Current understanding of an Emerging Coronavirus usingin silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely SARS-CoV-2 is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the SARS-CoV-2 although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among SARS-CoV-2 and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that SARS-CoV-2 has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente SARS-CoV-2, foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o SARS-CoV-2, embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre SARS-CoV-2 e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que SARS-CoV-2 tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Current understanding of an Emerging Coronavirus using in silico approach: Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) / Compreensão atual de um coronavírus emergente usando abordagem in silico: síndrome respiratória aguda grave - coronavírus-2 (SARS-CoV-2)

Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

Burnout, ethical climate and work organization in covid-19 intensive care units: mixed method study / Agotamiento profesional, clima ético y organización del trabajo en unidades de cuidados intensivos de covid-19: estudio de método mixto / Burnout, clima ético e organização do trabalho em unidade de terapia intensiva covid-19: estudo misto

ABSTRACT Objectives: to analyze the association between burnout and the perception of the ethical climate in nursing professionals in the covid-19 Intensive Care Unit and the relationship with the organization of work from the perspective of managers of these units. Methods: mixed method study conducted in three university hospitals in southern Brazil from December 2021 to March 2022. A cross-sectional study was developed with 110 nursing professionals, followed by an exploratory-descriptive study through semi-structured interviews with six managers. Descriptive and analytical statistics and discursive textual analysis were used. Results: the prevalence of burnout was 10% and the perception of negative ethical climate was 24.5%. The association between burnout and ethical climate revealed overload and fatigue during working hours, related to tension, fear, and stress that emerged from the consequences of the organization and relations of work in the covid-19 Intensive Care Unit. Conclusions: there was an association between burnout and ethical climate and elements of the work organization.

RESUMEN Objetivos: analizar la asociación entre el agotamiento profesional y la percepción del clima ético en profesionales de enfermería de la Unidad de Cuidados Intensivos covid-19 y la relación con la organización del trabajo desde la perspectiva de los directivos de estas unidades. Métodos: estudio de método mixto realizado en tres hospitales universitarios del sur de Brasil entre diciembre de 2021 y marzo de 2022. Se desarrolló un estudio transversal con 110 profesionales de enfermería, seguido de un estudio exploratorio-descriptivo mediante entrevistas semiestructuradas con seis gestores. Se utilizó estadística descriptiva, analítica y análisis textual discursivo. Resultados: hubo un 10% de prevalencia de agotamiento profesional y un 24,5% de percepción de clima ético negativo. La asociación entre el agotamiento profesional y el clima ético reveló sobrecarga y fatiga durante la jornada laboral, relacionadas con la tensión, el miedo y el estrés que surgieron de las consecuencias de la organización y las relaciones laborales en la Unidad de Cuidados Intensivos covid-19. Conclusiones: hubo asociación entre agotamiento profesional y clima ético y elementos de la organización del trabajo.

RESUMO Objetivos: analisar a associação entre burnout e percepção do clima ético em profissionais de enfermagem de Unidade de Terapia Intensiva covid-19 e a relação com a organização do trabalho na perspectiva dos gestores dessas unidades. Métodos: estudo misto realizado em três hospitais universitários no Sul do Brasil, de dezembro de 2021 a março de 2022. Empregou-se estudo transversal com 110 profissionais de enfermagem, seguido de estudo exploratório-descritivo por meio de entrevistas semiestruturadas com seis gestores. Utilizou-se estatística descritiva e analítica, e análise textual discursiva. Resultados: evidenciou-se 10% de prevalência de burnout e 24,5% de percepção do clima ético negativo. A associação entre burnout e clima ético revelou sobrecarga e cansaço nas jornadas de trabalho, relacionados à tensão, medo, e estresse, que emergiram das consequências da organização e das relações do trabalho nas UTI covid-19. Conclusões: verificou-se a associação entre burnout e clima ético e elementos da organização do trabalho.

Advances in peptidomimetic inhibitors of coronavirus main protease / 药学学报

Coronavirus (CoVs) is a widespread pathogen that can infect humans and animals to cause serious acute and chronic respiratory diseases. Among them, SARS-CoV broke out in 2003, MERS-CoV was discovered and spread widely in 2012, and SARS-CoV-2 emerged at the end of 2019. They all belong to β-coronavirus. Peptidomimetic inhibitors targeting coronavirus main proteases (Mpro, 3CLpro) have attracted much attention because of their broad spectrum and strong antiviral efficacy. In this review, peptidomimetic inhibitors of coronavirus main protease were classified and summarized according to the different "warheads" in design strategy. And also, the molecular structures, biological activity and design ideas of the inhibitors were analyzed and discussed, which is aimed to provide useful reference for further design and development of coronavirus inhibitors.

Evaluación de la actividad fungicida e identificación de compuestos orgánicos volátiles liberados por Trichoderma viride / Evaluation of fungicidal activity and identification of volatile organic compounds released by Trichoderma viride

Resumen Los metabolitos secundarios producidos por hongos son ampliamente diversos en estructura y función, lo que provee una fuente de compuestos con actividad biológica para aplicaciones en agricultura, farmacia y procesamiento de alimentos. Entre los metabolitos secundarios se encuentran compuestos orgánicos volátiles (COVs) a los cuales se atribuye un papel determinante en la comunicación entre microorganismos. En este trabajo empleamos una cámara de ensayos comunicada por el espacio de cabeza para evaluar la actividad debida únicamente a COVs. Los resultados indican que los COVs liberados por T. viride afectan el crecimiento de los hongos fitopatógenos evaluados. En el caso de Fusarium sp. se afectaron los halos de crecimiento y para Colletotrichum gloeosporioides se observaron cambios morfológicos en su color. Para identificar los COVs responsables de esta actividad, se usaron 3 técnicas de extracción: Headspace dinámico (HSD), headspace estático (HSE) y extracción líquido-líquido (ELL) y el análisis por cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas (GCMS). Mediante el muestreo del HSD y HSE se encontraron alcoholes y lactonas, mientras que en ELL los compuestos mayoritarios fueron alcoholes y varios ácidos orgánicos. Entre los compuestos determinados por las tres técnicas se encuentran alcohol bencílico, alcohol 2-feniletílico, 6-pentil-2H-piran-2-ona y gama-butirolactona. Esta última identificada por primera vez en T. viride. La comparación de las tres técnicas de extracción permitió establecer que HSD es el método de extracción de COVs que mejor simula la situación presentada en la cámara de evaluación de actividad biológica, permitiendo así identificar los COVs responsables de la actividad antifúngica detectada.

Abstract The secondary metabolites produced by fungi widely vary in structure and function, providing a rich source of biologically active compounds with applications in farming, pharmacology and food processing. Volatile organic compounds (VOCs) are a biologically relevant class of secondary metabolites, since they are suspected of playing a crucial role in the communication between microorganisms. In this work, we use a test headspace chamber to evaluate the VOCs mediated antifungal activity of T. viride against Fusarium sp. and Colletotricum gloeosporiodes. We observed that VOCs produced by T. viride interact with both fungi affecting the growth halos of Fusarium sp. and modifying the colour of Colletotricum gloeosporiodes. The VOCs responsible for this activity were identified using three extraction techniques: Dynamical Headspace (DHS), Static Headspace (SHS) and liquid-liquid extraction (LLE), all of them analyzed via gas chromatography coupled to mass spectrometry (GCMS). DHS and SHS identified alcohols and lactones as VOCs, while with LLE we found a large number of alcohol components and several organic acids. All three techniques identified benzyl alcohol, 2-phenylethyl alcohol, 6-pentyl-2H-pyran-2-one and, for the first time associated to T. viride, gama-butirolactone. After comparison between these extraction techniques, we established that DHS provides the most accurate simulation of biological activity in the test chamber, which reflects in a reliable identification of the VCOs with antifungal activity.

Oxidación catalítica de tolueno y 2-propanol sobre óxidos mixtos de Mn y Co obtenidos por coprecipitación / Catalytic oxidation of toluene and 2-propanol over Mn and Co mixed oxides obtained by coprecipitation method / A oxidação catalítica de tolueno e 2-propanol em óxidos mistos de Mn e de Co, obtidos por coprecipitação

Óxidos mixtos de manganeso y cobalto, con relaciones molares M²++Mg2+ /M3+=3 y M2+/ Mg2+=1, fueron preparados por el método de coprecipitación. Los sólidos fueron caracterizados mediante las técnicas de difracción de rayos X (XRD), temperatura programada de reducción (TPR-H2) y adsorción de N2 en área superficial; éstos fueron empleados para la oxidación catalítica de una mezcla de dos compuestos orgánicos representativos de COVs: el tolueno y el 2-propanol. El óxido mixto de manganeso logró el 100% de oxidación de la mezcla de COVs, mientras que el óxido mixto de cobalto no alcanzó una oxidación total. El catalizador Mn-Mg-Al presentó las menores temperaturas de oxidación de tolueno y 2-propanol en la mezcla, haciéndolo el catalizador más eficiente. El desempeño catalítico superior de dicho óxido se asocia principalmente con su mejor comportamiento redox, comparado con el del óxido de cobalto. Con el fin de evaluar el efecto de la composición del reactivo, se estudió la oxidación catalítica individual de tolueno y 2-propanol sobre el óxido mixto de manganeso. El catalizador fue activo en la oxidación de los dos COVs individuales, pero el tolueno fue el compuesto más difícil de oxidar. Dicho catalizador mostró 100% de conversión del tolueno hacia CO2, mientras que el 2-propanol produjo primero acetona, la cual posteriormente fue oxidada hasta CO2. Las temperaturas de oxidación de los componentes en la mezcla de COVs fueron superiores que en la conversión individual de tolueno y 2-propanol. Este resultado sugiere un posible efecto inhibitorio en la oxidación de 2-propanol cuando se tienen mezclas de los COVs.

Manganese and cobalt mixed oxides with M2++Mg2+/M3+=3 y M2+/Mg2+=1 ratios were obtained by the coprecipitation method. The solids were characterized using X-ray diffraction (XRD), temperature-programmed reduction (H2-TPR), N2 adsorption and in the catalytic oxidation of two VOCs: toluene and 2-propanol. Manganese mixed oxide reached 100% conversion of the mixture of VOCs while cobalt mixed oxide did not achieve a complete oxidation. The catalyst Mn-Mg-Al showed the lowest temperature oxidation of toluene and 2-propanol in the mixture. The highest performance of the oxide catalyst Mn-Mg-Al is associated with the better redox potential in the manganese catalyst. Manganese mixed oxide was active in the oxidation of the single VOCs, where the scale of difficulty to oxidize the different organic compounds evaluated was: 2-propanol < toluene. The mixed oxide showed 100% conversion to CO2 in the oxidation of toluene, while the 2-propanol was first oxidized to acetone. It suggests that there is an inhibitory effect on the oxidation of 2-propanol in the mixture of VOCs.

Óxidos mistos de cobalto e manganês com relações M2++Mg2+/M3+=3 y M2+/ Mg2+=1 foram preparados pelo método de coprecipitação. Os sólidos foram caracterizados pelas técnicas de difração de raios-X (XRD), temperatura programada de redução (TPR-H2), área superficial adsorção do N2 e na oxidação catalítica de dois compostos orgânicos representativos (COVs): tolueno e 2-propanol. O catalisador Mn-Mg- Al apresentou as menores temperaturas de oxidação da mistura, fazendo-lo o catalisador mais eficiente. O desempenho catalítico superior do óxido Mn-Mg-Al está associado principalmente a seu melhor desempenho redox em comparação com o óxido de cobalto. Mn-Mg-Al catalisador foi ativo na oxidação dos dois individuais COVs, sendo o tolueno o composto mais difícil de oxidar seguido do 2-propanol. Óxidos mistos de manganês mostro 100% de conversão até CO2 para tolueno, enquanto que o 2-propanol produz em primeiro lugar acetona, que posteriormente é oxidada a CO2. Temperaturas de oxidação dos componentes da mistura de compostos orgânicos voláteis é maior do que a única conversão de tolueno e 2-propanol. Este resultado sugeriu um possível efeito inibitório sobre a oxidação de 2-propanol ao ter misturas de COV.