Evaluation of virulence factors in clinical isolates of pathogenic E. coli in avian samples in Caloto, Colombia

Avian pathogenic E. coli (APEC), produces an extraintestinal infection in chickens, turkeys, and other types of birds, called colibacillosis, which is considered one of the main causes of economic losses due to morbidity, mortality, and discard of poultry carcasses. The objective of the present study was to characterize the genetic profile of the virulence factors of different isolates of avian E. coli in Caloto, Cauca, Colombia. Materials and methods: E. coli was isolated and identified by biochemical tests, from 47 clinical isolates. Subsequently, the DNA was extracted using Chelex. Three multiplex PCRs were designed to amplify 13 virulence factors (iroN, hlyF, iss, iutA, frz, vat, sitA, KpsM, sitD, fimH, pstB, sopB, and uvrY), using primers previously reported for each. At the end, the amplification products were verified on agarose gels. Each isolate was classified according to the number of virulence factors: group A (between 10 and 13), group B (between 5 and 9), and group C (4 or less). Discussion and Conclusions: we were able to identify the presence of a group of virulence factors in clinical isolates of APEC, which allows us to demonstrate that both the frequency and the profile of virulence factors in the isolated strains showed a different profile than the reported by other authors. The virulence genes pstB and fimH were detected in all our samples, and the iss gene was the one with the lowest frequency. Finally, according to the number of virulence factors, the group A was the most frequent.

La E. coli patógena aviar (APEC), produce una infección extraintestinal en pollos, pavos y otros tipos de aves, denominada colibacilosis, la cual es considerada una de las principales causas de pérdidas económicas por morbilidad, mortalidad y descarte de canales de aves. El objetivo del presente estudio fue caracterizar el perfil genético de los factores de virulencia de diferentes aislamientos de E. coli aviar en Caloto, Cauca, Colombia. Materiales y métodos: E. coli se aisló e identificó mediante pruebas bioquímicas, a partir de 47 aislamientos clínicos. Posteriormente, el ADN se extrajo utilizando Chelex. Se diseñaron tres PCR multiplex para amplificar 13 factores de virulencia (iroN, hlyF, iss, iutA, frz, vat, sitA, KpsM, sitD, fimH, pstB, sopB y uvrY), utilizando primers informados previamente para cada uno. Al final, los productos de amplificación fueron verificados en geles de agarosa. Cada aislamiento se clasificó según el número de factores de virulencia: grupo A (entre 10 y 13), grupo B (entre 5 y 9) y grupo C (4 o menos). Discusión y Conclusiones: pudimos identificar la presencia de un grupo de factores de virulencia en los aislados clínicos de APEC, lo que nos permite demostrar que tanto la frecuencia como el perfil de los factores de virulencia en las cepas aisladas presentaron un perfil diferente al reportado por otros autores. Los genes de virulencia pstB y fimH se detectaron en todas nuestras muestras, siendo el gen iss el de menor frecuencia. Finalmente, según el número de factores de virulencia, el grupo A fue el más frecuente.

Identification and molecular characterization of Orfvirus infection in occupationally exposed women inSouth America

Abstract Contagious Ecthyma (CE) is a severe exanthematous dermatitis caused by the Orf virus (ORFV) that mainly affects domestic small ruminants such as sheep and goats. It is a worldwide-distributed occupational zoonosis, particularly infecting those in close contact with animals or animal products such as shepherds, farmers and veterinarians, among others. In the present work, we report the first human CE case confirmed in Argentina. A phylogenetic analysis based on four gene sequences of the isolated strain responsible for the disease showed that this isolate grouped with other ORFV sequences that caused reported CE cases in sheep from the same Argentine province. We also sequenced a sample from a Chilean human case reported in 2017, whose phylogenetic analysis showed that it groups together with other Argentine isolates from locations close to the border with Chile. Keywords: Contagious Ecthyma; Dermatitis; Human Orf; Zoonosis; Molecular characterization.

Resumen El ectima contagioso (EC) es una dermatitis exantemática grave causada por el virus Orf (ORFV), que afecta mayormente a pequeños rumiantes domésticos, como ovinos y caprinos. Es una zoonosis ocupacional con distribución mundial, infecta a humanos en estrecho contacto con animales o sus productos, como granjeros, esquiladores y veterinarios, entre otros. En este trabajo se informa el primer caso humano de EC confirmado en Argentina. Un análisis filogenético basado en cuatro genes de la cepa responsable de este caso mostró que el aislamiento agrupa con otras secuencias de ORFV que causaron casos en ovinos en la misma provincia argentina. También se secuenció una muestra del caso de ectima humano reportado en Chile en 2017 y el análisis filogenético mostró que dicho aislamiento forma un grupo con otros aislamientos argentinos de localidades cercanas a la frontera con Chile. Palabras clave: Ectima contagioso; Dermatitis; Orf en humanos; Zoonosis; Caracterización molecular.

Genetic and morphometric comparison of two isolated populations of Barilius bendelisis (Cypriniformes: Cyprinidae) from the Indian Himalayas

Barilius bendelisis (Hamilton) inhabits cold water drainages of the Himalayan region, occurring near the stream banks. It is an important component of the diet of rural population of Uttarakhand and Jammu. Despite the aquaculture importance of B. bendelisis, no extensive molecular characterization from two geographically isolated rivers, Alaknanda and Chenab, has been conducted. In order to study those aspects, 567 samples of B. bendelisis were analysed and collected from these tributaries of two geographically isolated rivers between March of 2015 and April 2017. The morphometric data were analysed by means of truss analysis using tpsDig2 and PAST, whereas the genetic characterization was performed using the COI gene. In truss analysis 14 landmarks resulting in 90 measurements were studied from the digitized images of the sampled specimens. In total 23 measurements exhibited significant differences among the populations of B. bendelisis. The principal component analysis (PCA) generated seven components explaining- 93.15 % of total variance. Discriminant function analysis (DFA) revealed that 83.8 % of the specimens were classified into their original populations. Truss based morphometry and Maximum likelihood type of phylogenetic tree revealed heterogenicity between the two geographically isolated populations of B. bendelisis.

Barilius bendelisis (Hamilton) habita las aguas frías de de las riberas de los ríos del Himalaya. Es un componente importante de la dieta de la población rural de Uttarakhand y Jammu. A pesar de la importancia de B. bendelisis en la acuacultura, no se reportan caracterizaciones moleculares de los ríos geográficamente aislados, Alaknanda y Chenab. Para estudiar estos aspectos, analizamos 567 muestras de B. bendelisis que se recolectaron de los afluentes de estos dos ríos entre marzo 2015 y abril 2017. Analizamos los datos morfométricos por medio del análisis truss utilizando tpsDig2 y PAST y para la caracterización genética utilizamos el gen COI. En el análisis truss 14 puntos de referencia que resultaron en 90 medidas se analizaron de imágenes digitalizadas de especímenes muestreados. Un total de 23 medidas mostraron diferencias significativas entre las poblaciones de B. bendelisis. El análisis de componentes principales (PCA) generó siete componentes explicando el 93.15 % del total de la varianza. El análisis de función discriminante (DFA) reveló que el 83.8 % de los especímenes fue clasificado dentro de sus poblaciones originales. La morfometría basada en el análisis de truss y el árbol filogenético de máxima verosimilitud revelaron hetrogeneidad entre las dos poblaciones geográficamente aisladas de B. bendelisis.

Detección y caracterización de Escherichia coli productor de toxina Shiga en ninos atendidos en un hospital pediátrico interzonal de la ciudad de La Plata / Detection and characterization of Shiga toxin-producing Escherichia coli in children treated at an inter-zonal pediatric hospital in the city of La Plata

Escherichia coli productor de toxina Shiga (STEC) es un patógeno transmitido por alimentos que puede causar diarrea acuosa, diarrea sanguinolenta (DS) y síndrome urémico hemolítico (SUH). El objetivo de este estudio fue determinar las características fenotípicas y genotípicas de cepas STEC aisladas de niños con DS y SUH atendidos en un hospital pediátrico de la ciudad de La Plata en el período 2006-2012 y establecer la relación clonal de los aislamientos O157: H7 mediante electroforesis de campo pulsado. El porcentaje de muestras positivas fue de 4,9 y 39,2% en los pacientes que presentaron DS y SUH, respectivamente. Se aislaron 77 cepas STEC de 10 serotipos distintos, con el 100% de recuperación de colonias. El serotipo más frecuente fue O157: H7 (71,4%), seguido por O145: NM (15,6%). El 98,2% de los aislamientos O157: H7 correspondió al biotipo C y fue sensible a los antibióticos ensayados. Todos esos aislamientos presentaron el genotipo stx2, eae, fliC H7, ehxA, iha, efa, toxB, lpfA1-3 y lpfA2-2.Al estudiar la relación clonal de las cepas O157: H7, se identificaron un total de 42 patrones con al menos un 88% de similitud y se establecieron 6 clústeres que agruparon cepas con perfiles idénticos. Los aislamientos eae negativos pertenecieron a los serotipos O59: H19, O102: H6, O174: NM y O174: H21. Las cepas O59: H19 y O174: H21 fueron positivas para el gen aggR. Este estudio muestra que en la ciudad de La Plata y alrededores circulan STEC de diferentes serotipos y genotipos. A pesar de la diversidad genética observada entre los aislamientos O157: H7, algunos fueron indistinguibles por las técnicas de subtipificación utilizadas.

Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) is a foodborne pathogen that can cause watery diarrhea, bloody diarrhea (BD), and hemolytic uremic syndrome (HUS). The objective of this study was to determine the phenotypic and genotypic profiles of STEC strains isolated from children with BD and HUS treated at a pediatric hospital in the city of La Plata in the period 2006-2012, and to establish the clonal relationship of O157: H7 isolates by pulsed field electrophoresis. The percentage of positive samples was 4.9% and 39.2% in patients with BD and HUS, respectively. Seventy-seven STEC strains from 10 different serotypes were isolated, with 100% colony recovery, O157: H7 being the most frequent (71.4%) serotype, followed by O145: NM (15.6%). An average of 98.2% of O157: H7 isolates belonged to biotype C and were sensitive to all the antibiotics tested. All of them (100%) carried genotype stx2, eae, fliC H7, ehxA, iha, efa, toxB, lpfA1-3 and lpfA2-2. When the clonal relationship of the O157: H7 strains was studied, a total of 42 patterns with at least 88% similarity were identified, and 6 clusters with identical profiles were established. The eae-negative isolates belonged to serotypes O59: H19, O102: H6, O174: NM and O174: H21. The strains O59: H19 and O174: H21 were positive for the aggR gene. This study shows that STEC of different serotypes and genotypes circulate in the city of La Plata and surroundings. Despite the genetic diversity observed between the O157: H7 isolates, some were indistinguishable by the subtyping techniques used.

Toxoplasmosis congénita: Diagnóstico serológico, RPC, aislamiento y caracterización molecular de Toxoplasma gondii / Congenital toxoplasmosis: Serology, PCR, parasite isolation and molecular characterization of Toxoplasma gondii

Resumen Introducción El diagnóstico de toxoplasmosis congénita (TC) en el recién nacido es muy importante porque debe recibir tratamiento siempre, sintomático o no, para evitar o aminorar las secuelas de la enfermedad. Objetivo Evaluación comparativa de los métodos disponibles en la institución para el diagnóstico de TC. Materiales y Métodos Se evaluaron métodos diagnósticos en 67 niños cuyas madres cursaron toxoplasmosis aguda durante el embarazo. Se utilizó la técnica de Sabin Feldman para IgG al nacimiento y durante el seguimiento serológico hasta el año de vida. Para determinar IgM, IgA e IgE se utilizó la técnica immunosorbent agglutination assay (ISAGA). El diagnóstico directo se realizó por reacción de polimerasa en cadena (RPC), aislamiento y caracterización molecular del parásito. Resultados La sensibilidad (S) de ISAGA IgM fue 87%, ISAGA IgA 91% y la especificidad (E) fue 100% para ambas; cuando se realizaron en conjunto, la S aumentó a 98%. La detección de IgE contribuyó al diagnóstico cuando se la detectó sólo en la sangre del neonato y no en sangre materna. Se aisló el parásito en cuatro casos de TC, uno fue genotipo II y los otros tres, genotipos "atípicos". La S del aislamiento fue 80% y la E 100%. Conclusión Los métodos serológicos utilizados mostraron una buena eficacia diagnóstica. Un caso fue detectado sólo por el aislamiento y la caracterización molecular tiene gran valor epidemiológico.

Background. Congenital toxoplasmosis diagnosis in the newborn is a very important issue due to the need for early treatment to prevent future sequels. Aim To compare available methods at the institution for the diagnosis of congenital toxoplasmosis. Material and Methods In this study we have evaluated the different diagnostic tests used in 67 congenital exposed newborns, including serological tests, PCR, parasite isolation and molecular characterization. Results The ISAGA IgM and IgA tests showed sensitivity (Se) of 87 and 91%, respectively, and specificity (Sp) of 100%. When ISAGA IgM and IgA were performed simultaneously, the Se increased to 98% and the Sp was 100%. The presence of IgE contributed to the diagnosis when it was detected in the child's serum but not in maternal blood. In four congenital infected children the parasite was isolated and genotyped: one was genotype II and the other three were "atypical" genotypes. No parasite was isolated in children without congenital toxoplasmosis. Discussion Overall, serological tests showed a good diagnostic performance although in one case they were all negative and isolation was the only tool to identify the infection. We conclude that it is essential to use all diagnostic tests in every single exposed child, including if possible, molecular characterization due to its epidemiological implication.

Calidad higiénico-sanitaria en plantas de faena de la provincia de Tucumán: Detección, aislamiento y caracterización de Escherichia coli productor de toxina Shiga / Hygienic-sanitary quality in abattoirs from Tucuman province, Argentina: Detection, isolation and characterization of Shiga toxin-producing Escherichia coli

Los bovinos son el principal reservorio de Escherichia coli productor de toxina Shiga (STEC); las estrategias para evitar su transmisión se concentran en la planta de faena. El objetivo de este trabajo fue evaluar la calidad higiénico-sanitaria y la frecuencia de detección de STEC en medias reses bovinas de frigoríficos de tránsito provincial. Se procesaron 274 esponjados de media res; en 9 (3,3%) el recuento de E. coli genérico fue marginal, en 4 (1,4%) se aisló E. coli O157, de los cuales 2 fueron caracterizados como stx2c(vh-a)/eae/ehxA, y los otros 2 como no toxigénicos. A partir de una (0,4%) muestra se aisló E. coli no-O157 ONT:H49, stx2a/ehxA/saa. En este trabajo la calidad del producto analizado indica que en la provincia de Tucumán se cumplen las buenas prácticas de manufactura en la faena de bovinos.

Cattle are the main reservoir of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC), and the strategies to prevent the transmission of these microorganisms are concentrated in the slaughtering plant. The aim of this study was to evaluate the hygienic-sanitary quality and the frequency of detection of STEC in beef carcasses in abattoirs from Tucuman province. Two hundred and seventy four beef carcass sponges were processed; the count of generic E. coli was marginal in 9 (3,3%) of them. Escherichia coli O157 was isolated in 4 (1,4%) samples; 2 of which were characterized as stx2c(vh-a)/eae/ehxA whereas the other 2 were non-toxigenic strains. Non-O157 E. coli ONT:H49, stx2a/ehxA/saa was isolated from 1 sample (0,4%). In this work the quality of the analyzed product indicates that the good practices of manufacture are fulfilled in slaughtering facilities in Tucumán province.

Actualización en caracterización molecular de levaduras de interés industrial / Update on molecular characterization for yeast of industrial interest

Las levaduras, además de ser un modelo de la investigación biomédica, tienen diversas aplicaciones en la industria alimentaria, en agricultura y la producción de etanol combustible. Dado que la calidad y la cantidad del producto dependen de la dinámica y la frecuencia de los microorganismos presentes en la fermentación, el uso de herramientas de caracterización molecular se ha incrementado y popularizado en las industrias que emplean levaduras. Estas técnicas se basan en la amplificación o análisis por enzimas de restricción de una porción del ADN genómico de levadura y se clasifican de acuerdo a su capacidad de resolución taxonómica para discriminar a nivel inter o intra-específica. La primera parte de la revisión incluye pruebas interespecíficas tales como, análisis de restricción o RFLP para las regiones ITS2, ITS1-5.8, D1 / D2 de los genes 26S ribosomal DNA. La segunda parte incluye, pruebas de uso común para caracterización nivel de cepa, tales como: la amplificación aleatoria del ADN polimórfico (RAPD), análisis cromosómico por electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE), análisis de restricción del ADN mitocondrial (ADNmt- RFLP) análisis por mini / micro satélites y la huella genética de ADN por amplificación de regiones interdelta de los transposones Ty. Esta revisión describe y discute los detalles técnicos de los métodos más utilizados para la caracterización molecular de las levaduras y algunos ejemplos de sus aplicaciones en el contexto industrial.

Yeasts, besides being a model of biomedical research, have various applications in the food industry, in agriculture and the production of ethanol fuel. Since the quality and quantity of the product depend on the dynamics and frequency of microorganisms present in the fermentation, the use of molecular characterization tools has been increased and popularized in the industries that use yeast. These techniques are based on amplification or analysis by restriction enzyme of a portion of yeast genomic DNA and are classified according their ability of taxonomic resolution to discriminate at inter- or intra-specific level. The first part of this review includes interspecific tests such as, restriction analysis or RFLP for the ITS2 regions, ITS1-5.8, D1 / D2 of ribosomal DNA 26S genes. The second part includes, tests commonly used for characterization at strain level, such as random amplified DNA polymorphism (RAPD), Chromosome analysis by pulsed gel field electrophoresis (PFGE), restriction analysis of mitochondrial DNA (ADNmt- RFLP), analysis of the mini / micro satellites and DNA fingerprinting by amplifying interdelta regions of Ty transposons. This review describes and discuses technical details of the most commonly used methods for molecular characterization of yeast and some examples of their applications in the industrial context.

First molecular characterization of Galba neotropica in Uruguay

Until recently, it was believed that only two lymnaeid species (i.e. Galba viatrix and Pseudosuccinea columella) occurred in Uruguay. However, based on a molecular approach, an additional species Galba cubensis, was recently discovered. The aim of this study was to molecularly characterize different lymnaeid populations from the northern region of Uruguay. The lymnaeids collections were carried out in two farms of the departments of Paysandú and Tacuarembó. The collected lymnaeids were divided in two fractions, one fraction was used for conchological analyses and detection of trematode larval stages, while the other fraction was used for molecular studies. Three PCRs targeting the 16S, ITS-2 and COI DNA regions were performed and the amplicons obtained were direct sequenced. The sequences were used for homology search and construction of phylogenetic trees by the maximum-likelihood method. The sequencing results revealed that both isolates corresponded to Galba neotropica. The phylogenetic analyses placed our isolates among the G. neotropica monophyletic group, closely related to other isolates of this species found in several South American countries. To our knowledge, this is the first record of G. neotropica in Uruguay and the confirmation as competent intermediate host of Fasciola hepatica. Further studies are needed to define the distribution and the role of each lymnaeid species in the transmission of F. hepatica in Uruguay.

Tradicionalmente se indicaba que existían dos especies de limneidos en Uruguay: Galba viatrix y Pseudosuccinea columella. Sin embargo, en los últimos años se identificó por medio de técnicas moleculares una tercera especie, Galba cubensis. El objetivo de los autores fue muestrear e identificar por medios moleculares poblaciones de limneidos del norte del país. Las colectas fueron realizadas en establecimientos rurales de los departamentos de Tacuarembó y Paysandú. Los caracoles colectados fueron divididos en dos fracciones, una de ellas fue destinada para el estudio morfológico de las conchillas y búsqueda de larvas de trematodos. La otra fracción se usó para la caracterización molecular. Tres genes fueron amplificados (ITS2, COI y 16S) utilizando protocolos de PCRs previamente descriptos. Las secuencias obtenidas se utilizaron para estudios de homología y construcción de árboles filogenéticos por medio del método de máxima verosimilitud. Por medio de la secuenciación se pudo confirmar que los dos aislamientos corresponden a Galba neotropica. Los estudios filogenéticos colocan ambos aislamientos dentro del grupo monofilético de G. neotropica junto a otros encontrados en distintas regiones de Sudamérica. Hasta lo que sabemos, el presente, es el primer registro de G. neotropica en Uruguay, además de comprobarse su capacidad para actuar como hospedero intermediario de Fasciola hepatica en condiciones de campo. Se sugieren futuros estudios para determinar la distribución y el rol de cada especie de limneido en la transmisión de F. hepatica.

Morphological, molecular characterization and taxonomic status of Triplophysa marmorata and Triplophysa kashmirensis (Cypriniformes: Nemacheilidae) from Kashmir valley, India

AbstractIn India the distribution of genus Triplophysa has been reported only in the upper drainage of the Indus River in Jammu and Kashmir and Lahul and Spiti area of Himachal Pradesh. There is no study on the taxonomic characterization of this genus from Kashmir Himalaya. Therefore the present study was aimed to characterize two important fish species Triplophysa marmorata and T. kashmirensis from Kashmir valley, by using morphometric and molecular tools. It is difficult to discriminate these two species due to the poor quality of original descriptions, and the lack of good reviews. Keeping this in view, a morphometric and molecular study was conducted. Morphometric data were analyzed by using univariate analysis of variance (ANOvA) and multivariate analyses (Principal component analysis) and mtDNA marker Cytochrome oxidase 1 was used for molecular support. Altogether, 22 morphometric characters were used and 15 characters were found significantly variable (P < 0.05). First two components of principal component analysis (PCA) i.e. PC1 and PC2 grouped these two species into separate clusters. The Cytochrome oxidase 1 analysis showed that the mean intraspecific nucleotide divergence (K2P) was 0.001 and interspecific nucleotide divergence was 0.007. Despite having low K2P divergence, these two species got separated into two distinct clades in both Neighbour joining (NJ) and Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) tree building methods. But the pattern of clade formation showed that these species were recently radiated from each other and may have the same ancestor. Furthermore, these two species were found closer to Nemacheilidae than to Balitoridae family in the phylogenetic analysis. The molecular divergence between these species was also supported by variance in morphometric data. This work may build the base for the revision of taxonomic identity of these two important fishes of genus Triplophysa. The present investigation formulated that, based on morphological and mtDNA COI sequences analysis, these two taxonomic Triplophysa species should be considered as valid. The results may further assist to enhance the knowledge of the ichthyologists in understanding the ichthyofauna of Kashmir valley and will help them in planning strategies for conservation and management of these less studied small indigenous species along their natural range of distribution. Rev. Biol. Trop. 64 (2): 473-482. Epub 2016 June 01.

ResumenEn la India, la distribución del género Triplophysa se ha reportado solo en la parte superior del río Indus en Jammu, Kashmir, Lahul y Spiti en el área de Himachal Pradesh. No existen publicaciones acerca de la caracterización taxonómica de este género en Kashmir Himalaya. Por lo tanto, en este estudio se caracterizaron dos especies del valle de Kashmir: Triplophysa marmorata y T. kashmirensi, mediante el uso de herramientas morfométricas y moleculares. Es difícil diferenciar entre estas dos species debido a las vagas descripciones originales y a la falta de buenas revisiones. Debido a esto se realizó un estudio morfométrico y molecular. Los datos morfométricos se analizaron mediante un ANOvA y un análisis de componentes principales y el marcador del gen de la citocromo oxidasa 1 se usó para apoyo molecular. En general, se usaron 22 caracteres morfométricos y 15 fueron significativos (P < 0.05). Los dos primeros componentes del análisis de components principales (PCA), PC1 y PC2, agruparon estas dos especies en clusters separados. El análisis con citocromo oxidasa 1 mostró que el promedio de divergencia del nucleótido intraespecífico (K2P) fue de 0.001 y la divergencia del nucleótido intraespecífico fue de 0.007. A pesar de la baja divergencia de K2P, estas dos species se separan en dos clados diferentes tanto por el método NJ como por el método UPGMA. Sin embargo, el patrón de formación del clado mostró que estas species radiaron recientemente una de la otra y que podrían tener un ancestro en común. Además, en el análisis filogenético estas dos especies se encontraron más cerca de la familia Nemacheilidae que de Balitoridae. La divergencia molecular entre estas dos especies también fue respaldada por la varianza en los datos morfométricos. Este estudio puede establecer la base para una revisión taxonómica de estos dos importantes peces del género Triplophysa. Esta investigación postuló que, basada en análisis morfológicos y de secuencia de ADNm COI, estas dos especies taxonómicas de Triplophysa deben considerarse válidas. Los resultados pueden contribuir a mejorar el conocimiento de los ictiólogos en la comprensión de la ictiofauna del valle de Kashmir y les ayudará a planear estrategias de conservación y manejo de estas dos pequeñas especies indígenas y poco estudiadas en su rango de distribución natural.

Aislamiento y caracterización de Escherichia coli O157 en productos cárnicos bovinos y medias reses en la provincia de Tucumán / Isolation and characterization of Escherichia coli O157 in bovine meat products and cattle in the province of Tucuman

Escherichia coli O157 es un patógeno emergente asociado a diarrea, colitis hemorrágica y síndrome urémico hemolítico. Los productos cárnicos constituyen una importante fuente de contaminación con este microorganismo. Los objetivos de este estudio fueron establecer la frecuencia de detección de E. coli O157 en productos cárnicos y media res en la provincia de Tucumán, caracterizar los factores de virulencia de los aislamientos obtenidos, establecer la relación clonal entre cepas regionales mediante electroforesis de campo pulsado y comparar con lo consignado en la base de datos nacional. Desde 2004 hasta 2013 se analizaron 169 muestras de carne picada, 35 embutidos y 216 esponjados de media res. Se identificaron 13 aislamientos de E. coli O157; 6 de ellos fueron O157:H7 productores de toxina Shiga y se caracterizaron como stx2c(vh-a)/eae/ehxA (n = 5) y stx2/eae/ehxA (n = 1); los 7 aislamientos de E. coli O157 no toxigénicos fueron O157:NT(n = 4),O157:NM (n = 1),O157:ND (n = 1) y O157:H16 (n = 1). Los patrones de PFGE fueron diferentes entre sí y de los registrados en la base de datos nacional. Se concluye que existe gran diversidad genética en los aislamientos de E. coli O157 circulantes en nuestra región

Escherichia coli O157 is an emergent pathogen associated with diarrhea, hemorrhagic colitis and hemolytic uremic syndrome. Meat products constitute an important transmission source of this microorganism. The aims of this study were to characterize E. coli O157 isolated from cattle and meat products collected from abattoirs and retail stores, to establish the clonal relatedness among regional isolates and to compare them with those in the national database. Between 2004 and 2013, 169 minced meat, 35 sausage and 216 carcass samples were analyzed. Thirteen E. coli O157 isolates were identified; 6 of which were O157:H7 and characterized as stx2c(vh-a)/eae/ehxA (n = 5) and stx2/eae/ehxA (n = 1). The 7 remaining isolates were non-toxigenic E. coli strains, and serotyped as O157:NT (n = 4), O157:NM (n = 1), O157:ND (n = 1) and O157:H16 (n = 1). The strains yielded different XbaI-PFGE patterns. Compared to the E. coli O157 isolates in the National Database, none of these patterns have been previously detected in strains of different origin in Argentina

Genotipos de cepas de Leptospira spp. aisladas de perros en Buenos Aires, Argentina / Genotypes of Leptospira spp. strains isolated from dogs in Buenos Aires, Argentina

La leptospirosis es una enfermedad infecciosa de amplia distribución global; endémica en Argentina. El objetivo de este estudio fue obtener los perfiles genéticos de las cepas de Leptospira spp. aisladas de casos clínicos de perros provenientes de la provincia de Buenos Aires, empleando el análisis de repeticiones en tándem de número variable en múltiples locus [multiple-locus variable-number tandem repeats analysis (MLVA)]. Fueron genotipificadas por MLVA ocho cepas aisladas de perros. Se obtuvo un perfil idéntico al de Leptospira interrogans serovar Canicola Hond Utrecht IV en las cepas denominadas Dogy y Mayo. Las cepas denominadas Bel, Sarmiento, La Plata 4581 y La Plata 5478 mostraron un perfil idéntico al genotipo de L. interrogans serovar Portlandvere MY 1039. La cepa denominada Avellaneda presentó un perfil idéntico al genotipo L. interrogans serovar Icterohaemorrhagiae RGA, y la cepa denominada SB mostró un perfil idéntico al genotipo de L. interrogans serovar Pomona Baires y similar al serovar Pomona Pomona. Sería de gran utilidad incluir un mayor número de cepas provenientes de distintas poblaciones caninas de diversas provincias de Argentina a fin de conocer los perfiles de las cepas circulantes en el país. La información así obtenida contribuirá al control de la leptospirosis en la población canina

Leptospirosis is an infectious disease of wide global distribution, which is endemic in Argentina. The objective of this study was to obtain the genetic profiles of Leptospira spp. strains isolated from clinical cases of dogs in the province of Buenos Aires by the multiple-locus variable-number tandem repeat analysis (MLVA). Eight isolated canine strains were genotyped by MLVA, obtaining the identical profile of Leptospira interrogans serovar Canicola Hond Utrecht IV in the strains named Dogy and Mayo. The strains named Bel, Sarmiento, La Plata 4581 and La Plata 5478 were identical to the profile of the genotype of L. interrogans serovar Portlandvere MY 1039.The strain named Avellaneda was identical to the genotype profile of L. interrogans serovar Icterohaemorrhagiae RGA and the strain named SB had the same profile as the L. interrogans serovar Pomona Baires genotype and was similar to the profile of serovar Pomona Pomona genotype. It would be useful to include a larger number of isolates from different dog populations in various provinces of Argentina and to characterize the genetic profiles of the strains circulating in the country. The information obtained will be useful for the control of leptospirosis in the dog population

Caracterización molecular de cepas de Escherichia coli aisladas de productos lácteos artesanales elaborados en Mérida, Venezuela / Molecular characterization of Escherichia coli strains isolated from homemade dairy foods produced in Mérida, Venezuela

Objetivo: Determinar los grupos filogenéticos y la diversidad clonal de cepas de Escherichia coli aisladas de productos lácteos artesanales elaborados y comercializados en Mérida, Venezuela. Materiales y métodos: Se analizaron 45 cepas de E. coli provenientes de productos lácteos artesanales (crema de leche, cuajada y requesón). Estas cepas se aislaron según la norma de la Comisión Venezolana de Normas Industriales (COVENIN) y la identificación se llevó a cabo por metodologías convencionales. La susceptibilidad antimicrobiana se determinó mediante la técnica de difusión del disco, y los fenotipos con susceptibilidad intermedia o resistente fueron confirmados por concentración inhibitoria mínima (CIM). El grupo filogenético se determinó mediante amplificación por PCR de los genes chuA, yjaA y del fragmento TspE4.C2 y la tipificación de las cepas por Rep-PCR. Resultados: El 73,3% (33/45) de las cepas fueron susceptibles a todos los antibióticos probados y el 24,4% (11/45) presentaron resistencia a la ampicilina. La mayoría de las cepas resistentes fueron aisladas de requesón. El 82,2% de las cepas fueron ubicadas en el filogrupo A y el 8,9% en los grupos B1 y D, respectivamente. El filogrupo B2 no fue detectado. La tipificación por Rep-PCR de las cepas demostró una estructura poblacional heterogénea. Conclusión: La caracterización molecular de estas cepas demostró que no están relacionadas clonalmente y en su mayoría se distribuyeron entre los filogrupos correspondientes a cepas comensales de baja patogenicidad. La detección de E. coli en alimentos lácteos indica una contaminación de origen fecal, que eventualmente podría estar asociada con la presencia de otros enteropatógenos.

Objective: To determine phylogenetic groups and clonal diversity of Escherichia coli strains isolated from several homemade dairy foods produced and marketed in Mérida, Venezuela. Materials and methods: Forty-five E. coli strains isolated from homemade dairy products (cream cheese, curd and cottage cheese) were analyzed. These strains were isolated according to procedures established by the Venezuelan Commission of Industrial Norms (COVENIN) and identification was carried out using conventional methods. Antimicrobial susceptibility was determined by the disk diffusion method and phenotypes with intermediate or resistant susceptibility were confirmed by minimum inhibitory concentration (MIC). Phylogenetic groups were identified by PCR amplification of chuA , yjaA genes and the TspE4.c2 DNA fragment, while molecular typing was carried out by Rep-PCR. Results: Of the 45 isolates, 33 (73.3%) were susceptible to all antibiotics tested while 11 (24.4%) were ampicillin-resistant. The phylogenetic group A was the most common (82.2%), followed by B1 and D (8.9%, respectively). The phylogroup B2 was not detected and Rep-PCR typing of E. coli strains showed a heterogeneous population structure. Conclusion: The molecular characterization of E. coli strains showed that they were clonally nonrelated and mostly distributed among phylogenetic groups that belong to low pathogenicity commensal strains. Detection of E. coli strains in dairy foods indicates a contamination of fecal origin, which could be associated with the presence of other enteric pathogens.

Caracterización de los tipos capsulares de Pasteurella multocida en exudado faríngeo de bovinos productores de carne clínicamente sanos en el estado de Querétaro / Characterization of capsular types of Pasteurella multocida isolated from clinically healthy beef cattle pharyngeal exudate in the state of Querétaro

El objetivo del presente estudio fue identificar y caracterizar los tipos capsulares de P. multocida en exudado faríngeo en bovinos destinados a la producción de carne en el estado de Querétaro. Se obtuvieron, mediante hisopo, 227 muestras de exudado faríngeo de animales clínicamente sanos en una planta de sacrificio ubicada en el municipio de Ezequiel Montes, Querétaro. Las muestras se sembraron en agar sangre y se incubaron a 37°C por 24 h en aerobiosis. Las cepas aisladas fueron identificadas mediante características morfológicas, pruebas bioquímicas convencionales y el microsistema comercial API 20NE. La tipificación de los grupos capsulares A y D se realizó por medio de una PCR múltiple para la amplificación de los genes hyaD-hyaC y dcbF, respectivamente. De acuerdo con los valores establecidos por el software API WEB, se logró la identificación de 14.09% (32/227) de cepas de P. multocida, que mostraron 96% de identidad y una tipicidad de 1 a P. multocida. Por medio de la PCR múltiple se logró la amplificación de los genes hyaD-hyaC correspondientes al grupo capsular A en el 100% (32/32) de las cepas identificadas previamente como P. multocida. No existen datos similares en México sobre la identificación y caracterización de P. multocida en bovinos destinados a la producción de carne. Con los resultados obtenidos se corrobora que, de manera similar a otros países de Europa y América, en México el grupo capsular predominante de P. multocida es el A.

The objective of the present study was to identify and characterize capsular types of P. multocida isolated from beef cattle pharyngeal exudate in the state of Querétaro. Two hundred and twenty seven pharyngeal exudate swab samples from clinically healthy animals in a slaughterhouse in the municipality of Ezequiel Montes, Querétaro were obtained. Samples were seeded in blood agar and incubated at 37°C for 24 h under aerobiosis. Strains were identified through morphological characteristics, conventional biochemical tests and commercial API 20NE Micro-System. Capsular typing of groups A and D was performed by a multiplex PCR for amplification of genes hyaD-hyaC and dcbF, respectively. According to the values established by API WEB software, it was possible to identify 14.09% (32/227) of P. multocida strains, which showed an identification percentage of 96% and a typicality of 1 to P. multocida. By multiplex PCR, the amplification of genes hyaD-hyaC, correspondent to capsular group A in 100% (32/32) of the strains previously identified as P. multocida, was achieved. There are no similar data in Mexico on the identification and characterization of P. multocida in beef cattle. With the results obtained it is confirmed that, in a similar way with other countries of Europe and America, capsular type A of P. multocida is predominant in Mexico.

Caracterización molecular de los genes pr1 y tpt1 en especies y variedades cubanas de tabaco (Nicotiana tabacum L. ) / Molecular characterization of pr1 and tpt1 proteins in cuban tobacco species and varieties (Nicoatiana tabacum L. )

La identificación de genes nuevos relacionados con la respuesta de Nicotiana tabacum L. al estrés biótico y abiótico contribuye al mejoramiento genético del cultivo del tabaco en todo el mundo. El objetivo de este trabajo fue detectar la presencia de los genes tpt1 y pr1 en el genoma de algunas especies y variedades cubanas de tabaco. Se identificaron 265 etiquetas de secuencias expresadas (ESTs-expressed sequences tags) que nunca se habían informado con anterioridad en especies vegetales, y el gen que codifica para la proteí­na tumoral controlada durante la transcripción (Transcriptional Controlled Tumor Protein) (tpt1) nunca se había informado en N. tabacum, pues los estudios del mismo se han centrado en su mayoría en animales y humanos. Los resultados del microarreglo se confirmaron utilizando la RT-PCR cuantitativa en tiempo real. Los genes tpt1 y proteí­na relacionada con la patogénesis (pr1) se utilizaron para diseñar cebadores para la caracterización molecular de algunas especies y variedades de tabaco cubano. El gen tpt1 solamente se expresó en dos especies (N. glutinosa y N. tomentosiformis) y el pr1, después de la digestión, mostró diferentes bandas entre las variedades susceptibles y resistentes. La presencia de estos genes en una parte del germoplasma analizado constituye un paso inicial para la utilización de este conocimiento en el mejoramiento genético del tabaco.

The identification of new genes related with Nicotiana tabacum L. response to biotic and abiotic stress contribute to the genetic improvement of tobacco plants around the world. The aim of this research was to identify tpt1 and pr1 genes in the genomic of some cuban tobacco varieties and species. The microarray technology has been used with ESTs for the construction of a cDNA library. 265 expressed sequences tags (ESTs) that have never been reported before in vegetables species were identified and the gene that codified for the Transcriptional Controlled Tumor Protein (tpt1), has never been reported before in N. tabacum, with the studies about this gene being focused on human and animals mostly. The microarray results were confirmed using quantitative RT- PCR. TCTP and pathogenesis-related protein 1 (PR-1) ESTs were used to design primers for the molecular characterization of some species and cuban tobacco varieties. The tpt1 gene was only expressed in two species (N. glutinosa y N. tomentosiformis) and pr1 gen, after a digestion, exhibited different bands for susceptible and resistant varieties. The detection of these genes in some species and cuban tobacco varieties represents one step to go deeply in the molecular characterization of cuban germoplasm.

Perfil inmunohistoquímico y la caracterización molecular del carcinoma de mama en una población venezolana / Immunihistochemical profile and molecular characterized in venezuela population

Se planteó evaluar expresión de varios biomarcadores moleculares para exponer un perfil inmunohistoquímico que permita conocer y definir la caracterización molecular de esta neoplasia en una población venezolana. Se evaluó la expresión de varios biomarcadores moleculares en pacientes con carcinoma de glándula mamaria que se realizaron dicho análisis en el laboratorio de anatomía patológica del Hospital Metropolitano del Norte, en el lapso comprendido entre 1999 al 2007. Se clasificaron los tumores empleando los trabajos Wiechmann y Carey, Wiechman y su grupo. Se valoró la expresión de p53, Bcl2 y Ki-67 según los anteriores, se relacionaron con aspectos clínicos patológicos. Edad promedio de los casos fue 51,16 años. Se observó predominio de los luminal. El marcaje del p53 se observó en más del 60 % de los casos clasificados como Her-2+ y triple negativo, y el Bcl2 se expresó en menos del 50 % de los casos en ambos subtipos tumorales mencionados. En cuanto al Ki-67, los Her-2+ presentaron el menor porcentaje de casos que lo expresaron el relación al resto. Los tumores luminal correspondieron a lesiones estadio II y presentaron mayor afectación de la axila, los subtipos Her-2+ y triple negativo con estadios III. Lo obtenido en este estudio parece apuntar que hay diferencias entre los inmunofenotipos considerados, de tal forma que la clasificación mediante estos criterios permitiría discernir formas con diferente pronóstico en nuestras pacientes aunque son necesarios estudios de seguimiento para confirmar este punto

An evaluation was the expression of several molecular biomarkers with the goal of exposing an immunohistochemical profile that allows knowing and better defining the molecular characterization of the tumor in a Venezuelan population. We evaluated the expression of several molecular biomarkers in patients with carcinoma of the breast were performed this analysis at the laboratory of pathology, Hospital Metropolitan of North, Valencia - Carabobo State, Venezuela, in the period between 1999 to 2007. The tumors were classified using the work Wiechmann, and Carey, Wiechmann and group. We evaluated the expression of p53, Bcl2 and Ki-67 according to the above and related to the clinical disease. The average age of cases was 51.16 years. It was observed prevalence of luminal. The labeling of p53 was observed in more than 60% of cases classified as HER-2 + and triple negative, and Bcl2 was expressed in less than 50% of cases in both tumor subtypes above. As for Ki-67, theHer-2 + had the lowest percentage of cases that expressed relative to the rest. Luminal tumors corresponded to stage II lesions had a higher axils, subtypes Her-2 + and triple negative stage III. In particular what was obtained in this study seems to indicate that there are differences between the immunophenotypes considered, so that the classification by these criteria would discern shapes with different prognosis in our patients but followup studies are needed to confirm this point

Estrategia cubana de caracterización molecular del virus influenza A/H1N1pdm / Cuban strategy for the molecular characterization of the pandemic influenza A virus (H1N1)

INTRODUCCIÓN: en Abril de 2009 se identificó una variante del virus influenza A/H1N1 de origen porcino, lo cual determinó que fuese declarada rápidamente la primera pandemia del siglo XXI. OBJETIVO: establecer una estrategia de secuenciación nucleotídica que permitiera diagnosticar diferencialmente los virus influenza A estacionales del nuevo virus pandémico, así como obtener la mayor cantidad de información posible desde el punto de vista molecular de los genes hemaglutinina y neuraminidasa, tanto de pacientes que sufrieron una enfermedad tipo influenza como los que padecieron de una infección respiratoria aguda grave y los que fallecieron. MÉTODOS: se diseñaron e implementaron tres estrategias de secuenciación que brindaron información importante acerca del nuevo virus en Cuba. RESULTADOS: a través de la tercera estrategia se obtuvieron los resultados más completos: diagnóstico diferencial, vigilancia de las mutaciones D222G/E en la hemaglutinina y las variantes virales H275Y resistentes al Tamiflu. A pesar de no haber detectado las mutaciones mencionadas, no se puede descartar su presencia en población cubana, debido a que estas estrategias no fueron diseñadas con ese fin. Se impone diseñar un estudio para cumplir con ese objetivo. CONCLUSIONES: las estrategias de secuenciación aplicadas en nuestro algoritmo permitieron realizar el diagnóstico diferencial de los virus influenza estacional del pandémico y su caracterización molecular.

INTRODUCTION: in April 2009, there was identified a variant of the A/H1N1 influenza virus of swine origin, and shortly after the first pandemic in XXI century was declared. OBJECTIVES: to establish a nucleotide sequencing strategy for the differential diagnosis of the seasonal and pandemic influenza A viruses, and to obtain as much molecular information as possible about hemagglutinin and neuraminidase genes in patients with influenza-like illnesses, in those with severe respiratory infection and in patients who died. METHODS: three sequencing strategies were designed and implemented, which also offered important information about the new virus in Cuba. RESULTS: the third strategy provided the most comprehensive results such as differential diagnosis, the surveillance of the D222G/E mutation in hemagglutinin and Tamiflu-resistant H275Y viral variants. In spite of the fact that the mentioned mutations were not detected, their presence in the Cuban population can not be ignored since these strategies were not designed for this end. It is imperative to design a study to fulfill this objective. CONCLUSIONS: the sequencing strategies in our algorithm allowed the differential diagnosis of the seasonal and the pandemic viruses, and their molecular characterization.

Caracterización fenotípica y molecular de cepas de Pasteurella multocida aisladas de exudado nasal de bovinos, en dos cuencas lecheras de México / Phenotypic and molecular strain characterization of Pasteurella multocida isolated from cattle nasal exudate from two dairy complexes in Mexico

Two hundred and fifty strains of P. multocida isolated from nasal exudate were obtained, 182 clinically healthy bovine strains and 68 clinically ill with pneumonia bovine strains, from two dairy complexes, one in the Tizayuca region of Hidalgo state (n = 81), and another in the Region Lagunera of the states of Coahuila and Durango (n = 169), Mexico. Strains were identifed by conventional biochemical tests and API 20NE commercial system. Capsular typing was performed by testing hyauloronidase and acrifavine, as well as by a multiplex PCR for amplification of genes hyaC-hyaD and dcbF. The overall results of hyaluronidase by the test showed that 90.4% (226/250) of the strains were capsular type A and through the acrifavine test 9.6% (24/250) was capsular type D. Using the multiplex PCR, 92% (230/250) was capsular type A and 8% (20/250) was capsular type D. The comparison of results between biochemical tests and PCR are consistent in identifying strains of capsular type A but not with the capsular type D. It was possible to confrm that capsular type A of P. multocida is predominat in Mexico.

Se obtuvieron 250 cepas de P. multocida aisladas de exudado nasal, 182 cepas de bovinos clínicamente sanos y 68 cepas de bovinos clínicamente enfermos de neumonía, de dos complejos lecheros, uno en la región de Tizayuca estado de Hidalgo (n = 81), y otro en la Región Lagunera de los estados de Coahuila y Durango (n = 169), México. Las cepas fueron identificadas mediante pruebas bioquímicas convencionales y el sistema comercial API 20NE. La tipificación capsular se realizó por medio de las pruebas de hiauloronidasa y acrifavina, así como por medio de una PCR múltiple para la amplificación de los genes hyaD-hyaC y dcbF. Los resultados globales mediante la prueba de hialuronidasa mostraron que 90.4% (226/250) de las cepas fueron del tipo capsular A y por medio de la prueba de acrifavina, 9.6% (24/250) fue del tipo capsular D. Por medio de la PCR múltiple, 92% (230/250) fue tipo capsular A y 8% (20/250) fue tipo capsular D. La comparación de los resultados entre las pruebas bioquímicas y la técnica de PCR concuerdan en la identificación de las cepas del tipo capsular A, pero no así con las del tipo capsular D. Se corrobora que en México el tipo capsular predominante de P. multocida es el A.

EXPRESIÓN DE LA PROTEÍNA Cry1Ac EN TEJIDOS DE LÍNEASTRANSGÉNICAS DE PAPA (Solanum tuberosum spp. ANDÍGENA)VAR. DIACOL CAPIRO. / Cry1Ac Protein Expression in Tissues of Potato (Solanumtuberosum spp. Andígena) Transgenic Lines Var. Diacol Capiro

La papa (Solanum sp.) es el cuarto producto alimenticio más importante en el mundo. En Colombia anualmente se producen alrededor de 2,8 millones de toneladas, sirviendo como sustento económico a 90.000 familias. En el país, Tecia solanivora genera el mayor impacto económico en el cultivo con pérdidas de hasta el 100% en la producción de tubérculos. El fitomejoramiento vía introducción de genes Cry, que codifican para cristales proteicos insecticidas, constituye una alternativa para reducir el ataque de insectos en cultivos de interés comercial. En este trabajo se caracterizó la inserción, transcripción y expresión del gen Cry1Ac en diferentes tejidos y en tres etapas del desarrollo para dos líneas transgénicas de Solanumtuberosum spp. andígena variedad Diacol Capiro generadas previamente por transformación con Agrobacteriumtumefaciens. La caracterización se realizó a través de técnicas de PCR, RT-PCR y ELISA. Se corroboró la inserción y transcripción del gen utilizando primers que amplificaron una banda específica de 766pb para Cry1Ac. Los niveles de expresión de la proteína llegaron a ser mayores a 45µg/g y no mostraron diferencias significativas entre las líneas analizadas, ni entre las tres etapas del desarrollo. No se evidenciaron diferencias significativas entre las líneas transgénicas con respecto al control al hacer un análisis de algunas características fenotípicas relevantes. Los resultados encontrados sugieren la realización de seguimientos y ensayos de bioseguridad sobre este material, ya que los altos niveles de expresión en todos los tejidos analizados, pueden afectar a organismos no blanco.

The potato plant is the fourth most important crop in the world. In Colombia around 2.8 million tons are produced annually economically supporting 90000 families. In the country, the major economic impact in the crop is caused by Tecia solanivora that originates loses up to 100% in the tuber production. The genetic plant breeding related to the introduction of Cry genes which codify insecticidal crystal proteins is an alternative for reducing the insect attack in commercial crops. In this work, the insertion, transcription and expression of Cry1Ac gen was characterized in different tissues and three development stages of two transgenic lines of Solanum tuberosum variety Diacol Capiro that were previously transformed by Agrobacterium tumefaciens method. The characterization was realized by PCR, RT-PCR and ELISA techniques. The gen insertion and transcription was confirmed using primers for Cry1Ac gen that amplified a specific band of 766 bp. The protein expression levels were higher than 45 µg/g and were not significantly different between the analyzed lines nor the three development stages. Furthermore, taking into account some relevant phenotypic features, no significant differences were found between transgenic lines and controls. The results suggest that monitoring and biosecurity assays are necessary with this vegetal material because their high level expression inside all the tissues analyzed that could affect non-targeted insects.

Caracterización molecular de Trypanosoma vivax en ovinos naturalmente infectados en dos hatos de los municipios San Fernando y Biruaca estado Apure Venezuela / Molecular characterization of Trypanosoma vivax in naturally-infected sheep from two farms at San Fernando and Biruaca municipalities Apure state Venezuela

Este estudio tuvo como objetivo efectuar una caracterización molecular de Trypanosoma vivax en ovinos de dos hatos en los cuales estos rumiantes, conjuntamente con vacunos y búfalos de agua, comparten la misma área agroecológica, estableciendo el potencial papel de los ovinos como fuente de infección de tripanosomosis por T. vivax para los grandes rumiantes. La técnica de microcentrifugación capilar (TMC) fue usada para establecer el porcentaje de infecciones activas por tripanosomas existente en los animales evaluados. Se empleó un ensayo de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para confirmar la identificación de especie, mientras que un ensayo de PCR-RFLP (polimorfismo en la longitud de los fragmentos de restricción) permitió evaluar la variabilidad intraespecífica entre los aislados de T. vivax detectados en ovinos vs. aquellos provenientes de bóvidos (vacunos y búfalos de agua), colectados en la misma área de producción. De las 320 muestras de sangre de ovinos colectadas, la TMC detectó positividad en 11 (4,35 por ciento), lo que es de gran relevancia epidemiológica debido a la baja sensibilidad de esta metodología. Los resultados de PCR permitieron caracterizar a T. vivax como la especie presente en todas las infecciones activas detectadas. Todos los animales infectados mostraron un valor de hematocrito inferior (P<0,05) al registrado en animales no infectados (22,435 vs. 31,450). El ensayo de PCR-RFLP permitió observar la existencia de perfiles de restricción similares entre los aislados de T. vivax evaluados, sugiriéndose la ausencia de variación intraespecífica para el marcador molecular en estudio, independientemente del origen de hospedador del que provino la muestra (ovinos, vacunos, búfalos de agua). Estos resultados permiten sugerir que los aislados de T. vivax que infectan ovinos, vacunos y búfalos de agua en el área de estudio pudiesen estar estrechamente relacionados desde un punto de vista genético y, consecuentemente...

This study was made to achieve a molecular characterization of Trypanosoma vivax in two Venezuelan farms where both small ruminants (mainly ovines) and bovines (cattle and water buffaloes) share the same agroecological area. In addition, it was made to assess the role of sheep as source of T. vivax infection for cattle and buffalo herds. The microhematocrit centrifugation technique (MHC) was used to establish the percentage of current trypanosome infection. A PCR-based assay was used to confirm the species identification while a PCR-RFLP assay was used for studying intra-specific variation among T. vivax from sheep vs. those from other livestock from the same area. From 320 sheep blood samples, MHC detected 11 (4,35 percent) which is of remarkable epidemiological significance due to the low sensitivity of this method. Based on PCR results, T. vivax was characterized as the only species responsible for all sheep infections. All infected animals showed a lower packed cell volume value (P<0,05) when compared with the non-infected (22,435 vs. 31,450). The PCR-RFLP technique revealed similar profiles among T. vivax isolates suggesting a non intra-specific variation within the molecular marker amplified regardless the host (sheep water buffaloes or cattle). Thus, it was suggested that T. vivax infecting sheep, cattle, and buffaloes in the study area could be genetically closely related. These findings show that sheep may play an important role in the epidemiology of livestock trypanosomiasis in this area and they might be incorporated into therapeutic and preventive programs against livestock trypanosomiasis.

Caracterización de aislados de Escherichia coli O157: H7 en canales de bovinos y porcinos mediante PCR / Charactertization of Escherichia ciki O157: H7 isolates obtained from bovine and porcine carcasses

Muchos de los brotes causados por Escherichia coli O157:H7 se han asociado al consumo de carne bovina mal cocida, pero también se ha reportado su presencia en la carne de otros animales domésticos. En México existe poca información sobre la presencia de este patógeno en canales de res y de cerdo. El objetivo de este estudio fue determinar la presencia de E. coli O157:H7 en canales de res y cerdo y su caracterización mediante PCR. De un total de 18 aislados, 12 fueron positivas por PCR para los genes rfbE y fliC que determinan el serotipo O157:H7. De estos 12, uno de canal de res y tres de canales de cerdo fueron positivos por PCR para los genes stx1, stx2 y eaeA, por lo que fueron considerados como enterohemorrágicos. Las diferencias encontradas en el número de canales positivas para los genes caracterizados no fueron estadísticamente significativas, y los resultados señalan que E. coli O157:H7 puede ser encontrada en ambos tipos de canal, representando un riesgo para la salud, por lo que se deben tomar medidas más estrictas de higiene y manejo para evitar que canales que no cumplan con el carácter de inocuidad lleguen a los consumidores finales.

Many Escherichia coli O157:H7 outbreaks have been associated to consumption of undercooked beef, but the presence has also been reported in the meat of other domestic animals. In Mexico, little information exists on the presence of this pathogen in bovine and pork carcasses. The objective of this study was to determine the presence and/or absence of E. coli serotype O157:H7 in bovine and pork carcasses and their characterization by means of PCR. Of 18 isolates, 12 were positive by PCR to rfbE and fliC genes, which determine O157:H7 serotype. Of these 12, one from bovine carcass and three of pork carcasses were positive by PCR to stx1, stx2 and eaeA genes, therefore, they were considered enterohemorrhagic strains. The differences found in the positive carcass number to any of the genes were not statistically significant. The results show that E. coli O157:H7 could be found in both carcasses types, representing a risk for the health, so strict hygienic and handling measures should be taken in order to avoid that carcasses which do not fulfill the food safety aspect might arrive to the final consumers.