado regulado positivamente em pacientes LIHC, LUAD e KIRC de diferentes características clínico-patológicas. A análise de enriquecimento de vias revelou o envolvimento de GINS1 em duas vias diversas, enquanto poucas correlações interessantes também foram documentadas entre a expressão de GINS1 e seu nível de metilação do promotor, nível de células imunes T CD8 + e CNVs. Além disso, também previmos poucos medicamentos que poderiam ser usados ​​no tratamento de LIHC, LUAD e KIRC, regulando a expressão de GINS1. O perfil de expressão de GINS1 no estudo atual sugeriu que é um novo biomarcador de diagnóstico e prognóstico compartilhado de LIHC, LUAD e KIRC.


Subject(s)
Humans , Carcinoma, Renal Cell/genetics , Kidney Neoplasms/genetics , Liver Neoplasms , Prognosis , Biomarkers, Tumor/genetics , Gene Expression Regulation, Neoplastic , Up-Regulation , DNA-Binding Proteins , DNA Copy Number Variations
7.
Braz. j. biol ; 83: e249424, 2023. graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1345538

ABSTRACT

Abstract Hypoxia is a prominent feature of head and neck cancer. However, the oxygen element characteristics of proteins and how they adapt to hypoxia microenvironments of head and neck cancer are still unknown. Human genome sequences and proteins expressed data of head and neck cancer were retrieved from pathology atlas of Human Protein Atlas project. Then compared the oxygen and carbon element contents between proteomes of head and neck cancer and normal oral mucosa-squamous epithelial cells, genome locations, pathways, and functional dissection associated with head and neck cancer were also studied. A total of 902 differentially expressed proteins were observed where the average oxygen content is higher than that of the lowly expressed proteins in head and neck cancer proteins. Further, the average oxygen content of the up regulated proteins was 2.54% higher than other. None of their coding genes were distributed on the Y chromosome. The up regulated proteins were enriched in endocytosis, apoptosis and regulation of actin cytoskeleton. The increased oxygen contents of the highly expressed and the up regulated proteins might be caused by frequent activity of cytoskeleton and adapted to the rapid growth and fast division of the head and neck cancer cells. The oxygen usage bias and key proteins may help us to understand the mechanisms behind head and neck cancer in targeted therapy, which lays a foundation for the application of stoichioproteomics in targeted therapy and provides promise for potential treatments for head and neck cancer.


Resumo A hipóxia é uma característica proeminente do câncer de cabeça e pescoço. No entanto, as características do elemento oxigênio das proteínas e como elas se adaptam aos microambientes de hipóxia do câncer de cabeça e pescoço ainda são desconhecidas. Sequências do genoma humano e dados expressos de proteínas de câncer de cabeça e pescoço foram recuperados do atlas de patologia do projeto Human Protein Atlas. Em seguida, comparou o conteúdo do elemento de oxigênio e carbono entre proteomas de câncer de cabeça e pescoço, e células epiteliais escamosas da mucosa oral normal, localizações do genoma, vias e dissecção funcional associada ao câncer de cabeça e pescoço também foram estudadas. Um total de 902 proteínas expressas diferencialmente foi observado onde o conteúdo médio de oxigênio é maior do que as proteínas expressas de forma humilde em proteínas de câncer de cabeça e pescoço. Além disso, o conteúdo médio de oxigênio das proteínas reguladas positivamente foi 2,54% maior do que das outras. Nenhum de seus genes codificadores foi distribuído no cromossomo Y. As proteínas reguladas positivamente foram enriquecidas em endocitose, apoptose e regulação do citoesqueleto de actina. O conteúdo aumentado de oxigênio das proteínas altamente expressas e reguladas pode ser causado pela atividade frequente do citoesqueleto e adaptado ao rápido crescimento e divisão das células cancerosas de cabeça e pescoço. O viés do uso de oxigênio e as proteínas-chave podem nos ajudar a entender os mecanismos por trás do câncer de cabeça e pescoço na terapia direcionada, o que estabelece uma base para a aplicação da estequioproteômica na terapia direcionada e oferece uma promessa para potenciais tratamentos para o câncer de cabeça e pescoço.


Subject(s)
Humans , Head and Neck Neoplasms/genetics , Oxygen , Carbon , Proteome/genetics , Tumor Microenvironment
8.
Braz. j. biol ; 83: e245585, 2023. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339413

ABSTRACT

Abstract Many soil microorganisms' i.e., bacteria and fungi produce secondary metabolites called antibiotics. These are used for the treatment of some of the bacterial, fungal and protozoal diseases of humans. There is a need for isolation of a broad spectrum of antibiotics from microorganisms due to the emergence of antibiotic resistance. In the present study two antibiotic producing bacteria Klebsiella pneumoniae and Bacillus cereus were isolated from pharmaceutical and poultry feed industry of Hattar, Haripur Pakistan. Total 10 waste samples were collected from different industries (Marble, Ghee, Soap, Mineral, Steel, Poultry Feed, Pharmaceutical, Qarshi, Cosmetic and Glass). Thirty-three bacterial strains were isolated from industrial wastes of these ten different industries. Fourteen out of thirty-three bacterial strains exhibited antimicrobial activities against at least one of the test microbes considered in this study including Escherchia coli, Staphylococcus aureus and Salmonella typhi. The bacteria were isolated by standard serial dilution spread plate technique. Morphological characterization of the isolates was done by Gram staining. Nine bacterial isolates out of fourteen were initially identified as B. cereus and five as K. pneumoniae through biochemical characterization. The antibacterial activities were tested by well diffusion method. Maximum number of antibiotic producing bacteria were isolated from pharmaceutical and poultry feed industry based on the results of primary screening, the most potential isolates S9, S19, S20, S22 and S23 were selected for secondary screening. The maximum activity against E. coli and S. aureus was recorded by bacterial isolate S19 i.e zones of inhibition of 6.5mm and 9mm while S20 showed 7.5mm and 6mm zones respectively. Molecular identification was carried out on the basis of 16S rRNA sequence analysis. Finally, the isolates were identified as B. cereus accession number LC538271and K. pneumoniae accession number MT078679. Analysis of bacterial extract S20 through GC-MS indicated the presence of 8 compounds of diverse nature and structure. Present study suggests that wastes of pharmaceutical and poultry feed industry may have antibiotic producing bacteria. These bacteria could be utilized for the production of antibiotics. B. cereus and K. pneumoniae isolated from wastes of poultry feed and pharmaceutical industries have the potential to produce antibiotics and could be used to control the microbial growth.


Resumo Muitos microrganismos do solo, ou seja, bactérias e fungos produzem metabólitos secundários chamados antibióticos. Eles são usados ​​para tratamento de algumas doenças bacterianas, fúngicas e protozoárias em humanos. Há necessidade de isolamento de um amplo espectro de antibióticos de microrganismos devido ao surgimento de resistência aos antibióticos. No presente estudo, duas bactérias produtoras de antibióticos, Klebsiella pneumoniae e Bacillus cereus, foram isoladas da indústria farmacêutica e de ração avícola de Hattar, Haripur, Paquistão. Um total de 10 amostras de resíduos foi coletado de diferentes indústrias (mármore, ghee, sabão, mineral, aço, ração para aves, farmacêutica, Qarshi, cosmética e vidro). Trinta e três cepas bacterianas foram isoladas de resíduos industriais dessas dez diferentes indústrias. Quatorze das 33 cepas bacterianas exibiram atividades antimicrobianas contra pelo menos um dos micróbios de teste considerados neste estudo, incluindo Escherchia coli, Staphylococcus aureus e Salmonella typhi. As bactérias foram isoladas pela técnica de placa de diluição em série padrão. A caracterização morfológica dos isolados foi feita por coloração de gram. Nove isolados bacterianos de 14 foram inicialmente identificados como B. cereus e cinco como K. pneumoniae por meio de caracterização bioquímica. As atividades antibacterianas foram testadas pelo método de difusão em poço. O número máximo de bactérias produtoras de antibióticos foi isolado da indústria farmacêutica e de ração avícola com base nos resultados da triagem primária, os isolados mais potenciais S9, S19, S20, S22 e S23 foram selecionados para a triagem secundária. A atividade máxima contra E. coli e S. aureus foi registrada pelo isolado bacteriano S19, ou seja, zonas de inibição de 6,5 mm e 9 mm, enquanto S20 mostrou zonas de 7,5 mm e 6 mm, respectivamente. A identificação molecular foi realizada com base na análise da sequência 16S rRNA. Finalmente, os isolados foram identificados como B. cereus número de acesso LC538271 e K. pneumoniae número de acesso MT078679. A análise do extrato bacteriano S20 por meio de GC-MS indicou a presença de oito compostos de natureza e estrutura diversas. O presente estudo sugere que resíduos da indústria farmacêutica e de ração para aves podem conter bactérias produtoras de antibióticos. Essas bactérias podem ser utilizadas para a produção de antibióticos B. cereus e K. pneumoniae isolados de resíduos de rações de aves e indústrias farmacêuticas têm potencial para produzir antibióticos e podem ser usados ​​para controlar o crescimento microbiano.


Subject(s)
Humans , Staphylococcus aureus , Industrial Waste , RNA, Ribosomal, 16S , Plant Extracts , Microbial Sensitivity Tests , Escherichia coli , Gas Chromatography-Mass Spectrometry , Anti-Bacterial Agents/pharmacology
9.
Braz. j. biol ; 83: e250402, 2023. tab
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339404

ABSTRACT

Abstract We have evaluated the effects of different fish feeds on the body composition, growth, and enzyme activities of Labeo rohita (Rohu). In total, 240 fishes between the average weights of 24.77±2.15g were studied. The treatments were applied in a completely randomized design, with 4 treatments of 60 fishes each. Treatments consisted of four different fish feeds [Oryza (T1), AMG (T2), Aqua (T3), and Supreme (T4)]. Body composition, growth performance, and enzyme activities were evaluated. There was a significant variation in performance of fishes fed with different type of feed; as fishes having Oryza feed showed the highest weight gain, specific growth rate (SGR), and best feed conversion ratio (FCR) as compared to other groups that were considered to be significant (P ≤ 0.05). High net weight gain was obtained in T4 when compared with T2 and T3. FCR value of T4 was less than T1 but higher than T2, T3 and T2, which showed the lowest values. The specific growth rate was recorded as average in T4, but T2 led a high SGR than T3. Similarly, crude protein level and digestive enzymes activity was recorded significantly highest in fed with Oryza (T1) as compared to AMG (T2), Aqua (T3), and Supreme (T4). Water quality parameters were recorded significant in all treatments except pH and DO of treatment (T1), significantly different from other treatments. It was concluded that Rohu (Labeo rohita) could show a promising growth rate and protease enzyme activity when fed with the Oryza feed of 25% protein.


Resumo Avaliamos os efeitos de diferentes alimentos para peixes em relação à composição corporal, crescimento e atividades enzimáticas de Labeo rohita (Rohu). No total, foram estudados 240 peixes com pesos médios de 24,77 ± 2,15 g. Os tratamentos foram aplicados em delineamento inteiramente casualizado, com quatro tratamentos de 60 peixes cada. Os tratamentos consistiram em quatro alimentos diferentes para peixes: Oryza (T1), AMG (T2), Aqua (T3) e Supreme (T4). Foram avaliados a composição corporal, o desempenho de crescimento e as atividades enzimáticas. Houve uma variação significativa no desempenho dos peixes alimentados com diferentes tipos de ração. Peixes com alimentação Oryza apresentaram maior ganho de peso, taxa de crescimento específico (SGR) e melhor taxa de conversão alimentar (FCR) em comparação com outros grupos que foram considerados significativos (P ≤ 0,05). Elevado ganho de peso líquido foi obtido em T4 quando comparado com T2 e T3. O valor da FCR de T4 foi menor que T1, mas maior que T2 e T3, que apresentaram os menores valores. A taxa de crescimento específico foi registrada como média em T4, mas T2 teve uma SGR alta do que T3. Da mesma forma, o nível de proteína bruta e a atividade das enzimas digestivas foram registrados significativamente mais altos nos peixes alimentados com Oryza (T1) em comparação com AMG (T2), Aqua (T3) e Supreme (T4). Os parâmetros de qualidade da água foram registrados como significativos em todos os tratamentos, exceto pH e OD do tratamento (T1), significativamente diferente dos demais tratamentos. Concluiu-se que Rohu (Labeo rohita) pode apresentar uma taxa de crescimento promissora e atividade da enzima protease quando alimentado com Oryza de 25% de proteína.


Subject(s)
Animals , Body Composition , Fishes
10.
Braz. j. biol ; 83: e249104, 2023. tab
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339389

ABSTRACT

Abstract The present study was designed to evaluate the strength of association of raised plasma homocysteine concentration as a risk factor for coronary heart disease independent of conventional risk factor. It was a case control study conducted at Punjab Institute of Cardiology Lahore. A total of 210 subjects aged 25 to 60 years comprising of 105 newly admitted patients of CHD as cases and 105 age and sex matched healthy individuals with no history of CHD as control were recruited for the study. Fasting blood samples were obtained from cases and controls. Plasma homocysteine was analyzed by fluorescence polarization immunoassay (FPIA) method on automated immunoassay analyzer (Abbott IMX). Total cholesterol, triglyceride and HDL cholesterol were analyzed using calorimetric kit methods. The concentration of LDL cholesterol was calculated using Friedewald formula. The patients were also assessed for traditional risk factors such as age, sex, family history of CVD, hypertension, smoking and physical activity, and were compared with control subjects. The collected data was entered in SPSS version 24 for analysis and interpretation.The mean age in controls and experimental groups were 43.00± 8.42 years and 44.72± 8.59 years with statistically same distribution (p- value= 0.144). The mean plasma homocysteine for cases was 22.33± 9.22 µmol/L where as it was 12.59±3.73 µmol/L in control group. Highly significant difference was seen between the mean plasma level of homocysteine in cases and controls (p˂0.001).Simple logistic regression indicates a strong association of coronary heart disease with hyperhomocysteinemia (OR 7.45), which remained significantly associated with coronary heart disease by multivariate logistic regression (OR 7.10, 95%C1 3.12-12.83, p=0.000). The present study concludes that elevated levels of Plasma homocysteine is an independent risk factor for coronary heart disease independent of conventional risk factors and can be used as an indicator for predicting the future possibility for the onset of CVD.


Resumo O presente estudo foi desenhado para avaliar a força da associação da concentração elevada de homocisteína no plasma como um fator de risco para doença cardíaca coronária independente do fator de risco convencional. Foi um estudo de caso-controle realizado no Punjab Institute of Cardiology Lahore. Um total de 210 indivíduos com idade entre 25 e 60 anos, compreendendo 105 pacientes recém-admitidos de CHD como casos e 105 indivíduos saudáveis ​​pareados por idade e sexo sem histórico de CHD como controle, foi recrutado para o estudo. Amostras de sangue em jejum foram obtidas de casos e controles. A homocisteína plasmática foi analisada pelo método de imunoensaio de polarização de fluorescência (FPIA) em analisador de imunoensaio automatizado (Abbott IMX). Colesterol total, triglicerídeos e colesterol HDL foram analisados ​​usando métodos de kit calorimétrico. A concentração de colesterol LDL foi calculada pela fórmula de Friedewald. Os pacientes também foram avaliados para fatores de risco tradicionais, como idade, sexo, história familiar de DCV, hipertensão, tabagismo e atividade física, e foram comparados com indivíduos de controle. Os dados coletados foram inseridos no SPSS versão 24 para análise e interpretação. A média de idade nos grupos controles e experimentais foi de 43,00 ± 8,42 anos e 44,72 ± 8,59 anos com distribuição estatisticamente igual (p-valor = 0,144). A homocisteína plasmática média para os casos foi de 22,33 ± 9,22 µmol / L, enquanto no grupo controle foi de 12,59 ± 3,73 µmol / L. Diferença altamente significativa foi observada entre o nível plasmático médio de homocisteína em casos e controles (p ˂ 0,001). A regressão logística simples indica uma forte associação de doença cardíaca coronária com hiper-homocisteinemia (OR 7,45), que permaneceu significativamente associada com doença cardíaca coronária por multivariada regressão logística (OR 7,10, 95% C1 3,12-12,83, p = 0,000). O presente estudo conclui que níveis elevados de homocisteína plasmática são fator de risco independente para doença cardíaca coronária, independentemente dos fatores de risco convencionais, e pode ser usado como um indicador para prever a possibilidade futura de aparecimento de DCV.


Subject(s)
Humans , Adult , Middle Aged , Coronary Disease/embryology , Hyperhomocysteinemia/diagnosis , Hyperhomocysteinemia/epidemiology , Case-Control Studies , Risk Factors , Fasting
11.
Braz. j. biol ; 83: e247237, 2023. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339386

ABSTRACT

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.


Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.


Subject(s)
Humans , Animals , Chiroptera , COVID-19 , Phylogeny , Computer Simulation , Genome, Viral/genetics , SARS-CoV-2
12.
Braz. j. biol ; 83: e240842, 2023. tab
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339375

ABSTRACT

Abstract This research aimed to investigate various mosquitocidal activities of Chenopodium botrys whole- plant n-hexane extract against Culex quinquefasciatus. The extract showed remarkable larvicidal, pupicidal, adulticidal, oviposition deterrent and adult emergence inhibitory activities against Cx. quinquefasciatus. During the larvicidal and pupicidal activities, the 24-hour lethal concentration (LC50) of extract against 2nd instar larvae, 4th instar larvae and pupae were 324.6, 495.6 and 950.8 ppm, respectively. During the CDC (Centers for Disease Control and Prevention) bottle bioassay for adulticidal activity, the median knockdown times (KDT50) at 1.25% concentration was 123.4 minutes. During the filter paper impregnation bioassay for adulticidal activity, the KDT50 value at 0.138 mg/cm2 concentration was 48.6 minutes. The extract was fractionated into 14 fractions through silica gel column chromatography which were then combined into six fractions on the basis of similar retention factor (Rf) value. These fractions were screened for adulticidal activity by applying CDC bottle bioassay. The fraction obtained through 60:40 to 50:50% n-hexanes-chloroform mobile phase with 0.5 Rf value showed 100% adulticidal activity at 0.2% concentration. During oviposition deterrent activity, the highest concentration (1000 ppm) showed 71.3 ± 4.4% effective repellence and 0.6 ± 0.1 oviposition activity index. During adult emergence inhibition activity, the median emergence inhibition (EI50) value was 312.3 ppm. From the outcome of the present investigation, it is concluded that the n-hexane extract of C. botrys whole- plant possesses strong larvicidal, pupicidal, adulticidal, oviposition deterrent and adult emergence inhibitory activities against Cx. quinquefasciatus.


Resumo Esta pesquisa teve como objetivo investigar várias atividades mosquitocidas do extrato n-hexano de planta inteira de Chenopodium botrys contra Culex quinquefasciatus. O extrato mostrou atividades larvicida, pupicida, adulticida, dissuasora de oviposição e inibidora da emergência de adultos contra a Cx. quinquefasciatus. Durante as atividades larvicida e pupicida, a concentração letal de 24 horas (CL50) do extrato contra larvas de 2º estádio, larvas de 4º estádio e pupa foi de 324,6, 495,6 e 950,8 ppm, respectivamente. Durante o bioensaio com frasco do CDC (Centros para Controle e Prevenção de Doenças) para adulticida, o tempo médio de desativação (KDT50) na concentração de 1,25% foi de 123,4 minutos. Durante o bioensaio de impregnação com papel de filtro para a atividade adulticida do extrato, o valor KDT50 na concentração de 0,138 mg / cm2 foi de 48,6 minutos. O extrato foi fracionado em 14 frações através de cromatografia em coluna de gel de sílica que foram então combinadas em seis frações com base em um valor de fator de retenção (Rf) semelhante. Essas frações foram selecionadas quanto à atividade adulticida por meio da aplicação do bioensaio com garrafa do CDC. A fração obtida através da fase móvel de n-hexanos-clorofórmio 60:40% a 50:50% com valor de 0,5 Rf apresentou atividade adulticida de 100% na concentração de 0,2%. Durante a atividade de dissuasão da oviposição, a maior concentração de extrato (1000 ppm) apresentou repelência efetiva de 71,3 ± 4,4% e índice de atividade de oviposição de 0,6 ± 0,1. Durante a atividade de inibição da emergência de adultos, o valor médio de inibição da emergência (EI50) foi de 312,3 ppm. A partir do resultado da presente investigação, conclui-se que o extrato de n-hexano da planta inteira de C. botrys possui fortes atividades larvicida, pupicida, adulticida, dissuasora da oviposição e inibidora da emergência de adultos contra a Cx. quinquefasciatus.


Subject(s)
Animals , Culex , Chenopodium , Insecticides/pharmacology , Plant Extracts/pharmacology , Plant Leaves , Hexanes , Larva
13.
Braz. j. biol ; 83: e245199, 2023. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1355853

ABSTRACT

Abstract The present investigation was aimed to examine the concentrations of trace metals including e.g copper (Cu), manganese (Mn), nickel (Ni), and zinc (Zn) in water samples collected from nursery pond of grass carp (Ctenopharyngodon idella) in Bannu Hatchery of Khyber Pakhtunkhwa during the period from April 2018 to January 2019. The temperature and pH of each water sample were measured for the whole study duration. The concentration of Copper (Cu), Manganese (Mn), Nickel (Ni), and Zinc (Zn) in collected water samples were measured in mg/liter by using Atomic Absorption Spectrophotometer. The blank and standard solutions for device calibration Standard solutions i.e., 2.0 mg, 4.0 mg, and 6.0 were used to measure the concentration of these metals in water samples to verify the measurements. The data was statistically analyzed on descriptive statistics (estimation of proportions and standard deviation) used to summarize mean concentration. The results obtained of both temperature and pH of water samples were found in ranged 10 to 36 0C and 7.0 to 8.44; whereas the size of fry stages was ranged from 4.0 to 56.0 mm in total length. The results of investigated metals found in pond water samples are in order of Zn>Mn>Ni>Cu, respectively. As optimum temperature and pH for grass carp were mostly between 15 0C and 30 0C and pH 6.5 to 8.0. It was concluded from obtained results that temperature, pH, and trace metals were found appropriate for the growth of Ctenopharyngodon idella from fry to fingerling stages, but the highest amount of zinc can cause its mortality. It is a preliminary study on grass carp culturing in Bannu fish hatchery so, it would provide useful information for model fish seed production unit in a hatchery.


Resumo A presente investigação teve como objetivo examinar as concentrações de metais traço, incluindo cobre (Cu), manganês (Mn), níquel (Ni) e zinco (Zn) em amostras de água coletadas de viveiro de carpa-capim (Ctenopharyngodon idella) em Incubatório de Bannu de Khyber Pakhtunkhwa durante o período de abril de 2018 a janeiro de 2019. A temperatura e o pH de cada amostra de água foram medidos durante todo o período do estudo. A concentração de cobre (Cu), manganês (Mn), níquel (Ni) e zinco (Zn) nas amostras de água coletadas foi medida em mg / litro usando espectrofotômetro de absorção atômica. As soluções em branco e padrão para as soluções padrão de calibração do dispositivo, ou seja, 2,0 mg, 4,0 mg e 6,0, foram usadas para medir a concentração desses metais em amostras de água para verificar as medições. Os dados foram analisados ​​estatisticamente em estatística descritiva (estimativa de proporções e desvio padrão) usada para resumir a concentração média. Os resultados obtidos tanto de temperatura quanto de pH das amostras de água variaram de 10 a 36 0C e 7,0 a 8,44, enquanto o tamanho dos estágios de alevinos variou de 4,0 a 56,0 mm no comprimento total. Os resultados dos metais investigados encontrados em amostras de água de lagoas são da ordem de Zn > Mn > Ni > Cu, respectivamente. A temperatura e o pH ótimos para a carpa-capim foram principalmente entre 15 0C e 30 0C e pH 6,5 a 8,0. Concluiu-se, a partir dos resultados obtidos, que temperatura, pH e traços de metais foram considerados adequados para o crescimento de Ctenopharyngodon idella desde os estágios de alevinos até alevinos, mas a maior quantidade de zinco pode causar sua mortalidade. É um estudo preliminar sobre a cultura da carpa-capim em incubatório de peixes Bannu, portanto forneceria informações úteis para modelo de unidade de produção de sementes de peixes em um incubatório.


Subject(s)
Animals , Carps , Pakistan , Water , Ponds , Fisheries
14.
Braz. j. biol ; 83: e247604, 2023. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339370

ABSTRACT

Abstract In the current report, we studied the possible inhibitors of COVID-19 from bioactive constituents of Centaurea jacea using a threefold approach consisting of quantum chemical, molecular docking and molecular dynamic techniques. Centaurea jacea is a perennial herb often used in folk medicines of dermatological complaints and fever. Moreover, anticancer, antioxidant, antibacterial and antiviral properties of its bioactive compounds are also reported. The Mpro (Main proteases) was docked with different compounds of Centaurea jacea through molecular docking. All the studied compounds including apigenin, axillarin, Centaureidin, Cirsiliol, Eupatorin and Isokaempferide, show suitable binding affinities to the binding site of SARS-CoV-2 main protease with their binding energies -6.7 kcal/mol, -7.4 kcal/mol, -7.0 kcal/mol, -5.8 kcal/mol, -6.2 kcal/mol and -6.8 kcal/mol, respectively. Among all studied compounds, axillarin was found to have maximum inhibitor efficiency followed by Centaureidin, Isokaempferide, Apigenin, Eupatorin and Cirsiliol. Our results suggested that axillarin binds with the most crucial catalytic residues CYS145 and HIS41 of the Mpro, moreover axillarin shows 5 hydrogen bond interactions and 5 hydrophobic interactions with various residues of Mpro. Furthermore, the molecular dynamic calculations over 60 ns (6×106 femtosecond) time scale also shown significant insights into the binding effects of axillarin with Mpro of SARS-CoV-2 by imitating protein like aqueous environment. From molecular dynamic calculations, the RMSD and RMSF computations indicate the stability and dynamics of the best docked complex in aqueous environment. The ADME properties and toxicity prediction analysis of axillarin also recommended it as safe drug candidate. Further, in vivo and in vitro investigations are essential to ensure the anti SARS-CoV-2 activity of all bioactive compounds particularly axillarin to encourage preventive use of Centaurea jacea against COVID-19 infections.


Resumo No presente relatório, estudamos os possíveis inibidores de Covid-19 de constituintes bioativos de Centaurea jacea usando uma abordagem tripla que consiste em técnicas de química quântica, docking molecular e dinâmica molecular. Centaurea jacea é uma erva perene frequentemente usada em remédios populares de doenças dermatológicas e febre. Além disso, as propriedades anticâncer, antioxidante, antibacteriana e antiviral de seus compostos bioativos também são relatadas. A Mpro (proteases principais) foi acoplada a diferentes compostos de Centaurea jacea por meio de docking molecular. Todos os compostos estudados, incluindo apigenina, axilarina, Centaureidina, Cirsiliol, Eupatorina e Isokaempferide, mostram afinidades de ligação adequadas ao sítio de ligação da protease principal SARS-CoV-2 com suas energias de ligação -6,7 kcal / mol, -7,4 kcal / mol, - 7,0 kcal / mol, -5,8 kcal / mol, -6,2 kcal / mol e -6,8 kcal / mol, respectivamente. Dentre todos os compostos estudados, a axilarina apresentou eficiência máxima de inibidor, seguida pela Centaureidina, Isokaempferida, Apigenina, Eupatorina e Cirsiliol. Nossos resultados sugeriram que a axilarina se liga aos resíduos catalíticos mais cruciais CYS145 e HIS41 do Mpro, além disso a axilarina mostra 5 interações de ligações de hidrogênio e 5 interações hidrofóbicas com vários resíduos de Mpro. Além disso, os cálculos de dinâmica molecular em uma escala de tempo de 60 ns (6 × 106 femtossegundos) também mostraram percepções significativas sobre os efeitos de ligação da axilarina com Mpro de SARS-CoV-2 por imitação de proteínas como o ambiente aquoso. A partir de cálculos de dinâmica molecular, os cálculos RMSD e RMSF indicam a estabilidade e dinâmica do melhor complexo ancorado em ambiente aquoso. As propriedades ADME e a análise de previsão de toxicidade da axilarina também a recomendaram como um candidato a medicamento seguro. Além disso, as investigações in vivo e in vitro são essenciais para garantir a atividade anti-SARS-CoV-2 de todos os compostos bioativos, particularmente a axilarina, para encorajar o uso preventivo de Centaurea jacea contra infecções por Covid-19.


Subject(s)
Humans , Pharmaceutical Preparations , Centaurea , COVID-19 , Protease Inhibitors , Molecular Dynamics Simulation , Molecular Docking Simulation , SARS-CoV-2
15.
Braz. j. biol ; 83: e252059, 2023. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339358

ABSTRACT

Abstract The present study describes the haematological profile, feeding preference, and comparison of morphometric characters of blue rock pigeon (Columba livia) breeding pairs. For this purpose, 25 pairs (25 samples per sex) were sampled through Mist nets from district Okara and Bahawalnagar, Punjab, Pakistan. Birds were then anaesthetized with a combination of ketamine HCL (10 mg/kg) and diazepam (0.2 mg/kg) and subjected to morphometric measurements. 5µL blood also was taken from the jugular vein of each anaesthetized bird for haematological analysis. Few pairs were also dissected to remove gastrointestinal tracts (GITs) for food preferences. Results revealed that there are no significant differences in the haematological parameters and feeding preference of breeding pairs of Columba livia. The gut analysis further revealed, the major portion of gut contents consisted of pea and corn in most of the pairs. Regarding the mensural measurements, significant differences were recorded in the body weight, length of the longest primary feather, and chest circumference, whereas the rest of the studied parameters remain nonsignificant between sexes. So, it is concluded that apart from 3 morphometric parameters (body weight, length of longest primary feather and chest circumference), both sexes are alike in term of morphometry, haematology and food preference.


Resumo O presente estudo descreve o perfil hematológico, a preferência alimentar e a comparação de caracteres morfométricos de casais reprodutores de pombo-rocha (Columba livia). Para tanto, 25 pares (25 amostras por sexo) foram amostrados por meio de redes de névoa do distrito de Okara e Bahawalnagar, Punjab, Paquistão. As aves foram então anestesiadas com uma combinação de cetamina HCL (10 mg/kg) e diazepam (0,2 mg/kg) e submetidas a medidas morfométricas; 5 µL de sangue também foram retirados da veia jugular de cada ave anestesiada para análise hematológica. Poucos pares também foram dissecados para remover o trato gastrointestinal (GITs) para preferências alimentares. Os resultados revelaram que não há diferenças significativas nos parâmetros hematológicos e na preferência alimentar dos casais reprodutores de Columba livia. A análise intestinal revelou ainda que a maior parte do conteúdo intestinal consistia em ervilha e milho na maioria dos pares. Em relação às medidas mensurais, foram registradas diferenças significativas no peso corporal, comprimento da pena primária mais longa e circunferência torácica, enquanto os demais parâmetros estudados permanecem não significativos entre os sexos. Assim, conclui-se que além de três parâmetros morfométricos (peso corporal, comprimento da pena primária mais longa e circunferência torácica), ambos os sexos são semelhantes em termos de morfometria, hematologia e preferência alimentar.


Subject(s)
Animals , Columbidae , Food Preferences , Pakistan , Feathers , Plant Breeding
16.
Braz. j. biol ; 83: e251004, 2023. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339339

ABSTRACT

Abstract The supplementation of Selenium-enriched probiotics is effective in reducing oxidative stress and maintaining meat quality stability in broiler chicken especially under heat stress. An experimental study was conducted to perform Comparative analysis of Selenium yeast with inorganic Se in broilers under heat stress. A total of 120 broilers chicks of one day were assigned to 4 groups each consisting 30 chicks fed on same basal diet but different selenium sources. The basal diet of group D1 was not supplemented with Se source (Negative control), group D2 basal diet was supplemented with inorganic selenium (Sodium selenite 0.22mg/Kg starter phase and 0.15mg/Kg finisher phase), group D3 basal diet was supplemented with commercially available organic selenium (Seleno-methionine 0.22mg/Kg starter phase and 0.15mg/Kg finisher phase) and group D4 basal diet was supplemented with self-developed organic selenium (Se-enriched yeast 0.22mg/Kg starter phase and 0.15mg/Kg finisher phase). The performance parameters i.e. feed intake (FI), live body weight (BW) and FCR were not significantly (p>0.05) effected by selenium supplementation in the starter phase but were significantly (p<0.05) effected in the finisher phase. Selenium supplementation significantly (p<0.05) effected serum Se level in different supplemented groups. Higher serum Se value (58.20±0.06) was recorded in D4 group. Similarly significantly lower selenium value was recorded for D4 and higher was recorded for D1 (11.36±0.08). However lower serum Paraoxonase (PON) value was recorded for D4 (13.24±0.01) and higher for D1 (13.33±0.03). Comparatively self-developed Se enriched yeast increased the Se accumulation and improved antioxidant system. Glutathione peroxidase (GPx) was found higher in D4 (12.333±0.03) followed by D3, D2 and D1 respectively. Whereas superoxide dismutase (SOD) was significantly lower (p<0.05) in D4 (0.1437±0.003) followed by D3 (0.1457±0.002). Selenium supplementation increased the bird's survival rate. Birds fed on Se enriched yeast showed higher Se deposition and better antioxidant capacity as compared to other sources of selenium. Se-enriched yeast displayed an improved result on Se deposition in tissues, and oxidative capacity, meat tenderness and immune response level as compared to other sources of selenium.


Resumo A suplementação de probióticos enriquecidos com selênio é eficaz na redução do estresse oxidativo e na manutenção da estabilidade da qualidade da carne em frangos de corte, especialmente sob estresse por calor. Um estudo experimental foi conduzido para realizar uma análise comparativa da levedura selênio com o Se inorgânico em frangos de corte sob estresse térmico. Um total de 120 pintos de um dia foi dividido em 4 grupos, cada um consistindo de 30 pintos alimentados com a mesma dieta basal, mas com diferentes fontes de selênio. A dieta basal do grupo D1 não foi suplementada com fonte de Se (controle negativo), a dieta basal do grupo D2 foi suplementada com selênio inorgânico (selenito de sódio 0,22 mg / kg fase inicial e 0,15 mg / kg fase finalizadora), a dieta basal do grupo D3 foi suplementada com selênio orgânico disponível comercialmente (fase inicial de seleno-metionina 0,22 mg / kg e fase finalizadora de 0,15 mg / kg) e a dieta basal do grupo D4 foi suplementada com selênio orgânico autodesenvolvido (fermento enriquecido com Se 0,22 mg / kg fase inicial e 0,15 mg / kg fase finalizadora). Os parâmetros de desempenho, ou seja, consumo de ração (FI), peso corporal vivo (PC) e FCR não foram significativamente (p > 0,05) afetados pela suplementação de selênio na fase inicial, mas foram significativamente (p < 0,05) afetados na fase final. A suplementação de selênio afetou significativamente (p < 0,05) o nível de Se sérico em diferentes grupos suplementados. O maior valor de Se sérico (58,20 ± 0,06) foi registrado no grupo D4. Da mesma forma, valor de selênio significativamente menor foi registrado para D4 e maior foi registrado para D1 (11,36 ± 0,08). No entanto, um valor mais baixo de Paraoxonase (PON) sérica foi registrado para D4 (13,24 ± 0,01) e mais alto para D1 (13,33 ± 0,03). A levedura enriquecida com Se comparativamente autodesenvolvida aumentou o acúmulo de Se e melhorou o sistema antioxidante. A glutationa peroxidase (GPx) foi encontrada maior em D4 (12,333 ± 0,03) seguido por D3, D2 e ​​D1 respectivamente. Enquanto a superóxido dismutase (SOD) foi significativamente menor (p < 0,05) em D4 (0,1437 ± 0,003) seguido por D3 (0,1457 ± 0,002). A suplementação de selênio aumentou a taxa de sobrevivência da ave. Aves alimentadas com levedura enriquecida com Se apresentaram maior deposição de Se e melhor capacidade antioxidante em comparação com outras fontes de selênio. A levedura enriquecida com Se apresentou um resultado melhorado na deposição de Se nos tecidos, capacidade oxidativa, maciez da carne e nível de resposta imune em comparação com outras fontes de selênio.


Subject(s)
Animals , Selenium , Chickens , Heat-Shock Response , Antioxidants
17.
Braz. j. biol ; 83: e247018, 2023. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1285617

ABSTRACT

Abstract The Rufous treepie (Dendrocitta vagabunda) belongs to family corvidae, order Passeriformes which includes about 100 species. The current study was conducted to gather information about the Population distribution and habitat analysis of D. vagabunda at District Abbottabad, Pakistan. The data were collected on monthly basis both morning and evening times (2018-2019). "The ''Point count Method" was used for population estimation and ''Quadrates Method" for habitat analysis of study area. The result shows an average month-wise population density of D. vagabunda was maximum at Jhangra 0.14±0.039/ha, whereas minimum at Havelian 0.11±0.022/ha. There was no significant difference (p>0.05) among monthly population densities of D. vagabunda, however, a significant difference (p<0.05) was found between morning and evening times population of the specie. The present study revealed that importance value index (IVI) of plants species at Sherwan, Bakot, Havelian, Langra and Jhangra were 59.6±12.6, 50.1±6.9, 53.4±6.3, 66.8±10 and 60.1±7.7. Likewise, the frequency of shrubs at Sherwan, Bakot, Havelian, Langra and Jhangra were 33.3±4.2, 45±9.4, 46.7±8.2, 55.6±22.2 and 37.5±8.5. Similarly, the frequency of herbs at Sherwan, Bakot, Havelian, Langra and Jhangra were 40.4±6.0, 37.5±5.6, 53.3±7.4, 48.5±5.2 and 46.9±7.4 respectively. Our results show the study area as suitable habitat for D. vagabunda.


Resumo A trepadeira Rufous (Dendrocitta vagabunda) pertence à família corvidae, ordem Passeriformes que inclui cerca de 100 espécies. O estudo atual foi realizado para reunir informações sobre a distribuição da população e análise do habitat de D. vagabunda no distrito de Abbottabad, Paquistão. Os dados foram coletados mensalmente pela manhã e à noite (2018-2019). O "método de contagem de pontos" foi usado para estimativa da população e o "método dos quadrados" para análise de habitat da área de estudo. O resultado mostra que uma densidade populacional média mensal de D. vagabunda foi máxima em Jhangra 0,14 ± 0,039 / ha, enquanto a mínima em Havelian 0,11 ± 0,022/ha. Não houve diferença significativa (p> 0,05) entre as densidades populacionais mensais de D. vagabunda, entretanto foi encontrada diferença significativa (p <0,05) entre os períodos matutino e noturno da população da espécie. O presente estudo revelou que o índice de valor de importância (IVI) das espécies de plantas em Sherwan, Bakot, Havelian, Langra e Jhangra foi de: 59,6 ± 12,6, 50,1 ± 6,9, 53,4 ± 6,3, 66,8 ± 10 e 60,1 ± 7,7. Da mesma forma, a frequência de arbustos em Sherwan, Bakot, Havelian, Langra e Jhangra foi de: 33,3 ± 4,2, 45 ± 9,4, 46,7 ± 8,2, 55,6 ± 22,2 e 37,5 ± 8,5. Da mesma forma, a frequência de ervas em Sherwan, Bakot, Havelian, Langra e Jhangra foi: 40,4 ± 6,0, 37,5 ± 5,6, 53,3 ± 7,4, 48,5 ± 5,2 e 46,9 ± 7,4, respectivamente. Nossos resultados mostram a área de estudo como habitat adequado para D. vagabunda.


Subject(s)
Animals , Ecosystem , Pakistan , Population Density
18.
Braz. j. biol ; 83: e244311, 2023. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1285616

ABSTRACT

Abstract Tuberculosis is a communicable disease with high morbidity and mortality rates in developing countries. The study's primary objective is to compare conventional methods such as acid-fast bacillus (AFB) culture and microscopy with rapid diagnostic methods. The secondary objective is to compare histopathological and microbiological findings in suspected patients with tubercular lymphadenitis. A total of 111 samples (August 2018 to September 2019) of lymph nodes were processed for AFB microscopy, AFB cultures, drug-susceptibility testing (DST), histopathology, and Xpert Mycobacterium Tuberculosis (MTB)/resistance to Rifampin (RIF) assays. Out of 111 lymph node samples, 6 (5.4%) were positive for AFB smear microscopy, 84 (75.6%) were positive for AFB culture, 80 (70.7%) were positive on Gene Xpert, and 102 (91.8%) were indicative of tuberculosis for histopathology studies. Mycobacteria growth indicator tube (MGIT) culture positivity was 84 (75.6%) higher than solid Lowenstein-Jensen (LJ) culture 74 (66.6%). Positive cultures underwent phenotypic DST. Two cases were Multidrug-resistant (MDR) on DST, while three cases were Rifampicin resistant on Gene Xpert. The sensitivity of Genexpert was (62%) against the conventional AFB culture method. The poor performance of conventional lymphadenitis diagnostic methods requires early and accurate diagnostic methodology. Xpert MTB/RIF test can help in the treatment of multidrug-resistant TB cases. Nonetheless, rapid and conventional methods should be used for complete isolation of Mycobacterium tuberculosis.


Resumo A tuberculose é uma doença transmissível com altas taxas de morbimortalidade nos países em desenvolvimento. O objetivo principal do estudo é comparar métodos convencionais, como cultura de bacilo álcool-ácido resistente (BAAR) e microscopia, com métodos de diagnóstico rápido. O objetivo secundário é comparar os achados histopatológicos e microbiológicos em pacientes com suspeita de linfadenite tubercular. Um total de 111 amostras (agosto de 2018 a setembro de 2019) de gânglios linfáticos foi processado ​​para microscopia de AFB, culturas de AFB, teste de susceptibilidade a drogas (DST), histopatologia e Xpert Mycobacterium tuberculosis (MTB)/ensaios de resistência à rifampicina (RIF). Das 111 amostras de linfonodos, 6 (5,4%) foram positivas para baciloscopia de AFB, 84 (75,6%) foram positivas para cultura de AFB, 80 (70,7%) foram positivas para o GeneXpert e 102 (91,8%) foram indicativas de tuberculose para estudos histopatológicos. A positividade da cultura do tubo indicador de crescimento de micobactérias (MGIT) foi 84 (75,6%), maior que a cultura sólida de Lowenstein-Jensen (LJ), 74 (66,6%). As culturas positivas foram submetidas a DST fenotípico. Dois casos eram multirresistentes (MDR) ao DST, enquanto três casos eram resistentes à rifampicina no GeneXpert. A sensibilidade do GeneXpert foi 62% contra o método convencional de cultura AFB. O fraco desempenho dos métodos convencionais de diagnóstico de linfadenite requer metodologia de diagnóstico precoce e precisa. O teste Xpert MTB/RIF pode ajudar no tratamento de casos de tuberculose multirresistente. No entanto, métodos rápidos e convencionais devem ser usados ​​para o isolamento completo do Mycobacterium tuberculosis.


Subject(s)
Humans , Tuberculosis, Lymph Node/diagnosis , Tuberculosis, Multidrug-Resistant , Mycobacterium tuberculosis , Rifampin/therapeutic use , Rifampin/pharmacology
19.
Braz. j. biol ; 82: e242897, 2022. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1350299

ABSTRACT

Abstract Cyprinus carpio is the member of family cyprinidae commonly called common carp. This study was aimed to find out the comparison of brain of wild (river system) and captive (hatchery reared) population of common carp. A total of thirty samples (15 from hatchery and 15 from river Swat) were collected. All the specimens were examined in Laboratory of Parasitoloy, Zoology Department, University of Malakand. Findings indicated that wild population were greater in brain size and weight as compared to hatchery reared population. The fish samples collected from captive environment (hatchery) were showing more weight and length as compared to wild population of common carps. The mean value of total weight of hatchery fishes 345±48.68 and the mean value of brain weight of hatchery reared fishes 0.28±0.047. The mean value of wild fish's total body weight 195.16±52.58 and the mean value of brain weight of wild fishes are 0.45±0.14. Present research calls for the fact that fish in dependent environmental conditions possess brain larger in size as compared to its captive population, it is due to use and disuse of brain in their environmental requirements.


Resumo Cyprinus carpio é o membro da família cyprinidae comumente chamada de carpa comum. O objetivo deste estudo foi comparar a população de cérebros de carpa comum selvagem (sistema fluvial) e em cativeiro (criação em incubatório). Um total de trinta amostras (15 do incubatório e 15 do rio Swat) foram coletadas. Todos os espécimes foram examinados no Laboratório de Parasitoloy, Departamento de Zoologia da Universidade de Malakand. Os resultados indicaram que a população selvagem era maior em tamanho e peso do cérebro em comparação com a população criada em incubatório. As amostras de peixes coletadas em ambiente de cativeiro (incubatório) estavam apresentando mais peso e comprimento em comparação com a população selvagem de carpas comuns. O valor médio do peso total dos peixes de incubação 345 ± 48,68 e o valor médio do peso do cérebro de peixes criados em incubadoras 0,28 ± 0,047. O valor médio do peso corporal total dos peixes selvagens 195,16 ± 52,58 e o valor médio do peso do cérebro dos peixes selvagens são 0,45 ± 0,14. A presente pesquisa apela para o fato de que peixes em condições ambientais dependentes possuem cérebros maiores em tamanho em comparação com sua população em cativeiro, isso se deve ao uso e desuso do cérebro em suas necessidades ambientais.


Subject(s)
Animals , Carps , Cyprinidae , Brain , Rivers
20.
Braz. j. biol ; 82: e243150, 2022. tab, graf
Article in English | MEDLINE, LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1339334

ABSTRACT

Abstract Present study was conducted among school children to recognize the prevalence of IPIs in rural communities of district Dir Lower, Pakistan. A sum of 324 samples of stool were collected (210 boys and 114 girls). Used direct smear method and formol ether sedimentation concentration technique for processing the samples. The result shows that 82% (n=266) were found infected comprised 64.8% male and 35.1% females. Children of the age group 10 to 12 years were found extremely infected 94.2% while 4-6 year age group were having minimum ratio of infection 72%. Current study shows mono parasitism in 50.6% of the students while 22.2% were infected with 2 species and 7.40% were infected with three species of parasites. Seven species of intestinal parasites were reported include Ascaris lumbricoid in male (n=122) 58.0% and in female (n=65) 57.0% followed by Hook worm (n=88) 41.9% and (n=44) 38.5%; Tania saginata (n=44) 20.9% and (n=24) 21.0%; Entrobius vermicularis (n=32) 15.2% and (n=16) 14.0%; Trichuris trichura (n=25) 11.9% and (n=22) 19.2%; Hymenolepis nana (n=24) 11.4% and (n=18) 15.7% and Entameoba histolytica (n=16) 7.61% and (n=14) 12.2% in male and females respectively. The study indicates that most occurring intestinal parasite in the current study were Ascaris lumbricoides 58.0% (n=122) followed by hookworms 41.9% (n=88). Male students were more infected than females in the present study.


Resumo O presente estudo foi conduzido entre crianças em idade escolar para reconhecer a prevalência de IPIs em comunidades rurais do distrito de Dir Lower, Paquistão. Foram coletadas 324 amostras de fezes (210 meninos e 114 meninas). Método de esfregaço direto usado e técnica de concentração de sedimentação de formol éter para processar as amostras. O resultado mostra que 82% (n = 266) dos infectados eram 64,8% do sexo masculino e 35,1% do feminino. Crianças da faixa etária de 10 a 12 anos foram encontradas extremamente infectadas 94,2%, enquanto a faixa etária de 4 a 6 anos apresentava proporção mínima de infecção de 72%. O estudo atual mostra monoparasitismo em 50,6% dos alunos, enquanto 22,2% estavam infectados com 2 espécies e 7,40% estavam infectados com três espécies de parasitas. Sete espécies de parasitas intestinais foram relatadas incluindo Ascaris lumbricoid em machos (n = 122) 58,0% e em fêmeas (n = 65) 57,0% seguido por anzol (n = 88) 41,9% e (n = 44) 38,5%; Tania saginata (n = 44) 20,9% e (n = 24) 21,0%; Entrobius vermicularis (n = 32) 15,2% e (n = 16) 14,0%; Trichuris trichura (n = 25) 11,9% e (n = 22) 19,2%; Hymenolepis nana (n = 24) 11,4% e (n = 18) 15,7% e Entameoba histolytica (n = 16) 7,61% e (n = 14) 12,2% em homens e mulheres, respectivamente. O estudo indica que os parasitas intestinais que mais ocorreram no presente estudo foram Ascaris lumbricoides 58,0% (n = 122), seguidos por ancilóstomos 41,9% (n = 88). Estudantes do sexo masculino foram mais infectados do que do sexo feminino no presente estudo.


Subject(s)
Animals , Male , Female , Child , Parasites , Intestinal Diseases, Parasitic/epidemiology , Pakistan/epidemiology , Schools , Prevalence , Feces
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