Pertussis characterization in the central-west region of São Paulo state, Brazil / Caracterização da coqueluche na região centro-oeste do Estado de São Paulo, Brasil

Pertussis is a highly contagious respiratory disease caused by Bordetella pertussis. This study aimed at characterizing the B. pertussis laboratory positivity and the isolated strains inmunicipalities of the Central-West Region of São Paulo State, Brazil from 2010 to 2014. A total of 597 nasopharyngeal swabs samples were collected from suspected patients and contacts, andanalyzed by in vitro culture and Real-Time PCR (qPCR). Culture-positive B. pertussis strains were characterized by serotyping and pulsed-field gel electrophoresis. Considering culture and/or qPCR, the positivity rate was of 19.6%. Out of 117 samples with B. pertussis, 23 were detected by both methods, 89 by qPCR only and five by culture only. Strains presenting FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) and FIM2 (28%) serotypes were found. Five pulsotypes were detected by PFGE,48% of which identified as BP.Xba.0039, being the predominant type in this study. Among the positive strains, 50% were isolated from <2 months old-children and 17% were isolated from three to six months old patients. Non-vaccinated children or with incomplete vaccination schedule were at the major risk of complications and death, highlighting the importance of a continuous monitoring of this infection for the future control strategies.

A coqueluche é uma doença respiratória altamente contagiosa causada por Bordetella pertussis. Este estudo caracterizou a positividade de B. pertussis e as cepas isoladas em municípios da Região Centro-Oeste do Estado de São Paulo de 2010 a 2014. Foram coletados 597 esfregaços nasofaríngeos de pacientes e contatos suspeitos de coqueluche, e analisados por cultura e Real-Time PCR (qPCR). Os isolados de B. pertussis obtidos de cultura foram caracterizados por sorotipagem e eletroforese em gel de campo pulsado. Considerando-se a cultura e/ou qPCR, verificou-se taxa de positividade de 19,6%. Das 117 amostras positivas para B. pertussis, 23 foram detectadas por ambos os métodos, 89 apenas por qPCR e cinco apenas na cultura. Foram detectadas cepas de sorotipos FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) e FIM2 (28%). Cinco pulsotipos foram detectados pela PFGE, e 48% identificados como BP.Xba.0039, o tipo predominante neste estudo. Entre as cepas positivas, 50% foram isoladas de crianças menores de dois meses e 17% isoladas da faixa etária de três a seis meses. Crianças não vacinadas ou com esquema de vacinação incompleta têm maior risco de complicações e óbito, o que ressalta a importância do monitoramento contínuo desta infecção para futuras estratégias de controle.

Pertussis characterization in the central-west region of São Paulo state, Brazil / Caracterização da coqueluche na região centro-oeste do Estado de São Paulo, Brasil

Pertussis is a highly contagious respiratory disease caused by Bordetella pertussis. This study aimed at characterizing the B. pertussis laboratory positivity and the isolated strains in municipalities of the Central-West Region of São Paulo State, Brazil from 2010 to 2014. A total of 597 nasopharyngeal swabs samples were collected from suspected patients and contacts, and analyzed by in vitro culture and Real-Time PCR (qPCR). Culture-positive B. pertussis strains were characterized by serotyping and pulsed-field gel electrophoresis. Considering culture and/or qPCR, the positivity rate was of 19.6%. Out of 117 samples with B. pertussis, 23 were detected by both methods, 89 by qPCR only and five by culture only. Strains presenting FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) and FIM2 (28%) serotypes were found. Five pulsotypes were detected by PFGE, 48% of which identified as BP.Xba.0039, being the predominant type in this study. Among the positive strains, 50% were isolated from <2 months old-children and 17% were isolated from three to six months old patients. Non-vaccinated children or with incomplete vaccination schedule were at the major risk of complications and death, highlighting the importance of a continuous monitoring of this infection for the future control strategies.

A coqueluche é uma doença respiratória altamente contagiosa causada por Bordetella pertussis. Este estudo caracterizou a positividade de B. pertussis e as cepas isoladas em municípios da Região Centro-Oeste do Estado de São Paulo de 2010 a 2014. Foram coletados 597 esfregaços nasofaríngeos de pacientes e contatos suspeitos de coqueluche, e analisados por cultura e Real-TimePCR (qPCR). Os isolados de B. pertussis obtidos de cultura foram caracterizados por sorotipagem e eletroforese em gel de campo pulsado. Considerando-se a cultura e/ou qPCR, verificou-se taxa de positividade de 19,6%. Das 117 amostras positivas para B. pertussis, 23 foram detectadas por ambos os métodos, 89 apenas por qPCR e cinco apenas na cultura. Foram detectadas cepas de sorotipos FIM3 (40%), FIM2,3 (32%) e FIM2 (28%). Cinco pulsotipos foram detectados pela PFGE, e 48% identificados como BP.Xba.0039, o tipo predominante neste estudo. Entre as cepas positivas, 50% foram isoladas de crianças menores de dois meses e 17% isoladas da faixa etária de três a seis meses. Crianças não vacinadas ou com esquema de vacinação incompleta têm maior risco de complicações e óbito, o que ressalta a importância do monitoramento contínuo desta infecção para futuras estratégias de controle.

Diversidade genética de Pseudomonas aeruginosa isoladas do trato respiratório de pacientes com fibrose cística / Genetic diversity of Pseudomonas aeruginosa isolated from the respiractory tract of cystic fibrosis patients

Fibrose cística é uma doença genética grave, de herança autossômica recessiva e caracterizada por uma alteração nas secreções das glândulas exócrinas de todo o organismo, resultando principalmente em doença pulmonar obstrutiva crônica progressiva. Pacientes portadores de fibrose cística são frequentemente acometidos por infecções pulmonares causadas por microrganismos específicos. Pseudomonas aeruginosa é o microrganismo mais prevalente, e coloniza cerca de 70% dos pacientes adolescentes e adultos. Os danos ao pulmão aumentam quando P. aeruginosa adquire o fenótipo mucóide. Resistência bacteriana também tem aumentado, sendo relatada a emergência da resistência aos carbapenêmicos. Alguns centros de fibrose cística relatam disseminação de P. aeruginosa entre os pacientes e outros centros relatam grande variabilidade entre os isolados e não identificam transmissão entre os pacientes, o que pode indicar a aquisição ambiental ao invés de uma fonte comum. Este estudo buscou avaliar a sensibilidade aos antimicrobianos frente a P. aeruginosa isoladas do trato respiratório de pacientes com fibrose cística atendidos no Ambulatório do Instituto da Criança do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HC-FMUSP) e analisar a variabilidade genética entre os diversos isolados bacterianos de vários pacientes. Um total de 580 isolados de Pseudomonas aeruginosa foram obtidos de 98 pacientes em três períodos de coleta diferentes, destes, 129 isolados de 11 pacientes foram selecionados e analisados. Os isolados foram submetidos ao teste de disco-difusão frente a 14 antimicrobianos. Os isolados que apresentaram resistência ao imipenem foram submetidos à pesquisa fenotípica de metalo-beta-lactamase e pesquisa genotípica para carbapenemases blaSPM, blaIMP, blaVIM e blaNDM, blaKPC e blaGES. O isolado 420-2 com perfil fenotípico suspeito de produção de ESBL foi submetido à pesquisa genotípica dos genes blaCTX-M, blaGES e blaTEM. Os isolados...

Cystic fibrosis (CF) is a serious genetic disease, an autosomal recessive disorder, characterized by an alteration in the secretion of the exocrine gland of all organism, resulting mainly in obstructive cronic progressive lung disease. CF patients are frequently attacked by lung infections caused by specific microorganisms. Pseudomonas aeruginosa is the most prevalent microorganism, and colonizes approximately 70% of adolecents and adults CF patients. The damage to the lung increases when P. aeruginosa acquires mucoid phenotype. Antimicrobial resistance has also been increased and the emergence of resistance to carbapenems has been related. Some CF centers reported the dissemination of P. aeruginosa among CF patients and other centers demonstrated the large variability among the isolates not detecting transmission among the CF patients, which can indicates an environmental acquisition instead of a common source. The aims of this study were to evaluate the susceptibility to antimicrobial agents of P. aeruginosa isolates recovered from respiractory tract of CF outpatients attending the outpatient clinic of Instituto da Criança (University of São Paulo Medical School) and to analyse the genetic variability among P. aruginosa isolates recovered from diverse CF patients. A total of 580 P. aruginosa isolates were recovered from 98 CF patients during three different periods of collection, 129 of these isolates obtained from 11 CF patients were selected and analysed. P. aeruginosa isolates were submitted to the disk-diffusion method testing 14 antimicrobial agents. P. aeruginosa isolates wich presented resistance to imipenem were submitted to the phenotypical test to detect the production of metalo-beta-lactamases, PCR for carbapenemase were carried-out by using specific primers to detect the blaSPM, blaIMP, blaVIM, blaNDM, blaKPC, blaGES genes. The Isolate 420-2 with phenotypic profile suspected of ESBL-producing was submitted to PCR using specific primers...

Molecular characterization of Listeria monocytogenes isolated from animal products in a city of Northern Brazil / Caracterização molecular de Listeria monocytogenes isolada de produtos de origem animal em uma cidade da região Norte do Brasil

Listeria monocytogenes, a foodborne pathogen causes listeriosis, a fatal disease in about 30% of cases that affects mainly immunocompromised persons. The aim of this research was to characterize L. monocytogenes pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) types isolated from meat products collected at public markets in Araguaina city, TO. Sixty samples of raw ground beef and frescal sausage were analyzed during the second half of 2008. Five out of 30 samples (16.7%) of raw ground beef tested positive for L. monocytogenes, three of which were classified as serotype 1/2b and two as serotype 4b. Among the 30 samples of sausage collected, two strains of L. monocytogenes were isolated (6.7%), one of them belonging to serotype 1/2a and the other belonging to serotype 1/2b. The restriction enzymes used were ApaI and SmaI. Similarities among the strains were determined by Dice coefficient. The macro restriction profile obtained by using SmaI enzyme allowed the distribution of seven strains in two clusters, two pulsotypes and two subtypes. The result indicates that L. monocytogenes isolates, belonging to serotype 4b, 1/2a and 1/2b, are strongly correlated within the same serotype group, and in some cases among different serotypes, suggesting that they have a common source.

Listeria monocytogenes é um patógeno de origem alimentar que causa a listeriose, doença fatal em aproximadamente 30% dos casos, e que afeta principalmente pessoas imunocomprometidas. O presente trabalho teve como objetivo analisar os perfis PFGE de cepas de L. monocytogenes isoladas de produtos de origem animal, obtidos em mercados públicos da cidade de Araguaína, TO. Foram analisadas 60 amostras de carne moída crua e de linguiça frescal, no segundo semestre de 2008. Cinco (16,7%) das 30 amostras de carne moída crua foram positivas ao patógeno, sendo que três pertenciam ao sorotipo 1/2b e duas ao sorotipo 4b. Das 30 amostras de linguiça mista frescal, duas (6,7%) foram positivas para L. monocytogenes, sendo uma do sorotipo 1/2a e outra do 1/2b. Foram utilizadas as enzimas de restrição ApaI e SmaI. A similaridade entre eles foi determinada pelo coeficiente de Dice. A análise do perfil de macrorestrição com a enzima SmaI permitiu a distribuição dos sete isolados em dois clusters, dois pulsotipos e dois subtipos. Os resultados permitiram concluir que os isolados de L. monocytogenes sorotipos 4b, 1/2a e 1/2b foram fortemente correlacionados dentro dos mesmos sorotipos e em alguns casos entre diferentes sorotipos, sugerindo uma fonte comum.

Tipagem molecular de cepas de Enterococcus spp resistentes à vancomicina, isoladas em hospitais da cidade de São Paulo, no período de 1999 a 2008 / Molecular typing of strains of vancomycin-resistant Enterococcus spp isolated in hospitals in the São Paulo city during the years 1999 to 2008

Em São Paulo, o primeiro relato de isolamento de Enterococcus resistentes à vancomicina (VRE) foi em 1997, e desde então, esta bactéria tem sido reportada em todo o Brasil como responsável por surto de infecção hospitalar. O presente estudo propôs investigar a similaridade genética de amostras de VRE com o intuito de analisar a disseminação dos tipos e subtipos genéticos circulantes em 26 hospitais da cidade de São Paulo e região ao longo de 10 anos. Foram analisadas 239 cepas de VRE isoladas de materiais clínicos como: urina (n=107), sangue (n=81) e líquidos cavitários (n=51). A tipagem molecular das cepas de VRE foi realizada pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Os perfis eletroforéticos foram analisados segundo os critérios de Tenover e pelo percentual de similaridade genética obtido através do programa Bionumerics. Os resultados da análise molecular das cepas de E. faecium resistente à vancomicina (VRE-EFM) mostraram maior diversidade genética com nove tipos, enquanto os E. faecalis resistente à vancomicina (VRE-EF) apresentaram três tipos. A análise do dendrograma mostrou que os subtipos mais frequentes dos VRE-EF (A1 e A8) e dos VRE-EFM (P1 e P6) apresentaram uma similaridade genética de 83% e 96%, respectivamente. Entre os hospitais avaliados foi observada uma maior disseminação de VRE-EF (85%), embora a presença das duas espécies simultaneamente tenha ocorrido em 50% dos hospitais. Este estudo representou um importante monitoramento de cepas de VRE na cidade de São Paulo, no qual se teve a oportunidade de caracterizar cepas oriundas de vários hospitais, tanto da rede pública como privada e com isso observar a disseminação intra e inter-hospitalar.

Tipagem molecular de cepas de Enterococcus spp resistentes à vancomicina, isoladas em hospitais da cidade de São Paulo, no período de 1999 a 2008 / Molecular typing of strains of vancomycin-resistant Enterococcus spp isolated in hospitals in the São Paulo city during the years 1999 to 2008

Em São Paulo, o primeiro relato de isolamento de Enterococcus resistentes à vancomicina (VRE) foi em 1997, e desde então, esta bactéria tem sido reportada em todo o Brasil como responsável por surto de infecção hospitalar. O presente estudo propôs investigar a similaridade genética de amostras de VRE com o intuito de analisar a disseminação dos tipos e subtipos genéticos circulantes em 26 hospitais da cidade de São Paulo e região ao longo de 10 anos. Foram analisadas 239 cepas de VRE isoladas de materiais clínicos como: urina (n=107), sangue (n=81) e líquidos cavitários (n=51). A tipagem molecular das cepas de VRE foi realizada pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Os perfis eletroforéticos foram analisados segundo os critérios de Tenover e pelo percentual de similaridade genética obtido através do programa Bionumerics. Os resultados da análise molecular das cepas de E. faecium resistente à vancomicina (VRE-EFM) mostraram maior diversidade genética com nove tipos, enquanto os E. faecalis resistente à vancomicina (VRE-EF) apresentaram três tipos. A análise do dendrograma mostrou que os subtipos mais frequentes dos VRE-EF (A1 e A8) e dos VRE-EFM (P1 e P6) apresentaram uma similaridade genética de 83% e 96%, respectivamente. Entre os hospitais avaliados foi observada uma maior disseminação de VRE-EF (85%), embora a presença das duas espécies simultaneamente tenha ocorrido em 50% dos hospitais. Este estudo representou um importante monitoramento de cepas de VRE na cidade de São Paulo, no qual se teve a oportunidade de caracterizar cepas oriundas de vários hospitais, tanto da rede pública como privada e com isso observar a disseminação intra e inter-hospitalar.

Estudo de cepas clinicas e de microbiota de Staphylococcus epidermidis isoladas de colonização/infecção hospitalar relacionadas a cateter vascular / Study and clinical strains of Staphylococcus epidermidis isolated microbial colonization / infection related to hospital vascular catheter

A inserção de cateter venoso central (CVC) representa um importante risco para as infecções sistêmicas nosocomiais, e para estas infecções, Staphylococcus epidermidis é o patógeno mais importante. Com o objetivo de analisar os perfis de DNA genômico, detectar a presença e expressão de gene responsável pela produção de biofilme e estudar a dinâmica da colonização, cepas de S. epidermidis obtidas de episódios de isolamento deste microrganismo em culturas microbiológicas de ponta de CVC e/ou hemoculturas foram comparadas com cepas coletadas da microbiota do paciente hospitalizado no Hospital das Clínicas da UNICAMP. Este estudo também objetivou analisar os procedimentos médico-hospitalares intervencionais destes pacientes. Pacientes com culturas microbiológicas de ponta de CVC (>15 UFC) e/ou hemoculturas positivas para S. epidermidis foram selecionados para a coleta de microbiota presente na pele e mucosa nasal, através de coleta local com zaragatoas umedecidas. As cepas de S. epidermidis foram analisadas através do método de PFGE; teste de sensibilidade a antimicrobianos; detecção da presença do gene ica, através da técnica de PCR e detecção de biofilme, através do método CRA. Fizeram parte deste estudo 247 cepas obtidas de 12 pacientes selecionados em 18 episódios estudados. Foram encontrados 26 distintos perfis genotípicos e 4 perfis fortemente relacionados. Em 10 episódios o mesmo perfil genotípico de DNA foi detectado simultaneamente em cepas clínicas e de microbiota, onde 6 destes episódios ocorreram quando o período de implantação da CVC foi superior a 15 dias. Nos 7 episódios em que não houve concordância entre os perfis genotípico de DNA em cepas clínicas e de microbiota, 5 destes episódios ocorreram igualmente em período inferior a 15 dias, não havendo diferença estatística entre os grupos. Por PFGE foram identificados 6 perfis genotípicos predominantes nas cepas...

Central vascular catheters (CVC) represent an important risk for nosocomial bloodstream infections and Staphylococcus epidermidis is the most important pathogen of these systemic infections. To analyze the genomic DNA profiles, to detect the presence and expression of the responsible gene for biofilm production and to study the colonization dynamic, S. epidermidis strains isolated from tip CVC and blood positive cultures were compared with the strains isolated from skin and nasal swab in patients hospitalized in a tertiary care university hospital, the Hospital das Clínicas of UNICAMP. It was analyzed the previous medical care proceedings that the same patients underwent. Patients with microbiologic cultures for S. epidermidis from blood and/or catheter tip (>15 CFU) were selected to have swabs from skin and nasal. S. epidermidis were typed using PFGE, antibiotic susceptibility testing, presence of ica gene detection, by PCR, and biofilm detection, by Congo red method, were performed. Twelve patients with 18 episodes of colonization or catheter-related infection were included in this study and 247 strains were analyzed. It was found 26 distinct genotypic profiles and 4 strongly related genotypic profiles. In 10 episodes, the same DNA profile was detected in clinical and in microbiota strains, 6 of them occurred when the period of catheter implantation were higher than 15 days. In 7 episodes, there was not concordance among genotypic profiles from clinical and microbiota strain, and 5 of them occurred when the period of catheter implantation were lower than 15 days, too. It was not found statistic difference...