Cytogenetic study in sand spiders (Sicariidae) from the brazilian Caatinga: sex chromosome system diversity in closely related species / Estudio citogenético en arañas de arena (Sicariidae) de la Caatinga brasileña: diversidad del sistema de cromosomas sexuales en especies estrechamente relacionadas

ABSTRACT In this study, we investigated the chromosomes of three species of Sicarius spiders from the Brazilian Caatinga, using classical and molecular cytogenetic techniques. Based on the phylogenetic approach, we also discussed about the variation of diploid number, types of sex chromosome system and changes in the localization of ribosomal genes of Scytodoidea. Sicarius are Synspermiata spiders that together with the genera Loxosceles and Hexophthalma constitute the family Sicariidae. In this group, the available cytogenetic data showed a low diploid number range (2n♂=18 to 2n♂=23) and the presence of only multiple sex chromosome systems (X1X2Y and X1X20). Mitotic metaphase cells exhibited 2n♂=16+X1X2Y for Sicarius cariri and S. ornatus, and 2n♂=18+XY for S. tropicus. In these species, silver impregnation revealed nucleolar organizer region (Ag-NOR) on the terminal region of pair 1. In S. ornatus and S. tropicus, the results obtained with fluorescent in situ hybridization (FISH) using 18S rDNA probe were similar to Ag-NOR, however in S. cariri, the ribosomal sites were localized in the terminal region of the X1 sex chromosome. In this work, we presented the first description of a simple sex chromosome system for Sicariidae, helping to understand how the XY sex chromosome system evolved from the X1X2Y system. Additionally, FISH data incongruous with Ag-NOR indicate that the cytogenetic studies in Sicariidae allow investigating the relation between the karyotype evolution and the distribution and the activity of rDNA genes.

RESUMEN En este estudio, investigamos los cromosomas de tres especies de arañas Sicarius de la Caatinga brasileña, utilizando técnicas de citogenética clásica y molecular. Usando un enfoque filogenético, también discutimos la variación del número diploide, los tipos de sistema cromosómico sexual y los cambios en la localización de los genes ribosómicos en Scytodoidea. Los Sicarius son arañas Synspermiata que, junto con los géneros Loxosceles y Hexophthalma, constituyen a la familia Sicariidae. En este grupo, los datos citogenéticos disponibles mostraron un rango de número diploide bajo (2n♂=18 a 2n♂=23) y únicamente la presencia de sistemas de cromosomas sexuales múltiples (X1X2Y y X1X20). Las células mitóticas en metafase mostraron 2n♂=16+X1X2Y para Sicarius cariri y S. ornatus, y 2n♂=18+XY para S. tropicus. En estas especies, la impregnación de plata reveló la región organizadora nucleolar (Ag-NOR) en la región terminal del par 1. En S. ornatus y S. tropicus, los resultados obtenidos con la hibridación in situ fluorescente (FISH) utilizando la sonda de ADNr 18S fueron similares a los de Ag-NOR, sin embargo, en S. cariri los sitios ribosomales se localizaron en la región terminal del cromosoma sexual X1. En este trabajo, presentamos la primera descripción de un sistema cromosómico sexual simple para Sicariidae, ayudando a entender cómo el sistema cromosómico sexual XY evolucionó a partir del sistema X1X2Y. Además, los datos de FISH incongruentes con Ag-NOR indican que los estudios citogenéticos en Sicariidae permiten investigar la relación entre la evolución del cariotipo y la distribución y la actividad de los genes de ADNr.

Delimitation of some neotropical laccate Ganoderma (Ganodermataceae): molecular phylogeny and morphology / Delimitación de algunos Ganoderma (Ganodermataceae) lacados neotropicales: filogenia molecular y morfología

Ganoderma includes species of great economic and ecological importance, but taxonomists judge the current nomenclatural situation as chaotic and poorly studied in the neotropics. From this perspective, phylogenetic analyses inferred from ribosomal DNA sequences have aided the clarification of the genus status. In this study, 14 specimens of Ganoderma and two of Tomophagus collected in Brazil were used for DNA extraction, amplification and sequencing of the ITS and LSU regions (rDNA). The phylogenetic delimitation of six neotropical taxa (G. chalceum, G. multiplicatum, G. orbiforme, G. parvulum, G. aff. oerstedtii and Tomophagus colossus) was determined based on these Brazilian specimens and found to be distinct from the laccate Ganoderma from Asia, Europe, North America and from some specimens from Argentina. Phylogenetic reconstructions confirmed that the laccate Ganoderma is distinct from Tomophagus, although they belong to the same group. The use of taxonomic synonyms Ganoderma subamboinense for G. multiplicatum, G. boninense for G. orbiforme and G. chalceum for G. cupreum was not confirmed. However, Ganoderma parvulum was confirmed as the correct name for specimens called G. stipitatum. Furthermore, the name G. lucidum should be used only for European species. The use of valid published names is proposed according to the specimen geographical distribution, their morphological characteristics and rDNA analysis. Rev. Biol. Trop. 62 (3): 1197-1208. Epub 2014 September 01.

Ganoderma incluye especies de gran importancia económica y ecológica, sin embargo, su nomenclatura actual es caótica y poco estudiada en el neotrópico. En este estudio se utilizaron 14 muestras de Ganoderma y dos de Tomophagus recolectados en Brasil para la extracción de ADN, amplificación y secuenciación de las regiones ITS y LSU. La delimitación filogenética de seis táxones neotropicales fue discutida con base en especímenes brasileños y secuencias del GenBank. Estas especies mostraron ser distintas de los Ganoderma lacados de Asia, Europa, América del Norte y de algunos ejemplares de Argentina. Las reconstrucciones filogenéticas confirman que los Ganoderma lacados son distintos de Tomophagus, aunque pertenecen al mismo grupo. No se confirman los sinónimos de G. subamboinense a G. multiplicatum, de G. boninense a G. orbiforme y G. chalceum a G. cupreum. G. parvulum se confirma como el nombre correcto para G. stipitatum. G. lucidum sólo se debe utilizar para especies europeas. Por lo tanto, se propone el uso de nombres publicados válidamente de acuerdo con la distribución geográfica de las muestras, características morfológicas y análisis de ADNr.

IDENTIFICACIóN MOLECULAR DE HONGOS AISLADOS DE TEJIDOS DE FRíJOL CON S͍NTOMAS DE ANTRACNOSIS / Molecular Identification of Fungi Isolated from Bean Tissues with Anthracnose Symptoms

En este estudio se realizó el aislamiento de hongos en tejidos foliares y vainas de fríjol con síntomas de antracnosis, procedentes de cultivos de diferentes municipios del departamento de Antioquia (Colombia). La identificación de los aislamientos se realizó con base en la secuenciación de las regiones ITS del ADN ribosomal y se confirmó por observación microscópica de estructuras reproductivas en aquellos aislamientos que esporulaban en medios de cultivo. En todas las muestras sintomáticas, se logró el aislamiento del agente causal de la antracnosis, .Colletotrichum lindemuthianum, siendo confirmada su identidad por PCR dúplex con cebadores específicos CD1/CD2 y CY1/CY2. En adición se obtuvieron 17 hongos endófitos, 14 de los cuales no esporularon en medio de cultivo (.Myceliasterilia), siendo identificados mediante análisis filogenéticos de regiones ITS como miembros de los Ascomycetes .Leptosphaerulina (tres aislamientos), .Diaporthe (tres aislamientos), .Gibberella (un aislamiento), .Plectosphaerella (un aislamiento) y .Biscogniauxia (un aislamiento); y de los géneros mitospóricos: Phoma (dos aislamientos), .Alternaria (dos aislamientos) y .Stemphylium (un aislamiento). Los tres hongos restantes se identificaron con base en caracteres morfológicos y secuenciación como miembros de los géneros Fusarium (dos aislamientos) y de la especie Curvularia lunata (un aislamiento). Este estudio aumenta el conocimiento de la micobiota de leguminosas, como base para el desarrollo de estudios futuros que permitan evaluar el efecto de estos hongos sobre el desarrollo de enfermedades como la antracnosis y de otros problemas bióticos y abióticos del cultivo del fríjol.

In this work, endophytic fungi from leaves and pods of bean presenting anthracnose symptoms were isolated from plants collected at different municipalities in the province of Antioquia (Colombia). Isolates were identified by sequencing the rDNA ITS regions together with the examination of reproductive structures during sporulation in culture media.Colletotrichum lindemuthianum, the causal agent of anthracnose was isolated in all samples showing symptoms of this disease. These results were confirmed by duplex PCR using the specific primers CD1/CD2 and CY1/CY2. Additionally, 17 endophytic fungi were obtained. Fourteen isolates did not sporulate in culture media (.Myceliasterilia) but were identified by phylogenetic analysis of the ITS regions as the Ascomycetes: .Leptosphaerulina (3), .Diaporthe (3), .Gibberella (1), .Plectosphaerella (1) and .Biscogniauxia (1) and the mitosporic genera Phoma (2), .Alternaria (2) and .Stemphylium (1). Three isolates were identified combining morphological and molecular analysis as Fusarium (2) and Curvularia lunata (1). This work increases our knowledge of the mycobiota of legume plants and will serve as support of future studies aimed at determining the effect of these fungi on the development of anthracnose as well as other problems affecting the bean crop.

Identificación oolecular de microorganismos asoiados a la rizosfera de plantass de vainilla en Colomiia / Molecular Identification of Microorganisms Associated to the Rhizosphere of Vanilla Plants in Colombia

El cultivo de vainilla es altamente promisorio en Colombia, pero se requiere mayor conocimiento de su manejo agronómico y de los microorganismos que crecen asociados a su rizosfera, de los cuales depende esta planta para su nutrición y crecimiento. En este trabajo se realizaron aislamientos de microorganismos de la rizosfera de plantas de vainilla en un cultivo piloto ubicado en el municipio de Sopetrán (Antioquia, Colombia). Los microorganismos se aislaron en medios selectivos de crecimiento para evaluar su capacidad para descomponer celulosa, proteínas, solubilizar fosfato inorgánico y orgánico (fitato) y fijar nitrógeno en forma asimbiótica. Una vez aislados y purificados, se obtuvieron un total de 109 aislamientos, de los cuales se seleccionaron 52 morfotipos para su identificación molecular por secuenciación de las regiones ITS y 16S del ADN ribosomal para hongos y bacterias, respectivamente. Se encontró una alta variedad de microorganismos en la rizosfera de plantas de vainilla, destacándose las bacterias Bacillus megaterium, Pseudomonas koreensis y Acinetobacter sp. y el hongo Plectosphaerella sp., por su potencial para ser utilizados como biofertilizantes destinados a mejorar la nutrición y el crecimiento de estas plantas.

The cultivation of vanilla (Vanilla planifolia) is highly promising in Colombia, but more research is needed on its agronomical management and beneficial microorganisms that grow associated to its rhizosphere, on which the plant depends for its nutrition and growth. This study involved the identification of microorganisms associated to the rhizosphere of vanilla plants in a crop located in Sopetrán, Colombia. The microbes were isolated in selective media for functional groups such as cellulolytic, proteolytic, inorganic and organic phosphate (phytate) solubilizers, and asymbiotic nitrogen fixing bacteria. After isolation and purification, 109 microbial isolates were obtained. DNA was extracted from 52 selected isolates for molecular identification based on ITS and 16S rDNA sequencing, for fungi and bacteria, respectively. The diversity of rhizosphere microorganisms found was significant. Bacteria such as Bacillus megaterium, Pseudomonas koreensis and Acinetobacter sp., and the fungus Plectosphaerella sp., may have a high potential to be used as biofertilizers to improve vanilla plant nutrition and growth.

PRIMER REPORTE DE Cryptosporidium parvum EN TERNEROS HOLSTEIN (Bos taurus) DE MANIZALES, CALDAS, COLOMBIA / FIRST REPORT OF Cryptosporidium parvum IN HOLSTEIN CALVES (Bos taurus) FROM MANIZALES, CALDAS, COLOMBIA

El objetivo de este estudio fue identificar especies o genotipos del protozoario parásito Cryptosporidium presentes en heces colectadas de terneros Holstein del municipio de Manizales, Departamento de Caldas, Colombia. El ADN fue extraído a 80 muestras de materia fecal, de las cuales 11 fueron diagnosticadas positivas para Cryptosporidium spp., mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR). El análisis PCR-RFLP del locus 18S ADNr, identificó la presencia de Cryptosporidium parvum en todas las muestras positivas analizadas. Este hallazgo sugiere que el ganado puede ser una fuente potencial de infección por Cryptosporidium en humanos y se constituye en el primer reporte publicado de C. parvum en bovinos de Manizales, Caldas.

The objective of this study was to identify species or genotypes of Cryptosporidium parasite present in feces collected from Holstein calves in Manizales city, Caldas Department, Colombia. DNA was extracted from 80 fecal samples, which 11 were diagnosed positive for Cryptosporidium spp., by the Polymerase Chain Reaction method. PCR-RFLP analysis of 18S rDNA locus identified the presence of Cryptosporidium parvum in all samples tested positive. This finding suggests that cattle may be a potential source of human infection by Cryptosporidium, and it becomes the first published report of C. parvum in cattle in Manizales, Caldas.

Identificación de bacterias productoras de Polihidroxialcanoatos (PHAs) en suelos contaminados con desechos de fique / Identification of polyhydroxyalkanoate-producing bacteria in soils contaminated with fique wastes

Los Polihidroxialcanoatos (PHAs) son biopolímeros con características similares a los plásticos sintéticos, pero rápidamente biodegradables dado su origen microbiano. En esta investigación se aislaron 248 colonias bacteriales de suelos contaminados con residuos del beneficio de fique en Guarne (Antioquia), evaluándose su capacidad como productoras de PHAs. Se realizaron tinciones con rojo y azul de Nilo y detección por PCR del gen PhaC. Las bacterias positivas a dichas pruebas, fueron identificadas utilizando análisis filogenético de secuencias de 16S del ADNr y pruebas bioquímicas. Finalmente, se evaluó, mediante cromatografía de gases con detector selectivo de masas GC-MS/SIM, la naturaleza química del biopolímero, a partir de la biomasa generada en un ensayo de fermentación en cultivo sumergido, con medio mínimo de sales suplementado con glucosa como fuente de carbono. Cuatro cepas de los morfotipos bacteriales encontrados, presentaron potencial para producir PHAs, de los cuales dos fueron identificados como miembros de la especie Bacillus megaterium, uno como B. mycoides y el otro como Gordonia sp. El gen PhaC se detectó en los dos aislamientos de B. megaterium. El análisis cromatográfico permitió detectar al Polihidroxibutirato (PHB) como el principal componente de los PHAs presentes en B. megaterium, cuantificándose entre 63.8 mg/g y 95.3 mg/g de PHB en los ensayos de fermentación. Las bacterias aisladas tienen potencial en la producción de PHAs a partir de residuos agroindustriales, incluyendo el jugo de fique, lo que contribuiría a la reducción de su condición contaminante.

Polyhydroxyalkanoates (PHAs) are biodegradable biopolymers of bacterial origin with properties similar to conventional plastics. In this work, bacteria were isolated from soils contaminated with fique wastes in the municipality of Guarne (Antioquia) and their ability to produce PHAs was evaluated. Bacteria were stained with Nile blue and Nile red and the PhaC gene detected by PCR. Positive bacteria were identified by phylogenetic analysis of 16S rDNA and biochemical tests. The chemical nature of the biopolimers was determined by gas chromatography GC-MS/SIM using biomass produced in a submerged fermentation in a minimal media supplemented with glucose as sole carbon source. Four bacterial morphotypes identified as Bacillus megaterium (2), B. mycoides (1) and Gordonia sp. (1) showed potential to produce PHAs. However, the PhaC gene was detected in B. megaterium. Chromatographic analysis showed polyhydroxybutirate (PHB) to be the main component in the PHAs produced by B. megaterium with levels between 63.8 mg/g and 95.3 mg/g in the fermentation test. The isolated bacteria have potential to produce PHAs, generating added value to the Agro-industrial waste, as in the fique industry, and reducing its contamination impact.

Caracterización molecular de aislados de Acanthamoeba spp / Molecular characterization of Acanthamoeba spp isolates

Las especies del género Acanthamoeba tiene una amplia distribución, lo cual junto a sus estrecha relación con el humano aumenta la probabilidad de actuar como agente etiológico de enfermedades de gravedad variable según el estado inmunológico del individuo . La presencia de estos microorganismos en pacientes con queratitis, dermatitis y encefalitis, es subestimada como agente causal. Debido a la subjetividad limitada sensibilidad y especificidad en la identificación de estos microorganismos solo por morfología, es importante el empleo de herramientas moleculares. El objetivo de esta investigación se centró en la caracterización molecular de 14 aislados mantenidos en medio Pagé modificado en el Laboratorio de Amibiasis de la Escuela de Bioanálisis de la UCV, procedentes de muestras biológicas, mediante el empleo de PCR-RFLP (HinfI, HhaI, HaeIII), previamente identificados morfológicamente como el género Acanthamoeba, según los parámetros propuestos por Pussard y Pons, 1997. Todos los aislados se excluyeron del Grupo I por tener quistes de menos de 18 µm. De los 14 aislados seleccionados , 50% presentó características morfológicas compatibles con el Grupo II mientras que el otro 50% fue compatible con el grupo III. Desde el punto de vista molecular, 86% de los aislados clasificados como Grupo II amplificaron productos de PCR de 900 pb, y el 100% de los aislados del Grupo III de 700 pb, así como el 14% restante del Grupo II. Se Observó una tendenciaque sugiere, que a mayor tiempo (años) de mantenimiento en medios de cultivo, se espera un producto de PCR de 700 pb y variaciones fenotípicas en estos microorgnismos. Los aislados del Grupo III no se pudieron caracterizar molecularmente por PCR-RFLP, debido a que el patrón de digestión con las enzimas de restricción no coincidió con patrones publicados por Kong y Chung, 1996. Respecto al Grupo II, 71% (5/6) de los aislados se identificó a nivel de especie por medio del RFLP. Se identificó a A13 y A14 como A...

Members of the genus Acanthamoeba, have a wide distribution of pathogenic species, it`s close relationship with humans increases the probality of life threatening or critical health conditions depending on the immne status of the patient. Usually these protozoans are not considered as the main cause of keratitis, dermatitis, and encephalitis in patients. As a consequence of the low sensibility, specificity, and high subjectivity that involves the morphologic identification of this microorganisms, has been considered the importance of the use of molecular analyses for its identification. By PCR-RFLP analyses, where characterized 14 isolates of Acanthamoeba spp. maintained in Page (modified) culture media in El Laboratorio de Amibiasis de la Escuela de Bioanálisis de la UCV, from clinical samples. These isolates where previously identified as Acanthamoeba using morphological methods as established for Pussard and Pons, 1997. 100% of the isolates where excluded from morphological Group I for showing sizes under 18 µm. However 50% of the isolates where classified as members of morphological Group II and the other 50% as members of morphological Group III. Furthermore, 86% of the isolates classified as Group II exhited PCR products of 900 pb as expected, while 100% of the isolated classified as Group III and 14% of the remaining isolates from Group II showed PCR products of 700 pb. In addition, it`s been observed a tendency suggesting that the longer (time in years) the microorganism are maintained in culture conditions, it is expected to obtain a PCR product of 700 pb and major phenotypic alteracions. Moreover, species of isolates from Group III were not identified, because they showed patterns of digestion with restriction enzymes HinfI, HhaI y HaeIII that differed from the reference ones published in 1996 by Kong y Chung. On the other hand, 71% of the isolates belonging to Group II showed patterns of identificatiob compatibles with the reference Kong & Chung...

Caracterización fenotípica y genotípica de doce rizobios aislados de diversas regiones geográficas de Venezuela

Phenotypic and genotypic characterization of twelve rhizobial isolates from different regions of Venezuela. Rhizobial taxonomy and systematics have progressed substantially, nevertheless, few studies have been developed on venezuelan species. This study evaluated the phenotypic and genetic variation between 12 venezuelan indigenous rhizobial isolates and 10 international referential strains, by phenotypical traits and DNA molecular markers. In this regard, a PCR-RFLP of the 16S rDNA gene, the presence of large plasmids, metabolic assays in solid media, salinity resistance, pH and temperature growth conditions, and intrinsic antibiotic resistance were assayed. In reference to the phenotypic attributes, we recognized three main groups: A group I, which comprised all the strains metabolizing between 67.5%-90% of the C and N sources. They were also acid-tolerant, as well as acid producers, capable of growing at 40ºC and in high salinity conditions (2-2.5% NaCl). With regard to the antibiotic sensitivity, this group was susceptible to a 30% of the antibiotic assayed. Strains belonging to Group II exhibited a lower salt tolerance (0.1-1.5%NaCl), as well as a lower acid tolerance, since they grew well at pH values equal or higher than 5.0. This group appeared to be resistant to all of the antibiotics assayed and only metabolized between 52.5%-82.5% of the C and N sources. Group III was represented by a single bacterial strain: it has a extremely low salt tolerance (0.1% NaCl). This strain grew at a pH equal or higher than 5.6, was susceptible to 50% of the antibiotics assayed and metabolized 72% of the C and N sources. On the basis of a PCR- RFLP of the 16S rDNA, three groups were also obtained. Members of the group A showed a close resemblance to Rhizobium tropici CIAT 899 and Sinorhizobium americanum CFN-EI 156, while Group B was closely related to Bradyrhizobium spp. Group C, was also represented by only one isolate. The Trebol isolate, was the only one strain able to form nodules and does not appear to be related to any of the referential rhizobial strains, suggesting a possible symbiotic horizontal gene transfer. Finally, in this work, there are evidences of a genetic diversity in the venezuelan rhizobial strains. A different geographical origin is perhaps an important factor affecting the diversity of the indigenous rhizobia in this study. Rev. Biol. Trop. 59 (3): 1017-1036. Epub 2011 September 01.

Rasgos fenotípicos y marcadores moleculares de ADN se utilizaron para investigar la variación fenotípica y genética entre 12 aislados rizobianos venezolanos y 10 cepas de referencia internacionales. Para ello, se realizó un PCR-RFLP del gen rDNA 16S, la presencia de plásmidos grandes, análisis metabólicos en medios sólidos, resistencia a la salinidad, condiciones del crecimiento a diferentes pH y temperaturas y la resistencia intrínseca a antibióticos. En referencia a las cualidades fenotípicas, se diferenciaron tres grupos principales, un grupo I que abarcó a todas aquellas cepas que metabolizaban entre 67.5% y 90% de las fuentes de C y de N. También eran tolerantes a la acidez y productoras de ácido, capaces de crecer a 40ºC y a altas condiciones de salinidad (NaCl 2-2.5%). Con respecto a la sensibilidad a antibióticos, este grupo era susceptible a un 30% de los antibióticos empleados. Las cepas que pertenecen al grupo II exhibieron una tolerancia salina más baja (0.1- 1.5%NaCl), así como una menor tolerancia a la acidez, puesto que crecieron bien en valores de pH iguales o mayores a 5.0. Este grupo era resistente a todos los antibióticos probados y metabolizaban solamente entre 52.5%-82.5% de las fuentes de C y de N. Una sola cepa bacteriana representó al grupo III, con una baja tolerancia salina (0.1% NaCl). Este aislado creció a un pH mayor o igual a 5.6, era susceptible a 50% de los antibióticos probados y metabolizó el 72% de las fuentes de C y de N. Al tener como base el PCR-RFLP del 16S rDNA, se diferenciaron también tres grupos. Los miembros del grupo A demostraron una estrecha relación con Rhizobium tropici CiAT 899 y Sinorhizobium americanum CFN-Ei156, mientras que el grupo B está estrechamente vinculado a Bradyrhizobium spp. El grupo C, está representado por solo un aislado. El aislado Trebol, fue la única cepa capaz de formar nódulos y no aparece relacionado con ninguna cepa de referencia, y sugiere una transferencia horizontal de genes simbióticos. Finalmente, en este trabajo se evidencia una diversidad genética en las cepas rizobianas venezolanas. El origen geográfico diverso de estas cepas, quizás sea un factor importante que influencie la diversidad de los rizobios indígenas utilizados en este estudio.

Filogenia de hongos roya (Uredinales) en la zona andina colombiana mediante el uso de secuencias del ADN ribosomal 28S

Phylogenetic analysis of rust fungi (Uredinales) from the Colombian Andean region using 28S ribosomal DNA sequences. Rust fungi (Uredinales, Basidiomycetes) are one of the most diverse and economically important plant-obligated parasites. Taxonomy of this group has been under revision during the last years using molecular techniques to define phylogenetic relationships. In this study we evaluated the phylogenetic affinities of a group of 40 rust fungi obtained from different plants in the Colombian Andean region using sequence analysis of the 28S ribosomal DNA, specifically D1/D2 domains. Comparisons were undertaken with sequences of rust fungi from around the world deposited in the GenBank database. An alignment of sequences was used to build a phylogenetic tree through Maximum parsimony analysis. Our results support the taxonomical validity of families Pucciniaceae, Phakopsoraceae, Phragmidiaceae, Pileolariaceae, Mikronegeriaceae, Coleosporiaceae and Cronartiaceae, while Pucciniosiraceae represents redundant taxa with Pucciniaceae. The analyses indicated that Uropyxidaceae, Raveneliaceae, Chaconiaceae and Pucciniastraceae correspond to poly-phyletic families. Melampsoraceae appear to be a basal taxon to the Uredinales. Information obtained in this study will be useful to incorporate a higher number of sequences from tropical rust fungi within global efforts to redefine the taxonomy of order Uredinales. Additionally, we propose to give priority to future phylogenetic studies of taxa: Gerwasia, Hemileia, Phragmidium, Prospodium, Puccinia and Uromyces, genera that include a high number of rust fungi from the tropics. Rev. Biol. Trop. 59 (2): 517-540. Epub 2011 June 01.

Los hongos roya (Uredinales, Basidiomycetes) representan uno de los grupos de fitoparásitos más diversos y con mayor importancia económica agrícola mundial. Su taxonomía se ha basado en el estudio de caracteres morfológicos, que resulta en muchos casos en la formación de taxones polifiléticos. Sin embargo, en los últimos años se han tratado de incorporar herramientas moleculares que conduzcan a la generación de sistemas de clasificación basados en afinidades evolutivas. Este trabajo pretendió aumentar la base del conocimiento sobre la uredobiota tropical, mediante el estudio de características morfológicas y filogenéticas de un grupo de royas de los Andes de Colombia. Para esto se secuenció parte de la región 28S del ADNr y se realizó un análisis de agrupamiento mediante Máxima parsimonia. Los resultados confirmaron la validez de las familias Pucciniaceae, Phakopsoraceae, Phragmidiaceae, Pileolariaceae, Mikronegeriaceae, Coleosporiaceae y Cronartiaceae, mientras que Pucciniosiraceae es un taxón redundante con Pucciniaceae. Por su parte, Uropyxidaceae, Raveneliaceae, Chaconiaceae y Pucciniastraceae se muestran como familias polifiléticas. Aparentemente Melampsoraceae se presenta como un taxón basal al grupo. La información que se deriva de este estudio se espera sea incorporada en los estudios mundiales que buscan redefinir el sistema taxonómico de los hongos roya.

Comunidades de hongos actinomicetos en tres tipos de vegetación de la Amazonia colombiana: abundancia, morfotipos y el gen 16s ADNr

Communities of Actynomicetes fungy in three vegetation types of the Colombian Amazon: abundance, morphotypes and the 16s rDNA gene. Among soil microorganisms, Actinomycetes play an important role in the sustainability of natural and agricultural systems: decomposition of organic matter; degradation of recalcitrant compounds like lignin; nitrogen fixation; degradation of agricultural chemicals and biological control in plants and animals. We evaluated their diversity in soils under three different vegetation covers (pasture, tropical primary forest and stubble) at two depths in the Southern Colombian Amazon border. We collected five replicates per vegetation type (in each, three samples at 0-20cm and three at 20-30cm; for a total of 30 samples). Abundance and phenotypic diversity were determined by plate counting. Genomic DNA was extracted from the isolates: the 16s rDNA gene was amplified with specific primers, and its genetic diversity was estimated by means of an amplified restriction analysis (ARDRA). Actynomicetes abundance varied with vegetation and depth, possibly reflecting presence of earthworms, macro-fauna and physico-chemical characteristics associated to fertility, as well as organic matter, total bases, and optimal capacity to cationic interchange. Primary forests had the highest diversity. Sixteen morpho-types (six genera) were identified; Streptomyces was the most abundant everywhere. The heterogeneity of ARDRA patterns prevented species identification because of the intra-species variability in sequences of 16s rDNA operons. This community is a biological indicator of landscape alteration and could include new bio-active compounds of pharmaceutical interest. Rev. Biol. Trop. 57 (4): 1119-1139. Epub 2009 December 01.

Los actinomicetos son importantes en la sostenibilidad de sistemas naturales. Su diversidad fue evaluada en suelos de bosque, pastizal y rastrojo, y dos profundidades en el Sur del Trapecio Amazónico Colombiano. Se analizaron suelos de cinco repeticiones por cobertura para un total de 15 unidades. Se tomaron seis muestras en cada unidad y dos profundidades, para un total de 30. Los actinomicetos cultivables se determinaron por recuento en placa, se extrajo ADN, se amplificó el gen ADNr 16s y su diversidad genética se estimó por ARDRA. Hubo diferencias de abundancia entre coberturas y profundidades, relacionadas con la vegetación, presencia de lombrices, macrofauna, altos niveles de materia orgánica, y bases totales. Se obtuvieron valores de diversidad fenotípica similares para las tres coberturas, pero los bosques son más diversos. Se identificaron 16 morfotipos, agrupados en séis géneros, siendo Streptomyces el más abundante. La heterogeneidad de los patrones ARDRA no permitió la asignación de especies, reflejándose variaciones en las secuencias de diferentes operones ADNr 16s en un mismo organismo. Las perturbaciones en la cobertura influyen sobre los actinomicetos, generando cambios en su abundancia y diversidad. Su importancia ecológica permite proponerlos como indicadores biológicos de alteración del paisaje.

Utilidad del Sistema API 20NE para identificar especies del género Acinetobacter y otros bacilos gramnegativos no fermentadores / Use of the API 20NE System to identify species of the Acinetobacter genus and other non fermenting gram-negative bacilli

Se utilizaron 62 cepas identificadas inicialmente como bacilos gramnegativos no fermentadores (BGNNF), aisladas de pacientes con diagnóstico de infección nosocomial, con el objeto de determinar su género y especie. Cuarenta y cinco cepas fueron identificadas como Acinetobacter baumannii, 10 como Pseudomonas aeruginosa, 3 como Stenotrophomonas maltophilia, 3 como Comamonas acidovorans y 1 como Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans, mediante el API 20NE. Con respecto a las cepas de Acinetobacter, el ARDRA permitió identificar 20 cepas como A. baumannii y 23 como Acinetobacter genoespecie 13TU, pero 2 cepas no fueron identificadas por este método. La secuencia de la subunidad 16S del ADNr de todas las cepas incluidas en este estudio permitió identificar 20 cepas como A. baumannii, 23 cepas como Acinetobacter RUH1139, 10 como P. aeruginosa, 4 como A. xylosoxidans subsp. xylosoxidans (2 de estas cuatro cepas habían sido identificadas como A. baumannii mediante API20NE), 3 como S. maltophilia, 1 como C. acidovorans y 1 como β-Proteubacterium. Las discrepancias entre la identificación bioquímica por API 20NE y por ARDRA, para diferenciar las genoespecies de Acinetobacter, fue resuelta por la secuenciación de la subunidad 16S del ADNr, indicando que la identificación de los aislados de Acinetobacter, entre otros BGNNF, mediante API 20NE, debe ser confirmada por técnicas genéticas.

We used 62 strains initially identified as non fermenting gram-negative bacilli (NFGNB) isolated from patients with a nosocomial infection diagnosis with the purpose of identifying their genus and species. Forty five strains were identified as Acinetobacter baumannii, 10 as Pseudomonas aeruginosa, 3 as Stenotrophomonas maltophilia, 3 as Comamonas acidovorans and 1 as Achromobacter xylosoxidans subspecies xylosoxidans through the API 20NE. Regarding the Acinetobacter strains, the ARDRA allowed to identify 20 strains as A. baumannii and 23 as Acinetobacter genospecies 13TU, but 2 strains were not identified with this method. The ADNr 16S sequence of all the strains included in this study allowed to identify 20 strains as A. baumannii, 23 strains as Acinetobacter RUH1139, 10 as P. aeruginosa, 4 as A. xylosoxidans subsp. xylosoxidans (2 of these four strains strains had been identified as A. baumannii through API20NE), 3 as S. maltophilia, and 1 as C. acidovorans and 1 as β-Proteubacterium. The discrepancies between the biochemical identification by API 20NE and by ARDRA to differentiate the Acinetobacter genospecies was resolved by the ADNr16S sequencing, indicating that the identification of the Acinetobacter isolates, among other NFGNB, through API 20NE, should be confirmed through genetic techniques.

DIVERSIDAD GENÉTICA DE Peronospora sparsa (PERONOSPORACEAE) EN CULTIVOS DE ROSA DE COLOMBIA / Genetic Diversity of Peronospora sparsa (Peronosporaceae) on Rose Crops From Colombia

El mildeo velloso de la rosa es la enfermedad más limitante de este cultivo en Colombia . Aunque algunos trabajos de investigación se han adelantado recientemente sobre la epidemiología de esta enfermedad, uno de los campos menos estudiados es el nivel de variabilidad de su agente causal. El conocimiento de este aspecto es fundamental para definir las estrategias de manejo, especialmente aquellas relacionadas con la resistencia genética y el control químico. Los objetivos de esta investigación fueron confirmar la identidad taxonómica del agente causal del mildeo velloso de la rosa y profundizar en el conocimiento de su estructura poblacional en Colombia . Para esto se colectaron 34 aislamientos del pseudohongo en cultivos de rosas ubicados en Antioquia y la sabana de Bogotá y se extrajo su ADN, para proceder a la amplificación mediante PCR de la región ITS del ADNr utilizando los primers especieespecíficos PS3 y PS1. Dichos productos se emplearon tanto para su secuenciación directa como para la evaluación de variabilidad genética mediante la técnica PCRRFLP, resultados que se complementaron con la utilización de los marcadores RAPD y RAMS. La presencia de un amplicón de aproximadamente 700 pb que compartió un porcentaje de identidad del 100% con secuencias depositadas en el GenBank, permitió confirmar a los aislamientos como pertenecientes a Peronospora sparsa, mientras que el análisis de RFLP, RAPD y RAMS indicó un muy bajo nivel de variabilidad entre todos los aislamientos, concluyéndose que la población de P. sparsa en Colombia es predominantemente clonal.

Downy mildew of roses is the most restrictive disease of this crop in Colombia . Although some studies have been carried out on the epidemiology of this disease, one of the fields less studied is the level of variability of its causal agent. The knowledge of this aspect is fundamental to define management strategies, especially those related with the genetic resistance and the chemical control. The objectives of this research were to confirm the taxonomic identity of the causal agent of downy mildew of rose and to deepen in the knowledge of their population structure in Colombia. Thirtyfour isolates of the pseudofungi were collected in rose crops located in Antioquia and the Savanna of Bogota and their DNA was extracted to amplify by PCR the ITS region of the DNAr using the species-specific primers PS3 and PS1. The products were used for their direct sequencing and to evaluate genetic variability by PCR-RFLP. Additionally the study was complemented throught RAPD and RAMS markers. Presence of a band of approximately 700 pb that shared a percentage of identity of 100% with sequences deposited in the GenBank, allowed to confirm the identity of the isolates as belonging to Peronospora sparsa, while the analysis of RFLP, RAPD and RAMS indicated a very low level of variability among all the isolates, concluding that the population of P. sparsa in Colombia is predominantly clonal.