ABSTRACT
La comprensión de la COVID-19, provocada por el coronavirus de tipo 2 (SARS-CoV-2) causante de síndrome respiratorio agudo severo, utilizando un enfoque multidisciplinario, es esencial para mejorar la toma de decisiones basadas en evidencia. Se estimó el número reproductivo efectivo (Rt) en Perú a partir de 113 genomas completos generados por el Instituto Nacional de Salud (INS) del Perú almacenados en la base de datos pública GISAID. La tendencia mostrada por el Rt durante marzo y abril del 2020 fue similar a otras estimaciones epidemiológicas. El Rt disminuyó considerablemente durante la primera quincena de marzo, alcanzando su menor valor la semana posterior al inicio de la cuarentena, pero aumentó moderadamente desde la quincena de abril. Se discute las implicancias de las medidas tempranas tomadas para mitigar la transmisión. La vigilancia genómica será una herramienta necesaria para conocer la transmisión y evolución del virus, y complementará la información epidemiológica.
The understanding of COVID-19, caused by the SARS-CoV-2, is essential to improve evidence-based public health policies. The effective reproductive number (Rt) in Peru was estimated using information from 113 complete genomes sequenced by the Instituto Nacional de Salud del Perú (INS), available in the GISAID public database. The Rt trend during March and April of 2020 was found to be similar to results from other epidemiological reports. The Rt decreased during the first two weeks of March. Its lowest value was reported during the week after the quarantine began. The Rt increased moderately after the second week of April. The implication of early decisions taken to mitigate the transmission are discussed. Genomic surveillance will be necessary to understand the transmission and evolution of SARS-CoV-2 in Peru, and will complement the epidemiological information.
ABSTRACT
El virus herpes felino tipo 1 genera múltiples problemas y el gato termina con consecuencias que afectan su futura calidad de vida. Este virus está distribuido en todo el mundo y es de fácil transmisión y dado que es un patógeno latente, continúa propagándose sin control a toda la población de gatos. El diagnóstico se basa en los signos clínicos, existiendo hoy en Chile solo un método de diagnóstico de laboratorio específico, implementado para identificar el agente, que no se usa regularmente en la clínica de animales pequeños. Así, el tratamiento y diagnóstico generalmente se basan en el conocimiento y la experiencia del médico veterinario, sin dejar una confirmación real sobre qué agente está causando los síntomas. Esta investigación propuso un método de diagnóstico molecular alternativo a la detección del gen de la timidina quinasa viral, para el cual se seleccionaron gatos menores de 1 año de edad, con síntomas compatibles con una infección con el virus del herpes felino. El método de la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) se utilizó para detectar el gen de la glicoproteína B del virus herpes felino tipo 1, seguido de la determinación del porcentaje de identidad de nucleótidos (PIN) respecto a los datos oficiales del GenBank®. De los 11 gatos estudiados, en solo uno de ellos se pudo amplificar un segmento que correspondía al gen de la glucoproteína B. El PIN resultante (>96 por ciento) confirma que la secuencia obtenida corresponde al gen de la glicoproteína B tipo 1 del virus del herpes felino y se discute la eficiencia del método implementado(AU)
The feline herpesvirus type 1, generates multiple problems and the cat ends with consequences that affect its future quality of life. This virus is distributed throughout the world and is easily transmitted and since it is a latent pathogen, it continues to spread uncontrollably to the entire cat population. The diagnosis is based on clinical signs, today there is only a specific laboratory diagnostic method implemented in Chile to identify the agent, which is not used regularly in the clinic of small animals. Thus, the treatment and diagnosis are usually based on the knowledge and experience of veterinarian without leaving a real confirmation about which agent is causing the symptoms. This research proposed a molecular diagnostic method alternative to timidine kinase detection gene, for which cats under 1 year of age were selected, with symptoms compatible with an infection with the feline herpesvirus. The Polymerase Chain Reaction (PCR) method was used to detect the feline herpesvirus type 1 glycoprotein B gene, followed by the determination of the percentage of nucleotide identity (NIP) from official GenBank® data. Of the 11 cats studied, only one of them resulted in the amplification of a segment corresponding to the glycoprotein B gene. The resulting NIP (> 96 percent) confirms that the sequence obtained corresponds to type 1 glycoprotein B gene of feline herpesvirus and the efficiency of the method implemented is discussed(AU)