Assessment of Viral and Atypical Bacterial Agents Using Polymerase Chain Reaction in Patients Presenting with Signs of Acute Respiratory Tract Infection / Evaluación de agentes bacterianos atípicos y agentes virales utilizando la reacción en cadena de la polimerasa en pacientes que se presentan con signos de infección aguda de las vías respiratorias

ABSTRACT Objective: To assess viral and atypical bacterial agents using polymerase chain reaction in patients presenting with signs of acute respiratory tract infection (RTI) to Erzincan Mengucek Gazi Education and Research Hospital, Turkey. Methods: Viral and atypical bacterial agents were explored in patients presenting with RTI between February 1 and June 1, 2017. Genomic isolation was performed using a SolMag®12 fully-automated nucleic acid isolation system and SolMag® Virus Nucleic Acid Isolation Kit. Amplifications were performed using a SmartCycler-II thermocycler (Cepheid) device in accordance with the instructions provided by the manufacturer. Results: Of the 120 patients, 44 (36.6%) were found to have at least one agent. Polymerase chain reaction detected influenza viruses in 28 patients, respiratory syncytial virus in seven, cytomegalovirus (CMV) in six, Herpes simplex virus 1 (HSV1) in two, Chlamydophila pneumonia in two, Human Herpesvirus 6 in one, and Herpes simplex virus 2 in one. Also, coexistent HSV1 and CMV positivity was found in two cases. One patient had positivity in both influenza A and CMV. Among atypical bacterial agents, only two patients were found to have Chlamydophila pneumonia. There was at least one comorbid condition in 48 patients (40%). Of these subjects in whom an agent could be identified, 21 were found to have co-morbidity, while 23 were free of comorbid conditions. Antibiotherapy had been started in 109 (90.8%) of the patients after initial assessment. Sixty-four patients were admitted, and two patients died. Conclusion: Polymerase chain reaction allowed rapid detection of agents responsible for acute RTIs. We believe that this technique may contribute to appropriate use of antibiotics in patients diagnosed with atypical bacterial infection and may prevent unnecessary antibiotherapy in infections caused by viral agents.

RESUMEN Objetivo: Evaluar los agentes bacterianos atípicos y los agentes virales utilizando la reacción en cadena de la polimerasa en pacientes que acuden con signos de infección aguda de las vías respiratorias (IVR) al Hospital de Docencia e Investigación Erzincan Mengucek Gazi, Turquía. Métodos: Se exploraron agentes bacterianos atípicos y agentes virales en pacientes que acudieron con IVR entre el 1 de febrero y 1 de junio de 2017. El aislamiento genómico se realizó con un sistema SolMag®12 de aislamiento de ácido nucleico totalmente automatizado y un Kit SolMag® de aislamiento de ácido nucleico viral. Las amplificaciones se realizaron utilizando un aparato termociclador SmartCycler-II (Cepheid) de acuerdo con las instrucciones proporcionadas por el fabricante. Resultados: De los 120 pacientes, se determinó que 44 (36.6%) tenían al menos un agente. La reacción en cadena de la polimerasa detectó virus de la influenza en 28 pacientes, virus sincitial respiratorio en siete, citomegalovirus (CMV) en seis, herpes virus simplex 1 (HSV1) en dos, Chlamydophila pneumoniae en dos, herpes virus humano 6 en uno, y herpes virus simplex 2 en uno. Por otro lado, se halló positividad coexistente de HSV1 y CMV en dos casos. Un paciente tuvo positividad tanto para la influenza A como para CMV. Entre los agentes bacterianos atípicos, se halló sólo dos pacientes con Chlamydophila pneumonia. Hubo al menos una condición comórbida en 48 pacientes (40%). De estos sujetos en los que se podía identificar un agente, se halló que 21 tenían comorbilidad, mientras que 23 estaban libres de condiciones comórbidas. La antibioterapia había comenzado en 109 (90.8%) de los pacientes después de la evaluación inicial. Sesenta y cuatro pacientes fueron ingresados, y dos pacientes murieron. Conclusión: La reacción en cadena de la polimerasa permitió la rápida de detección de agentes responsables de IVR aguda. Creemos que esta técnica puede contribuir al uso apropiado de antibióticos en pacientes diagnosticados con infección bacteriana atípica normal y puede evitar antibioterapias innecesarias en infecciones causadas por los agentes virales.

Detección de anticuerpos contra agentes virales y bacterias atípicas en el suero de pacientes con infección respiratoria, Estado Zulia- Venezuela, periodo 2005 - 2010 / Detection of Antibodies against Viral Agents and Atypical Bacteria in the Serum of Patients with Respiratory Infections, State of Zulia, Venezuela, 2005-2010

El propósito de este estudio fue detectar anticuerpos contra virus respiratorios y bacterias atípicas en el suero de pacientes con infección respiratoria, en el Estado Zulia-Venezuela entre enero 2005 y diciembre 2010. Se analizaron 283 muestras de pacientes con sintomatología de infección respiratoria, clasificados en grupos etarios de 1-23 meses, 2-6, 7-14, 15-19, 20-40, 41-64 y 65 años de edad y más. La IgM sérica contra agentes virales (Adenovirus, Parainfluenza 1, 2, 3, Influenza A y B y Virus Sincicial Respiratorio) y bacterias atípicas (Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila serogrupo 1, Coxiella burnetii, Chlamydophila pneumoniae) se determinaron por el método de inmunofluorescencia indirecta (IFI). Del total resultaron 113 pacientes seropositivos a los agentes estudiados, no se encontraron coinfecciones. El agente más frecuentemente encontrado fue el VSR (27/113) 23,89% (p<0,01), seguido de Legionella pneumophila serogrupo 1 (19/113) 16,81%, (p<0,001), Adenovirus (16/113) 14,16%, Mycoplasma pneumoniae (15/113) 13,27%, Parainfluenza 1,2,3 (14/113) 12,40% e Influenza A y B (13/113) 11,5%, mientras que para Coxiella burnetii (6/113) se obtuvo 5,31% y para Chlamydophila pneumoniae (3/113) 2,65%. Los más afectados fueron los adultos jóvenes y medios. En conclusión los virus respiratorios causan gran parte de las infecciones en la población analizada, no obstante, es importante destacar la alta frecuencia de bacterias atípicas en la región.

The purpose of this study was to determine the presence of serum antibodies against respiratory viruses and atypical bacteria in patients with respiratory infections in the State of Zulia, Venezuela, between January 2005 and December 2010. Two-hundred eighty-three (283) serum samples from those patients were analyzed. Patients were classified according to age as: 1 to 23 months, 2 to 6 years, 7 to 14, 15 to 19, 20 to 40, 41 to 64 and 65 years old and over. Seric IgM against viral agents (Adenovirus, Parainfluenza 1, 2, 3, Influenza A and B and respiratory syncytial virus: RSV) and atypical bacteria (Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila serotype 1, Coxiella burnetii and Chlamydophila pneumoniae) were determined by indirect immunofluorescence. Of the 283 samples, 113 were seropositive; no co-infections were found. The most frequently found agent was RSV (27/113; 23.89%; p<0.01), followed by Legionella pneumophila serotype 1 (19/113; 16.81%; p<0.001). Adenovirus (16/113; 14.16%), Mycoplasma pneumoniae (15/113; 13.27%), Parainfluenza 1, 2 3 (14/113; 12.40%), Influenza A and B (13/113; 11.5%), Coxiella burnetii (6/113; 5.31%) and Chlamydophila pneumoniae (3/113; 2.65%) were less frequent. Young and middle-aged adults were the most affected. In conclusion, respiratory viruses cause a great part of the infections in the analyzed population; however, it is important to note the high frequency of atypical bacteria in the region.

Seroprevalencia de virus respiratorios y bacterias atípicas en una población del estado Zulia, Venezuela / Serum prevalence of respiratory viruses and atypical bacteria in a population group of Zulia State, Venezuela

En este estudio se determinó la seroprevalencia de virus respiratorios y bacterias atípicas en una población del estado Zulia entre junio 2008 y junio 2010. Se incluyeron 224 individuos con causas diferentes de infecciones respiratorias. La determinación sérica de anticuerpos IgG anti-Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila serogrupo 1, Coxiella burnetii, Chlamydophila pneumoniae, adenovirus, influenza A y B, parainfluenza 1, 2 y 3, y virus sincicial respiratorio (VSR), se realizó por inmunofluorescencia indirecta. En el 100% de los pacientes analizados se detectaron anticuerpos a los virus respiratorios evaluados (p<0,05), mientras que en el 26,3% se demostró seropositividad a bacterias atípicas. Adenovirus registró el mayor porcentaje (79,4%), seguido de VSR (76,7%), (p<0,001) en relación a parainfluenza 1, 2 y 3 e influenza A y B (58,9%). Se observó mayor prevalencia (p<0,001) de IgG anti- Chlamydophila pneumoniae (27,6%) al compararlo con el resto de bacterias. El 33,9% (76/224) (p<0,001) de la población analizada presentó anticuerpos contra patógenos. Se demuestra circulación de virus respiratorios y bacterias atípicas en la población evaluada, siendo esto de gran utilidad para conocer la dinámica y epidemiología de las infecciones respiratorias y sienta la base para la implementación de un sistema de vigilancia activa en el estado Zulia.

In this study we determined the prevalence of respiratory viruses and atypical bacteria in a population group of Zulia State between June 2008 and June 2010. The group included 224 individuals with respiratory infections due to different causes. The serum determination of IgG anti-Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila serogroup 1, Costella burnetii, Chlamydophila pneumoniae, adenovirus, influenza A and B, parainfluenza 1, 2, 3, and sincicial respiratory virus (SRV), was done by indirect immunofluorescency. In 100% of the patients analyzed we detected antibodies against the respiratory viruses evaluated (p<0.05), while in 26.3% we demonstrated seropositivity against atypical bacteria. Adenoviruses presented the highest percentage (79.4%), followed by SRV (76.7%), (p<0.001) in relation to parainfluenza 1, 2, 3, and influenza A and B (58.9%). There was greater prevalence (p<0.001) of anti-Chlamydophila pneumonia IgG (27.6%) when comparing it with the rest of the bacteria. Of the population analyzed, 33.9% (76/224) (p<0.001) presented antibodies against the pathogens. This demonstrates the circulation of respiratory viruses and atypical bacteria in the population group evaluated, which is extremely useful for knowing the dynamics and epidemiology of respiratory infections and for setting the bases for implementation of an active surveillance system at Zulia State.

Neumonía por Legionella enpacientes con leucemia.Presentación de dos casos / Pulmonary legionellosis in a two patients with leukemia. Case report

Presentamos dos casos de pacientes con leucemia linfoblástica en tratamiento con quimioterapia (HyperCVAD), el primero y el segundo en recaída con IdaFlag, quienes en fase de neutropenia desarrollan cuadro de neumonía adquirida hospitalariamente con consolidación neumónica fiebre alta y pocos síntomas respiratorios El antígeno urinario para Legionella pneumophila serotipo 1 resultó positivo por técnica de inmunocromatog rafía. Con tratamiento específico con claritromicina resolvieron sus síntomas.

We present two cases of patients with lymphoblastic leukemia; the first one is been treated with chemotherapy (hyperCVAD) and the second is in a relapse with IdaFlag, both, in neutropenia phase developed pneumonia acquired in the hospital with pneumonic consolidation, high fever and few respiratory symptoms. Legionella urinary antigen serogroup 1 was positive for the immunechromatography technique. Specific treatment with macrolides was given and the symptoms were solved.