Utilidad del panel de PCR multiplex en el diagnóstico microbiológico temprano y adecuación antimicrobiana en pacientes críticos con neumonía / Usefulness of the multiplex PCR panel in the early microbiological diagnosis and antimicrobial suitability in critical patients with pneumonia / Utilidade do painel de PCR multiplex no diagnóstico microbiológico precoce e adequação antimicrobiana em pacientes críticos com pneumonia

Resumen: Introducción: el inicio temprano de la antibioticoterapia adecuada en infecciones graves se asocia con reducción de la mortalidad. La identificación precoz del microorganismo es fundamental para realizar un tratamiento dirigido y disminuir la terapéutica inicial inapropiada. Objetivo: valorar la utilidad de una técnica de biología molecular por amplificación de ácidos nucleicos mediante reacción en cadena de polimerasa en tiempo real para diagnóstico microbiológico temprano y adecuación de la antibioticoterapia en pacientes con neumonías graves. Metodología: estudio retrospectivo observacional llevado a cabo en la unidad de cuidados intensivos del Hospital Maciel. Se analizaron muestras respiratorias de pacientes con diagnóstico o sospecha de neumonía. Se compararon los resultados microbiológicos obtenidos por técnicas convencionales y por biología molecular multiplex (panel neumonía). Resultados: se incluyeron 53 muestras obtenidas de 51 pacientes. El multiplex detectó al menos un microorganismo en 38 (71,7%) muestras frente a 30 (56.6%) desarrollos en cultivos tradicionales. La mayoría de las muestras se obtuvieron bajo antibioticoterapia previa (86.8%). El panel neumonía mostró un porcentaje de concordancia positiva combinado de 100% y un porcentaje de concordancia negativa del 94% para la identificación bacteriana en comparación con los métodos microbiológicos tradicionales. En 27 (51%) casos el resultado del panel de neumonía determinó un cambio en la conducta terapéutica. Conclusiones: la técnica de PCR permite la identificación temprana de microorganismos causantes de neumonía optimizando la terapéutica empírica inicial y racionalizando el uso de antimicrobianos. Un panel negativo aleja el planteo de infección respiratoria a gérmenes habituales y permite considerar diagnósticos diferenciales en cuanto a foco y/o etiología.

Summary: Introduction: the early initiation of the adequate antibiotic therapy in severe infections is associated to a reduction in mortality. Early identification of the microorganism is essential to define directed therapy and decrease the initial inadequate treatment. Objective: to assess usefulness of a molecular biology technique by nucleic acid amplification through a polymerase chain reaction in real time for an early microbiological diagnosis and correction of the antibiotic therapy in patients with severe pneumonias. Method: retrospective, observational study conducted in the intensive care unit of Maciel Hospital. The respiratory samples of patients with a diagnosis of pneumonia or suspicious to have pneumonia were analyzed. The microbiological results obtained were compared using conventional techniques and multiplex molecular biology (pneumonia panel). Results: 53 samples obtained from 51 patients were included in the study. Multiplex detected at least one microorganism in 38 (71.7%) samples compared to 30 (56.6%) in traditional cultures. Most samples were obtained under the previous antibiotic therapy (86.8%). The pneumonia panel showed a combined positive agreement percentage of 100% and a negative agreement of 94% for the identification of bacteria when compared to the traditional microbiological methods. In 27 cases (51%) the pneumonia panel results determined changing the therapeutic behavior. Conclusions: the PCR technique allows for the early identification of microorganisms causing pneumonia, thus optimizing initial empirical therapy and rationalizing the use of antibiotics. A negative panel reduces the suspicion of a respiratory infection caused by the usual germs and enables considering differential diagnosis in terms of etiology or cause.

Resumo: Introdução: o início precoce da antibioticoterapia adequada em infecções graves está associado à redução da mortalidade. A identificação precoce do microrganismo é essencial para realizar o tratamento dirigido e reduzir o uso inicial inadequado de antimicrobianos. Objetivo: avaliar a utilidade de uma técnica de biologia molecular para amplificação de ácidos nucleicos por reação em cadeia da polimerase em tempo real para diagnóstico microbiológico precoce e adequação da antibioticoterapia em pacientes com pneumonia grave. Metodologia: estudo observacional retrospectivo realizado na unidade de terapia intensiva do Hospital Maciel. Amostras respiratórias de pacientes com diagnóstico ou suspeita de pneumonia foram analisadas. Os resultados microbiológicos obtidos por técnicas convencionais e por biologia molecular multiplex (painel de pneumonia) foram comparados. Resultados: foram incluídas 53 amostras obtidas de 51 pacientes. O multiplex detectou pelo menos um microrganismo em 38 (71,7%) amostras em comparação com 30 (56,6%) usando culturas tradicionais. A maioria das amostras foi obtida com antibioticoterapia prévia (86,8%). O painel de pneumonia mostrou uma concordância percentual positiva combinada de 100% e uma concordância percentual negativa de 94% para identificação bacteriana em comparação com métodos microbiológicos tradicionais. Em 27 (51%) casos, o resultado do painel de pneumonia determinou mudança no comportamento terapêutico. Conclusões: a técnica de PCR permite a identificação precoce de microrganismos causadores de pneumonia, otimizando a terapia empírica inicial e racionalizando o uso de antimicrobianos. Um painel negativo afasta a suspeita de infecção respiratória pelos germes usuais e permite considerar diagnósticos diferenciais em termos de foco e/ou etiologia.

Does ascitic fluid filtration improve the microbiological diagnosis of spontaneous bacterial peritonitis? An experimental laboratory study / A filtração do líquido ascítico melhora o diagnóstico microbiológico da peritonite bacteriana espontânea? Um estudo experimental laboratorial

Background: Spontaneous Bacterial Peritonitis (SBP) is a serious and frequent complication among cirrhotic patients with ascites and can be diagnosed by cytological analysis of the ascitic fluid. The microbiological culture of ascitic fluid, however, is positive in less than 40% of SBP cases, which often results in inappropriate antimicrobial therapy. Empirical therapy may be suboptimal, increasing patient's risk of aggravation, or overestimated, unnecessarily boosting bacterial resistance. Objective: This experimental laboratory study aimed to standardize and verify the technical feasibility of ascitic fluid vacuum filtration, as a way to optimize the etiological diagnosis of SBP, compared to the automated method. Method: The method evaluated and standardized in this study was ascitic fluid vacuum filtration. Its principle is the concentration of bacteria on a filter membrane. Results: This study included 36 cirrhotic patients treated at a public university hospital between 11.13.2017 and 06.30.2019. Among them, 47.2% (17/36) presented cytology test results compatible with SBP. For these patients, culture sensitivity using the automated method was 35.3% (6/17), against 11.8% (2/17) with the vacuum filtration method. Conclusion: In conclusion, vacuum filtration does not improve the microbiological diagnosis of SBP in this population compared to the automated method (AU)

Contexto: A Peritonite Bacteriana Espontânea (PBE) é uma complicação grave e frequente entre pacientes cirróticos com ascite, diagnosticada por meio da análise citológica do líquido ascítico. A cultura microbiológica do líquido ascítico, por sua vez, é positiva em menos de 40% dos casos de PBE, o que resulta frequentemente na instituição de terapia antimicrobiana inapropriada. A terapia empírica pode ser subótima, aumentando o risco de agravamento do paciente, ou superestimada, impulsionando desnecessariamente a resistência bacteriana. Objetivo: Estudo experimental laboratorial, propôs padronizar e verificar a viabilidade técnica da filtração a vácuo do líquido ascítico, como forma de otimizar o diagnóstico etiológico na PBE, comparativamente ao sistema automatizado de culturas de sangue. Método: O método avaliado e padronizado neste estudo foi a da filtragem a vácuo do líquido ascítico. Esse tem como princípio a concentração da bactéria em uma membrana filtrante. Resultados: Nesse estudo, foram incluídos 36 pacientes cirróticos atendidos em um hospital público universitário, entre 13.11.2017 e 30.06.2019. Entre eles, 47,2% (17/36) apresentaram citologia compatível com PBE. Nesses, a sensibilidade da cultura pelo método semi-automatizado foi de 35,3% (6/17) e da cultura pelo método da filtragem a vácuo foi de 11,8% (2/17). Conclusão: Em conclusão, a filtragem a vácuo não melhora o diagnóstico microbiológico da PBE em relação ao método automatizado (AU)

Does ascitic fluid filtration improve the microbiological diagnosis of spontaneous bacterial peritonitis? An experimental laboratory study / A filtração do líquido ascítico melhora o diagnóstico microbiológico da peritonite bacteriana espontânea? Um estudo experimental laboratoria

ABSTRAC: Background: Spontaneous Bacterial Peritonitis (SBP) is a serious and frequent complication among cirrhotic patients with ascites and can be diagnosed by cytological analysis of the ascitic fluid. The microbiological culture of ascitic fluid, however, is positive in less than 40% of SBP cases, which often results in inappropriate antimicrobial therapy. Empirical therapy may be suboptimal, increasing patient's risk of aggravation, or overestimated, unnecessarily boosting bacterial resistance. Objective: This experimental laboratory study aimed to standardize and verify the technical feasibility of ascitic fluid vacuum filtration, as a way to optimize the etiological diagnosis of SBP, compared to the automated method. Method: The method evaluated and standardized in this study was ascitic fluid vacuum filtration. Its principle is the concentration of bacteria on a filter membrane. Results: This study included 36 cirrhotic patients treated at a public university hospital between 11.13.2017 and 06.30.2019. Among them, 47.2% (17/36) presented cytology test results compatible with SBP. For these patients, culture sensitivity using the automated method was 35.3% (6/17), against 11.8% (2/17) with the vacuum filtration method. Conclusion: In conclusion, vacuum filtration does not improve the microbiological diagnosis of SBP in this population compared to the automated method. (AU)

RESUMO:Contexto: A Peritonite Bacteriana Espontânea (PBE) é uma complicação grave e frequente entre pacientes cirróticos com ascite, diagnosticada por meio da análise citológica do líquido ascítico. A cultura microbiológica do líquido ascítico, por sua vez, é positiva em menos de 40% dos casos de PBE, o que resulta frequentemente na instituição de terapia antimicrobiana inapropriada. A terapia empírica pode ser subótima, aumentando o risco de agravamento do paciente, ou superestimada, impulsionando desnecessariamente a resistência bacteriana. Objetivo: Estudo experimental laboratorial, propôs padronizar e verificar a viabilidade técnica da filtração a vácuo do líquido ascítico, como forma de otimizar o diagnóstico etiológico na PBE, comparativamente ao sistema automatizado de culturas de sangue. Método: O método avaliado e padronizado neste estudo foi a da filtragem a vácuo do líquido ascítico. Esse tem como princípio a concentração da bactéria em uma membrana filtrante. Resultados: Nesse estudo, foram incluídos 36 pacientes cirróticos atendidos em um hospital público universitário, entre 13.11.2017 e 30.06.2019. Entre eles, 47,2% (17/36) apresentaram citologia compatível com PBE. Nesses, a sensibilidade da cultura pelo método semi-automatizado foi de 35,3% (6/17) e da cultura pelo método da filtragem a vácuo foi de 11,8% (2/17). Conclusão: Em conclusão, a filtragem a vácuo não melhora o diagnóstico microbiológico da PBE em relação ao método automatizado. (AU)

Estudio colaborativo sobre la utilidad del panel Meningitis/Encephalitis FilmArray (Biofire) en el diagnóstico de pacientes con sospecha de meningitis o encefalitis / Collaborative study on the usefulness of the Meningitis/Encephalitis FilmArray (Biofire) panel in the diagnosis of patients with suspected meningitis or encephalitis / Estudo colaborativo sobre a utilidade do painel Meningitis/Encephalitis FilmArray (Biofire) no diagnóstico de pacientes com suspeita de meningite ou encefalite

Resumen El tratamiento inicial para pacientes con sospecha de meningitis bacteriana aguda depende de una evaluación diagnóstica rápida y una terapia antimicrobiana adecuada. El panel de Meningitis/Encephalitis FilmArray (ME) (BioFire Diagnostics, Salt Lake City, EE.UU.) utiliza análisis de PCR múltiple e incluye 14 microorganismos; los resultados se obtienen directamente del LCR en 1 h. Los objetivos de este estudio fueron: a) determinar el rendimiento del ME y b) establecer el impacto del resultado obtenido en el tratamiento antimicrobiano de pacientes con meningoencefalitis. Se incluyeron 112 pacientes y 26 episodios de meningitis. Del total de resultados positivos con el panel para bacterias y hongos, 4/13 no se aislaron de cultivos y correspondieron a pacientes con tratamiento antimicrobiano. De los 26 episodios, los resultados condujeron a cambios terapéuticos en 21 casos. El ME es una herramienta rápida y útil para adecuar un tratamiento antimicrobiano en pacientes con meningoencefalitis.

Abstract The initial treatment for patients with suspected acute bacterial meningitis depends on a rapid diagnostic evaluation and adequate antimicrobial therapy. The Meningitis/Encephalitis FilmArray panel (ME) (BioFire Diagnostics, Salt Lake City, USA) uses multiplex PCR analysis and includes 14 microorganisms; the results are obtained directly from the CSF in 1 h. The objectives of this study were: a) to determine the performance of ME and b) to establish the impact of the result obtained on the antimicrobial treatment of patients with meningoencephalitis. A number of 112 patients and 26 episodes of meningitis were included. Of the total positive results for bacteria and fungi with the panel, 4/13 were not isolated from cultures and corresponded to patients with antimicrobial treatment. Of the 26 episodes, the results led to therapeutic changes in 21 cases. ME is a quick and useful tool to adapt antimicrobial treatment in patients with meningoencephalitis.

Resumo O tratamento inicial para pacientes com suspeita de meningite bacteriana aguda depende de uma avaliação diagnóstica rápida e terapia antimicrobiana adequada. O painel de Meningitis/Encephalitis FilmArray (ME) (BioFire Diagnostics, Salt Lake City, EUA) usa análise PCR multiplex e inclui 14 microrganismos; os resultados são obtidos diretamente do LCR em 1 h. Os objetivos deste estudo foram: a) determinar o desempenho do ME e b) estabelecer o impacto do resultado obtido no tratamento antimicrobiano de pacientes com meningoencefalite. 112 pacientes e 26 episódios de meningite foram incluídos. Do total de resultados positivos com o painel para bactérias e fungos, 4/13 não foram isolados das culturas e corresponderam a pacientes em tratamento antimicrobiano. Dos 26 episódios, os resultados levaram a alterações terapêuticas em 21 casos. ME é uma ferramenta rápida e útil para adaptar o tratamento antimicrobiano em pacientes com meningoencefalite.

Infección en la lesión por quemadura / Infection by burn injury

RESUMEN Fundamento: La infección de la lesión por quemadura constituye una de las principales causas de morbilidad y mortalidad en el paciente quemado, y una de las complicaciones más temibles en estos pacientes, por lo que el diagnóstico microbiológico de la infección representa un paso importante para el tratamiento oportuno de los mismos. Objetivo: Determinar mediante el estudio microbiológico cualitativo y cuantitativo de la lesión por quemadura el diagnóstico de infección en los pacientes quemados. Metodología: Se realizó un estudio descriptivo, transversal para determinar mediante el estudio microbiológico de la lesión por quemadura la presencia de infección en los pacientes quemados ingresados en el servicio de Caumatología del Hospital Universitario Manuel Ascunce Domenech de la provincia de Camagüey. Se estudiaron 34 enfermos por quemaduras en quienes se evaluaron el estado nutricional de los pacientes al ingreso, la reanimación prehospitalaria, la positividad del cultivo cuantitativo y cualitativo y los gérmenes más comunes aislados. Resultados: En 8 de los pacientes clasificados como bajo peso, sus lesiones estaban colonizadas por microorganismos. Del 79.42 % de los pacientes que tuvieron una reanimación adecuada, se encontró cultivos cualitativos positivos en 12 de ellos. En el 44.12 % de los pacientes lesionados se encontró la presencia de gérmenes con una cuantificación mayor de 105 bacterias por gramo de tejido. La Pseudomonas aeruginosa se aisló en el 38.23 % de los pacientes estudiados. Conclusiones: El estudio bacteriológico cuantitativo constituye un elemento importante en el diagnóstico de la infección en la herida por quemaduras. La Pseudomonas aeruginosa es uno de los gérmenes principales que colonizan e infectan estas lesiones.

ABSTRACT Background: Infection by burn injury is one of the main causes of morbidity and mortality in burn patients, and one of the most dreadful complications in these patients, so the microbiological diagnosis of infection represents an important step at the timely treatment. Objective: To determine through qualitative microbiological study and quantitative analysis of the burn injury the diagnosis of infection in burn patients. Methodology: A descriptive, cross-sectional study was carried out to determine through the microbiological study of the burn injury the presence of infection in burn inpatients from the Caumatology service at Manuel Ascunce Domenech University Hospital in Camagüey. 34 burn patients were studied, their nutritional status upon admission, pre-hospital resuscitation, positivity of the quantitative and qualitative crops and the most common isolated germs were also evaluated. Results: In 8 of the underweight classified patients, their injuries were colonized by microorganisms. In 12 of the 79.42 % of patients who had an appropriate resuscitation, qualitative crops were found positive. In 44.12 % of injured patients found the presence of germs with a quantification greater than 105 bacteria per gram of tissue. Pseudomonas aeruginosa was isolated in the 38.23 % of the studied patients. Conclusions: The quantitative bacteriological study constitutes an important element in the diagnosis of infection in the burn wound. The Pseudomonas aeruginosa is one of the main germs that colonize and infect these lesions.

Herida abscesificada debido a Trueperella bernardiae / Abscessed wound resulting from Trueperella Bernardiae

Trueperella bernardiae es un microorganismo grampositivo facultativo anaerobio que forma parte de la microbiota normal de la piel y de la orofaringe, que recientemente ha sido reasignado l género Trueperella. Este patógeno ha sido descrito en muy pocos casos como causante de infección en los seres humanos, debido a su aspecto corineforme y su presencia en cultivos mixtos, y a las dificultades diagnósticas

Diagnóstico microbiológico. Su importancia en las infecciones quirúrgicas / The microbiological diagnosis. Its importance in surgical infections

Introducción: Se ha calculado una prevalencia total de infección de la herida quirúrgica del 5 al 10 por ciento. Objetivo: Resumir los principales elementos que definen el diagnóstico microbiológico y su importancia en las infecciones quirúrgicas, así como analizar aquellos factores que favorecen la proliferación microbiana en las heridas quirúrgicas. Planteamiento: En la actualidad la infección del sitio quirúrgico constituye la tercera infección nosocomial más habitual y la más importante entre los pacientes operados. El acercamiento a este tema se justifica plenamente si se toma en consideración la diversidad de intervenciones quirúrgicas que se realizan actualmente. Conclusiones: El diagnóstico microbiológico resulta fundamental, tanto para definir la fase de la infección como para identificar el microorganismo que afecta el resultado de la operación, ya que contribuye a establecer la sensibilidad a los antibióticos y a la elección adecuada del tratamiento(AU)

Introduction: Total prevalence of surgical site infection is calculated to from 5 to 10 percent of surgical interventions. Objective: To summarize the main elements defining the microbiological diagnosis and its importance in surgical infections, and analyze those factors that favor microbial proliferation in surgical wounds. Development: At present, surgical site infection is the third most recurrent nosocomial infection and the most important among operated patients. The approach to this topic is fully justified if the diversity of surgical interventions currently performed is taken into account. Conclusions: The microbiological diagnosis is fundamental both to define the infection phase and to identify the microorganism affecting the result of the surgical intervention, because it contributes to knowing the sensitivity to antibiotics and to select the treatment appropriately(AU)

La espectrometría de masas MALDI-TOF en el laboratorio de microbiología clínica / MALDI-TOF mass spectrometry in clinical microbiology laboratories

Los métodos fenotípicos empleados para la identificación de microorganismos dependen de procesos metabólicos que requieren de tiempos de incubación mínimos para alcanzar resultados confiables. La espectrometría de masas MALDI-TOF (desorción/ionización láser asistida por una matriz con detección de masas por tiempo de vuelo) se ha instaurado como una metodología relevante para la identificación de microorganismos mediante el análisis de proteínas, a través de la creación de un espectro de masas específico de género y especie. En esta revisión, se presenta MALDI-TOF MS como una tecnología precisa para la identificación de bacterias, levaduras, mohos, en incluso de virus ,que además, permite la reducción del tiempo para obtener un resultado de identificación, que puede impactar los costos de atención y duración de la estancia hospitalaria. La identificación de microorganismos directamente de muestras biológicas y la detección de mecanismos de resistencia a antimicrobianos, prometen un mayor impacto clínico y epidemiológico con el desarrollo e implementación de esta tecnología en los laboratorios de microbiología clínica.

Phenotypic methods used for the identification of microorganisms depend on metabolic processes that require minimum incubation times to achieve reliable results. For this reason, MALDI-TOF MS (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry) has been established as a relevant methodology for the identification of microorganisms using analysis of proteins, through the creation of a mass spectrum specific for genus and species. In the present review, MALDI TOF MS is presented as an accurate technology for identifying bacteria, yeasts, molds and viruses; Its use allows reduction of the time to obtain an identification result, which may impact the costs of care and length of hospital stay. The identification of microorganisms directly from biological samples and the detection of mechanisms of antimicrobial resistance, promise an additional clinical and epidemiological impact with the development and implementation of this technology in clinical microbiology laboratories.

Incidência de Candida spp. segundo a sazonalidade em excretas de aves silvestres e exóticas cativas analisadas no Laboratório ADN/Poços de Caldas-MG, Brasil (2010-2014) / Seasonal incidence of Candida spp. found in feces of captive wild and exotic birds by ADN Laboratory/Poços de Caldas-MG, Brazil (2010-2014)

Candidíase é a doença causada pelas leveduras do gênero Candida spp., agindo tanto como agentes primários ou secundários de doenças importantes em aves e humanos. O presente estudo teve por objetivo estudar as 599 amostras com pedido de diagnóstico para Candida spp. em um laboratório diagnóstico comercial na cidade de Poços de Caldas, MG-Brasil, no período de 2010 à 2014, levando em consideração a sazonalidade (verão, outono, inverno e primavera) e origem geográfica das amostras. Ao analisar o grupo com todas as ordens de aves em todo território brasileiro, foram 28,05% resultados positivos (168/599) e 71,95% resultados negativos (431/599), sendo 19,9% (119/599) dos resultados obtidos no verão, 30,6% (183/599) no outono, 28,04% (168/599) no inverno e 21,54% (129/599) na primavera. Dentro dos resultados obtidos, no verão 31,09% (37/119) foram positivos; no outono 31,15% (57/183); no inverno 30,4% (51/168) e por fim, na primavera 17,83% (23/129) (Quadro 3), tendo sido demonstrada baixa incidência nesta última estação (p=0,003) pelo teste de Qui-Quadrado. Com base nestes achados conclui-se que durante a primavera, há diminuição da incidência de resultados positivos para Candida spp. possivelmente devido a um aumento da imunocompetência destes animais durante esta estação, sendo necessários mais estudos para associar resultados clínico-práticos aos estatísticos encontrados nesta pesquisa.

Candidiasis is a frequent disease caused by yeasts of Candida spp., that acts either like primary or secondary agent for humans and aviary important disease. This article carried out data analysis from 599 laboratory avian samples sent for microbiology analysis in a commercial diagnostic laboratory located in Poços de Caldas city-Minas Gerais state in Brazil, from 2010 to 2014 period with respect to seasonality and geographic distribution. All avian orders analysis from all geographic areas studied reveled 28.05% positives results (168/599) e 71.95% negatives results (431/599), distributed by seasonality 19.9% (119/599) at summer, 30.6% (183/599) in autumn , 28.04% (168/599) in winter and 21.54% (129/599) in springs. At summer 31.09% (37/119) were positives for Candida sp.; 31.15% (57/183) in autumn; 30.4% (51/168) in winter at last 17.83% (23/129) in springs. Results revealed at Q-square statistic test (p<0.05) significant reduction in occurrence at springs (p=0.03) possible due to an increased immunocompetence at this time but more studies are necessary to better understanding this finding.

Diagnóstico de vaginosis bacteriana. Aspectos clínicos y estudios microbiológicos / Bacterial vaginosis diagnosis. Clinical aspects and microbiologic studies

La vaginosis bacteriana es un trastorno frecuente de la flora vaginal en mujeres de edad reproductiva, caracterizado por presencia de secreción grisácea maloliente, debido a la disminución de lactobacilos, incremento del ph vaginal y presencia de bacterias anaerobias. Se estima que aproximadamente el 30 % de las mujeres entre 14-49 años presentan vaginosis bacteriana. Se asocia con afecciones perinatológicas que incluyen: rotura prematura de membranas, parto prematuro, recién nacidos de peso bajo y enfermedad inflamatoria pélvica. El diagnóstico de vaginosis bacteriana puede ser efectuado aplicando criterios clínicos (criterios de Amsel), o por evaluación de los morfotipos bacterianos presentes en el gram de la secreción vaginal, mediante procedimientos microbiológicos, los cuales se crearon como una alternativa al diagnóstico clínico, reemplazándolo paulatinamente. Los primeros métodos microbiológicos descritos y estandarizados fueron los de Spiegel y Nugent. Posteriormente Ison y Hay ampliaron el sistema de evaluación de Nugent, incluyendo dos nuevas categorías que destacan la dominancia de las cocáceas gram positivas en el ecosistema vaginal y la ausencia de bacterias en un frotis, respectivamente. El más reciente estudio sobre el tema lo constituye la validación del estudio del Balance del Contenido Vaginal (BACOVA), el cual demostró que la integración de los criterios de Nugent y Amsel, mejora la sensibilidad y especificidad de la prueba.

Bacterial vaginosis is a frequent disorder of the vaginal flora in reproductive-age women, characterized by the presence of a grey unpleasant smelling secretion, due to the decrease of lactobacilli, the vaginal Ph increase and the presence of anaerobic bacteria. It is estimated that around 30 % of women aged 14-49 years have bacterial vaginosis. It is associated with perinatologic diseases including: premature membrane breaking, premature birth, low-weight newborns and inflammatory pelvic disease. The bacterial vaginosis diagnosis could be made applying clinical criteria (Amsel criteria) or by evaluation of the bacterial morphotypes found in the vaginal secretion gram through microbiological procedures created as an alternative to the clinical diagnosis that gradually replaced it. The firstly described and standardized microbiological methods were the Spiegel's and Nugent's ones. Later, Ison and Hay widened Nugent's evaluation system, including two new categories respectively, emphasizing the dominance of gram positive cocci in the vaginal ecosystem and the absence of bacteria in a smear. The most recent study on the theme is the validation of the study Vaginal Content Balance (VACOBA), showing that Nugent's and Amsel's criteria integration increases the test sensibility and specificity.

MALDI-TOF MS in the clinical microbiology laboratory / MALDI-TOF MS no laboratório de microbiologia clínica

Traditional methods for microbial identification are often very laborious and time consuming. A new mass spectrometry based technique, matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF), has been described as a rapid, practical and low-cost method for this purpose. In this article, primary and possible future applications of this tool are briefly discussed.

Os métodos tradicionais para identificação de microrganismos no laboratório clínico muitas vezes são trabalhosos e demorados. Uma nova metodologia, com base em espectrometria de massas, a matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF), é extremamente promissora para utilização na rotina microbiológica, sendo rápida, prática e pouco custosa. Neste artigo, são expostas, de forma breve, as principais aplicações atuais do método, assim como as perspectivas futuras.

Sistemas serológicos rápidos utilizados para la pesquisa de leptospirosis humana en Cuba / Rapid serological diagnosis systems for human leptospirosis screening in Cuba

Introducción: la leptospirosis humana necesita de un diagnóstico microbiológico rápido y oportuno por ser una enfermedad letal y frecuente en todo el mundo. Objetivo: incrementar la calidad del diagnóstico microbiológico de esta infección, ampliar el conocimiento sobre la circulación de serogrupos de leptospiras en Cuba y demostrar la utilidad de un sistema de aglutinación con partículas de látex cubano y los sistemas inmunocromatogénicos comerciales LEPTO Dipstick, Lepto Tek Lateral Flow, Lepto Tek Dri Dot y SD Leptospira IgM-IgG. Métodos: en esta investigación descriptiva se utilizaron sueros de casos controles positivos y negativos para evaluar y medir el valor diagnóstico de los sistemas serológicos rápidos con respecto al método de referencia de microaglutinación (MAT). Todas las técnicas utilizadas en este reporte aparecen descritas en el Manual de Operaciones y Procederes del Laboratorio de Leptospiras, del Instituto de Medicina Tropical "Pedro Kourí". Resultados: todos los sistemas estudiados presentaron aceptables valores de sensibilidad, especificidad y concordancia en comparación con el método de referencia internacional de microaglutinación con microrganismos vivos. Se constató la amplia selectividad (reactividad antigénica) y la fiabilidad diagnóstica de los sistemas, se destacan en particular el látex mezclado de producción nacional, el LEPTO Dipstick y el SD Leptospira IgM-IgG. Conclusiones: ninguno de los procedimientos utilizados fue superado en cuanto a su sencillez, rapidez, simplicidad técnica y grado de ejecución al comparárseles con los métodos tradicionales, incluido el de referencia, y todos resultaron útiles en la pesquisa de anticuerpos frente a leptospiras.

Introduction: human leptospirosis requires rapid and early microbiological diagnosis since it is a common lethal disease worldwide. Objectives: to increase the quality of microbiological diagnosis of this infection, to expand the knowledge on the circulation of groups of leptospiras in Cuba and to show the benefits of an agglutination assay using Cuban latex particles and of commercial immunochromatogenic systems LEPTO Dipstick, Lepto Tek Lateral Flow, Lepto Tek Dri Dot and SD Leptospira IgM-IgG. Methods: this descriptive research used sera from positive and negative control cases to evaluate and measure the diagnostic value of rapid serological diagnosis systems with respect to the microagglutination method of reference (MAT). All the techniques used in this report are described in the Manual of Operations and Procedures of the Leptospira Lab in "Pedro Kourí" Institute of Tropical Medicine. Results: all the studied diagnosis systems exhibited acceptable values of sensitivity, specificity and agreement when compared to the international microagglutination method of reference with live microorganisms. The great selectivity (antigen reactivity) and the diagnostic reliability of the diagnostic systems were confirmed; particularly the mixed Cuban-made latex, the LEPTO Dipstick and the SD Leptospira IgM-IgG. Conclusions: the procedures used in this research work exceeded the traditional methods including the microagglutination method of reference in terms of easiness, rapidity, technical simplicity and level of performance, and all were useful for the screening of antibodies to leptospiras.

Diagnóstico microbiológico de las infecciones de transmisión sexual (ITS): Parte 1. ITS no virales / Microbiological diagnosis of sexually transmitted infections (STI): Part 1. Non-viral STI

Non-viral sexually transmitted infections (STI) are an important cause of physical, psychological and social distress, have severe consequences for women's reproductive health and may be transmitted to the newborn child. These infections are also risk factors for the acquisition and transmission of HIV and other STI, and for premature labor. In the last years we have observed a gradual decrease in the national incidence of gonorrhea. The implementation of a screening program in our country for Chlomydia trachomatis is necessary, since up to 80 percent of infections in women are asymptomatic. Due to medical, psychosocial and legal reasons, laboratory diagnosis of STI has to be certain. This offers a great challenge to laboratories. Since etiological agents are susceptible to environmental conditions, present a high adaptation to their human host and have particular physiological characteristics, their laboratory diagnosis is more difficult than diagnosis of conventional microorganisms. Otherwise, the diagnostic techniques currently available for non-viral STI are characterized by their excellent sensitivity and specificity, which result of great interest given the curable nature of these infections. Clinical specimens obtained for diagnosis of STI and other genital infections, such as bacterial vaginosis or Candidiasis represent a large proportion of specimens processed by clinical laboratories. Thus, the creation of norms and quality control guidelines for laboratories which diagnose these infections, and also the epidemiologic and genetic surveillance of circulating sex transmitted microorganisms should be considered a priority in our country. The objective of this study is to review current literature on accurate diagnostic procedures especially for three non-viral STI agents: C. trachomatis, N. gonorrhoeae, and Trichomonas vaginalis.

Diagnóstico clínico presuntivo versus diagnóstico microbiológico en mujeres con leucorrea / Presumptive clinical diagnosis versus microbiological diagnosis in women with leucorrhea

El propósito de esta investigación fue evaluar el grado de concordancia entre el diagnóstico clínico presuntivo y el diagnóstico apoyado en estudios microbiológicos, en 164 pacientes atendidas consecutivamente en dos consultas ginecológicas de Maracaibo-Venezuela; a quienes se les practicó el examen clínico y estudios microbiológicos de las secreciones vaginales (examen al fresco, coloración de Gram y cultivo convencional). Los resultados evidenciaron: a) concordancia débil (56,7%) entre el diagnóstico presuntivo y el diagnóstico definitivo, la cual disminuyó a 38,2% al excluir los casos asintomáticos; b) diagnóstico clínico de vaginosis bacteriana (41,0%) y candidiasis vaginal (64,5%); c) dificultad para diagnosticar clínicamente las infecciones mixtas y los casos compatibles con vaginitis aeróbica o vaginosis citolítica. Estos resultados sugieren que, aunque la sintomatología y las características del flujo vaginal pueden ser orientadoras, el diagnóstico clínico presuntivo de las infecciones vaginales tiene un margen de error elevado y puede conllevar a manejos terapéuticos inadecuados.

The purpose of this study was to evaluate the correlation degree between the presumptive clinical diagnosis and the diagnosis based on microbiological studies in 164 patients attended consecutively in two outpatient gynecological clinics in Maracaibo, Venezuela, who were studied through clinical examination and microbiological examination of vaginal secretions (fresh smear, Gram staining and conventional culture). The results showed: a) a weak correlation (56.7%) between the presumptive diagnosis and the final diagnosis, which decreased to 38.2% when asymptomatic cases were excluded; b) clinical diagnosis of bacterial vaginosis (41.0%) and vaginal candidiasis (64.5%); and c) difficulty for clinically diagnosing mixed infections and cases compatible with aerobic vaginitis or cytolytic vaginosis. These results suggest that, even though the symptoms and characteristics of the vaginal fluid can offer some orientation, the presumptive clinical diagnosis of vaginal infections has a high margin of error and can lead to inadequate therapy.

Reacción en cadena de la polimerasa para la detección de Salmonella sp. en leche en polvo: optimización del método en 12 horas / Polimerase chain reaction technique for detecting Salmonella sp. in powdered milk: optimization of the method in 12 hours

Los métodos tradicionales para identificar Salmonella sp. se basan en el empleo de medios de cultivo que permiten la recuperación del microorganismo, el aislamiento en medios selectivos, la identificación bioquímica y caracterización serológica. Estos métodos son dispendiosos, tienen baja especificidad, baja sensibilidad y consumen mucho tiempo. El principal objetivo de este trabajo fue estandarizar y optimizar la técnica de PCR para detectar Salmonella sp. en 12 horas, a partir de ADN de cultivos puros y en muestras de leche en polvo, inoculadas intencionalmente con 200, 20 y 2 UFC/mL. Para la extracción del ADN se estudió la conveniencia de fenol:cloroformo:alcohol isoamílico y Chelex® 100. La temperatura de hibridización y las concentraciones de cloruro de magnesio, empleando un diseño factorial incompleto 6x7, permitieron establecer un límite de detección de hasta 10 pg de ADN en cultivos puros de Salmonella typhi. La PCR se basó en la exclusividad de los oligonucleótidos 139-141, los cuales amplificaron una banda de 284 pb para la identificación de género. Los resultados muestran que: (I) la adición de Novobiacina (45 mg/L) o de verde brillante (10 mg/L) como inhibidores de flora acompañante, después de las primeras tres horas del pre-enriquecimiento no selectivo de 6 horas, no influye significativamente en la recuperación de las células bacterianas; (II) obtener biomasa de la primera dilución en base 10 y emplear la técnica de fenol:cloroformo:alcohol isoamílico para la obtención de ADN, se pueden detectar 2 UFC/mL de Salmonella sp. en leche en polvo y que el tiempo de detección se reduce considerablemente...

The traditional methods to identify Salmonella sp. are based on the culture medium use that allows the recovery of the micro organism, isolation in selective media, biochemical and serologic characterization. These methods are tedious, have a low specificity and sensitivity and they generally consume a long time. The main objective of this study was to standardize and to optimize the PCR technique to detect Salmonella sp. in 12 hours, from DNA of pure cultures and from powdered milk samples, intentionally inoculated with 200, 20 and 2 CFU/mL. For the extraction of DNA, two methods were used: phenol:chloroform:isoamyl alcohol and chelex® 100. The optimization of the temperature of hibridización and the concentrations of Magnesium Chloride, using an incomplete factorial desing 6x7 allowed to establish a detection limit of up to 10 pg of DNA from pure cultures of Salmonella typhi. The PCR was based on the specificity of oligonucleotidos the 139-141, that amplified a band of 284 pb for the gender identification. The results show that: (I) the inhibitor addition of accompanying flora like Novobiocin (45 mg/L) or brilliant green (10 mg/L) as inhibitors of accompanying flora, after the first three hours in the nonselective pre-enrichment of 6 hours, does not significantly influence in the recovery of the bacterial cells, (II) when obtaining biomass of the first dilution in base 10 and using the phenol:chloroform:isoamyl alcohol technique for the extraction of DNA; can be detected 2 CFU/mL Salmonella s.p. from powdered milk and that the PCR technique reduces the time of test considerably...