Evaluación de los sistemas comerciales automatizados VITEK 2 y API 20NE para la identificación de organismos del complejo Burkholderia cepacia aislados de muestras clínicas / Evaluation of commercial systems VITEK 2 and API 20NE for identification of Burkholderia cepacia complex bacteria from clinical samples

Las especies del complejo Burkholderia cepacia (CBC) son capaces de causar infecciones crónicas del tracto respiratorio en pacientes con fibrosis quística y en otros individuos inmunocomprometidos. La mayoría de estas especies exhiben alta resistencia a la terapia antibiótica, lo que genera la necesidad de una detección rápida y precisa para poder implementar estrategias de control adecuadas. En este trabajo se utilizó la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para amplificar el gen recA (PCR-recA), con el fin de identificar microorganismos pertenecientes al CBC. Con este método molecular como referencia, se evaluó la sensibilidad (S) y la especificidad (E) de dos sistemas de identificación comerciales automatizados, VITEK 2 y API 20NE (bioMérieux®), así como también el valor de las pruebas bioquímicas manuales más representativas para la identificación de estos microorganismos. El método VITEK 2 presentó una S del 71,1 % y una E del 100 %; para el método API 20NE, estos valores fueron 69,7 % y 90,2 %, respectivamente. En cuanto a las pruebas fenotípicas manuales, los resultados obtenidos fueron más heterogéneos, lo que posiblemente se deba a que estas bacterias podrían sufrir presión selectiva para sobrevivir en pacientes crónicos y perder factores fenotípicos característicos. La técnica de PCR-recA resultó de fácil implementación, por lo que cabe considerar a esta técnica de identificación como una opción viable, aun en laboratorios de diagnóstico clínico de mediana complejidad.

Species belonging to the Burkholderia cepacia complex (BCC) are capable of causing chronic respiratory tract infections in patients suffering from cystic fibrosis as wel as in immunocompromised individuals. Most of these species are highly resistant to antibiotic therapy, generating the need for their rapid and accurate detection for the proper treatment and clinical management of these patients. In this wok, the polymerase chain reaction (PCR) technique based on the amplification of the recA gene (PCR-recA) was applied for an accurate identification of bacteria belonging to the BCC. Sensitivity (S) and specificity (E) of two biochemically-based commercial automated systems, API 20NE and VITEK 2 (bioMérieux®), and of the most representative biochemical manual tests for the identification of the Burkholderia cepacia complex were herein evaluated. The commercial systems VITEK 2 and API 20NE showed the following sensitivity and specificity vaues for identification to the species level, S: 71.1 %, E: 100 %, S: 69.7 %, E: 90.2 %, respectively. More complex results were observed for phenotypic manual tests, since BCC bacteria can undergo selective pressure to survive in chronic patients causing the loss of their typical phenotypic characteristics. The PCR-recA technique was easy to implement even in medium-complexity clinical diagnostic laboratories.

Utilidad del Sistema API 20NE para identificar especies del género Acinetobacter y otros bacilos gramnegativos no fermentadores / Use of the API 20NE System to identify species of the Acinetobacter genus and other non fermenting gram-negative bacilli

Se utilizaron 62 cepas identificadas inicialmente como bacilos gramnegativos no fermentadores (BGNNF), aisladas de pacientes con diagnóstico de infección nosocomial, con el objeto de determinar su género y especie. Cuarenta y cinco cepas fueron identificadas como Acinetobacter baumannii, 10 como Pseudomonas aeruginosa, 3 como Stenotrophomonas maltophilia, 3 como Comamonas acidovorans y 1 como Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans, mediante el API 20NE. Con respecto a las cepas de Acinetobacter, el ARDRA permitió identificar 20 cepas como A. baumannii y 23 como Acinetobacter genoespecie 13TU, pero 2 cepas no fueron identificadas por este método. La secuencia de la subunidad 16S del ADNr de todas las cepas incluidas en este estudio permitió identificar 20 cepas como A. baumannii, 23 cepas como Acinetobacter RUH1139, 10 como P. aeruginosa, 4 como A. xylosoxidans subsp. xylosoxidans (2 de estas cuatro cepas habían sido identificadas como A. baumannii mediante API20NE), 3 como S. maltophilia, 1 como C. acidovorans y 1 como β-Proteubacterium. Las discrepancias entre la identificación bioquímica por API 20NE y por ARDRA, para diferenciar las genoespecies de Acinetobacter, fue resuelta por la secuenciación de la subunidad 16S del ADNr, indicando que la identificación de los aislados de Acinetobacter, entre otros BGNNF, mediante API 20NE, debe ser confirmada por técnicas genéticas.

We used 62 strains initially identified as non fermenting gram-negative bacilli (NFGNB) isolated from patients with a nosocomial infection diagnosis with the purpose of identifying their genus and species. Forty five strains were identified as Acinetobacter baumannii, 10 as Pseudomonas aeruginosa, 3 as Stenotrophomonas maltophilia, 3 as Comamonas acidovorans and 1 as Achromobacter xylosoxidans subspecies xylosoxidans through the API 20NE. Regarding the Acinetobacter strains, the ARDRA allowed to identify 20 strains as A. baumannii and 23 as Acinetobacter genospecies 13TU, but 2 strains were not identified with this method. The ADNr 16S sequence of all the strains included in this study allowed to identify 20 strains as A. baumannii, 23 strains as Acinetobacter RUH1139, 10 as P. aeruginosa, 4 as A. xylosoxidans subsp. xylosoxidans (2 of these four strains strains had been identified as A. baumannii through API20NE), 3 as S. maltophilia, and 1 as C. acidovorans and 1 as β-Proteubacterium. The discrepancies between the biochemical identification by API 20NE and by ARDRA to differentiate the Acinetobacter genospecies was resolved by the ADNr16S sequencing, indicating that the identification of the Acinetobacter isolates, among other NFGNB, through API 20NE, should be confirmed through genetic techniques.