GENETIC DIVERSITY IN A POPULATION OF CREOLE MAIZE (Zea mays L.) EVALUATED BY MICROSATELLITE MARKERS IN PUERTO LIBERTADOR, CORDOBA / DIVERSIDAD GENÉTICA EN UNA POBLACIÓN DE MAÍZ CRIOLLO (Zea mays L.) EVALUADA MEDIANTE MARCADORES MICROSATÉLITES EN PUERTO LIBERTADOR, CÓRDOBA

ABSTRACT Maize a plant of Mesoamerican origin, has evolved in different microenvironments, generating the great diversity of maize that exists in the world. In order to determine the genetic diversity of a population of Creole maize, twelve microsatellite markers were evaluated in 30 accessions, in Puerto Libertador, Córdoba. The DNA of each accession was extracted using the PROMEGA kit, the markers were amplified by the PCR technique and the amplicons were run on polyacrylamide gels, the gels were digitalized and the molecular sizes were determined by an exponential model. Results showed a total of 66 alleles and an average of alleles of 5.5, the expected heterozygosity was 0.655, the values of the polymorphic information content (PIC) ranged from 0.352 to 0.838, with an average of 0.592 and the Hardy-Weinberg equilibrium showed imbalance (p <0.05). This work revealed that the studied accessions of Creole maize showed a high degree of polymorphism, high genetic variability and microsatellite markers were the appropriate for the evaluation of genetic diversity. This information shows to be useful for the conservation and protection of the genetic diversity of the studied Creole Maize.

RESUMEN El maíz una planta de origen mesoamericano, se ha desarrollado en los más variados microambientes, lo que ha generado una gran diversidad de variedades alrededor del mundo. Con el objetivo de determinar la diversidad genética de una población de maíz criollo, se evaluaron doce marcadores microsatélite, en 30 accesiones, en Puerto Libertador, Córdoba. El ADN de cada accesión fue extraído, mediante el kit de PROMEGA; los marcadores se amplificaron, mediante la técnica de PCR y los amplicones, se corrieron en geles de poliacrilamida. Los geles fueron digitalizados y los tamaños moleculares se determinaron, mediante un modelo exponencial. Los resultados mostraron un total de 66 alelos y un promedio de alelos de 5,5; la heterocigosidad esperada fue 0,655. Los valores del contenido de información polimórfica (PIC) variaron de 0,352 a 0,838, con un promedio de 0,592 y la prueba de Hardy-Weinberg mostró desequilibrio (p<0,05). Este trabajo reveló que las accesiones de maíz criollo estudiadas mostraron alto grado de polimorfismo, alta variabilidad genética y los marcadores microsatélites resultaron los apropiados para la evaluación de la diversidad genética. Esta información muestra ser útil para la conservación de la diversidad genética del maíz criollo estudiado y su protección.

Diversidad genética de palomas domésticas (Columba livia) en Ciénaga de Oro (Colombia), utilizando genes del plumaje / Genetic diversity of domestic pigeons (Columba livia) in Ciénaga de Oro, Colombia, using plumage genes / Diversidade genética de pombos domésticos (Columba livia) em Ciénaga de Oro (Colômbia), utilizando genes da plumagem

Resumen El objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad genética de las poblaciones de palomas domésticas (Columba livia) por medio del uso de genes que codifican la coloración y diseño del plumaje, en Ciénaga de Oro (Córdoba, Colombia). Se realizaron muestreos aleatorios en cinco colonias de Ciénaga de Oro, en el periodo comprendido entre junio y agosto de 2015. Mediante excursiones urbanas, observación directa y registros fotográficos, se estudiaron 325 palomas. Se utilizaron los marcadores autosómicos que codifican la coloración y diseño del plumaje: Grizzle (G), Spread (S), Checker (C) y el locus ligado al sexo Ash-Red (B). Los parámetros genéticos -frecuencia alélica, diversidad genética, equilibrio Hardy-Weinberg y estructura poblacional- fueron calculados con el programa PopGene 1.31. La estructura genética y la distancia genética se evaluaron mediante el programa FSTAT v. 2.9.3.2. La elaboración del dendrograma se realizó con el programa MEGA 5.2. El marcador de mayor frecuencia alélica fue Spread, mientras que el marcador Ash-Red presentó los valores más bajos. Se obtuvo escasa diferenciación genética entre las poblaciones y un elevado flujo génico. Se observó un exceso de heterocigotos; a esto se le suma la ausencia de equilibrio Hardy-Weinberg. Se evidenció posible selección natural para el marcador Spread.

Abstract This study aimed to evaluate the genetic diversity of domestic pigeon populations (Columba livia), using genes that are responsible for encoding plumage color and design, in Ciénaga de Oro (Córdoba, Colombia). Random samplings were performed in 5 colonies of Ciénaga de Oro from June to August 2015. By means of urban excursions, direct observation and photographic records, 325 pigeons were studied. Autosomal markers encoding plumage color and design were used: Grizzle (G), Spread (S), Checker (C), and the sex-linked Ash-Red locus (B). Genetic parameters-allele frequency, genetic diversity, Hardy-Weinberg equilibrium, and population structure-were calculated using the PopGene 1.31 program. Genetic structure and genetic distance were evaluated using the FSTAT v. 2.9.3.2 program. A dendrogram was elaborated using the MEGA 5.2 program. The marker with the highest allele frequency was Spread, while the Ash-Red marker showed the lowest values. Little genetic differentiation between populations and high gene flow were obtained. An excess of heterozygotes was observed, in addition to the absence of Hardy-Weinberg equilibrium. A possible natural selection for the Spread marker was evidenced.

Resumo O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética das populações de pombos domésticos (Columba livia) por meio do uso de genes que codificam a coloração e desenho da plumagem, em Ciénaga de Oro (Córdoba, Colômbia). Se realizaram amostragens aleatórias em 5 colônias de Ciénaga de Oro, no periodo compreendido entre junho e agosto de 2015. Mediante excursões urbanas, observação direta e registros fotográficos, se estudaram 325 pombos. Se utilizaram os marcadores autossômicos que codificam a coloração e desenho da plumagem: Grizzle (G), Spread (S), Checker (C) e o locus ligado ao sexo Ash-Red (B). Os parâmetros genéticos - frequência alélica, diversidade gené tica, equilíbrio Hardy-Weinberg e estrutura populacional - foram calculados com o programa PopGene 1.31. A estrutura genética e a distância genética foram avaliadas mediante o programa FSTAT v. 2.9.3.2. A elaboração do dendrograma se realizou com o programa MEGA 5.2. O marcador de maior frequência alélica foi Spread, em quanto que o marcador Ash-Red apresentou os valores mais baixos. Obteve-se escassa diferenciação genética entre as populações e um elevado fluxo génico. Pôde-se observar um excesso de heterozigotos; a isto soma-se a ausência de equilíbrio Hardy-Weinberg. Constatou-se possível seleção natural para o marcador Spread.

Detección de la Diversidad Genética del Cerdo Doméstico (Sus scrofa domestica) Utilizando Marcadores Microsatélites, en Sahagún-Córdoba, Colombia / Detection of Genetic Diversity of the Domestic Pig (Sus scrofa domestica) by means Microsatellite Markers in Sahagún - Córdoba, Colombia

En el presente trabajo se estudió la caracterización genética de una población de cerdo doméstico (Sus scrofa domestica) en Sahagún, Departamento de Córdoba, Colombia (8° 57’ 02’’ Norte y 75° 26’ 44’’ Oeste), para identificar su situación genética. Se estudiaron 51 muestras de la población. Se han emplearon 20 microsatélites, cinco pertenecen a la lista de los recomendados por la FAO / ISAG (Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura / Sociedad Internacional de Genética Animal) para estudios de biodiversidad porcina y los loci restantes representan la mayor parte del genoma porcino. Con los análisis se pudo determinar que todos los microsatélites utilizados han resultado polimórficos y se han detectado, entre 3 (S0385) y 13 (SW780) alelos, con un número medio de alelos de 6,05 y un total de 121 alelos. La heterocigosidad media esperada fue 0,5219 y la observada 0,5581. Los valores del PIC (Polymorphism Information Content, por sus siglas en inglés) oscilaron entre 0,2542 y 0,7021 para los loci S0385 y SW780 respectivamente. Los resultados obtenidos permiten concluir que el cerdo doméstico en Sahagún, presenta alto grado de variabilidad genética.

The objective of this research was to study the genetic diversity of a population of domestic pigs (Sus scrofa domestica) in the municipality of Sahagún, Department of Córdoba, Colombia (8 ° 57 ‘02’ ‘North and 75 ° 26 ‘44’ ‘West). For this purpose, 51 samples of the population were studied, using 20 microsatellites, 5 of which belong to the list recommended by FAO/ISAG (United Nations Food and Agriculture Organization/ International Society of Animal Genetics) for studies of porcine biodiversity and the remaining loci represent the major part of the porcine genome. From the analysis performed, it was possible to determine that all the microsatellites used were polymorphic, with 3 (S0385) and 13 (SW780) alleles, with an average number of alleles of 6.05 for a total of 121 alleles. The expected mean heterozygosity was 0.5219 and the observed was 0.5581. The values of the Polymorphism Informational Content (PIC) ranged from 0.2542 to 0.7021 for loci S0385 and SW780, respectively. The results allow us to conclude that the domestic pig in Sahagún, has a high degree of genetic variability.

Determinación del polimorfismo C677T de metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) en una población piloto de estudiantes de la Universidad del Rosario / Preliminary population study of Methylenetetrahydrofolate Reductase (MTHFR) C677T polymorphism determination in a pilot group of students from the University of Rosario

Introducción: la 5, 10-metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR) es una enzima clave en el metabolismo del folato; sus polimorfismos se han asociado al aumento de riesgo de padecer enfermedad coronaria, problemas obstétricos en mujeres gestantes, desarrollo de fetos con defectos de cierre del tubo neural y susceptibilidad a algunos tipos de cáncer. Este gen presenta una variación polimórfica de nucleótido único, que consiste en un cambio de C por T en la posición 677 el cual afecta de manera notable su actividad enzimática. Objetivo: Dada la importancia de esta enzima y la heterogeneidad genética de la población colombiana se realizó un estudio para determinar las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo C677T de MTHFR en individuos sanos, debido a que en el país sólo se han realizado estudios que involucran metodología de casos y controles. Materiales y métodos: Este polimorfismo se estudió a partir de ADN de una muestra poblacional de 206 estudiantes. Adicionalmente, se calcularon las frecuencias globales de Colombia utilizando los datos de controles sanos reportados en otros estudios. Resultados: En la muestra evaluada se detectó un desequilibrio Hardy-Weinberg, mientras que en los datos globales colombianos se encontró que la población está en equilibrio. Conclusión: la frecuencia poblacional del alelo T parece estar sometida a una presión de selección positiva, dado su incremento en la población a pesar de su efecto deletéreo. Un estudio español reporta resultados similares y argumenta como causa probable de este cambio en la frecuencia alélica de T la suplementación con ácido fólico a futuras madres.

Introduction: the 5, 10-methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) is an essential enzyme in folate metabolism; their polymorphisms have been associated with heart disease risk increase, obstetric problems, neural tube defects in fetuses and cancer susceptibility. This gene has a single nucleotide polymorphism, a C-T change at nucleotide 677, which affects significantly its enzymatic activity. Objective: because of the biological importance of this enzyme and the Colombian population genetic heterogeneity characteristic, a study was performed to determine allele and genotype frequencies of MTHFR C677T polymorphism in healthy individuals, taking into account that in Colombia there are only studies that have involved case-control methodology. Methods: we analyzed this polymorphism trough the amplification of the DNA of a 206 students sample population. Additionally, Colombian overall frequencies were calculated, using data from healthy controls reported in other studies. Results: a Hardy-Weinberg disequilibrium was found in the sample tested. For the Colombian data, we found that the global population was in equilibrium. Conclusion: T allele population frequency seems to be under positive selection pressure, which is reflected in the population allele increase, despite its deleterious effect. A Spanish study reported similar results and identified folic acid supplementation on expectant mothers as a probably cause of this change.