ABSTRACT
Abstract Escherichia coli O157:H7 is a foodborne pathogen implicated in numerous outbreaks worldwide that has the ability to cause extra-intestinal complications in humans. The Enteropathogens Division of the Central Public Health Laboratory (CPHL) in Paraguay is working to improve the genomic characterization of Shiga toxin-producing E. coli (STEC) to enhance laboratory-based surveillance and investigation of foodborne disease outbreaks. Whole genome sequencing (WGS) is proposed worldwide to be used in the routine laboratory as a high-resolution tool that allows to have all the results in a single workflow. This study aimed to carry out for the first time, the genomic characterization by WGS of nine STEC O157:H7 strains isolated from human samples in Paraguay. We were able to identify virulence and resistance mechanisms, MLST subtype, and even establish the phylogenetic relationships between isolates. Furthermore, we detected the presence of strains belonging to hypervirulent clade 8 in most of the isolates studied.
Resumen Escherichia coli O157:H7 es un patógeno transmitido por alimentos implicado en numerosos brotes en todo el mundo y es capaz de causar complicaciones extraintestinales en humanos. La sección de «Enteropatógenos¼ del Laboratorio Central de Salud Pública trabaja en mejorar la caracterización genómica de STEC, de modo de potenciar la vigilancia laboratorial y la investigación de brotes de enfermedades transmitidas por alimentos. La secuenciación de genoma completo (WGS, por sus siglas en inglés) se propone a nivel mundial como una herramienta de alta resolución para ser utilizada en el laboratorio de rutina, ya que permite obtener todos los resultados en un único proceso. El objetivo de este trabajo fue llevar a cabo, por primera vez, la caracterización genómica por WGS de nueve cepas STEC O157:H7 aisladas en Paraguay a partir de muestras de origen humano. Pudimos identificar los factores de virulencia, los mecanismos de resistencia, el subtipo MLST, e incluso pudimos establecer la relación filogenética entre los aislamientos. Además, detectamos que la mayoría de las cepas pertenecían al clado hipervirulento 8.
ABSTRACT
Abstract: Leguminosae includes six subfamilies, where the traditionally recognised subfamily Mimosoideae was accepted as a distinct clade included within the recircumscribed subfamily Caesalpinioideae, called informally as Mimosoid clade. The representatives of the tribes Acacieae and Ingeae can be differentiated principally in terms of the patterns of their stamens, being free in Acacieae and monadelphous in Ingeae. The floristic survey of Acacieae and Ingeae in the Environmental Protection Area Serra Branca included analysis of specimens collected from June 2011 to September 2012. The analyses were supplemented with dried collections from the following herbaria: ALCB, HRB and HUEFS. Ten species were cataloged, distributed among four genera of Ingeae: Calliandra Benth. (1 sp.), Chloroleucon (Benth.) Britton & Rose ex Record (1 sp.), Enterolobium Mart. (1 sp.), Pithecellobium Mart. (1 sp.); and one genus of Acacieae: Senegalia Raf. (6 spp.). The most representative species were Calliandra aeschynomenoides Benth. associated with sandy and stony soils and Chloroleucon foliolosum (Benth.) G.P.Lewis and Senegalia bahiensis (Benth.) Seigler & Ebinger growing on sandy-clay soils. The taxonomic treatment includes a key for the identification, descriptions, illustrations, photos, data of the geographical distribution phenological data and comments about the species.
Resumo: Leguminosae inclui seis subfamílias, onde a tradicional subfamília Mimosoideae foi reconhecida como um clado distinto dentro da recircunscrita subfamília Caesalpinioideae, chamado de clado Mimosoida. Os representantes das tribos Acacieae e Ingeae podem ser diferenciadas principalmente pelo padrão dos estames, sendo livres em Acacieae e monoadelfos em Ingeae. O levantamento florístico de Acacieae e Ingeae na Área de Proteção Ambiental Serra Branca compreendeu análises de espécimes coletados no período de junho 2011 a setembro 2012. As análises foram complementadas com coleções herborizadas depositadas nos seguintes herbários: ALCB, HRB e HUEFS. Foram catalogadas dez espécies, distribuídas em quatro gêneros de Ingeae: Calliandra Benth. (1 sp.); Chloroleucon (Benth.) Britton & Rose ex Record (1 sp.); Enterolobium Mart. (1 sp.) e Pithecellobium Mart. (1 sp.), e um gênero de Acaciae: Senegalia Raf. (6 spp.). As espécies mais representativas foram Calliandra aeschynomenoides Benth. associada a solos arenoso-pedregosos e Chloroleucon foliolosum (Benth.) G.P.Lewis e Senegalia bahiensis (Benth.) Seigler & Ebinger a solos arenoso-argilosos. O tratamento taxonômico inclui uma chave de identificação, descrições, ilustrações, fotos, dados de distribuição geográfica, dados fenológicos e comentários sobre as espécies.
ABSTRACT
SUMMARY The genus Brucella is a globally distributed intracellular pathogen that affects animals and humans and presents low genetic variability, which is a challenge for its phylogenetic reconstruction. Genus differentiation originally occurred due to its preference for a certain host and analyses throughout the years to classify the genus Brucella and its strains, depended on the techniques used, the number of strains or the methods of phylogenetic reconstruction. Its history goes from recognizing the entire genus as unique B. mellitensis species with multiple varieties, to recognizing more than ten species. This review shows the journey through the techniques that have been used to differentiate the genus Brucella, which, although they have generated clarity in the grouping of some species, still leaves doubts in related to the oldest species, their divergence and the type of grouping of the new species discovered. The application of new technologies such as phylogenomics is contributing to solve these questions.
RESUMEN Las especies del género Brucella son patógenos de distribución mundial que afecta, tanto a los animales como al hombre, los cuales, presentan baja variabilidad genética, convirtiéndolo en un reto para su reconstrucción filogenética y diferenciación. La diferenciación originalmente se dio, debido a su preferencia por cierto hospedero. A través de los años, se han realizado diferentes análisis para clasificar el género Brucella y las variaciones que presenta, que dependen de las técnicas empleadas para su clasificación, las especies, el número de cepas o los métodos de reconstrucción filogenética. La historia pasa desde reconocer a todo el género como una única especie B. mellitensis con múltiples variedades, a reconocer más de diez especies. En esta revisión, se hace una travesía, a través de las diferentes técnicas que se han utilizado en el tiempo, para clasificar el género Brucella que, aunque han generado claridad en el agrupamiento de algunas especies, aun dejan dudas en relación a las especies más antiguas, su divergencia y el tipo de agrupación de las nuevas especies descubiertas. La aplicación de nuevas tecnologías, como la filogenómica, está contribuyendo a resolver estos interrogantes.
ABSTRACT
Pimelodidae harbors several species and is widely distributed throughout the Neotropical region. Pimelodus is the genus with the largest number of species, however it is a polyphyletic group. Cytogenetic analyzes of the valid species still covers less than half of them. Herein, seven Pimelodus species from three Brazilian hydrographic systems were analyzed through basic (Giemsa, AgNORs and C banding) and molecular (5S and 18S rDNA-FISH) cytogenetic methods. All species had 2n=56 chromosomes with different karyotype formulas observed among the species. AgNORs were corresponding to 18S rDNA and localized on long arm of one chromosome pair in all species. Heterochromatin distribution follows the pattern commonly verified in the family and allows to identify each one of the studied species. 5S rDNA marker was interspecifically variable in number and position of cistrons. Pimelodus ortmanni had B chromosomes varying intra and inter-individually. We performed a discussion on our own and available cytogenetic data for Pimelodidae, and the associating of them with available phylogeny enable us identifying features that distinguish subgroups within Pimelodidae, such as NORs location (terminal/long arm for species belonging to "Iheringichthys-Parapimelodus" and "Pimelodus maculatus" subclades) and location of 5S rDNA sites (pericentromeric/interstitial/ long arm for species belonging to Pimelodus group).(AU)
Pimelodidae abriga várias espécies e é amplamente distribuída ao longo da região Neotropical. Pimelodus é o gênero com o maior número de espécies, porém é um grupo polifilético. Análises citogenéticas foram realizadas em menos da metade das espécies válidas. Aqui, sete espécies de Pimelodus de três sistemas hidrográficos brasileiros foram estudadas através das técnicas citogenéticas básicas (Giemsa, AgRONs e banda C) e moleculares (FISH-DNAr 5S e 18S). Todas as espécies apresentaram 2n=56 cromossomos, sendo observadas variações na fórmula cariotípica entre algumas espécies. As AgRONs correspondentes ao DNAr 18S foram localizadas no braço longo de um par de cromossomos em todas as espécies. A heterocromatina segue o padrão comumente observado na família e permite identificar cada uma das espécies estudadas. O DNAr 5S apresentou variação interespecífica em número e na posição dos cístrons. Cromossomos B foram evidenciados em P. ortmanni com variação intra e interindividual. Nós discutimos os nossos resultados com os dados citogenéticos válidos para Pimelodidae, e a associação desses dados com a filogenia válida nos permitiu identificar características que distinguem subgrupos dentro de Pimelodidae, tais como a localização das RONs (terminal/braço longo para espécies pertencentes aos subclados "Iheringichthys-Parapimelodus" e "Pimelodus maculatus") e localização dos sítios de DNAr 5S (pericentromérico/intersticial no braço longo para espécies pertencentes ao grupo Pimelodus).(AU)
Subject(s)
Animals , Catfishes/genetics , Heterochromatin , CytogeneticsABSTRACT
A new mouth breeder species of Gymnogeophagus is described from a tributary of the río Uruguay. It is distinguished from most species of the genus by the presence of hypertrophied lips, and from G. labiatus and G. pseudolabiatus by the color pattern. The presence of successive allopatric species of the Gymnogeophagus gymnogenys clade inhabiting the tributaries of the río Uruguay is discussed.(AU)
Una nueva especie incubadora bucal de Gymnogeophagus es descripta de un tributario del Río Uruguay. Se distingue de la mayoría de las especies del género por la presencia de labios hipertrofiados, y de G. labiatus y G. pseudolabiatus por su patrón de coloración. Se discute la presencia de sucesivas especies alopátricas del clado Gymnogeophagus gymnogenys habitando los tributarios del Río Uruguay.(AU)
Subject(s)
Animals , Perciformes/classification , Gingival Hypertrophy/veterinaryABSTRACT
Abstract Herein, we provide new occurrence records of Scinax nasicus (Cope, 1862) for the state of Rio Grande do Sul, Southern Brazil. All new records here provide are located on Southern half of the state. Besides this, we provide the first record for species in Brazilian coastal zone. Those records improve considerably our knowledge regarding species distribution in Southern Brazil.
Resumo Aqui, nós fornecemos novos registros de ocorrência de Scinax nasicus (Cope, 1862) para o estado do Rio Grande do Sul, Sul do Brasil. Todos os novos registros aqui fornecidos estão localizados na metade sul do estado. Além disso, nós fornecemos o primeiro registro para a espécie na zona costeira brasileira. Esses registros melhoram consideravelmente o nosso conhecimento sobre a distribuição da espécie no Sul do Brasil.
Subject(s)
Animals , Anura/physiology , Animal Distribution , BrazilABSTRACT
A new species of Boehlkea is described from rio Japurá, Amazon basin. The new species differs from B. fredcochui by the presence of a vertically elongate humeral spot (vs. absence), complete lateral line (vs. incomplete), four rows of scales below lateral line (vs. three), and lower number of branched anal-fin rays (17-21 vs. 22-25), and from B. orcesi by the higher number of maxillary teeth (13-14 vs. 5-12), greater head length (27.9-29.9% vs. 24.3-27.5% of SL), and by the color pattern (basal half of dorsal-fin, distal portion of pelvic-fin, lower caudal-fin lobe and anal-fin with black chromatophores vs. absence of black chromatophores in the fins).(AU)
Uma nova espécie de Boehlkea é descrita do rio Japurá, bacia Amazônica. A espécie nova difere de B. fredcochui pela presença de uma mancha umeral verticalmente alongada (vs. ausência), linha lateral completa (vs. incompleta), quatro séries de escamas abaixo da linha lateral (vs. três), e menor número de raios ramificados na nadadeira anal (17-21 vs. 22-25), e de B. orcesi pelo maior número de dentes no maxilar (13-14 vs. 5-12), maior comprimento da cabeça (27,9-29,9% vs. 24,3-27,5% do CP), e pelo padrão de colorido (porção inferior da nadadeira dorsal, porção distal da nadadeira pélvica, lobo inferior das nadadeiras caudal e anal com cromatóforos pretos vs. ausência de cromatóforos pretos nas nadadeiras)(AU)
Subject(s)
Animals , Lateral Line System/anatomy & histology , Characiformes/classification , ClassificationABSTRACT
The genotypes of dengue viruses (DENV) isolated from patients with dengue in Jamaica during 2007 were determined using DNA sequencing and phylogenetic analysis of the C-prM gene junction. The 17 DENV analysed included strains of DENV serotypes 1 (DENV-1, n = 3), DENV-2 (n = 7) and DENV-4 (n = 7). All strains of DENV-1 were classified as genotype III, while 1 of 7 strains of DENV-2 belonged to the Asian American/Asian genotype, genotype I/ III (Jamaica genotype), 2 were genotype V, the American genotype and 4 strains clustered with reference strains belonging to genotype IV. The 6 DENV-4 strains from Jamaica and the control strain clustered together in a separate clade from Caribbean/ American reference strains, which belong to genotype II and Asian strains, classified as genotypes I and III. There has been little evolution in the DENV-1 strains circulating in Jamaica over the years and this might reduce the risk of outbreaks due to this serotype. In contrast, the high genetic diversity in strains of DENV-2 viruses in circulation, the presence of more recently introduced genotypes and a new clade of DENV-4 might contribute to the epidemic potential of these DENV serotypes. These preliminary data clearly indicate the need to maintain laboratory surveillance, and other control measures against hyperendemicity of dengue in Jamaica.
Los genotipos de los virus del dengue (DENV) aislados de pacientes con dengue en Jamaica durante 2007, fueron determinados usando secuenciación de ADN y análisis filogenético de la unión del gen C-prM . Los 17 DENV analizados incluyeron cepas de serotipos de DENV 1 (DENV-1, n = 3), DENV-2 (n = 7) y DENV-4 (n = 7). Todas las cepas de DENV-1 fueron clasificadas como genotipo III, mientras que 1 de 7 cepas de DENV-2 pertenecían al genotipo asiático americano/asiático, genotipo I/ III (genotipo de Jamaica), 2 fueron genotipo V, el genotipo americano y 4 cepas agrupadas con cepas de referencia pertenecientes al genotipo IV. Las 6 cepas DENV-4 de Jamaica y la cepa de control se agruparon en un clado aparte de cepas de referencia caribeña/americana, que pertenecen al genotipo II, y las cepas asiáticas, clasificadas como genotipos I y III. Ha habido poca evolución en las cepas DENV-1 que han estado circulando en Jamaica a través de todos estos años, y esto podría reducir el riesgo de brotes a causa de este serotipo. En contraste con ello, la alta diversidad genética de las cepas de los virus DENV-2 en circulación, la presencia de más genotipos introducidos recientemente, y un nuevo clado de DENV-4 podrían contribuir al potencial epidémico de estos serotipos de DENV. Estos datos preliminares indican claramente la necesidad de mantener la vigilancia de laboratorio, y otras medidas de control contra el carácter hyperendémico del dengue en Jamaica.